# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.031 0.174 0.154 0.002 0.012 0.009 0.107 0.004 0.002 0.024 0.036 0.124 0.002 0.240 0.016 2 G 0.020 0.009 0.090 0.103 0.007 0.127 0.011 0.003 0.057 0.168 0.025 0.028 0.216 0.003 0.003 0.130 3 L 0.101 0.064 0.027 0.118 0.043 0.057 0.015 0.008 0.003 0.001 0.227 0.038 0.266 0.018 0.003 0.012 4 L 0.005 0.137 0.055 0.162 0.026 0.072 0.031 0.047 0.006 0.005 0.030 0.219 0.133 0.045 0.018 0.008 5 D 0.008 0.032 0.079 0.058 0.004 0.090 0.025 0.026 0.020 0.007 0.059 0.043 0.436 0.007 0.065 0.041 6 A 0.028 0.026 0.071 0.088 0.007 0.029 0.017 0.007 0.022 0.006 0.200 0.066 0.350 0.009 0.006 0.067 7 L 0.075 0.029 0.069 0.045 0.049 0.023 0.129 0.006 0.004 0.004 0.034 0.155 0.171 0.174 0.015 0.018 8 M 0.010 0.057 0.215 0.092 0.009 0.036 0.048 0.047 0.005 0.001 0.022 0.030 0.187 0.016 0.167 0.056 9 G 0.017 0.061 0.154 0.240 0.005 0.024 0.015 0.016 0.038 0.044 0.023 0.019 0.142 0.005 0.021 0.175 10 N 0.138 0.032 0.040 0.052 0.011 0.300 0.009 0.004 0.019 0.008 0.030 0.039 0.258 0.010 0.003 0.048 11 A 0.037 0.050 0.078 0.065 0.008 0.068 0.008 0.014 0.004 0.001 0.419 0.065 0.154 0.011 0.008 0.011 12 A 0.012 0.119 0.062 0.073 0.002 0.035 0.008 0.008 0.005 0.004 0.045 0.479 0.096 0.005 0.022 0.026 13 E 0.015 0.035 0.142 0.081 0.008 0.055 0.046 0.002 0.008 0.001 0.044 0.045 0.328 0.010 0.014 0.168 14 V 0.027 0.091 0.464 0.159 0.001 0.008 0.008 0.007 0.001 0.001 0.016 0.051 0.114 0.001 0.011 0.038 15 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.053 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.001 0.003 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.002 0.003 26 I 0.001 0.005 0.007 0.006 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.770 0.112 0.011 0.049 27 M 0.007 0.008 0.074 0.008 0.001 0.004 0.032 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.644 0.018 0.117 0.071 28 G 0.002 0.002 0.018 0.002 0.048 0.037 0.241 0.002 0.001 0.004 0.009 0.005 0.242 0.342 0.006 0.039 29 D 0.019 0.015 0.011 0.004 0.002 0.018 0.009 0.129 0.001 0.001 0.187 0.017 0.307 0.011 0.258 0.013 30 N 0.006 0.056 0.027 0.015 0.001 0.009 0.006 0.003 0.191 0.016 0.047 0.208 0.115 0.005 0.010 0.285 31 E 0.445 0.013 0.122 0.019 0.001 0.009 0.007 0.001 0.002 0.001 0.019 0.067 0.261 0.001 0.020 0.014 32 Q 0.012 0.047 0.494 0.071 0.001 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.040 0.253 0.001 0.001 0.024 33 L 0.015 0.005 0.044 0.161 0.001 0.324 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.022 0.394 0.001 0.001 0.002 34 A 0.001 0.138 0.060 0.414 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.334 0.001 0.001 0.001 35 L 0.001 0.003 0.008 0.601 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.353 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.010 0.090 0.311 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.546 0.002 0.001 0.003 37 Y 0.001 0.009 0.013 0.500 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.439 0.001 0.004 0.002 38 R 0.001 0.021 0.022 0.470 0.006 0.038 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.401 0.002 0.002 0.015 39 V 0.007 0.025 0.018 0.390 0.031 0.094 0.017 0.010 0.003 0.002 0.031 0.015 0.310 0.027 0.007 0.012 40 I 0.005 0.131 0.047 0.139 0.018 0.096 0.032 0.034 0.005 0.002 0.032 0.028 0.323 0.035 0.041 0.034 41 R 0.012 0.136 0.050 0.191 0.010 0.114 0.028 0.026 0.021 0.010 0.040 0.024 0.199 0.026 0.030 0.084 42 D 0.098 0.170 0.174 0.144 0.003 0.063 0.016 0.012 0.027 0.005 0.047 0.027 0.125 0.010 0.019 0.061 43 M 0.059 0.106 0.409 0.349 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.007 0.010 0.019 0.001 0.003 0.021 44 F 0.027 0.005 0.535 0.405 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 45 V 0.003 0.008 