# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.406 0.128 0.156 0.188 0.023 0.015 0.057 0.003 0.021 0.002 0.001 2 G 0.301 0.039 0.160 0.036 0.099 0.027 0.096 0.136 0.009 0.093 0.003 3 L 0.493 0.150 0.180 0.103 0.014 0.038 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 4 L 0.498 0.140 0.138 0.157 0.021 0.021 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 5 D 0.453 0.073 0.131 0.159 0.041 0.038 0.056 0.016 0.019 0.010 0.003 6 A 0.659 0.058 0.083 0.088 0.043 0.013 0.027 0.013 0.009 0.006 0.001 7 L 0.526 0.101 0.109 0.213 0.010 0.024 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 8 M 0.292 0.210 0.163 0.215 0.019 0.015 0.053 0.001 0.030 0.001 0.001 9 G 0.199 0.045 0.115 0.068 0.163 0.015 0.065 0.143 0.009 0.174 0.003 10 N 0.147 0.112 0.314 0.212 0.042 0.066 0.047 0.014 0.034 0.008 0.004 11 A 0.383 0.104 0.306 0.101 0.029 0.025 0.023 0.005 0.017 0.004 0.004 12 A 0.398 0.214 0.241 0.060 0.035 0.016 0.014 0.004 0.013 0.003 0.001 13 E 0.209 0.185 0.265 0.212 0.032 0.057 0.027 0.002 0.007 0.001 0.003 14 V 0.095 0.470 0.173 0.097 0.134 0.009 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 15 N 0.012 0.086 0.543 0.010 0.024 0.206 0.012 0.001 0.100 0.004 0.001 16 L 0.871 0.004 0.084 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 D 0.925 0.014 0.021 0.028 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.950 0.009 0.012 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.951 0.004 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.992 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.942 0.003 0.008 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.911 0.004 0.013 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 G 0.803 0.023 0.099 0.009 0.003 0.010 0.028 0.001 0.021 0.002 0.001 25 P 0.975 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.678 0.022 0.045 0.236 0.003 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 27 M 0.517 0.072 0.135 0.203 0.006 0.018 0.026 0.001 0.023 0.001 0.001 28 G 0.364 0.051 0.173 0.073 0.074 0.023 0.058 0.033 0.021 0.128 0.002 29 D 0.475 0.020 0.150 0.262 0.012 0.017 0.045 0.006 0.005 0.005 0.002 30 N 0.179 0.013 0.046 0.252 0.034 0.031 0.253 0.173 0.007 0.012 0.001 31 E 0.487 0.101 0.297 0.059 0.006 0.032 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 32 Q 0.697 0.103 0.105 0.059 0.005 0.026 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 33 L 0.852 0.102 0.018 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 A 0.931 0.047 0.011 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.909 0.065 0.007 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 A 0.912 0.037 0.019 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 37 Y 0.758 0.120 0.032 0.052 0.013 0.010 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 38 R 0.804 0.116 0.025 0.010 0.010 0.009 0.019 0.001 0.006 0.001 0.001 39 V 0.550 0.211 0.135 0.032 0.010 0.043 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 40 I 0.557 0.143 0.114 0.116 0.009 0.034 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 41 R 0.446 0.090 0.096 0.236 0.053 0.019 0.038 0.004 0.012 0.005 0.001 42 D 0.344 0.112 0.126 0.191 0.108 0.033 0.050 0.015 0.014 0.005 0.001 43 M 0.262 0.320 0.133 0.172 0.070 0.014 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 44 F 0.048 0.722 0.111 0.012 0.070 0.015 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 45 V 0.050 0.777 0.095 0.004 0.012 0.038 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 46 F 0.046 0.505 0.261 0.018 0.065 0.075 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 47 T 0.130 0.363 0.162 0.122 0.120 0.053 0.010 0.001 0.034 0.004 0.001 48 N 0.125 0.112 0.216 0.095 0.082 0.118 0.185 0.014 0.038 0.012 0.002 49 K 0.428 0.161 0.165 0.131 0.062 0.025 0.014 0.003 0.009 0.002 0.001 50 R 0.392 0.290 0.123 0.105 0.028 0.022 0.025 0.001 0.014 0.001 0.001 51 L 0.110 0.687 0.126 0.009 0.019 0.023 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 52 I 0.173 0.624 0.124 0.005 0.034 0.026 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 53 L 0.061 0.494 0.238 0.010 0.025 0.140 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 54 I 0.094 0.639 0.109 0.019 0.044 0.061 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 55 D 0.098 0.098 0.433 0.047 0.059 0.171 0.025 0.004 0.043 0.020 0.004 56 K 0.705 0.054 0.064 0.122 0.016 0.017 0.006 0.002 0.010 0.002 0.001 57 Q 0.294 0.099 0.068 0.453 0.014 0.008 0.049 0.001 0.013 0.001 0.001 58 G 0.062 0.025 0.060 0.030 0.199 0.007 0.149 0.364 0.006 0.096 0.001 59 V 0.134 0.397 0.323 0.058 0.023 0.030 0.010 0.001 0.021 0.001 0.002 60 T 0.077 0.358 0.303 0.150 0.033 0.024 0.025 0.001 0.026 0.001 0.002 61 G 0.023 0.055 0.110 0.022 0.230 0.027 0.074 