# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.339 0.080 0.038 0.153 0.026 0.040 0.148 0.063 0.047 0.024 2 G 0.062 0.098 0.102 0.062 0.089 0.029 0.026 0.232 0.096 0.128 0.075 3 L 0.071 0.052 0.026 0.008 0.066 0.011 0.043 0.407 0.168 0.117 0.031 4 L 0.042 0.154 0.056 0.026 0.086 0.036 0.055 0.332 0.108 0.078 0.025 5 D 0.064 0.076 0.037 0.025 0.082 0.025 0.038 0.367 0.145 0.096 0.046 6 A 0.033 0.064 0.025 0.008 0.089 0.011 0.033 0.436 0.210 0.071 0.019 7 L 0.075 0.051 0.020 0.009 0.088 0.016 0.080 0.387 0.128 0.115 0.029 8 M 0.101 0.088 0.035 0.020 0.116 0.025 0.053 0.238 0.101 0.159 0.064 9 G 0.031 0.111 0.109 0.093 0.074 0.103 0.100 0.143 0.070 0.130 0.035 10 N 0.153 0.215 0.103 0.018 0.272 0.008 0.011 0.052 0.036 0.077 0.055 11 A 0.035 0.035 0.008 0.003 0.058 0.005 0.010 0.227 0.524 0.077 0.017 12 A 0.016 0.079 0.033 0.010 0.048 0.030 0.083 0.418 0.216 0.052 0.015 13 E 0.109 0.035 0.011 0.003 0.095 0.006 0.038 0.216 0.093 0.325 0.070 14 V 0.051 0.306 0.083 0.016 0.203 0.036 0.053 0.110 0.040 0.072 0.028 15 N 0.134 0.332 0.167 0.012 0.219 0.005 0.005 0.042 0.013 0.032 0.039 16 L 0.012 0.027 0.005 0.001 0.025 0.002 0.004 0.520 0.364 0.035 0.007 17 D 0.002 0.007 0.004 0.001 0.003 0.006 0.009 0.828 0.124 0.014 0.002 18 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.908 0.056 0.016 0.002 19 L 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.846 0.078 0.051 0.002 20 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.849 0.118 0.009 0.002 21 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.024 0.866 0.087 0.008 0.001 22 E 0.007 0.008 0.006 0.002 0.006 0.003 0.069 0.783 0.063 0.051 0.002 23 L 0.042 0.023 0.007 0.004 0.029 0.007 0.017 0.532 0.170 0.153 0.016 24 G 0.025 0.058 0.014 0.014 0.040 0.020 0.039 0.517 0.233 0.028 0.012 25 P 0.038 0.106 0.055 0.007 0.114 0.008 0.045 0.395 0.174 0.040 0.018 26 I 0.095 0.048 0.014 0.004 0.116 0.010 0.096 0.297 0.114 0.183 0.023 27 M 0.150 0.192 0.076 0.014 0.212 0.014 0.049 0.111 0.056 0.073 0.053 28 G 0.024 0.130 0.190 0.207 0.046 0.065 0.042 0.163 0.078 0.036 0.018 29 D 0.002 0.077 0.110 0.090 0.007 0.059 0.413 0.196 0.036 0.009 0.002 30 N 0.010 0.004 0.007 0.006 0.003 0.003 0.003 0.029 0.023 0.770 0.142 31 E 0.024 0.550 0.010 0.001 0.279 0.003 0.006 0.091 0.022 0.008 0.007 32 Q 0.214 0.063 0.011 0.003 0.360 0.006 0.010 0.253 0.033 0.018 0.027 33 L 0.242 0.045 0.007 0.009 0.269 0.005 0.013 0.326 0.045 0.015 0.023 34 A 0.090 0.035 0.009 0.010 0.166 0.013 0.041 0.578 0.037 0.008 0.013 35 L 0.105 0.044 0.011 0.006 0.117 0.004 0.022 0.597 0.050 0.019 0.025 36 A 0.076 0.020 0.004 0.005 0.074 0.004 0.018 0.696 0.065 0.021 0.019 37 Y 0.050 0.055 0.012 0.005 0.155 0.006 0.014 0.583 0.098 0.010 0.014 38 R 0.069 0.036 0.010 0.007 0.103 0.005 0.056 0.611 0.078 0.012 0.012 39 V 0.158 0.033 0.011 0.010 0.093 0.004 0.111 0.491 0.049 0.023 0.015 40 I 0.125 0.058 0.019 0.019 0.112 0.019 0.074 0.347 0.120 0.067 0.039 41 R 0.059 0.060 0.033 0.034 0.076 0.055 0.089 0.348 0.142 0.062 0.042 42 D 0.075 