# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.002 0.033 0.360 0.005 0.020 0.012 0.001 0.001 0.006 0.336 0.185 0.016 0.024 2 I 0.002 0.024 0.600 0.004 0.020 0.013 0.001 0.001 0.006 0.221 0.079 0.012 0.017 3 P 0.003 0.027 0.394 0.018 0.116 0.037 0.001 0.001 0.010 0.130 0.224 0.014 0.025 4 D 0.009 0.031 0.305 0.015 0.127 0.046 0.003 0.003 0.022 0.158 0.191 0.049 0.041 5 I 0.029 0.033 0.363 0.014 0.100 0.049 0.009 0.006 0.034 0.096 0.060 0.032 0.174 6 H 0.053 0.056 0.258 0.015 0.039 0.038 0.014 0.010 0.063 0.075 0.051 0.258 0.070 7 Y 0.038 0.075 0.280 0.008 0.031 0.032 0.012 0.010 0.057 0.078 0.049 0.051 0.277 8 S 0.011 0.036 0.460 0.023 0.024 0.018 0.005 0.005 0.034 0.147 0.102 0.083 0.051 9 N 0.004 0.023 0.331 0.013 0.037 0.019 0.002 0.002 0.010 0.213 0.278 0.023 0.046 10 D 0.003 0.021 0.305 0.008 0.077 0.026 0.001 0.001 0.006 0.208 0.297 0.017 0.030 11 S 0.004 0.013 0.257 0.011 0.111 0.029 0.001 0.001 0.004 0.250 0.276 0.017 0.025 12 K 0.006 0.028 0.312 0.005 0.093 0.034 0.002 0.002 0.009 0.198 0.247 0.037 0.028 13 Y 0.006 0.051 0.399 0.004 0.063 0.026 0.002 0.002 0.009 0.206 0.153 0.013 0.065 14 T 0.003 0.034 0.501 0.004 0.013 0.014 0.001 0.001 0.010 0.243 0.056 0.101 0.019 15 P 0.002 0.052 0.507 0.003 0.010 0.026 0.001 0.001 0.006 0.216 0.087 0.011 0.080 16 S 0.001 0.026 0.636 0.007 0.010 0.040 0.001 0.001 0.003 0.198 0.038 0.027 0.013 17 P 0.002 0.009 0.254 0.006 0.075 0.467 0.001 0.001 0.003 0.064 0.079 0.006 0.035 18 A 0.004 0.006 0.060 0.007 0.138 0.657 0.001 0.001 0.002 0.024 0.074 0.014 0.013 19 A 0.016 0.004 0.033 0.006 0.125 0.719 0.002 0.001 0.003 0.013 0.028 0.015 0.034 20 F 0.044 0.006 0.033 0.010 0.068 0.709 0.004 0.001 0.005 0.012 0.033 0.023 0.052 21 I 0.064 0.004 0.027 0.017 0.064 0.702 0.005 0.001 0.005 0.009 0.038 0.019 0.047 22 R 0.048 0.004 0.035 0.025 0.056 0.647 0.003 0.001 0.004 0.017 0.085 0.040 0.035 23 Q 0.054 0.004 0.056 0.013 0.052 0.554 0.004 0.001 0.007 0.027 0.094 0.031 0.105 24 Y 0.039 0.005 0.134 0.020 0.027 0.450 0.004 0.001 0.012 0.061 0.112 0.072 0.064 25 R 0.030 0.010 0.202 0.013 0.023 0.360 0.004 0.001 0.023 0.068 0.126 0.070 0.070 26 Y 0.018 0.014 0.278 0.013 0.027 0.311 0.003 0.002 0.023 0.097 0.087 0.042 0.085 27 D 0.012 0.013 0.331 0.018 0.026 0.214 0.002 0.003 0.028 0.139 0.082 0.076 0.056 28 V 0.013 0.017 0.252 0.006 0.045 0.243 0.004 0.003 0.037 0.102 0.124 0.027 0.127 29 T 0.008 0.020 0.316 0.015 0.064 0.262 0.003 0.002 0.023 0.094 0.116 0.034 0.042 30 H 0.005 0.014 0.266 0.006 0.053 0.303 0.001 0.001 0.015 0.160 0.109 0.035 0.031 31 