0.301 0.010 0.146 0.002 62 K 0.061 0.484 0.278 0.032 0.103 0.016 0.008 0.002 0.014 0.002 0.001 63 K 0.034 0.481 0.318 0.035 0.049 0.053 0.011 0.001 0.015 0.001 0.002 64 V 0.018 0.767 0.127 0.010 0.045 0.017 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 65 S 0.043 0.492 0.308 0.026 0.057 0.046 0.007 0.001 0.017 0.001 0.002 66 Y 0.049 0.616 0.167 0.050 0.061 0.025 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 67 H 0.048 0.542 0.160 0.056 0.123 0.022 0.018 0.001 0.027 0.001 0.001 68 S 0.021 0.469 0.253 0.048 0.068 0.056 0.056 0.005 0.021 0.001 0.001 69 V 0.007 0.636 0.207 0.001 0.074 0.013 0.002 0.001 0.057 0.002 0.001 70 P 0.032 0.013 0.825 0.004 0.005 0.090 0.002 0.001 0.004 0.004 0.022 71 Y 0.267 0.240 0.269 0.088 0.044 0.039 0.013 0.010 0.023 0.003 0.002 72 K 0.291 0.325 0.213 0.057 0.034 0.020 0.033 0.006 0.016 0.003 0.001 73 A 0.118 0.423 0.185 0.070 0.119 0.029 0.033 0.005 0.017 0.001 0.001 74 I 0.059 0.582 0.268 0.023 0.018 0.035 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 75 T 0.118 0.457 0.212 0.110 0.054 0.026 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 76 H 0.022 0.589 0.092 0.040 0.199 0.017 0.021 0.002 0.019 0.001 0.001 77 F 0.007 0.724 0.095 0.005 0.151 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 78 E 0.007 0.639 0.245 0.004 0.037 0.048 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 79 V 0.026 0.774 0.122 0.005 0.013 0.044 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 80 E 0.108 0.658 0.131 0.026 0.033 0.024 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 81 T 0.079 0.361 0.158 0.124 0.157 0.039 0.025 0.003 0.049 0.004 0.001 82 A 0.103 0.278 0.193 0.108 0.175 0.018 0.067 0.009 0.037 0.009 0.003 83 G 0.106 0.120 0.150 0.042 0.347 0.023 0.040 0.078 0.011 0.081 0.003 84 T 0.123 0.436 0.203 0.084 0.055 0.048 0.026 0.002 0.022 0.001 0.002 85 F 0.119 0.398 0.221 0.060 0.127 0.038 0.009 0.002 0.021 0.003 0.001 86 D 0.091 0.194 0.302 0.075 0.055 0.153 0.043 0.004 0.072 0.007 0.003 87 M 0.576 0.052 0.157 0.142 0.025 0.020 0.010 0.002 0.010 0.004 0.002 88 D 0.529 0.089 0.086 0.176 0.032 0.015 0.044 0.006 0.019 0.003 0.001 89 A 0.599 0.078 0.120 0.145 0.035 0.007 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 90 E 0.543 0.181 0.070 0.146 0.017 0.011 0.022 0.001 0.008 0.001 0.001 91 L 0.033 0.723 0.135 0.017 0.059 0.008 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 92 K 0.049 0.721 0.139 0.003 0.025 0.041 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 93 L 0.011 0.617 0.278 0.003 0.017 0.056 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 94 W 0.066 0.546 0.206 0.015 0.023 0.116 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 95 I 0.054 0.610 0.158 0.040 0.070 0.023 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 96 S 0.058 0.197 0.317 0.094 0.075 0.070 0.121 0.009 0.037 0.015 0.007 97 G 0.034 0.022 0.056 0.039 0.142 0.011 0.072 0.407 0.008 0.208 0.002 98 Q 0.132 0.225 0.413 0.090 0.039 0.036 0.031 0.005 0.019 0.007 0.004 99 K 0.233 0.213 0.267 0.203 0.030 0.021 0.014 0.002 0.013 0.002 0.004 100 D 0.021 0.185 0.477 0.008 0.100 0.024 0.013 0.002 0.157 0.012 0.001 101 P 0.580 0.004 0.360 0.016 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 102 L 0.347 0.285 0.176 0.126 0.027 0.015 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 103 V 0.424 0.301 0.174 0.036 0.017 0.026 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 104 K 0.262 0.496 0.129 0.035 0.042 0.013 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 105 E 0.277 0.260 0.237 0.056 0.031 0.092 0.017 0.002 0.026 0.001 0.002 106 L 0.210 0.330 0.266 0.082 0.044 0.021 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 107 K 0.306 0.147 0.311 0.077 0.023 0.047 0.037 0.006 0.029 0.012 0.006 108 K 0.254 0.094 0.179 0.249 0.046 0.015 0.126 0.010 0.019 0.007 0.002 109 G 0.061 0.015 0.066 0.028 0.056 0.015 0.198 0.448 0.004 0.107 0.002 110 T 0.236 0.186 0.390 0.122 0.025 0.024 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 111 D 0.240 0.099 0.361 0.107 0.026 0.125 0.019 0.003 0.015 0.004 0.001 112 V 0.837 0.043 0.057 0.033 0.003 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 V 0.904 0.033 0.022 0.031 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.841 0.012 0.030 0.013 0.064 0.015 0.006 0.007 0.003 0.008 0.001 115 I 0.991 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 N 0.894 0.002 0.002 0.095 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 122 F 0.794 0.029 0.030 0.118 0.007 0.005 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 123 S 0.686 0.085 0.106 0.063 0.006 0.026 0.016 0.001 0.011 0.001 0.001 124 L 0.530 0.128 0.146 0.120 0.012 0.033 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001