0.076 0.035 0.027 0.124 0.046 0.083 0.239 0.123 0.121 0.052 43 M 0.199 0.141 0.016 0.006 0.434 0.009 0.026 0.065 0.034 0.034 0.035 44 F 0.170 0.120 0.009 0.002 0.637 0.003 0.008 0.019 0.007 0.005 0.021 45 V 0.334 0.062 0.008 0.001 0.544 0.001 0.005 0.009 0.003 0.003 0.030 46 F 0.407 0.061 0.017 0.021 0.257 0.028 0.026 0.026 0.014 0.042 0.101 47 T 0.067 0.144 0.117 0.139 0.158 0.125 0.071 0.043 0.036 0.049 0.050 48 N 0.251 0.054 0.029 0.047 0.175 0.034 0.026 0.068 0.077 0.137 0.102 49 K 0.061 0.152 0.046 0.041 0.149 0.073 0.092 0.110 0.157 0.087 0.032 50 R 0.203 0.099 0.026 0.016 0.314 0.034 0.067 0.046 0.033 0.083 0.080 51 L 0.263 0.066 0.001 0.001 0.645 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.014 52 I 0.113 0.075 0.003 0.001 0.797 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 53 L 0.538 0.032 0.005 0.001 0.380 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 54 I 0.163 0.131 0.023 0.027 0.404 0.048 0.030 0.038 0.015 0.036 0.084 55 D 0.142 0.180 0.239 0.026 0.274 0.012 0.009 0.031 0.016 0.011 0.060 56 K 0.043 0.033 0.014 0.016 0.048 0.034 0.067 0.421 0.222 0.075 0.027 57 Q 0.017 0.370 0.165 0.090 0.053 0.055 0.076 0.064 0.043 0.051 0.015 58 G 0.076 0.045 0.056 0.076 0.059 0.020 0.014 0.077 0.056 0.290 0.231 59 V 0.157 0.061 0.071 0.045 0.109 0.060 0.068 0.178 0.096 0.092 0.063 60 T 0.021 0.212 0.126 0.158 0.048 0.146 0.129 0.059 0.042 0.042 0.018 61 G 0.074 0.041 0.084 0.201 0.048 0.036 0.014 0.026 0.029 0.301 0.147 62 K 0.094 0.351 0.029 0.006 0.394 0.012 0.016 0.038 0.025 0.018 0.017 63 K 0.240 0.136 0.024 0.003 0.513 0.006 0.010 0.016 0.008 0.009 0.036 64 V 0.380 0.094 0.017 0.010 0.388 0.009 0.011 0.015 0.010 0.015 0.050 65 S 0.220 0.132 0.027 0.010 0.499 0.019 0.025 0.016 0.010 0.011 0.032 66 Y 0.409 0.068 0.018 0.011 0.325 0.015 0.016 0.019 0.015 0.037 0.067 67 H 0.124 0.239 0.065 0.027 0.357 0.031 0.036 0.024 0.018 0.027 0.053 68 S 0.185 0.209 0.091 0.022 0.285 0.012 0.014 0.022 0.018 0.048 0.093 69 V 0.060 0.472 0.181 0.014 0.192 0.008 0.011 0.016 0.013 0.010 0.025 70 P 0.103 0.375 0.132 0.008 0.223 0.010 0.023 0.043 0.029 0.015 0.039 71 Y 0.143 0.124 0.024 0.010 0.177 0.017 0.035 0.168 0.201 0.060 0.040 72 K 0.050 0.105 0.053 0.042 0.110 0.069 0.139 0.206 0.147 0.058 0.021 73 A 0.215 0.072 0.024 0.009 0.263 0.013 0.054 0.084 0.059 0.148 0.059 74 I 0.340 0.101 0.013 0.008 0.374 0.010 0.010 0.029 0.027 0.035 0.052 75 T 0.075 0.238 0.062 0.030 0.300 0.082 0.097 0.053 0.025 0.013 0.025 76 H 0.464 0.033 0.008 0.004 0.345 0.004 0.007 0.013 0.010 0.044 0.069 77 F 0.171 0.189 0.006 0.002 0.597 0.003 0.007 0.006 0.003 0.004 0.012 78 E 0.152 0.137 0.043 0.001 0.598 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.054 79 V 0.401 0.105 0.009 0.003 0.366 0.004 0.004 0.012 0.010 0.016 0.069 80 E 0.136 0.132 0.061 0.045 0.252 0.085 0.100 0.050 0.039 0.048 0.051 81 T 0.240 0.131 0.082 0.030 0.287 0.025 0.032 0.034 0.027 0.048 0.063 82 A 0.115 0.094 0.051 0.109 0.126 0.083 0.069 0.074 0.078 0.135 0.065 83 G 0.045 0.170 