# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.197 0.114 0.009 0.065 0.023 0.039 0.083 0.005 0.001 0.006 0.459 2 G 0.125 0.049 0.005 0.045 0.026 0.046 0.101 0.006 0.001 0.004 0.593 3 L 0.216 0.092 0.047 0.101 0.020 0.028 0.131 0.004 0.001 0.005 0.357 4 L 0.036 0.077 0.002 0.141 0.039 0.079 0.121 0.003 0.001 0.003 0.497 5 D 0.114 0.072 0.010 0.111 0.044 0.077 0.107 0.005 0.001 0.010 0.451 6 A 0.157 0.151 0.011 0.184 0.014 0.031 0.093 0.004 0.001 0.008 0.347 7 L 0.152 0.156 0.013 0.113 0.025 0.045 0.224 0.005 0.001 0.006 0.262 8 M 0.209 0.253 0.016 0.128 0.028 0.059 0.092 0.011 0.001 0.007 0.197 9 G 0.123 0.223 0.010 0.127 0.039 0.071 0.079 0.013 0.001 0.006 0.309 10 N 0.131 0.128 0.012 0.075 0.027 0.036 0.098 0.011 0.001 0.004 0.478 11 A 0.105 0.108 0.016 0.068 0.021 0.041 0.051 0.005 0.001 0.004 0.581 12 A 0.022 0.047 0.004 0.056 0.025 0.041 0.354 0.002 0.001 0.005 0.443 13 E 0.297 0.054 0.011 0.020 0.010 0.023 0.180 0.004 0.001 0.011 0.390 14 V 0.290 0.308 0.021 0.051 0.015 0.028 0.076 0.008 0.001 0.005 0.197 15 N 0.093 0.201 0.007 0.016 0.012 0.016 0.191 0.008 0.001 0.002 0.454 16 L 0.056 0.158 0.005 0.015 0.004 0.011 0.067 0.004 0.001 0.002 0.679 17 D 0.012 0.085 0.002 0.005 0.004 0.010 0.353 0.001 0.001 0.005 0.522 18 E 0.062 0.109 0.003 0.002 0.001 0.001 0.583 0.001 0.001 0.005 0.234 19 L 0.032 0.776 0.005 0.001 0.001 0.001 0.069 0.002 0.001 0.002 0.112 20 A 0.016 0.924 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.038 21 Q 0.015 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.056 22 E 0.060 0.850 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.068 23 L 0.095 0.820 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.045 24 G 0.085 0.717 0.044 0.003 0.005 0.008 0.009 0.026 0.001 0.001 0.102 25 P 0.011 0.062 0.004 0.003 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.904 26 I 0.237 0.260 0.018 0.012 0.012 0.020 0.024 0.016 0.001 0.001 0.399 27 M 0.352 0.297 0.022 0.021 0.009 0.017 0.030 0.022 0.001 0.003 0.227 28 G 0.186 0.277 0.057 0.032 0.031 0.064 0.055 0.026 0.001 0.004 0.268 29 D 0.061 0.056 0.027 0.020 0.007 0.012 0.059 0.004 0.001 0.002 0.752 30 N 0.092 0.035 0.010 0.018 0.008 0.016 0.069 0.002 0.001 0.005 0.746 31 E 0.170 0.038 0.015 0.012 0.012 0.014 0.211 0.001 0.001 0.010 0.517 32 Q 0.072 0.071 0.008 0.016 0.015 0.019 0.376 0.001 0.001 0.004 0.417 33 L 0.061 0.297 0.013 0.014 0.073 0.115 0.116 0.001 0.001 0.003 0.307 34 A 0.011 0.506 0.004 0.012 0.082 0.143 0.070 0.001 0.001 0.001 0.170 35 L 0.007 0.624 0.001 0.006 0.075 0.111 0.038 0.001 0.001 0.001 0.137 36 A 0.010 0.780 0.001 0.003 0.052 0.087 0.014 0.001 0.001 0.001 0.053 37 Y 0.006 0.843 0.001 0.001 0.041 0.071 0.006 0.002 0.001 0.001 0.028 38 R 0.006 0.878 0.002 0.001 0.031 0.047 0.004 0.004 0.001 0.001 0.028 39 V 0.013 0.862 0.004 0.001 0.022 0.042 0.004 0.011 0.001 0.001 0.040 40 I 0.022 0.880 0.009 0.001 0.014 0.030 0.004 0.013 0.001 0.001 0.028 41 R 0.044 0.697 0.012 0.003 0.035 0.059 0.012 0.023 0.001 0.001 