# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.038 0.013 0.001 0.030 0.027 0.049 0.115 0.002 0.001 0.025 0.699 2 I 0.129 0.013 0.002 0.019 0.036 0.037 0.127 0.005 0.001 0.061 0.570 3 P 0.041 0.021 0.001 0.041 0.059 0.091 0.139 0.003 0.001 0.043 0.561 4 D 0.026 0.010 0.001 0.052 0.041 0.135 0.108 0.002 0.001 0.063 0.562 5 I 0.009 0.003 0.001 0.085 0.097 0.157 0.137 0.001 0.001 0.060 0.450 6 H 0.017 0.011 0.002 0.093 0.107 0.200 0.086 0.002 0.001 0.048 0.433 7 Y 0.057 0.005 0.003 0.046 0.068 0.089 0.108 0.003 0.001 0.136 0.482 8 S 0.135 0.009 0.004 0.080 0.052 0.061 0.117 0.004 0.001 0.113 0.423 9 N 0.084 0.017 0.002 0.058 0.027 0.042 0.105 0.005 0.001 0.034 0.625 10 D 0.061 0.005 0.003 0.029 0.025 0.033 0.115 0.004 0.001 0.058 0.668 11 S 0.041 0.006 0.002 0.076 0.084 0.081 0.141 0.002 0.001 0.072 0.495 12 K 0.011 0.008 0.001 0.074 0.042 0.069 0.111 0.002 0.001 0.055 0.629 13 Y 0.021 0.006 0.001 0.041 0.056 0.055 0.158 0.002 0.001 0.058 0.602 14 T 0.024 0.040 0.001 0.045 0.062 0.081 0.141 0.002 0.001 0.067 0.537 15 P 0.019 0.167 0.001 0.018 0.015 0.029 0.093 0.004 0.001 0.056 0.598 16 S 0.089 0.586 0.003 0.016 0.014 0.023 0.048 0.011 0.001 0.057 0.154 17 P 0.041 0.769 0.002 0.007 0.006 0.019 0.026 0.011 0.001 0.026 0.094 18 A 0.058 0.575 0.005 0.018 0.017 0.049 0.032 0.007 0.002 0.088 0.149 19 A 0.064 0.371 0.019 0.044 0.058 0.131 0.040 0.007 0.003 0.097 0.165 20 F 0.067 0.167 0.023 0.038 0.085 0.189 0.059 0.011 0.006 0.120 0.237 21 I 0.274 0.059 0.024 0.031 0.084 0.108 0.058 0.016 0.009 0.100 0.238 22 R 0.075 0.034 0.005 0.033 0.144 0.196 0.087 0.004 0.002 0.044 0.375 23 Q 0.025 0.014 0.003 0.024 0.038 0.095 0.094 0.002 0.001 0.044 0.660 24 Y 0.013 0.012 0.001 0.059 0.189 0.177 0.140 0.002 0.001 0.033 0.374 25 R 0.015 0.017 0.002 0.060 0.078 0.123 0.106 0.002 0.001 0.098 0.498 26 Y 0.009 0.015 0.001 0.074 0.180 0.124 0.109 0.001 0.001 0.058 0.427 27 D 0.051 0.100 0.003 0.134 0.075 0.108 0.067 0.008 0.001 0.099 0.353 28 V 0.052 0.069 0.003 0.057 0.058 0.081 0.098 0.010 0.001 0.080 0.490 29 T 0.098 0.122 0.006 0.059 0.044 0.069 0.077 0.008 0.002 0.085 0.431 30 H 0.084 0.121 0.006 0.023 0.036 0.053 0.071 0.006 0.001 0.055 0.541 31 D 0.122 0.155 0.005 0.014 0.018 0.032 0.096 0.009 0.002 0.045 0.503 32 L 0.157 0.078 0.009 0.005 0.015 0.022 0.092 0.007 0.004 0.064 0.547 33 Q 0.053 0.017 0.014 0.010 0.026 0.047 0.129 0.003 0.003 0.174 0.524 34 E 0.084 0.014 0.006 0.011 0.013 0.028 0.126 0.003 0.001 0.101 0.613 35 A 0.093 0.017 0.003 0.020 0.024 0.035 0.151 0.004 0.001 0.067 0.585 36 E 0.009 0.010 0.002 0.032 0.018 0.065 0.127 0.002 0.001 0.050 0.684 37 T 0.005 0.008 0.001 0.128 0.063 0.185 0.113 0.001 0.001 0.083 0.413 38 A 0.002 0.003 0.001 0.374 0.121 0.209 0.047 0.001 0.001 0.089 0.155 39 L 0.001 0.004 0.001 0.526 0.159 0.174 0.019 0.001 0.001 0.039 0.077 40 L 0.002 0.004 0.001 0.554 0.125 0.150 0.017 0.001 0.001 0.064 0.083 41 I 0.003 0.004 0.001 0.662 0.090 0.105 0.019 0.001 0.001 0.029 0.086 42 W 0.012 0.007 0.001 0.395 0.131 0.173 0.046 0.001 0.001 0.085 0.148 43 R 0.006 0.008 0.004 0.196 0.107 0.126 0.109 0.002 0.001 0.059 