# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.165 0.063 0.039 0.081 0.087 0.090 0.143 0.109 0.102 0.073 0.048 2 G 0.266 0.146 0.071 0.163 0.113 0.074 0.073 0.040 0.028 0.016 0.011 3 L 0.017 0.018 0.018 0.036 0.050 0.064 0.115 0.141 0.196 0.180 0.165 4 L 0.021 0.032 0.022 0.074 0.103 0.105 0.169 0.159 0.136 0.106 0.072 5 D 0.074 0.095 0.096 0.200 0.158 0.118 0.108 0.062 0.047 0.029 0.015 6 A 0.118 0.071 0.080 0.171 0.149 0.123 0.119 0.073 0.047 0.032 0.017 7 L 0.025 0.029 0.022 0.057 0.062 0.105 0.176 0.136 0.167 0.137 0.084 8 M 0.018 0.024 0.020 0.051 0.068 0.079 0.145 0.142 0.176 0.144 0.133 9 G 0.123 0.067 0.081 0.112 0.128 0.108 0.137 0.090 0.072 0.050 0.032 10 N 0.132 0.188 0.127 0.227 0.131 0.071 0.063 0.029 0.018 0.010 0.006 11 A 0.034 0.027 0.017 0.052 0.074 0.102 0.175 0.154 0.152 0.123 0.089 12 A 0.275 0.190 0.073 0.163 0.112 0.063 0.059 0.033 0.018 0.009 0.005 13 E 0.165 0.143 0.124 0.231 0.141 0.076 0.064 0.030 0.014 0.007 0.004 14 V 0.047 0.019 0.024 0.033 0.049 0.083 0.165 0.135 0.165 0.163 0.117 15 N 0.059 0.346 0.119 0.216 0.117 0.061 0.042 0.020 0.011 0.007 0.002 16 L 0.047 0.083 0.080 0.137 0.139 0.165 0.170 0.086 0.051 0.029 0.012 17 D 0.656 0.095 0.085 0.081 0.039 0.019 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 18 E 0.231 0.184 0.162 0.241 0.101 0.040 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 19 L 0.005 0.009 0.015 0.019 0.033 0.064 0.136 0.156 0.214 0.222 0.127 20 A 0.016 0.032 0.056 0.115 0.157 0.195 0.239 0.103 0.050 0.029 0.008 21 Q 0.023 0.052 0.709 0.149 0.042 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 E 0.040 0.056 0.152 0.204 0.180 0.160 0.130 0.051 0.015 0.007 0.003 23 L 0.004 0.004 0.006 0.007 0.010 0.018 0.062 0.121 0.248 0.282 0.236 24 G 0.042 0.054 0.085 0.158 0.196 0.152 0.155 0.085 0.039 0.024 0.010 25 P 0.074 0.082 0.477 0.203 0.086 0.038 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 26 I 0.032 0.026 0.032 0.051 0.082 0.143 0.255 0.164 0.103 0.063 0.049 27 M 0.019 0.029 0.017 0.033 0.042 0.050 0.126 0.163 0.204 0.161 0.156 28 G 0.235 0.151 0.085 0.146 0.128 0.079 0.084 0.042 0.025 0.016 0.009 29 D 0.373 0.186 0.119 0.158 0.078 0.034 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 30 N 0.358 0.164 0.050 0.133 0.090 0.063 0.069 0.034 0.021 0.012 0.006 31 E 0.023 0.021 0.016 0.054 0.073 0.111 0.194 0.174 0.150 0.107 0.079 32 Q 0.053 0.150 0.158 0.248 0.172 0.087 0.064 0.035 0.018 0.011 0.005 33 L 0.002 0.003 0.014 0.019 0.034 0.075 0.163 0.162 0.208 0.198 0.121 34 A 0.017 0.029 0.076 0.140 0.148 0.155 0.179 0.104 0.079 0.050 0.023 35 L 0.008 0.018 0.075 0.096 0.100 0.117 0.204 0.140 0.121 0.082 0.041 36 A 0.002 0.003 0.015 0.018 0.030 0.049 0.105 0.134 0.222 0.217 0.204 37 Y 0.004 0.005 0.014 0.018 0.028 0.051 0.137 0.135 0.226 0.239 0.142 38 R 0.010 0.039 0.149 0.190 0.179 0.139 0.120 0.067 0.053 0.034 0.021 39 V 0.014 0.016 0.047 0.047 0.068 0.092 0.176 0.168 0.146 0.135 0.090 40 I 0.020 0.027 0.035 0.078 0.083 0.132 0.205 0.139 0.130 0.097 0.054 41 R 0.047 0.062 0.077 0.119 