# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.042 0.209 0.177 0.237 0.003 0.090 0.012 0.007 0.023 0.003 0.009 0.042 0.068 0.002 0.007 0.069 2 I 0.040 0.019 0.348 0.206 0.021 0.101 0.072 0.002 0.004 0.003 0.061 0.008 0.086 0.009 0.004 0.016 3 P 0.022 0.190 0.121 0.252 0.007 0.160 0.006 0.074 0.002 0.001 0.034 0.063 0.045 0.004 0.016 0.004 4 D 0.010 0.149 0.049 0.561 0.004 0.032 0.007 0.004 0.066 0.004 0.023 0.014 0.022 0.002 0.004 0.049 5 I 0.086 0.017 0.262 0.549 0.002 0.014 0.005 0.003 0.004 0.001 0.008 0.018 0.020 0.001 0.003 0.008 6 H 0.015 0.044 0.321 0.367 0.011 0.189 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.006 0.018 0.002 0.002 0.008 7 Y 0.009 0.054 0.060 0.598 0.054 0.093 0.007 0.011 0.004 0.002 0.076 0.005 0.018 0.003 0.002 0.006 8 S 0.004 0.064 0.020 0.110 0.050 0.598 0.012 0.031 0.004 0.003 0.018 0.056 0.019 0.006 0.003 0.002 9 N 0.006 0.105 0.017 0.058 0.014 0.073 0.008 0.060 0.012 0.005 0.546 0.018 0.039 0.002 0.024 0.013 10 D 0.030 0.217 0.053 0.071 0.008 0.023 0.014 0.017 0.085 0.019 0.049 0.281 0.040 0.011 0.012 0.072 11 S 0.143 0.028 0.257 0.066 0.006 0.093 0.041 0.016 0.012 0.007 0.034 0.064 0.153 0.011 0.051 0.020 12 K 0.033 0.150 0.324 0.093 0.005 0.051 0.011 0.018 0.009 0.004 0.082 0.023 0.095 0.004 0.028 0.070 13 Y 0.089 0.080 0.166 0.398 0.009 0.027 0.015 0.004 0.020 0.006 0.019 0.063 0.053 0.002 0.004 0.044 14 T 0.033 0.017 0.299 0.230 0.048 0.193 0.054 0.006 0.002 0.002 0.015 0.016 0.069 0.009 0.002 0.006 15 P 0.009 0.212 0.172 0.370 0.004 0.035 0.004 0.064 0.005 0.003 0.054 0.013 0.035 0.001 0.008 0.011 16 S 0.004 0.006 0.005 0.067 0.003 0.761 0.002 0.001 0.014 0.010 0.017 0.062 0.045 0.001 0.001 0.003 17 P 0.009 0.027 0.008 0.015 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.848 0.026 0.050 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.031 0.009 0.030 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.859 0.043 0.001 0.001 0.001 19 A 0.005 0.006 0.106 0.076 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.025 0.743 0.001 0.002 0.012 20 F 0.002 0.013 0.041 0.086 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.795 0.001 0.001 0.018 21 I 0.006 0.008 0.051 0.108 0.014 0.029 0.019 0.002 0.001 0.001 0.023 0.012 0.707 0.015 0.002 0.003 22 R 0.002 0.074 0.040 0.207 0.002 0.039 0.003 0.016 0.002 0.001 0.008 0.026 0.549 0.002 0.013 0.016 23 Q 0.013 0.078 0.064 0.324 0.009 0.014 0.039 0.001 0.025 0.004 0.009 0.007 0.154 0.022 0.003 0.234 24 Y 0.175 0.014 0.350 0.265 0.001 0.035 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.008 0.088 0.001 0.022 0.014 25 R 0.012 0.104 0.414 0.293 0.008 0.059 0.009 0.002 0.006 0.003 0.007 0.005 0.034 0.004 0.001 0.039 26 Y 0.050 0.010 0.024 0.787 0.003 0.054 0.001 0.007 0.001 0.001 0.020 0.020 0.018 0.001 0.002 0.001 27 D 0.004 0.136 0.083 0.404 0.009 0.228 0.003 0.006 0.005 0.002 0.017 0.043 0.048 0.002 0.001 0.009 28 V 0.013 0.042 0.019 0.595 0.013 0.102 0.005 0.007 0.003 0.001 0.107 0.025 0.060 0.002 0.002 0.006 29 T 0.007 0.089 0.092 0.182 0.029 0.258 0.022 0.016 0.006 0.003 0.040 0.123 0.110 0.008 0.005 0.007 30 H 0.011 0.092 0.053 0.241 0.014 0.067 