# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.041 0.003 0.035 0.032 0.025 0.134 0.004 0.001 0.023 0.691 2 G 0.064 0.091 0.008 0.046 0.047 0.113 0.157 0.023 0.003 0.067 0.379 3 L 0.172 0.134 0.007 0.021 0.031 0.027 0.084 0.024 0.002 0.040 0.459 4 L 0.233 0.222 0.005 0.037 0.028 0.021 0.054 0.019 0.003 0.032 0.345 5 D 0.135 0.177 0.004 0.034 0.018 0.037 0.080 0.011 0.003 0.054 0.447 6 A 0.070 0.093 0.006 0.033 0.029 0.034 0.091 0.013 0.003 0.107 0.523 7 L 0.155 0.142 0.010 0.043 0.038 0.046 0.103 0.022 0.004 0.092 0.346 8 M 0.105 0.117 0.007 0.041 0.034 0.037 0.095 0.012 0.003 0.056 0.493 9 G 0.055 0.083 0.006 0.039 0.035 0.038 0.086 0.011 0.002 0.043 0.601 10 N 0.154 0.198 0.004 0.025 0.020 0.031 0.086 0.018 0.003 0.058 0.403 11 A 0.207 0.083 0.005 0.023 0.025 0.022 0.079 0.019 0.003 0.099 0.436 12 A 0.089 0.101 0.004 0.035 0.023 0.023 0.088 0.008 0.002 0.051 0.576 13 E 0.041 0.123 0.003 0.027 0.013 0.024 0.096 0.006 0.001 0.037 0.630 14 V 0.027 0.228 0.004 0.015 0.017 0.014 0.087 0.010 0.002 0.042 0.555 15 N 0.044 0.871 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.007 0.001 0.009 0.052 16 L 0.031 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.028 17 D 0.016 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.034 0.040 18 E 0.036 0.822 0.013 0.002 0.001 0.002 0.009 0.006 0.006 0.059 0.044 19 L 0.136 0.612 0.036 0.002 0.004 0.004 0.014 0.022 0.017 0.050 0.103 20 A 0.344 0.274 0.020 0.004 0.007 0.008 0.024 0.027 0.016 0.051 0.225 21 Q 0.100 0.078 0.009 0.009 0.011 0.015 0.076 0.011 0.009 0.066 0.616 22 E 0.035 0.105 0.009 0.008 0.007 0.008 0.118 0.007 0.005 0.040 0.657 23 L 0.138 0.159 0.014 0.009 0.010 0.010 0.099 0.027 0.006 0.038 0.489 24 G 0.301 0.071 0.004 0.012 0.009 0.017 0.087 0.017 0.002 0.042 0.438 25 P 0.054 0.033 0.004 0.026 0.014 0.019 0.101 0.005 0.002 0.044 0.699 26 I 0.040 0.023 0.011 0.048 0.025 0.032 0.161 0.008 0.004 0.056 0.590 27 M 0.222 0.029 0.008 0.030 0.014 0.022 0.088 0.015 0.005 0.056 0.513 28 G 0.187 0.018 0.003 0.024 0.013 0.011 0.081 0.008 0.002 0.037 0.616 29 D 0.013 0.048 0.001 0.015 0.010 0.009 0.092 0.002 0.001 0.017 0.792 30 N 0.043 0.144 0.002 0.032 0.019 0.043 0.125 0.006 0.001 0.085 0.499 31 E 0.021 0.148 0.005 0.072 0.062 0.071 0.101 0.005 0.001 0.122 0.391 32 Q 0.010 0.265 0.004 0.079 0.073 0.100 0.060 0.004 0.001 0.087 0.317 33 L 0.014 0.402 0.005 0.065 0.109 0.135 0.033 0.006 0.001 0.067 0.162 34 A 0.015 0.419 0.005 0.074 0.129 0.131 0.020 0.004 0.002 0.078 0.124 35 L 0.016 0.350 0.008 0.057 0.125 0.175 0.022 0.005 0.002 0.105 0.134 36 A 0.025 0.224 0.016 0.048 0.157 0.193 0.040 0.008 0.005 0.100 0.185 37 Y 0.044 0.159 0.026 0.055 0.134 0.183 0.060 0.007 0.010 0.107 0.214 38 R 0.032 0.069 0.035 0.048 0.117 0.149 0.076 0.008 0.011 0.094 0.360 39 V 0.074 0.087 0.025 0.032 0.062 0.077 0.112 0.011 0.010 0.074 0.436 40 I 0.149 0.050 0.012 0.033 0.031 0.050 0.112 0.013 0.005 0.089 0.455 41 R 0.022 0.026 0.003 0.049 0.031 0.038 0.136 0.003 0.001 0.086 0.606 42 