0.205 0.725 0.015 0.029 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 46 F 0.001 0.011 0.005 0.557 0.256 0.142 0.005 0.009 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 47 T 0.004 0.111 0.008 0.271 0.070 0.207 0.003 0.242 0.006 0.004 0.051 0.013 0.005 0.001 0.003 0.001 48 N 0.010 0.090 0.013 0.182 0.010 0.138 0.004 0.048 0.157 0.039 0.216 0.068 0.011 0.002 0.005 0.006 49 K 0.084 0.281 0.156 0.211 0.001 0.029 0.003 0.012 0.028 0.004 0.038 0.110 0.021 0.001 0.009 0.012 50 R 0.040 0.074 0.371 0.457 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.020 51 L 0.025 0.007 0.495 0.442 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 52 I 0.001 0.022 0.132 0.823 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 53 L 0.001 0.007 0.009 0.903 0.052 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.018 0.019 0.789 0.057 0.071 0.001 0.032 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 55 D 0.002 0.022 0.005 0.115 0.058 0.627 0.003 0.044 0.016 0.032 0.049 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 56 K 0.005 0.080 0.004 0.035 0.292 0.019 0.024 0.017 0.011 0.007 0.390 0.038 0.009 0.067 0.002 0.001 57 Q 0.017 0.071 0.026 0.070 0.004 0.014 0.003 0.278 0.010 0.005 0.017 0.131 0.016 0.001 0.330 0.006 58 G 0.007 0.008 0.197 0.042 0.003 0.012 0.004 0.001 0.108 0.037 0.008 0.007 0.037 0.001 0.002 0.526 59 V 0.494 0.015 0.038 0.046 0.102 0.023 0.094 0.002 0.002 0.002 0.032 0.021 0.044 0.075 0.002 0.007 60 T 0.005 0.215 0.210 0.147 0.001 0.025 0.004 0.208 0.003 0.001 0.007 0.024 0.040 0.001 0.102 0.007 61 G 0.007 0.018 0.072 0.490 0.007 0.032 0.010 0.002 0.151 0.061 0.015 0.005 0.031 0.004 0.001 0.094 62 K 0.307 0.053 0.151 0.403 0.001 0.018 0.001 0.006 0.002 0.001 0.011 0.013 0.026 0.001 0.004 0.003 63 K 0.004 0.056 0.199 0.681 0.001 0.023 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.014 64 V 0.013 0.021 0.160 0.737 0.008 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 65 S 0.001 0.115 0.062 0.753 0.008 0.046 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.003 0.020 0.026 0.833 0.008 0.090 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 67 H 0.005 0.109 0.115 0.739 0.002 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.005 0.018 0.033 0.897 0.006 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 69 V 0.011 0.020 0.147 0.703 0.049 0.048 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 70 P 0.002 0.058 0.024 0.395 0.077 0.377 0.002 0.032 0.001 0.003 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.004 0.073 0.011 0.405 0.018 0.164 0.003 0.041 0.013 0.004 0.222 0.025 0.009 0.001 0.004 0.002 72 K 0.015 0.195 0.044 0.365 0.005 0.034 0.003 0.018 0.023 0.011 0.061 0.193 0.021 0.001 0.006 0.007 73 A 0.047 0.082 0.116 0.395 0.007 0.091 0.005 0.003 0.025 0.002 0.022 0.053 0.076 0.001 0.003 0.072 74 I 0.029 0.020 0.278 0.164 0.013 0.272 0.018 0.005 0.002 0.002 0.034 0.031 0.114 0.008 0.002 0.007 75 T 0.004 0.567 0.099 0.236 0.001 0.017 0.002 0.014 0.002 0.001 0.007 0.012 0.028 0.001 0.006 0.005 76 H 0.006 0.015 0.047 0.870 0.001 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 77 F 0.021 0.013 0.662 0.291 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.002 0.010 0.066 0.870 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 79 V 0.003 0.010 0.014 0.707 0.031 0.211 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.219 0.015 0.642 0.023 0.051 0.001 0.023 0.002 0.002 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 81 T 0.005 0.042 0.013 0.375 0.293 0.124 0.038 0.013 0.016 0.008 0.024 0.014 0.011 0.019 0.002 0.003 82 A 0.017 0.080 0.243 0.283 0.010 0.031 0.004 0.197 0.006 0.002 0.030 0.012 0.017 0.001 0.058 0.008 83 G 0.023 0.039 0.068 0.314 