0.016 0.042 0.008 0.005 0.172 0.049 0.182 0.005 0.023 0.020 31 D 0.013 0.054 0.033 0.073 0.017 0.191 0.015 0.014 0.023 0.010 0.066 0.227 0.207 0.016 0.009 0.034 32 L 0.039 0.051 0.060 0.039 0.024 0.030 0.043 0.014 0.006 0.003 0.268 0.060 0.261 0.042 0.026 0.033 33 Q 0.021 0.071 0.083 0.053 0.011 0.049 0.025 0.043 0.009 0.005 0.042 0.222 0.216 0.028 0.099 0.025 34 E 0.032 0.087 0.164 0.085 0.005 0.017 0.025 0.012 0.032 0.008 0.023 0.019 0.156 0.006 0.026 0.305 35 A 0.139 0.027 0.285 0.132 0.011 0.114 0.053 0.005 0.014 0.006 0.020 0.024 0.099 0.008 0.009 0.053 36 E 0.051 0.230 0.343 0.156 0.002 0.080 0.011 0.012 0.003 0.001 0.036 0.011 0.036 0.002 0.007 0.016 37 T 0.021 0.329 0.082 0.472 0.001 0.038 0.002 0.002 0.012 0.001 0.005 0.014 0.008 0.001 0.002 0.012 38 A 0.028 0.044 0.271 0.637 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 39 L 0.004 0.007 0.348 0.637 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.002 0.054 0.928 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 I 0.001 0.007 0.006 0.969 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 W 0.001 0.014 0.003 0.683 0.122 0.166 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.002 0.259 0.010 0.507 0.017 0.068 0.001 0.107 0.004 0.002 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 44 N 0.002 0.032 0.006 0.080 0.028 0.713 0.003 0.009 0.031 0.031 0.035 0.023 0.004 0.001 0.001 0.004 45 A 0.022 0.060 0.010 0.015 0.012 0.093 0.003 0.013 0.002 0.003 0.686 0.057 0.017 0.002 0.003 0.002 46 E 0.006 0.210 0.019 0.030 0.006 0.031 0.005 0.021 0.012 0.004 0.101 0.484 0.033 0.009 0.021 0.007 47 D 0.037 0.059 0.116 0.066 0.001 0.040 0.005 0.012 0.019 0.004 0.050 0.210 0.263 0.002 0.056 0.059 48 D 0.052 0.081 0.284 0.072 0.001 0.018 0.013 0.001 0.008 0.002 0.015 0.024 0.211 0.002 0.003 0.214 49 V 0.080 0.017 0.348 0.179 0.004 0.112 0.015 0.002 0.001 0.001 0.023 0.024 0.183 0.002 0.004 0.005 50 M 0.004 0.176 0.231 0.297 0.003 0.084 0.005 0.005 0.002 0.001 0.022 0.018 0.134 0.001 0.002 0.015 51 Y 0.009 0.034 0.042 0.770 0.005 0.027 0.003 0.003 0.005 0.001 0.013 0.020 0.058 0.002 0.002 0.006 52 Q 0.010 0.036 0.210 0.603 0.003 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 0.006 0.011 0.077 0.001 0.003 0.013 53 T 0.012 0.039 0.120 0.321 0.038 0.263 0.015 0.005 0.005 0.002 0.009 0.008 0.134 0.003 0.001 0.027 54 L 0.006 0.007 0.017 0.036 0.197 0.345 0.073 0.011 0.001 0.002 0.168 0.007 0.072 0.055 0.002 0.001 55 D 0.001 0.164 0.005 0.015 0.002 0.036 0.001 0.399 0.005 0.002 0.081 0.115 0.043 0.001 0.130 0.003 56 G 0.007 0.027 0.007 0.029 0.002 0.017 0.006 0.001 0.220 0.068 0.055 0.131 0.084 0.003 0.002 0.342 57 F 0.321 0.005 0.147 0.011 0.001 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.083 0.357 0.001 0.007 0.004 58 D 0.002 0.031 0.068 0.013 0.001 0.106 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.061 0.651 0.001 0.001 0.009 59 M 0.003 0.008 0.005 0.029 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.091 0.728 0.001 0.001 0.001 60 M 0.001 0.004 0.006 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.163 0.794 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.781 