D 0.007 0.019 0.002 0.137 0.057 0.142 0.116 0.002 0.001 0.120 0.399 43 M 0.003 0.007 0.002 0.253 0.128 0.175 0.073 0.001 0.001 0.146 0.212 44 F 0.002 0.002 0.002 0.306 0.168 0.264 0.038 0.001 0.001 0.095 0.122 45 V 0.010 0.008 0.004 0.307 0.186 0.153 0.051 0.002 0.001 0.074 0.205 46 F 0.032 0.016 0.006 0.169 0.149 0.126 0.059 0.005 0.003 0.071 0.365 47 T 0.069 0.030 0.004 0.067 0.049 0.061 0.176 0.005 0.002 0.079 0.458 48 N 0.022 0.029 0.003 0.064 0.041 0.087 0.140 0.002 0.001 0.107 0.503 49 K 0.005 0.028 0.004 0.117 0.142 0.142 0.119 0.001 0.001 0.089 0.353 50 R 0.003 0.013 0.003 0.203 0.125 0.464 0.040 0.002 0.001 0.060 0.086 51 L 0.002 0.006 0.002 0.256 0.249 0.333 0.032 0.002 0.001 0.039 0.079 52 I 0.003 0.004 0.001 0.379 0.251 0.282 0.015 0.001 0.001 0.016 0.049 53 L 0.003 0.007 0.001 0.453 0.183 0.176 0.040 0.001 0.001 0.037 0.097 54 I 0.006 0.016 0.015 0.217 0.202 0.196 0.089 0.005 0.003 0.030 0.220 55 D 0.638 0.050 0.003 0.032 0.027 0.059 0.033 0.020 0.002 0.025 0.110 56 K 0.476 0.006 0.001 0.049 0.040 0.049 0.038 0.007 0.001 0.073 0.262 57 Q 0.007 0.003 0.002 0.043 0.028 0.034 0.207 0.001 0.001 0.033 0.642 58 G 0.112 0.004 0.002 0.045 0.033 0.198 0.057 0.005 0.001 0.045 0.497 59 V 0.130 0.001 0.001 0.013 0.045 0.032 0.068 0.002 0.001 0.016 0.692 60 T 0.007 0.001 0.001 0.010 0.038 0.049 0.064 0.001 0.001 0.009 0.821 61 G 0.002 0.001 0.001 0.010 0.050 0.069 0.150 0.001 0.001 0.032 0.687 62 K 0.004 0.002 0.001 0.082 0.174 0.221 0.151 0.001 0.001 0.045 0.321 63 K 0.007 0.002 0.001 0.041 0.119 0.334 0.050 0.001 0.001 0.029 0.417 64 V 0.008 0.003 0.001 0.066 0.282 0.341 0.037 0.001 0.001 0.032 0.232 65 S 0.009 0.004 0.001 0.109 0.143 0.537 0.027 0.001 0.001 0.015 0.157 66 Y 0.009 0.003 0.001 0.141 0.180 0.320 0.045 0.001 0.001 0.036 0.265 67 H 0.004 0.002 0.001 0.106 0.190 0.351 0.082 0.001 0.001 0.010 0.253 68 S 0.007 0.015 0.001 0.056 0.103 0.205 0.101 0.001 0.001 0.019 0.492 69 V 0.047 0.023 0.004 0.056 0.217 0.186 0.108 0.004 0.001 0.037 0.316 70 P 0.268 0.062 0.002 0.027 0.049 0.104 0.084 0.010 0.001 0.038 0.355 71 Y 0.453 0.015 0.001 0.022 0.021 0.040 0.049 0.005 0.001 0.080 0.314 72 K 0.010 0.005 0.002 0.039 0.044 0.042 0.118 0.001 0.001 0.041 0.698 73 A 0.020 0.022 0.002 0.052 0.049 0.143 0.136 0.002 0.001 0.049 0.524 74 I 0.025 0.010 0.001 0.032 0.127 0.135 0.095 0.004 0.001 0.062 0.508 75 T 0.016 0.015 0.001 0.085 0.218 0.218 0.094 0.001 0.001 0.061 0.291 76 H 0.004 0.014 0.001 0.122 0.123 0.301 0.067 0.001 0.001 0.058 0.309 77 F 0.003 0.006 0.001 0.163 0.302 0.213 0.054 0.001 0.001 0.092 0.167 78 E 0.009 0.007 0.002 0.164 0.169 0.360 0.046 0.002 0.001 0.114 0.127 79 V 0.019 0.012 0.003 0.136 0.185 0.174 0.067 0.002 0.001 0.075 0.328 80 E 0.028 0.008 0.002 0.106 0.147 0.163 0.072 0.003 0.001 0.080 0.389 81 T 0.054 0.022 0.002 0.104 0.076 0.141 0.134 0.004 0.001 0.097 0.363 82 A 0.014 0.016 0.001 0.066 0.060 0.082 0.116 0.002 0.001 0.048 0.595 83 G 0.020 0.024 0.003 0.142 0.127 0.208 0.081 0.003 0.001 0.065 