0.382 44 N 0.235 0.127 0.006 0.046 0.047 0.054 0.078 0.014 0.001 0.071 0.320 45 A 0.371 0.251 0.002 0.007 0.010 0.013 0.048 0.019 0.001 0.031 0.246 46 E 0.054 0.431 0.005 0.004 0.008 0.020 0.061 0.005 0.001 0.044 0.366 47 D 0.030 0.378 0.005 0.013 0.027 0.098 0.059 0.006 0.001 0.063 0.321 48 D 0.108 0.301 0.005 0.018 0.051 0.122 0.054 0.010 0.001 0.115 0.214 49 V 0.038 0.067 0.008 0.026 0.166 0.165 0.060 0.004 0.002 0.210 0.254 50 M 0.023 0.108 0.004 0.034 0.163 0.288 0.043 0.004 0.001 0.057 0.276 51 Y 0.175 0.088 0.004 0.028 0.074 0.095 0.064 0.004 0.001 0.115 0.353 52 Q 0.009 0.022 0.007 0.048 0.177 0.146 0.104 0.002 0.001 0.048 0.435 53 T 0.093 0.136 0.006 0.023 0.047 0.092 0.075 0.006 0.001 0.064 0.456 54 L 0.401 0.167 0.003 0.016 0.018 0.013 0.058 0.010 0.001 0.047 0.267 55 D 0.041 0.418 0.002 0.007 0.013 0.018 0.068 0.003 0.001 0.026 0.405 56 G 0.018 0.663 0.001 0.007 0.005 0.018 0.027 0.002 0.001 0.022 0.237 57 F 0.013 0.731 0.002 0.012 0.013 0.021 0.031 0.004 0.001 0.039 0.133 58 D 0.014 0.898 0.001 0.004 0.010 0.018 0.005 0.003 0.001 0.019 0.027 59 M 0.019 0.878 0.001 0.005 0.009 0.014 0.005 0.002 0.001 0.037 0.030 60 M 0.008 0.923 0.002 0.003 0.009 0.016 0.003 0.002 0.001 0.013 0.021 61 L 0.020 0.900 0.003 0.003 0.008 0.021 0.004 0.006 0.001 0.014 0.021 62 L 0.114 0.584 0.018 0.010 0.028 0.031 0.016 0.013 0.006 0.082 0.097 63 E 0.130 0.185 0.026 0.013 0.063 0.074 0.049 0.008 0.007 0.177 0.268 64 I 0.083 0.055 0.024 0.019 0.037 0.048 0.086 0.007 0.007 0.224 0.411 65 M 0.093 0.026 0.014 0.016 0.024 0.022 0.125 0.006 0.004 0.064 0.605 66 G 0.037 0.018 0.003 0.007 0.012 0.017 0.095 0.002 0.001 0.020 0.788 67 S 0.052 0.021 0.002 0.006 0.003 0.005 0.062 0.002 0.001 0.028 0.819 68 S 0.089 0.111 0.001 0.024 0.009 0.013 0.099 0.005 0.001 0.032 0.617 69 A 0.028 0.050 0.001 0.013 0.003 0.006 0.100 0.002 0.001 0.048 0.750 70 L 0.006 0.036 0.001 0.084 0.023 0.037 0.135 0.001 0.001 0.158 0.519 71 S 0.011 0.570 0.001 0.033 0.003 0.007 0.026 0.002 0.001 0.137 0.210 72 F 0.022 0.897 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.029 0.033 73 D 0.015 0.800 0.001 0.003 0.002 0.004 0.012 0.003 0.001 0.099 0.059 74 T 0.009 0.289 0.003 0.009 0.002 0.006 0.016 0.003 0.001 0.599 0.062 75 L 0.014 0.796 0.007 0.004 0.003 0.003 0.011 0.007 0.001 0.105 0.049 76 A 0.017 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.014 77 Q 0.015 0.806 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.003 0.076 0.073 78 T 0.048 0.791 0.020 0.001 0.001 0.002 0.016 0.009 0.005 0.034 0.073 79 L 0.235 0.471 0.021 0.004 0.001 0.003 0.019 0.093 0.017 0.026 0.108 80 V 0.417 0.073 0.010 0.004 0.002 0.003 0.055 0.011 0.008 0.070 0.347 81 E 0.015 0.058 0.002 0.007 0.003 0.007 0.072 0.001 0.001 0.028 0.806 82 F 0.015 0.117 0.002 0.008 0.001 0.003 0.084 0.003 0.001 0.041 0.724 83 M 0.123 0.159 0.010 0.017 0.006 0.005 0.150 0.025 0.007 0.121 0.376 84 P 0.152 0.149 0.013 0.014 0.003 0.004 0.073 0.017 0.011 0.120 0.445 85 K 0.254 0.239 0.005 0.011 0.001 0.002 0.038 0.022 0.003 0.029 0.396 86 A 0.236 0.346 0.004 0.005 0.001 0.002 0.045 0.019 0.002 0.030 0.310 