0.175 0.001 0.010 65 M 0.002 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.006 0.004 0.645 0.006 0.302 0.005 66 G 0.001 0.008 0.012 0.005 0.001 0.008 0.009 0.001 0.009 0.011 0.003 0.027 0.489 0.024 0.008 0.383 67 S 0.300 0.015 0.039 0.013 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.026 0.010 0.500 0.007 0.021 0.056 68 S 0.007 0.027 0.228 0.014 0.001 0.080 0.012 0.001 0.002 0.001 0.009 0.037 0.505 0.006 0.007 0.063 69 A 0.016 0.016 0.050 0.015 0.002 0.104 0.008 0.001 0.001 0.001 0.129 0.019 0.615 0.006 0.007 0.010 70 L 0.003 0.279 0.055 0.056 0.001 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.053 0.210 0.287 0.001 0.008 0.027 71 S 0.002 0.003 0.015 0.012 0.001 0.186 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.073 0.678 0.002 0.001 0.011 72 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.009 0.666 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.546 0.398 0.001 0.001 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.960 0.001 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.995 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.990 0.005 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.002 0.002 0.001 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.021 82 F 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.862 0.009 0.002 0.094 83 M 0.005 0.003 0.347 0.011 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.564 0.005 0.012 0.013 84 P 0.002 0.018 0.082 0.031 0.002 0.110 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.680 0.013 0.007 0.025 85 K 0.005 0.034 0.007 0.020 0.003 0.097 0.004 0.003 0.001 0.001 0.204 0.035 0.531 0.015 0.007 0.033 86 A 0.004 0.026 0.015 0.004 0.003 0.028 0.018 0.001 0.001 0.001 0.180 0.149 0.506 0.039 0.012 0.013 87 D 0.003 0.035 0.024 0.004 0.001 0.011 0.008 0.010 0.001 0.001 0.057 0.125 0.617 0.008 0.082 0.014 88 N 0.004 0.009 0.017 0.005 0.001 0.018 0.005 0.001 0.005 0.002 0.037 0.079 0.722 0.004 0.016 0.075 89 W 0.019 0.008 0.039 0.005 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.039 0.052 0.794 0.004 0.004 0.019 90 K 0.004 0.007 0.042 0.009 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.859 0.001 0.003 0.003 91 N 0.001 0.005 0.011 0.015 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.925 0.002 0.001 0.010 92 I 0.003 0.009 0.014 0.032 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.882 0.001 0.003 0.008 93 L 0.001 0.003 0.020 0.017 0.044 0.010 0.085 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.529 0.249 0.001 0.006 94 L 0.004 0.007 0.019 0.021 0.001 0.007 0.003 0.082 0.001 0.001 0.011 0.011 0.580 0.004 0.244 0.004 95 G 0.002 0.008 0.007 0.016 0.002 0.020 0.009 0.001 0.028 0.034 0.014 0.017 0.495 0.009 0.003 0.336 96 K 0.248 0.017 0.031 0.014 0.002 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.056 0.030 0.537 0.003 0.013 0.024 97 W 0.003 0.013 0.094 0.013 0.048 0.057 0.135 0.003 0.001 0.005 0.038 0.099 0.351 0.126 0.004 0.008 98 S 0.008 0.026 0.026 0.025 0.002 0.023 0.004 0.091 0.001 0.001 0.075 0.059 0.508 0.004 0.143 0.004 99 G 0.002 0.023 0.011 0.033 0.001 0.010 0.003 0.001 0.034 0.019 0.034 0.092 0.488 0.001 