0.114 42 D 0.129 0.513 0.034 0.007 0.026 0.027 0.020 0.031 0.001 0.003 0.210 43 M 0.228 0.444 0.060 0.009 0.013 0.020 0.023 0.017 0.001 0.003 0.183 44 F 0.147 0.287 0.049 0.066 0.074 0.092 0.085 0.015 0.001 0.002 0.184 45 V 0.038 0.129 0.026 0.067 0.128 0.183 0.069 0.010 0.001 0.002 0.348 46 F 0.024 0.120 0.021 0.161 0.195 0.246 0.046 0.007 0.001 0.002 0.178 47 T 0.021 0.102 0.013 0.146 0.162 0.186 0.115 0.006 0.001 0.003 0.245 48 N 0.042 0.074 0.011 0.131 0.118 0.177 0.083 0.003 0.001 0.007 0.354 49 K 0.022 0.023 0.004 0.143 0.068 0.140 0.220 0.001 0.001 0.013 0.366 50 R 0.158 0.026 0.010 0.132 0.059 0.068 0.368 0.002 0.001 0.022 0.155 51 L 0.116 0.124 0.017 0.210 0.091 0.105 0.126 0.004 0.001 0.006 0.201 52 I 0.011 0.058 0.011 0.285 0.230 0.286 0.039 0.002 0.001 0.001 0.077 53 L 0.005 0.029 0.004 0.291 0.203 0.306 0.028 0.002 0.001 0.001 0.131 54 I 0.005 0.021 0.002 0.234 0.276 0.269 0.033 0.002 0.001 0.001 0.156 55 D 0.009 0.011 0.004 0.157 0.204 0.345 0.034 0.002 0.001 0.002 0.232 56 K 0.013 0.016 0.005 0.145 0.067 0.175 0.128 0.001 0.001 0.005 0.443 57 Q 0.027 0.015 0.003 0.071 0.029 0.062 0.438 0.001 0.001 0.015 0.338 58 G 0.317 0.015 0.010 0.038 0.028 0.055 0.136 0.004 0.001 0.046 0.351 59 V 0.261 0.063 0.048 0.059 0.055 0.061 0.149 0.004 0.001 0.010 0.289 60 T 0.018 0.019 0.003 0.059 0.049 0.065 0.148 0.002 0.001 0.002 0.635 61 G 0.085 0.014 0.012 0.059 0.125 0.208 0.057 0.003 0.001 0.016 0.420 62 K 0.097 0.013 0.006 0.089 0.094 0.110 0.186 0.001 0.001 0.010 0.395 63 K 0.022 0.003 0.002 0.061 0.044 0.078 0.109 0.001 0.001 0.002 0.678 64 V 0.043 0.008 0.007 0.188 0.171 0.265 0.054 0.001 0.001 0.003 0.259 65 S 0.012 0.007 0.001 0.207 0.205 0.264 0.058 0.001 0.001 0.002 0.243 66 Y 0.015 0.006 0.002 0.152 0.143 0.263 0.032 0.001 0.001 0.002 0.384 67 H 0.019 0.007 0.003 0.225 0.235 0.344 0.034 0.001 0.001 0.003 0.129 68 S 0.020 0.003 0.002 0.126 0.084 0.175 0.055 0.001 0.001 0.004 0.530 69 V 0.031 0.004 0.006 0.110 0.210 0.215 0.068 0.001 0.001 0.003 0.351 70 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.018 0.012 0.001 0.001 0.001 0.958 71 Y 0.015 0.001 0.001 0.034 0.050 0.252 0.063 0.001 0.001 0.002 0.581 72 K 0.079 0.005 0.001 0.030 0.020 0.053 0.130 0.001 0.001 0.009 0.673 73 A 0.325 0.014 0.003 0.025 0.023 0.034 0.095 0.001 0.001 0.006 0.474 74 I 0.355 0.029 0.011 0.054 0.048 0.079 0.036 0.002 0.001 0.004 0.382 75 T 0.046 0.029 0.003 0.092 0.219 0.229 0.074 0.002 0.001 0.002 0.303 76 H 0.031 0.019 0.003 0.088 0.069 0.116 0.056 0.002 0.001 0.003 0.614 77 F 0.044 0.030 0.007 0.274 0.197 0.222 0.052 0.002 0.001 0.003 0.169 78 E 0.013 0.012 0.004 0.137 0.227 0.236 0.087 0.001 0.001 0.002 0.280 79 V 0.005 0.010 0.005 0.180 0.176 0.330 0.036 0.001 0.001 0.002 0.255 80 E 0.005 0.006 0.001 0.183 0.196 0.407 0.040 0.001 0.001 0.002 0.159 81 T 0.031 0.014 0.001 0.141 0.117 0.188 0.066 0.001 0.001 0.006 0.435 82 A 0.076 0.034 0.004 0.146 0.120 0.219 0.062 0.002 0.001 0.008 0.328 83 G 0.056 0.016 0.005 0.089 0.108 