0.183 0.158 0.134 0.071 0.039 0.045 0.054 0.061 0.041 84 T 0.252 0.107 0.031 0.013 0.279 0.011 0.030 0.074 0.063 0.078 0.062 85 F 0.084 0.282 0.089 0.018 0.253 0.029 0.051 0.058 0.040 0.042 0.055 86 D 0.262 0.151 0.057 0.009 0.353 0.006 0.007 0.028 0.017 0.024 0.086 87 M 0.046 0.175 0.040 0.018 0.116 0.032 0.065 0.210 0.225 0.055 0.018 88 D 0.272 0.033 0.017 0.009 0.183 0.014 0.027 0.121 0.096 0.140 0.088 89 A 0.058 0.214 0.017 0.008 0.273 0.014 0.024 0.223 0.137 0.020 0.012 90 E 0.233 0.024 0.010 0.012 0.168 0.022 0.122 0.218 0.047 0.090 0.053 91 L 0.254 0.090 0.003 0.002 0.596 0.002 0.002 0.018 0.006 0.007 0.021 92 K 0.204 0.070 0.006 0.004 0.624 0.008 0.019 0.042 0.005 0.003 0.014 93 L 0.267 0.048 0.007 0.001 0.625 0.001 0.002 0.015 0.004 0.003 0.027 94 W 0.416 0.071 0.010 0.008 0.308 0.006 0.050 0.063 0.011 0.012 0.045 95 I 0.193 0.090 0.074 0.022 0.272 0.042 0.036 0.051 0.021 0.033 0.167 96 S 0.044 0.244 0.080 0.164 0.083 0.100 0.061 0.050 0.045 0.087 0.041 97 G 0.024 0.031 0.070 0.280 0.026 0.075 0.029 0.039 0.055 0.279 0.092 98 Q 0.084 0.226 0.095 0.027 0.171 0.024 0.053 0.087 0.096 0.104 0.032 99 K 0.087 0.169 0.085 0.044 0.116 0.045 0.071 0.083 0.079 0.150 0.070 100 D 0.093 0.305 0.162 0.035 0.239 0.015 0.013 0.038 0.028 0.026 0.045 101 P 0.106 0.172 0.042 0.010 0.197 0.016 0.030 0.220 0.135 0.046 0.026 102 L 0.106 0.120 0.038 0.008 0.190 0.018 0.039 0.272 0.115 0.060 0.032 103 V 0.183 0.109 0.019 0.005 0.338 0.008 0.015 0.207 0.057 0.027 0.033 104 K 0.133 0.120 0.026 0.008 0.279 0.011 0.035 0.273 0.066 0.022 0.027 105 E 0.203 0.059 0.021 0.011 0.188 0.013 0.077 0.243 0.054 0.074 0.056 106 L 0.109 0.145 0.081 0.031 0.162 0.026 0.047 0.182 0.065 0.090 0.060 107 K 0.031 0.060 0.072 0.109 0.043 0.081 0.080 0.299 0.116 0.074 0.034 108 K 0.008 0.229 0.156 0.096 0.023 0.066 0.171 0.128 0.054 0.056 0.013 109 G 0.035 0.030 0.030 0.028 0.027 0.009 0.008 0.042 0.038 0.554 0.197 110 T 0.038 0.377 0.058 0.013 0.197 0.025 0.030 0.118 0.077 0.044 0.023 111 D 0.160 0.232 0.065 0.004 0.303 0.007 0.011 0.099 0.026 0.047 0.045 112 V 0.035 0.020 0.006 0.002 0.038 0.003 0.004 0.482 0.332 0.060 0.019 113 V 0.003 0.011 0.005 0.003 0.007 0.008 0.011 0.860 0.085 0.006 0.002 114 G 0.008 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.005 0.885 0.054 0.021 0.004 115 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.067 0.011 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.041 0.001 0.001 117 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.015 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.010 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.071 0.004 0.001 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.867 0.120 0.004 0.001 121 N 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.043 0.833 0.078 0.031 0.001 122 F 0.040 0.052 0.013 0.003 0.058 0.004 0.090 0.613 0.087 0.034 0.007 123 S 0.095 0.070 0.020 0.006 0.132 0.009 0.053 0.403 0.108 0.067 0.037 124 L 0.083 0.071 0.024 0.010 0.099 0.014 0.045 0.403 0.137 0.075 0.037