D 0.002 0.012 0.316 0.004 0.043 0.397 0.001 0.001 0.007 0.100 0.080 0.010 0.029 32 L 0.001 0.004 0.055 0.001 0.048 0.817 0.001 0.001 0.001 0.026 0.036 0.003 0.007 33 Q 0.001 0.003 0.041 0.002 0.056 0.796 0.001 0.001 0.001 0.019 0.069 0.006 0.006 34 E 0.002 0.003 0.035 0.001 0.057 0.798 0.001 0.001 0.001 0.013 0.070 0.003 0.015 35 A 0.002 0.002 0.039 0.004 0.034 0.828 0.001 0.001 0.001 0.018 0.059 0.005 0.007 36 E 0.005 0.002 0.043 0.007 0.036 0.758 0.001 0.001 0.001 0.030 0.099 0.006 0.013 37 T 0.024 0.002 0.063 0.014 0.035 0.681 0.001 0.001 0.004 0.034 0.069 0.018 0.053 38 A 0.089 0.002 0.041 0.013 0.017 0.652 0.007 0.003 0.011 0.023 0.025 0.044 0.073 39 L 0.186 0.002 0.028 0.018 0.012 0.536 0.022 0.014 0.020 0.010 0.021 0.064 0.067 40 L 0.285 0.002 0.017 0.022 0.014 0.437 0.034 0.022 0.021 0.006 0.022 0.048 0.070 41 I 0.243 0.002 0.026 0.019 0.023 0.475 0.030 0.012 0.022 0.012 0.040 0.041 0.055 42 W 0.154 0.006 0.075 0.016 0.055 0.391 0.013 0.006 0.022 0.035 0.082 0.048 0.097 43 R 0.054 0.013 0.189 0.011 0.039 0.187 0.005 0.002 0.021 0.140 0.150 0.100 0.088 44 N 0.006 0.015 0.418 0.004 0.022 0.084 0.001 0.001 0.008 0.215 0.150 0.018 0.058 45 A 0.001 0.011 0.352 0.003 0.049 0.208 0.001 0.001 0.004 0.191 0.159 0.011 0.011 46 E 0.001 0.008 0.145 0.004 0.110 0.285 0.001 0.001 0.002 0.098 0.335 0.005 0.008 47 D 0.001 0.007 0.094 0.004 0.156 0.420 0.001 0.001 0.002 0.097 0.208 0.004 0.007 48 D 0.005 0.010 0.152 0.013 0.126 0.440 0.001 0.001 0.007 0.107 0.102 0.013 0.022 49 V 0.037 0.016 0.115 0.015 0.099 0.438 0.006 0.005 0.022 0.047 0.055 0.037 0.108 50 M 0.074 0.015 0.076 0.025 0.088 0.428 0.016 0.009 0.035 0.026 0.050 0.052 0.106 51 Y 0.091 0.009 0.066 0.029 0.104 0.438 0.013 0.008 0.020 0.025 0.054 0.050 0.094 52 Q 0.058 0.010 0.076 0.019 0.070 0.425 0.008 0.004 0.019 0.040 0.118 0.098 0.055 53 T 0.029 0.017 0.152 0.008 0.062 0.342 0.005 0.003 0.015 0.066 0.157 0.023 0.120 54 L 0.009 0.009 0.256 0.017 0.048 0.277 0.002 0.001 0.009 0.159 0.128 0.058 0.027 55 D 0.003 0.006 0.120 0.008 0.045 0.227 0.001 0.001 0.003 0.193 0.352 0.017 0.026 56 G 0.003 0.009 0.110 0.005 0.050 0.202 0.001 0.001 0.003 0.126 0.462 0.007 0.022 57 F 0.005 0.010 0.319 0.008 0.035 0.331 0.001 0.001 0.010 0.145 0.098 0.019 0.018 58 D 0.012 0.011 0.231 0.016 0.033 0.377 0.003 0.002 0.017 0.129 0.077 0.032 0.060 59 M 0.047 0.007 0.071 0.022 0.042 0.585 0.008 0.011 0.024 0.038 0.036 0.026 0.083 60 M 0.100 0.003 0.021 0.043 0.025 0.644 0.021 0.017 0.023 0.018 0.014 0.040 0.030 61 L 0.161 0.002 0.012 0.010 0.022 0.556 0.045 