0.171 0.140 0.003 0.001 0.013 0.399 84 T 0.074 0.015 0.016 0.058 0.072 0.088 0.157 0.003 0.001 0.011 0.505 85 F 0.017 0.012 0.003 0.053 0.098 0.117 0.097 0.002 0.001 0.004 0.596 86 D 0.038 0.017 0.012 0.051 0.168 0.161 0.138 0.003 0.001 0.014 0.398 87 M 0.035 0.041 0.005 0.033 0.052 0.055 0.184 0.002 0.001 0.017 0.575 88 D 0.019 0.021 0.006 0.017 0.038 0.073 0.550 0.001 0.001 0.046 0.229 89 A 0.213 0.054 0.011 0.015 0.039 0.038 0.279 0.001 0.001 0.097 0.253 90 E 0.042 0.073 0.005 0.015 0.041 0.057 0.509 0.001 0.001 0.019 0.237 91 L 0.070 0.155 0.016 0.065 0.187 0.165 0.183 0.002 0.001 0.009 0.148 92 K 0.008 0.215 0.004 0.044 0.295 0.349 0.030 0.001 0.001 0.001 0.052 93 L 0.006 0.126 0.002 0.041 0.339 0.390 0.016 0.001 0.001 0.001 0.077 94 W 0.009 0.075 0.002 0.051 0.279 0.517 0.008 0.002 0.001 0.001 0.057 95 I 0.011 0.071 0.002 0.049 0.284 0.501 0.012 0.003 0.001 0.001 0.065 96 S 0.032 0.083 0.008 0.047 0.252 0.405 0.024 0.007 0.001 0.003 0.140 97 G 0.063 0.028 0.018 0.038 0.093 0.212 0.088 0.010 0.001 0.011 0.441 98 Q 0.251 0.016 0.054 0.017 0.037 0.065 0.157 0.004 0.001 0.012 0.387 99 K 0.015 0.002 0.003 0.010 0.004 0.009 0.115 0.001 0.001 0.001 0.840 100 D 0.084 0.007 0.009 0.012 0.074 0.048 0.119 0.001 0.001 0.005 0.640 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 102 L 0.016 0.012 0.002 0.025 0.089 0.198 0.228 0.001 0.001 0.002 0.429 103 V 0.090 0.033 0.002 0.025 0.059 0.105 0.188 0.001 0.001 0.008 0.489 104 K 0.038 0.131 0.003 0.044 0.201 0.247 0.061 0.001 0.001 0.003 0.271 105 E 0.023 0.107 0.005 0.028 0.124 0.165 0.068 0.002 0.001 0.003 0.476 106 L 0.058 0.124 0.003 0.031 0.121 0.260 0.033 0.004 0.001 0.003 0.362 107 K 0.070 0.153 0.007 0.036 0.094 0.180 0.093 0.008 0.001 0.004 0.355 108 K 0.119 0.104 0.012 0.018 0.037 0.062 0.084 0.007 0.001 0.006 0.552 109 G 0.197 0.046 0.020 0.012 0.019 0.032 0.079 0.006 0.001 0.009 0.581 110 T 0.253 0.033 0.029 0.010 0.017 0.018 0.117 0.003 0.001 0.008 0.512 111 D 0.042 0.019 0.005 0.007 0.013 0.018 0.172 0.001 0.001 0.002 0.721 112 V 0.038 0.055 0.007 0.010 0.017 0.045 0.138 0.001 0.001 0.002 0.686 113 V 0.025 0.163 0.003 0.017 0.017 0.041 0.246 0.001 0.001 0.002 0.485 114 G 0.042 0.202 0.002 0.008 0.008 0.015 0.206 0.001 0.001 0.002 0.512 115 I 0.021 0.795 0.004 0.005 0.003 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.129 116 Q 0.004 0.896 0.001 0.003 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.069 117 K 0.005 0.909 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.066 118 T 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.020 119 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 120 A 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 121 N 0.025 0.929 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.016 122 F 0.074 0.852 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.021 123 S 0.083 0.705 0.038 0.004 0.004 0.005 0.007 0.046 0.001 0.001 0.107 124 L 0.103 0.460 0.068 0.017 0.011 0.019 0.026 0.051 0.001 0.001 0.243