0.112 0.122 0.174 0.105 0.087 0.061 0.034 42 D 0.019 0.038 0.070 0.110 0.110 0.141 0.184 0.110 0.104 0.077 0.036 43 M 0.037 0.058 0.058 0.111 0.111 0.123 0.182 0.114 0.100 0.067 0.039 44 F 0.017 0.019 0.025 0.043 0.047 0.073 0.135 0.142 0.180 0.180 0.138 45 V 0.006 0.010 0.015 0.035 0.059 0.097 0.176 0.166 0.171 0.132 0.133 46 F 0.003 0.004 0.012 0.012 0.021 0.022 0.062 0.121 0.186 0.243 0.314 47 T 0.006 0.014 0.039 0.076 0.113 0.102 0.171 0.153 0.145 0.106 0.074 48 N 0.046 0.055 0.073 0.135 0.118 0.113 0.152 0.093 0.105 0.070 0.041 49 K 0.011 0.019 0.029 0.077 0.093 0.125 0.206 0.148 0.141 0.098 0.054 50 R 0.009 0.033 0.040 0.092 0.103 0.132 0.194 0.141 0.120 0.089 0.046 51 L 0.002 0.003 0.010 0.012 0.018 0.027 0.070 0.129 0.203 0.247 0.279 52 I 0.006 0.010 0.027 0.039 0.059 0.078 0.140 0.148 0.174 0.164 0.156 53 L 0.006 0.007 0.030 0.037 0.057 0.058 0.135 0.159 0.195 0.169 0.146 54 I 0.009 0.012 0.036 0.058 0.084 0.093 0.165 0.160 0.152 0.135 0.096 55 D 0.017 0.051 0.069 0.126 0.117 0.113 0.169 0.113 0.107 0.076 0.043 56 K 0.105 0.095 0.077 0.175 0.157 0.129 0.127 0.063 0.038 0.022 0.012 57 Q 0.163 0.099 0.093 0.149 0.114 0.107 0.127 0.071 0.042 0.023 0.013 58 G 0.145 0.190 0.089 0.203 0.137 0.084 0.081 0.036 0.019 0.009 0.007 59 V 0.018 0.021 0.015 0.012 0.019 0.027 0.073 0.087 0.182 0.210 0.336 60 T 0.220 0.267 0.093 0.212 0.118 0.040 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 61 G 0.627 0.122 0.063 0.079 0.036 0.022 0.021 0.012 0.009 0.006 0.003 62 K 0.155 0.192 0.073 0.216 0.143 0.090 0.065 0.033 0.018 0.010 0.005 63 K 0.038 0.083 0.046 0.137 0.129 0.144 0.155 0.119 0.074 0.055 0.019 64 V 0.041 0.055 0.078 0.139 0.127 0.193 0.174 0.097 0.051 0.033 0.011 65 S 0.099 0.185 0.201 0.252 0.110 0.065 0.050 0.022 0.010 0.005 0.002 66 Y 0.016 0.012 0.018 0.028 0.038 0.068 0.141 0.156 0.198 0.212 0.114 67 H 0.093 0.125 0.094 0.180 0.137 0.118 0.115 0.059 0.043 0.025 0.010 68 S 0.131 0.142 0.148 0.197 0.122 0.084 0.079 0.044 0.026 0.017 0.009 69 V 0.039 0.022 0.027 0.041 0.063 0.106 0.172 0.157 0.155 0.130 0.087 70 P 0.150 0.251 0.076 0.187 0.111 0.066 0.071 0.044 0.025 0.013 0.007 71 Y 0.029 0.021 0.031 0.063 0.091 0.112 0.180 0.157 0.132 0.104 0.081 72 K 0.261 0.193 0.133 0.171 0.102 0.057 0.043 0.021 0.011 0.006 0.003 73 A 0.121 0.155 0.080 0.242 0.151 0.084 0.088 0.043 0.021 0.010 0.005 74 I 0.021 0.012 0.013 0.018 0.028 0.044 0.090 0.112 0.192 0.239 0.232 75 T 0.063 0.155 0.121 0.253 0.167 0.102 0.067 0.034 0.021 0.011 0.005 76 H 0.044 0.067 0.123 0.169 0.140 0.134 0.129 0.080 0.057 0.037 0.020 77 F 0.011 0.008 0.012 0.021 0.032 0.054 0.122 0.161 0.201 0.188 0.190 78 E 0.093 0.129 0.090 0.227 0.153 0.088 0.088 0.055 0.042 0.022 0.012 79 V 0.017 0.016 0.034 0.048 0.064 0.072 0.130 0.136 0.166 0.152 0.165 80 E 0.017 0.022 0.035 0.088 0.124 0.126 0.181 0.152 0.116 0.079 0.060 81 T 0.052 0.079 0.082 0.123 0.099 0.109 0.163 0.098 0.095 0.067 0.033 82 A 0.010 0.011 0.020 0.046 0.064 0.080 0.145 0.158 0.180 0.146 0.140 83 G 0.073 0.060 0.039 0.080 0.069 0.085 0.150 