87 D 0.061 0.220 0.009 0.006 0.002 0.003 0.067 0.006 0.002 0.095 0.529 88 N 0.015 0.660 0.003 0.008 0.003 0.005 0.039 0.002 0.001 0.036 0.229 89 W 0.015 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.008 0.062 90 K 0.023 0.908 0.002 0.003 0.003 0.005 0.007 0.004 0.001 0.012 0.033 91 N 0.036 0.660 0.009 0.010 0.006 0.030 0.022 0.005 0.003 0.083 0.136 92 I 0.080 0.462 0.007 0.046 0.023 0.040 0.042 0.005 0.002 0.105 0.188 93 L 0.106 0.646 0.003 0.011 0.013 0.017 0.025 0.008 0.001 0.035 0.134 94 L 0.060 0.294 0.008 0.017 0.022 0.030 0.055 0.005 0.002 0.254 0.253 95 G 0.026 0.361 0.012 0.033 0.012 0.025 0.064 0.006 0.003 0.143 0.314 96 K 0.068 0.591 0.004 0.008 0.018 0.015 0.033 0.010 0.001 0.067 0.185 97 W 0.049 0.753 0.004 0.004 0.008 0.009 0.019 0.010 0.001 0.027 0.116 98 S 0.035 0.589 0.004 0.002 0.007 0.017 0.034 0.003 0.001 0.077 0.231 99 G 0.053 0.473 0.020 0.020 0.012 0.025 0.053 0.008 0.003 0.109 0.224 100 W 0.116 0.145 0.065 0.016 0.022 0.046 0.074 0.014 0.013 0.264 0.225 101 I 0.350 0.085 0.018 0.049 0.026 0.047 0.065 0.012 0.004 0.105 0.240 102 E 0.052 0.035 0.006 0.058 0.019 0.067 0.091 0.003 0.001 0.057 0.611 103 Q 0.006 0.005 0.001 0.130 0.050 0.150 0.131 0.001 0.001 0.035 0.491 104 R 0.008 0.003 0.001 0.328 0.134 0.175 0.072 0.001 0.001 0.051 0.227 105 I 0.002 0.001 0.001 0.393 0.212 0.132 0.052 0.001 0.001 0.034 0.172 106 I 0.004 0.004 0.001 0.398 0.131 0.089 0.049 0.001 0.001 0.028 0.294 107 I 0.104 0.009 0.003 0.227 0.092 0.070 0.072 0.004 0.001 0.149 0.270 108 P 0.023 0.019 0.001 0.164 0.031 0.037 0.142 0.003 0.001 0.086 0.494 109 S 0.053 0.116 0.002 0.043 0.015 0.042 0.136 0.010 0.001 0.051 0.533 110 L 0.082 0.064 0.003 0.033 0.017 0.044 0.144 0.009 0.001 0.176 0.429 111 S 0.028 0.083 0.005 0.065 0.030 0.064 0.129 0.006 0.002 0.157 0.432 112 A 0.027 0.057 0.012 0.068 0.056 0.108 0.087 0.007 0.003 0.214 0.360 113 I 0.197 0.073 0.007 0.043 0.039 0.054 0.102 0.019 0.003 0.073 0.391 114 S 0.303 0.053 0.005 0.016 0.026 0.039 0.076 0.007 0.002 0.073 0.400 115 E 0.031 0.019 0.006 0.022 0.012 0.027 0.116 0.004 0.002 0.040 0.720 116 N 0.156 0.019 0.009 0.029 0.022 0.035 0.154 0.007 0.002 0.087 0.480 117 M 0.204 0.012 0.002 0.032 0.018 0.022 0.138 0.009 0.001 0.052 0.509 118 E 0.036 0.007 0.001 0.022 0.014 0.024 0.162 0.002 0.001 0.046 0.686 119 G 0.006 0.005 0.001 0.032 0.014 0.031 0.159 0.001 0.001 0.044 0.706 120 N 0.025 0.016 0.001 0.041 0.023 0.031 0.167 0.003 0.001 0.058 0.634 121 S 0.262 0.044 0.005 0.037 0.020 0.021 0.101 0.017 0.002 0.136 0.355 122 P 0.103 0.050 0.004 0.026 0.014 0.020 0.144 0.011 0.002 0.073 0.554 123 S 0.167 0.095 0.004 0.025 0.011 0.027 0.093 0.010 0.001 0.044 0.523 124 Q 0.084 0.030 0.004 0.023 0.014 0.031 0.131 0.005 0.001 0.097 0.579 125 N 0.048 0.036 0.004 0.065 0.035 0.061 0.148 0.005 0.001 0.077 0.518 126 H 0.071 0.018 0.005 0.030 0.035 0.062 0.123 0.004 0.002 0.077 0.572 127 L 0.023 0.006 0.002 0.033 0.068 0.089 0.155 0.002 0.001 0.037 0.584 128 S 0.089 0.017 0.002 0.023 0.030 0.058 0.102 0.003 0.001 0.041 0.634 129 A 0.041 0.009 0.001 0.020 0.028 0.044 0.154 0.002 0.001 0.031 0.669