# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.122 0.095 0.045 0.078 0.065 0.017 0.481 2 G 0.082 0.059 0.061 0.038 0.055 0.164 0.016 0.525 3 L 0.080 0.076 0.118 0.050 0.064 0.100 0.009 0.503 4 L 0.049 0.126 0.157 0.060 0.109 0.161 0.009 0.328 5 D 0.059 0.111 0.074 0.042 0.060 0.107 0.010 0.537 6 A 0.096 0.127 0.082 0.018 0.035 0.097 0.017 0.530 7 L 0.129 0.169 0.050 0.024 0.030 0.324 0.020 0.253 8 M 0.148 0.312 0.062 0.041 0.067 0.088 0.030 0.252 9 G 0.140 0.252 0.159 0.041 0.064 0.077 0.021 0.246 10 N 0.102 0.138 0.105 0.038 0.040 0.103 0.024 0.451 11 A 0.062 0.094 0.075 0.025 0.040 0.060 0.012 0.632 12 A 0.030 0.073 0.031 0.018 0.029 0.310 0.011 0.497 13 E 0.177 0.063 0.026 0.015 0.022 0.188 0.024 0.486 14 V 0.261 0.197 0.098 0.020 0.025 0.095 0.018 0.287 15 N 0.065 0.204 0.058 0.023 0.022 0.165 0.012 0.448 16 L 0.032 0.096 0.022 0.003 0.008 0.054 0.005 0.779 17 D 0.027 0.117 0.010 0.003 0.006 0.308 0.006 0.524 18 E 0.076 0.141 0.004 0.002 0.002 0.460 0.010 0.306 19 L 0.105 0.641 0.007 0.001 0.002 0.078 0.010 0.157 20 A 0.035 0.883 0.008 0.001 0.002 0.014 0.004 0.053 21 Q 0.032 0.863 0.006 0.001 0.002 0.011 0.005 0.080 22 E 0.055 0.828 0.004 0.001 0.001 0.015 0.014 0.083 23 L 0.084 0.815 0.013 0.002 0.004 0.004 0.019 0.059 24 G 0.059 0.681 0.050 0.015 0.013 0.020 0.021 0.142 25 P 0.006 0.025 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.960 26 I 0.187 0.311 0.051 0.024 0.033 0.034 0.028 0.331 27 M 0.313 0.329 0.070 0.023 0.025 0.022 0.024 0.193 28 G 0.124 0.173 0.065 0.038 0.041 0.069 0.021 0.468 29 D 0.020 0.022 0.008 0.004 0.006 0.027 0.004 0.908 30 N 0.065 0.050 0.020 0.009 0.016 0.203 0.021 0.616 31 E 0.206 0.064 0.010 0.014 0.010 0.271 0.020 0.405 32 Q 0.029 0.128 0.014 0.009 0.012 0.429 0.004 0.374 33 L 0.036 0.357 0.028 0.063 0.098 0.065 0.004 0.350 34 A 0.007 0.793 0.038 0.033 0.061 0.016 0.001 0.051 35 L 0.013 0.782 0.012 0.034 0.052 0.011 0.002 0.094 36 A 0.004 0.949 0.007 0.006 0.020 0.001 0.001 0.012 37 Y 0.009 0.904 0.005 0.020 0.039 0.002 0.004 0.016 38 R 0.015 0.839 0.010 0.039 0.047 0.004 0.007 0.038 39 V 0.027 0.798 0.030 0.020 0.037 0.006 0.015 0.065 40 I 0.040 0.676 0.041 0.058 0.117 0.004 0.015 0.049 41 R 0.037 0.567 0.058 0.066 0.074 0.013 0.017 0.169 42 D 0.067 0.339 0.074 0.099 0.122 0.026 0.063 0.210 43 M 0.485 0.101 0.092 0.036 0.055 0.018 0.097 0.116 44 F 0.031 0.060 0.384 0.255 0.151 0.025 0.008 0.086 45 V 0.011 0.018 0.306 0.263 0.241 0.033 0.003 0.124 46 F 0.013 0.010 0.188 0.317 0.331 0.015 0.001 0.125 47 T 0.006 0.008 0.122 0.237 0.398 0.049 0.002 0.179 48 N 0.009 0.008 0.067 0.199 0.291 0.089 0.004 0.333 49 K 0.030 0.007 0.051 0.111 0.202 0.149 0.009 0.441 50 R 0.040 0.005 0.013 0.047 0.056 0.675 0.008 0.155 51 L 0.071 0.020 0.046 0.273 0.319 0.054 0.010 0.207 52 I 0.010 0.033 0.146 0.327 0.403 0.025 0.002 0.054 53 L 0.004 0.008 0.075 0.336 0.479 0.004 0.001 0.092 54 I 0.010 0.014 0.146 0.215 0.480 0.029 0.001 0.104 55 D 0.004 0.009 0.026 0.452 0.360 0.021 0.002 0.127 56 K 0.012 0.017 0.093 0.090 0.172 0.109 0.008 0.500 57 Q 0.010 0.003 0.009 0.009 0.011 0.882 0.006 0.070 58 G 0.634 0.009 0.010 0.011 0.016 0.073 0.124 0.123 59 V 0.165 0.057 0.141 0.095 0.081 0.098 0.011 0.351 60 T 0.009 0.018 0.083 0.141 0.203 0.087 0.004 0.455 61 G 0.020 0.007 0.029 0.067 0.216 0.023 0.003 0.635 62 K 0.032 0.011 0.032 0.159 0.253 0.142 0.003 0.368 63 K 