0.018 0.055 0.009 0.005 0.086 0.284 0.017 0.019 0.018 0.002 0.002 0.041 84 T 0.200 0.110 0.113 0.359 0.035 0.069 0.006 0.011 0.005 0.002 0.030 0.015 0.027 0.002 0.005 0.011 85 F 0.010 0.101 0.127 0.608 0.006 0.060 0.003 0.015 0.006 0.007 0.017 0.022 0.008 0.001 0.002 0.008 86 D 0.020 0.045 0.060 0.110 0.013 0.635 0.008 0.005 0.008 0.007 0.023 0.029 0.031 0.001 0.001 0.005 87 M 0.012 0.083 0.019 0.155 0.005 0.039 0.002 0.014 0.003 0.001 0.593 0.026 0.043 0.001 0.002 0.003 88 D 0.007 0.135 0.038 0.081 0.001 0.074 0.003 0.003 0.010 0.002 0.029 0.572 0.035 0.001 0.002 0.006 89 A 0.028 0.037 0.273 0.209 0.001 0.029 0.005 0.003 0.002 0.001 0.079 0.045 0.260 0.001 0.011 0.018 90 E 0.007 0.133 0.265 0.464 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.033 0.042 0.001 0.001 0.031 91 L 0.013 0.011 0.231 0.606 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.092 0.001 0.001 0.004 92 K 0.001 0.022 0.131 0.816 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 93 L 0.001 0.004 0.012 0.934 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 94 W 0.001 0.028 0.061 0.805 0.046 0.035 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.009 0.005 0.225 0.630 0.065 0.016 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 96 S 0.002 0.091 0.020 0.120 0.023 0.109 0.004 0.487 0.006 0.004 0.034 0.011 0.012 0.001 0.073 0.004 97 G 0.014 0.053 0.017 0.102 0.017 0.061 0.008 0.016 0.258 0.240 0.101 0.034 0.017 0.003 0.005 0.055 98 Q 0.452 0.108 0.060 0.055 0.019 0.056 0.018 0.014 0.012 0.005 0.058 0.079 0.034 0.006 0.012 0.011 99 K 0.022 0.199 0.354 0.203 0.002 0.036 0.006 0.026 0.016 0.004 0.024 0.040 0.027 0.001 0.014 0.023 100 D 0.055 0.078 0.192 0.347 0.003 0.170 0.006 0.004 0.020 0.011 0.016 0.030 0.044 0.001 0.003 0.020 101 P 0.054 0.067 0.193 0.461 0.002 0.076 0.002 0.003 0.003 0.001 0.078 0.014 0.039 0.001 0.001 0.007 102 L 0.009 0.051 0.088 0.726 0.002 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.014 0.001 0.001 0.001 103 V 0.003 0.049 0.114 0.758 0.005 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.028 0.001 0.001 0.002 104 K 0.002 0.009 0.030 0.899 0.003 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 105 E 0.002 0.017 0.068 0.696 0.027 0.120 0.004 0.005 0.003 0.001 0.006 0.008 0.036 0.001 0.001 0.005 106 L 0.006 0.027 0.022 0.378 0.109 0.252 0.013 0.031 0.003 0.003 0.052 0.012 0.080 0.004 0.004 0.003 107 K 0.001 0.060 0.007 0.043 0.530 0.040 0.077 0.026 0.004 0.004 0.033 0.014 0.010 0.144 0.003 0.003 108 K 0.011 0.023 0.010 0.041 0.002 0.020 0.002 0.473 0.005 0.003 0.033 0.015 0.018 0.001 0.336 0.007 109 G 0.011 0.014 0.051 0.013 0.005 0.025 0.008 0.001 0.306 0.145 0.028 0.034 0.044 0.006 0.002 0.307 110 T 0.754 0.027 0.033 0.020 0.001 0.009 0.002 0.008 0.001 0.001 0.038 0.032 0.058 0.001 0.013 0.003 111 D 0.006 0.026 0.092 0.014 0.001 0.401 0.003 0.002 0.006 0.007 0.039 0.171 0.207 0.001 0.001 0.023 112 V 0.013 0.005 0.008 0.010 0.006 0.064 0.013 0.001 0.001 0.001 0.512 0.060 0.290 0.014 0.001 0.002 113 V 0.001 0.053 0.010 0.014 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 0.594 0.279 0.001 0.021 0.001 114 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.966 0.001 0.001 0.006 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.956 0.001 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.001 121 N 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.029 0.005 0.044 122 F 0.005 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.863 0.013 0.023 0.049 123 S 0.005 0.006 0.066 0.010 0.009 0.014 0.080 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.610 0.102 0.016 0.072 124 L 0.021 0.041 0.043 0.050 0.009 0.040 0.065 0.035 0.002 0.002 0.043 0.014 0.431 0.062 0.096 0.047