0.002 0.246 100 W 0.168 0.013 0.087 0.041 0.001 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 0.580 0.004 0.002 0.026 101 I 0.005 0.024 0.313 0.066 0.001 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 0.014 0.017 0.497 0.001 0.005 0.009 102 E 0.007 0.087 0.071 0.199 0.016 0.099 0.016 0.004 0.003 0.003 0.017 0.047 0.390 0.023 0.002 0.018 103 Q 0.027 0.045 0.064 0.374 0.003 0.023 0.006 0.013 0.004 0.001 0.061 0.036 0.300 0.004 0.027 0.012 104 R 0.011 0.070 0.244 0.366 0.001 0.015 0.006 0.002 0.009 0.003 0.004 0.023 0.150 0.002 0.004 0.091 105 I 0.061 0.012 0.251 0.535 0.004 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.075 0.003 0.003 0.013 106 I 0.006 0.040 0.302 0.600 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.007 107 I 0.005 0.018 0.055 0.676 0.015 0.197 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.017 0.001 0.001 0.004 108 P 0.007 0.083 0.063 0.452 0.027 0.228 0.003 0.020 0.001 0.001 0.077 0.008 0.025 0.001 0.001 0.003 109 S 0.003 0.130 0.010 0.184 0.017 0.442 0.004 0.014 0.009 0.004 0.070 0.086 0.022 0.002 0.002 0.003 110 L 0.015 0.126 0.042 0.178 0.006 0.034 0.005 0.013 0.008 0.004 0.364 0.096 0.087 0.002 0.011 0.010 111 S 0.017 0.080 0.085 0.142 0.002 0.090 0.004 0.008 0.009 0.004 0.020 0.324 0.186 0.003 0.007 0.020 112 A 0.020 0.045 0.126 0.169 0.005 0.060 0.014 0.002 0.003 0.001 0.082 0.014 0.406 0.005 0.005 0.041 113 I 0.016 0.104 0.149 0.191 0.007 0.052 0.016 0.007 0.003 0.001 0.022 0.077 0.321 0.006 0.009 0.020 114 S 0.007 0.021 0.063 0.086 0.052 0.177 0.058 0.008 0.004 0.004 0.024 0.027 0.402 0.052 0.008 0.009 115 E 0.013 0.069 0.048 0.100 0.014 0.024 0.018 0.114 0.005 0.003 0.215 0.028 0.212 0.032 0.086 0.018 116 N 0.019 0.079 0.043 0.083 0.018 0.045 0.039 0.013 0.099 0.026 0.023 0.121 0.154 0.029 0.050 0.159 117 M 0.059 0.010 0.097 0.027 0.119 0.015 0.350 0.009 0.003 0.005 0.044 0.008 0.090 0.127 0.014 0.022 118 E 0.040 0.074 0.168 0.084 0.014 0.035 0.054 0.216 0.009 0.005 0.018 0.019 0.050 0.009 0.177 0.027 119 G 0.027 0.030 0.051 0.095 0.032 0.113 0.027 0.024 0.135 0.176 0.068 0.034 0.061 0.018 0.018 0.092 120 N 0.265 0.141 0.104 0.222 0.004 0.012 0.006 0.026 0.027 0.007 0.035 0.063 0.031 0.003 0.014 0.041 121 S 0.052 0.018 0.117 0.116 0.008 0.443 0.017 0.005 0.019 0.013 0.022 0.065 0.084 0.003 0.006 0.013 122 P 0.028 0.132 0.141 0.082 0.016 0.067 0.006 0.018 0.002 0.002 0.383 0.029 0.072 0.003 0.005 0.015 123 S 0.010 0.072 0.017 0.099 0.026 0.160 0.017 0.015 0.013 0.006 0.051 0.432 0.056 0.015 0.006 0.005 124 Q 0.014 0.054 0.131 0.073 0.015 0.037 0.046 0.026 0.007 0.003 0.205 0.056 0.253 0.013 0.044 0.023 125 N 0.023 0.107 0.074 0.116 0.003 0.051 0.010 0.035 0.026 0.012 0.043 0.178 0.221 0.005 0.030 0.067 126 H 0.086 0.045 0.153 0.124 0.006 0.051 0.036 0.003 0.025 0.008 0.048 0.034 0.257 0.013 0.008 0.104 127 L 0.051 0.056 0.393 0.138 0.007 0.033 0.023 0.008 0.002 0.002 0.036 0.036 0.171 0.005 0.018 0.019 128 S 0.011 0.070 0.132 0.134 0.057 0.235 0.050 0.014 0.007 0.007 0.021 0.053 0.152 0.034 0.006 0.019 129 A 0.027 0.061 0.067 0.166 0.034 0.058 0.036 0.055 0.007 0.004 0.264 0.021 0.127 0.016 0.036 0.020