# TARGET T0446 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0446.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4382 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.511 0.197 0.168 0.080 0.032 0.012 0.001 2 G 0.481 0.271 0.165 0.056 0.019 0.007 0.001 3 L 0.184 0.167 0.177 0.220 0.169 0.076 0.008 4 L 0.215 0.190 0.173 0.202 0.140 0.070 0.010 5 D 0.413 0.266 0.170 0.100 0.035 0.014 0.002 6 A 0.397 0.272 0.173 0.095 0.043 0.016 0.003 7 L 0.147 0.172 0.191 0.208 0.176 0.092 0.013 8 M 0.138 0.133 0.155 0.213 0.204 0.133 0.023 9 G 0.216 0.230 0.197 0.200 0.107 0.044 0.006 10 N 0.292 0.314 0.209 0.113 0.049 0.020 0.003 11 A 0.131 0.120 0.175 0.244 0.216 0.101 0.012 12 A 0.261 0.309 0.195 0.146 0.063 0.024 0.002 13 E 0.221 0.323 0.222 0.143 0.070 0.021 0.001 14 V 0.142 0.130 0.193 0.291 0.187 0.054 0.003 15 N 0.275 0.383 0.201 0.102 0.030 0.008 0.001 16 L 0.238 0.290 0.209 0.181 0.069 0.013 0.001 17 D 0.569 0.270 0.114 0.037 0.008 0.001 0.001 18 E 0.448 0.418 0.093 0.033 0.006 0.001 0.001 19 L 0.053 0.094 0.209 0.328 0.269 0.046 0.001 20 A 0.108 0.249 0.311 0.256 0.061 0.014 0.001 21 Q 0.532 0.322 0.111 0.028 0.006 0.001 0.001 22 E 0.167 0.351 0.294 0.137 0.044 0.007 0.001 23 L 0.015 0.024 0.054 0.172 0.429 0.290 0.015 24 G 0.054 0.181 0.323 0.310 0.106 0.024 0.001 25 P 0.235 0.448 0.215 0.073 0.022 0.006 0.001 26 I 0.034 0.102 0.249 0.352 0.200 0.060 0.003 27 M 0.039 0.068 0.112 0.228 0.362 0.177 0.014 28 G 0.150 0.334 0.251 0.192 0.059 0.012 0.001 29 D 0.581 0.293 0.090 0.026 0.008 0.002 0.001 30 N 0.210 0.353 0.212 0.151 0.052 0.020 0.002 31 E 0.044 0.080 0.151 0.298 0.316 0.105 0.007 32 Q 0.097 0.257 0.283 0.222 0.095 0.040 0.006 33 L 0.025 0.041 0.072 0.151 0.265 0.367 0.078 34 A 0.052 0.130 0.184 0.261 0.212 0.127 0.034 35 L 0.048 0.112 0.154 0.226 0.215 0.175 0.071 36 A 0.040 0.045 0.067 0.110 0.196 0.352 0.191 37 Y 0.036 0.054 0.083 0.172 0.233 0.303 0.118 38 R 0.076 0.157 0.213 0.220 0.167 0.123 0.043 39 V 0.074 0.100 0.138 0.199 0.225 0.206 0.059 40 I 0.081 0.133 0.149 0.195 0.203 0.168 0.071 41 R 0.132 0.191 0.183 0.210 0.132 0.105 0.046 42 D 0.117 0.147 0.174 0.201 0.183 0.137 0.041 43 M 0.074 0.117 0.159 0.203 0.202 0.180 0.065 44 F 0.026 0.036 0.051 0.097 0.185 0.363 0.242 45 V 0.019 0.024 0.033 0.057 0.110 0.396 0.361 46 F 0.021 0.033 0.054 0.121 0.178 0.321 0.271 47 T 0.019 0.033 0.044 0.095 0.177 0.278 0.355 48 N 0.019 0.039 0.062 0.113 0.181 0.294 0.292 49 K 0.031 0.079 0.134 0.195 0.191 0.212 0.158 50 R 0.021 0.050 0.088 0.173 0.246 0.279 0.144 51 L 0.019 0.029 0.042 0.088 0.210 0.387 0.225 52 I 0.031 0.053 0.079 0.139 0.219 0.329 0.151 53 L 0.056 0.085 0.118 0.179 0.222 0.244 0.096 54 I 0.070 0.096 0.152 0.242 0.210 0.176 0.053 55 D 0.193 0.183 0.181 0.162 0.143 0.104 0.034 56 K 0.278 0.212 0.192 0.172 0.088 0.047 0.011 57 Q 0.458 0.241 0.161 0.081 0.038 0.018 0.003 58 G 0.272 0.238 0.214 0.147 0.084 0.040 0.005 59 V 0.151 0.107 0.141 0.210 0.235 0.141 0.015 60 T 0.319 0.295 0.195 0.119 0.050 0.020 0.002 61 G 0.408 0.278 0.149 