0.030 0.010 0.030 0.101 0.136 0.101 0.005 0.586 64 V 0.037 0.017 0.061 0.232 0.310 0.031 0.004 0.308 65 S 0.019 0.027 0.082 0.204 0.289 0.052 0.003 0.324 66 Y 0.023 0.019 0.052 0.142 0.267 0.017 0.004 0.477 67 H 0.045 0.025 0.077 0.247 0.377 0.045 0.007 0.177 68 S 0.038 0.013 0.041 0.104 0.201 0.033 0.007 0.562 69 V 0.035 0.010 0.092 0.209 0.287 0.063 0.004 0.299 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.994 71 Y 0.025 0.006 0.025 0.094 0.206 0.078 0.003 0.563 72 K 0.114 0.020 0.047 0.097 0.152 0.095 0.006 0.468 73 A 0.154 0.015 0.020 0.041 0.084 0.068 0.010 0.608 74 I 0.112 0.048 0.113 0.151 0.236 0.037 0.009 0.294 75 T 0.032 0.031 0.109 0.302 0.314 0.047 0.005 0.161 76 H 0.028 0.025 0.125 0.097 0.178 0.039 0.006 0.504 77 F 0.023 0.019 0.220 0.248 0.337 0.035 0.004 0.114 78 E 0.017 0.015 0.196 0.238 0.273 0.063 0.004 0.196 79 V 0.009 0.011 0.160 0.220 0.336 0.017 0.002 0.245 80 E 0.012 0.015 0.230 0.212 0.354 0.070 0.003 0.103 81 T 0.023 0.013 0.080 0.196 0.313 0.053 0.005 0.318 82 A 0.021 0.021 0.108 0.148 0.384 0.040 0.007 0.271 83 G 0.047 0.023 0.057 0.137 0.202 0.204 0.014 0.316 84 T 0.146 0.024 0.039 0.125 0.181 0.067 0.020 0.397 85 F 0.061 0.057 0.100 0.142 0.221 0.081 0.011 0.328 86 D 0.034 0.022 0.033 0.220 0.259 0.081 0.009 0.343 87 M 0.045 0.033 0.042 0.094 0.143 0.116 0.007 0.521 88 D 0.029 0.033 0.024 0.066 0.096 0.416 0.012 0.324 89 A 0.210 0.044 0.027 0.063 0.066 0.215 0.028 0.348 90 E 0.047 0.077 0.035 0.034 0.040 0.568 0.014 0.186 91 L 0.079 0.084 0.075 0.263 0.311 0.069 0.013 0.107 92 K 0.026 0.082 0.191 0.184 0.338 0.040 0.007 0.132 93 L 0.010 0.021 0.118 0.382 0.360 0.014 0.002 0.092 94 W 0.008 0.028 0.197 0.242 0.417 0.018 0.002 0.087 95 I 0.009 0.024 0.125 0.285 0.400 0.023 0.003 0.132 96 S 0.008 0.017 0.116 0.222 0.377 0.046 0.005 0.209 97 G 0.032 0.012 0.048 0.056 0.102 0.088 0.016 0.645 98 Q 0.134 0.008 0.052 0.071 0.094 0.141 0.030 0.470 99 K 0.044 0.006 0.017 0.012 0.029 0.056 0.014 0.822 100 D 0.077 0.007 0.029 0.102 0.120 0.170 0.008 0.488 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 102 L 0.015 0.006 0.013 0.154 0.343 0.192 0.002 0.275 103 V 0.227 0.022 0.013 0.070 0.115 0.116 0.004 0.433 104 K 0.063 0.110 0.021 0.157 0.233 0.044 0.003 0.369 105 E 0.048 0.151 0.037 0.080 0.195 0.072 0.007 0.409 106 L 0.122 0.219 0.028 0.082 0.154 0.035 0.013 0.347 107 K 0.072 0.284 0.027 0.060 0.109 0.091 0.021 0.336 108 K 0.115 0.139 0.019 0.020 0.036 0.082 0.038 0.551 109 G 0.242 0.064 0.031 0.017 0.028 0.050 0.060 0.507 110 T 0.132 0.042 0.053 0.030 0.023 0.112 0.016 0.592 111 D 0.030 0.025 0.027 0.019 0.028 0.106 0.004 0.761 112 V 0.049 0.068 0.034 0.019 0.046 0.082 0.004 0.697 113 V 0.035 0.165 0.019 0.024 0.033 0.324 0.004 0.396 114 G 0.041 0.145 0.006 0.004 0.008 0.369 0.003 0.424 115 I 0.032 0.686 0.020 0.005 0.014 0.038 0.003 0.203 116 Q 0.006 0.855 0.012 0.005 0.009 0.029 0.001 0.082 117 K 0.008 0.872 0.003 0.003 0.004 0.015 0.001 0.094 118 T 0.002 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 119 I 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 120 A 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 121 N 0.012 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 122 F 0.156 0.732 0.010 0.001 0.001 0.003 0.070 0.026 123 S 0.072 0.732 0.070 0.008 0.005 0.010 0.036 0.068 124 L 0.054 0.378 0.238 0.043 0.037 0.035 0.028 0.188