0.119 0.143 0.123 0.060 84 T 0.025 0.035 0.040 0.109 0.115 0.109 0.159 0.128 0.124 0.085 0.070 85 F 0.014 0.011 0.015 0.024 0.039 0.055 0.114 0.166 0.187 0.191 0.183 86 D 0.019 0.037 0.045 0.108 0.119 0.097 0.142 0.133 0.123 0.103 0.074 87 M 0.015 0.018 0.025 0.048 0.070 0.116 0.217 0.160 0.155 0.111 0.064 88 D 0.080 0.088 0.083 0.201 0.156 0.115 0.116 0.059 0.050 0.031 0.020 89 A 0.016 0.017 0.028 0.044 0.057 0.092 0.215 0.153 0.170 0.131 0.076 90 E 0.018 0.042 0.054 0.173 0.173 0.136 0.155 0.091 0.077 0.052 0.029 91 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.018 0.064 0.107 0.247 0.319 0.226 92 K 0.007 0.034 0.063 0.186 0.220 0.165 0.132 0.074 0.058 0.034 0.027 93 L 0.002 0.001 0.008 0.006 0.010 0.012 0.042 0.119 0.179 0.277 0.344 94 W 0.004 0.008 0.017 0.061 0.099 0.163 0.217 0.158 0.135 0.094 0.045 95 I 0.002 0.002 0.006 0.005 0.008 0.013 0.055 0.097 0.231 0.281 0.299 96 S 0.026 0.075 0.106 0.247 0.205 0.131 0.097 0.048 0.033 0.019 0.012 97 G 0.262 0.178 0.092 0.127 0.089 0.071 0.087 0.039 0.028 0.016 0.010 98 Q 0.299 0.191 0.043 0.145 0.103 0.068 0.067 0.041 0.021 0.012 0.009 99 K 0.241 0.206 0.046 0.116 0.093 0.081 0.089 0.053 0.035 0.025 0.015 100 D 0.236 0.115 0.061 0.138 0.123 0.102 0.109 0.056 0.032 0.017 0.011 101 P 0.265 0.242 0.103 0.178 0.093 0.048 0.036 0.017 0.009 0.005 0.003 102 L 0.013 0.013 0.013 0.023 0.034 0.076 0.166 0.137 0.211 0.192 0.122 103 V 0.066 0.137 0.108 0.258 0.184 0.105 0.073 0.035 0.019 0.011 0.004 104 K 0.083 0.069 0.181 0.185 0.139 0.136 0.112 0.050 0.026 0.014 0.005 105 E 0.122 0.161 0.159 0.252 0.138 0.073 0.054 0.025 0.010 0.005 0.002 106 L 0.008 0.005 0.009 0.016 0.026 0.056 0.178 0.185 0.214 0.195 0.108 107 K 0.075 0.244 0.266 0.220 0.107 0.045 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 108 K 0.090 0.189 0.247 0.226 0.123 0.063 0.036 0.015 0.006 0.003 0.001 109 G 0.566 0.127 0.054 0.079 0.053 0.037 0.040 0.024 0.010 0.007 0.003 110 T 0.226 0.108 0.048 0.113 0.091 0.107 0.134 0.081 0.049 0.032 0.012 111 D 0.091 0.237 0.133 0.230 0.142 0.076 0.047 0.025 0.010 0.006 0.002 112 V 0.017 0.020 0.028 0.038 0.065 0.126 0.210 0.155 0.151 0.120 0.069 113 V 0.121 0.068 0.122 0.184 0.151 0.119 0.128 0.060 0.028 0.012 0.006 114 G 0.057 0.121 0.131 0.311 0.174 0.090 0.071 0.026 0.011 0.005 0.003 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 0.044 0.173 0.261 0.495 116 Q 0.004 0.009 0.019 0.071 0.153 0.192 0.261 0.136 0.081 0.054 0.020 117 K 0.005 0.028 0.435 0.240 0.124 0.081 0.044 0.019 0.013 0.008 0.003 118 T 0.001 0.002 0.011 0.013 0.027 0.121 0.249 0.154 0.181 0.149 0.091 119 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.041 0.079 0.245 0.299 0.313 120 A 0.009 0.013 0.052 0.072 0.109 0.135 0.203 0.142 0.123 0.090 0.053 121 N 0.029 0.058 0.260 0.208 0.153 0.111 0.087 0.041 0.027 0.016 0.010 122 F 0.016 0.015 0.024 0.040 0.061 0.099 0.216 0.208 0.143 0.101 0.078 123 S 0.062 0.065 0.039 0.081 0.082 0.084 0.140 0.135 0.129 0.099 0.085 124 L 0.068 0.055 0.062 0.100 0.115 0.104 0.155 0.119 0.099 0.067 0.056