0.101 0.046 0.016 0.002 62 K 0.246 0.251 0.211 0.168 0.088 0.032 0.004 63 K 0.173 0.159 0.184 0.233 0.164 0.079 0.009 64 V 0.231 0.231 0.205 0.201 0.099 0.030 0.004 65 S 0.355 0.314 0.185 0.098 0.034 0.013 0.002 66 Y 0.145 0.123 0.150 0.220 0.225 0.122 0.014 67 H 0.226 0.221 0.207 0.194 0.096 0.050 0.007 68 S 0.365 0.289 0.178 0.099 0.045 0.021 0.003 69 V 0.182 0.154 0.183 0.215 0.156 0.097 0.013 70 P 0.186 0.228 0.214 0.164 0.120 0.075 0.013 71 Y 0.125 0.135 0.177 0.249 0.195 0.101 0.017 72 K 0.314 0.291 0.192 0.124 0.052 0.022 0.004 73 A 0.168 0.235 0.223 0.192 0.117 0.055 0.010 74 I 0.083 0.070 0.109 0.210 0.284 0.206 0.039 75 T 0.180 0.250 0.227 0.192 0.095 0.047 0.010 76 H 0.172 0.233 0.213 0.193 0.115 0.060 0.014 77 F 0.084 0.084 0.096 0.175 0.239 0.257 0.066 78 E 0.166 0.196 0.204 0.193 0.123 0.087 0.032 79 V 0.163 0.146 0.140 0.180 0.171 0.148 0.052 80 E 0.177 0.168 0.164 0.186 0.150 0.113 0.042 81 T 0.200 0.194 0.174 0.155 0.125 0.103 0.049 82 A 0.158 0.134 0.132 0.171 0.170 0.160 0.074 83 G 0.142 0.164 0.145 0.190 0.171 0.146 0.042 84 T 0.135 0.161 0.199 0.195 0.154 0.116 0.041 85 F 0.062 0.055 0.076 0.135 0.199 0.340 0.133 86 D 0.096 0.143 0.152 0.189 0.186 0.167 0.067 87 M 0.058 0.114 0.132 0.237 0.221 0.176 0.062 88 D 0.127 0.228 0.273 0.182 0.096 0.069 0.026 89 A 0.013 0.043 0.072 0.181 0.316 0.290 0.085 90 E 0.019 0.083 0.171 0.235 0.214 0.184 0.094 91 L 0.002 0.007 0.014 0.049 0.192 0.553 0.183 92 K 0.010 0.052 0.171 0.361 0.254 0.106 0.047 93 L 0.002 0.005 0.008 0.019 0.088 0.531 0.346 94 W 0.009 0.031 0.073 0.174 0.265 0.327 0.120 95 I 0.011 0.022 0.045 0.150 0.319 0.361 0.092 96 S 0.072 0.177 0.281 0.255 0.154 0.055 0.006 97 G 0.295 0.276 0.223 0.128 0.052 0.023 0.002 98 Q 0.453 0.294 0.161 0.063 0.022 0.006 0.001 99 K 0.547 0.270 0.113 0.052 0.015 0.003 0.001 100 D 0.497 0.284 0.126 0.068 0.021 0.004 0.001 101 P 0.545 0.299 0.107 0.037 0.010 0.002 0.001 102 L 0.107 0.132 0.214 0.305 0.201 0.040 0.001 103 V 0.261 0.385 0.202 0.113 0.031 0.007 0.001 104 K 0.233 0.292 0.195 0.190 0.078 0.012 0.001 105 E 0.420 0.357 0.140 0.063 0.017 0.003 0.001 106 L 0.105 0.134 0.211 0.319 0.197 0.033 0.001 107 K 0.483 0.290 0.156 0.057 0.011 0.002 0.001 108 K 0.524 0.300 0.116 0.045 0.012 0.002 0.001 109 G 0.463 0.286 0.155 0.071 0.021 0.004 0.001 110 T 0.367 0.277 0.208 0.109 0.032 0.008 0.001 111 D 0.306 0.360 0.204 0.089 0.032 0.008 0.001 112 V 0.040 0.083 0.167 0.282 0.279 0.139 0.010 113 V 0.072 0.192 0.244 0.275 0.164 0.050 0.004 114 G 0.063 0.222 0.303 0.262 0.113 0.032 0.005 115 I 0.009 0.014 0.028 0.075 0.247 0.506 0.121 116 Q 0.014 0.054 0.117 0.271 0.298 0.200 0.046 117 K 0.055 0.206 0.255 0.258 0.133 0.071 0.022 118 T 0.029 0.062 0.117 0.223 0.270 0.231 0.069 119 I 0.034 0.051 0.058 0.117 0.202 0.364 0.174 120 A 0.093 0.164 0.165 0.236 0.200 0.108 0.033 121 N 0.292 0.270 0.181 0.139 0.071 0.036 0.012 122 F 0.172 0.151 0.165 0.197 0.167 0.120 0.028 123 S 0.288 0.199 0.153 0.141 0.113 0.083 0.024 124 L 0.344 0.196 0.155 0.140 0.103 0.052 0.011