0.327 84 T 0.014 0.012 0.003 0.080 0.104 0.222 0.100 0.003 0.001 0.062 0.401 85 F 0.018 0.032 0.005 0.060 0.160 0.104 0.074 0.004 0.001 0.051 0.489 86 D 0.172 0.046 0.009 0.062 0.083 0.115 0.107 0.010 0.005 0.137 0.255 87 M 0.023 0.040 0.005 0.024 0.053 0.040 0.108 0.002 0.001 0.055 0.650 88 D 0.046 0.056 0.005 0.038 0.054 0.119 0.125 0.006 0.002 0.140 0.410 89 A 0.018 0.105 0.008 0.067 0.117 0.144 0.116 0.002 0.001 0.074 0.349 90 E 0.005 0.025 0.002 0.104 0.149 0.344 0.070 0.002 0.001 0.078 0.222 91 L 0.004 0.010 0.001 0.158 0.197 0.455 0.034 0.001 0.001 0.063 0.078 92 K 0.001 0.003 0.001 0.270 0.292 0.264 0.024 0.001 0.001 0.076 0.068 93 L 0.001 0.003 0.001 0.324 0.288 0.249 0.028 0.001 0.001 0.044 0.061 94 W 0.013 0.003 0.002 0.261 0.159 0.292 0.036 0.002 0.001 0.073 0.159 95 I 0.075 0.007 0.003 0.126 0.180 0.152 0.062 0.005 0.001 0.053 0.337 96 S 0.081 0.010 0.001 0.053 0.049 0.081 0.099 0.003 0.001 0.029 0.593 97 G 0.062 0.012 0.001 0.036 0.030 0.051 0.110 0.002 0.001 0.046 0.648 98 Q 0.037 0.018 0.001 0.024 0.033 0.060 0.128 0.003 0.001 0.035 0.660 99 K 0.024 0.113 0.001 0.008 0.025 0.022 0.086 0.002 0.001 0.023 0.696 100 D 0.082 0.233 0.001 0.017 0.071 0.080 0.060 0.006 0.001 0.059 0.392 101 P 0.031 0.317 0.002 0.015 0.050 0.078 0.063 0.003 0.001 0.073 0.368 102 L 0.035 0.453 0.003 0.015 0.055 0.088 0.042 0.005 0.001 0.056 0.247 103 V 0.074 0.495 0.004 0.012 0.058 0.067 0.033 0.006 0.002 0.065 0.185 104 K 0.092 0.309 0.008 0.018 0.056 0.092 0.038 0.007 0.004 0.090 0.287 105 E 0.060 0.112 0.009 0.012 0.052 0.064 0.063 0.006 0.003 0.086 0.533 106 L 0.237 0.040 0.007 0.010 0.023 0.043 0.086 0.009 0.005 0.154 0.384 107 K 0.106 0.020 0.006 0.010 0.014 0.016 0.097 0.004 0.003 0.055 0.669 108 K 0.035 0.045 0.001 0.009 0.011 0.014 0.084 0.002 0.001 0.014 0.785 109 G 0.034 0.078 0.001 0.013 0.014 0.026 0.116 0.003 0.001 0.047 0.669 110 T 0.018 0.215 0.001 0.016 0.017 0.016 0.196 0.002 0.001 0.070 0.448 111 D 0.031 0.557 0.001 0.017 0.007 0.021 0.038 0.005 0.001 0.090 0.231 112 V 0.007 0.903 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 0.060 113 V 0.002 0.927 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.032 0.026 114 G 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.953 0.009 115 I 0.002 0.921 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.058 0.007 116 Q 0.008 0.942 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.012 117 K 0.015 0.376 0.007 0.003 0.002 0.003 0.006 0.005 0.005 0.524 0.054 118 T 0.021 0.703 0.018 0.003 0.002 0.003 0.020 0.002 0.011 0.167 0.049 119 I 0.189 0.228 0.032 0.008 0.004 0.005 0.041 0.011 0.016 0.348 0.117 120 A 0.129 0.193 0.036 0.015 0.007 0.007 0.088 0.011 0.016 0.128 0.370 121 N 0.059 0.053 0.008 0.012 0.008 0.016 0.093 0.005 0.004 0.074 0.667 122 F 0.059 0.039 0.011 0.023 0.019 0.023 0.142 0.007 0.004 0.079 0.592 123 S 0.057 0.022 0.005 0.030 0.016 0.024 0.172 0.005 0.002 0.061 0.606 124 L 0.032 0.018 0.003 0.028 0.016 0.019 0.130 0.004 0.001 0.047 0.702