0.034 0.029 0.006 0.014 0.017 0.092 62 L 0.152 0.002 0.024 0.033 0.031 0.601 0.023 0.020 0.013 0.007 0.029 0.031 0.034 63 E 0.111 0.003 0.025 0.011 0.046 0.650 0.013 0.008 0.013 0.012 0.045 0.035 0.029 64 I 0.053 0.005 0.066 0.010 0.053 0.566 0.007 0.006 0.018 0.036 0.084 0.019 0.077 65 M 0.016 0.007 0.129 0.022 0.034 0.338 0.003 0.002 0.014 0.120 0.262 0.031 0.021 66 G 0.003 0.007 0.202 0.005 0.018 0.146 0.001 0.001 0.008 0.217 0.363 0.010 0.019 67 S 0.002 0.008 0.332 0.007 0.037 0.186 0.001 0.001 0.007 0.220 0.167 0.014 0.018 68 S 0.004 0.011 0.201 0.006 0.077 0.220 0.001 0.002 0.014 0.186 0.232 0.020 0.026 69 A 0.007 0.022 0.169 0.007 0.119 0.316 0.003 0.004 0.020 0.119 0.162 0.013 0.039 70 L 0.013 0.033 0.237 0.013 0.077 0.287 0.006 0.007 0.040 0.119 0.092 0.041 0.037 71 S 0.009 0.029 0.330 0.011 0.045 0.267 0.004 0.004 0.025 0.118 0.080 0.021 0.058 72 F 0.003 0.008 0.109 0.005 0.044 0.687 0.001 0.001 0.007 0.061 0.053 0.007 0.014 73 D 0.002 0.003 0.034 0.004 0.050 0.808 0.001 0.001 0.002 0.029 0.057 0.005 0.006 74 T 0.003 0.003 0.030 0.002 0.069 0.806 0.001 0.001 0.002 0.017 0.048 0.004 0.016 75 L 0.003 0.002 0.021 0.003 0.043 0.879 0.001 0.001 0.002 0.011 0.025 0.003 0.007 76 A 0.003 0.001 0.012 0.003 0.041 0.896 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.002 0.004 77 Q 0.005 0.001 0.010 0.005 0.059 0.858 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.003 0.007 78 T 0.015 0.002 0.020 0.007 0.040 0.818 0.001 0.001 0.003 0.022 0.044 0.010 0.019 79 L 0.028 0.002 0.040 0.005 0.030 0.772 0.003 0.002 0.008 0.014 0.042 0.014 0.039 80 V 0.032 0.003 0.045 0.020 0.039 0.729 0.004 0.002 0.007 0.015 0.062 0.023 0.020 81 E 0.020 0.004 0.042 0.005 0.034 0.678 0.002 0.001 0.008 0.028 0.130 0.030 0.018 82 F 0.015 0.013 0.102 0.004 0.045 0.539 0.002 0.002 0.011 0.069 0.126 0.009 0.063 83 M 0.005 0.012 0.509 0.004 0.014 0.120 0.001 0.001 0.017 0.187 0.049 0.059 0.020 84 P 0.002 0.015 0.470 0.003 0.052 0.102 0.001 0.001 0.009 0.137 0.160 0.009 0.040 85 K 0.001 0.014 0.216 0.002 0.120 0.168 0.001 0.001 0.004 0.119 0.343 0.006 0.006 86 A 0.001 0.008 0.209 0.002 0.184 0.209 0.001 0.001 0.003 0.146 0.227 0.004 0.006 87 D 0.001 0.012 0.132 0.002 0.156 0.197 0.001 0.001 0.002 0.152 0.333 0.005 0.008 88 N 0.001 0.024 0.249 0.004 0.108 0.138 0.001 0.001 0.003 0.170 0.280 0.007 0.014 89 W 0.003 0.016 0.212 0.006 0.108 0.439 0.001 0.001 0.006 0.093 0.095 0.006 0.015 90 K 0.006 0.011 0.116 0.018 0.132 0.420 0.002 0.001 0.008 0.070 0.184 0.016 0.016 91 N 0.024 0.012 0.116 0.010 0.122 0.432 0.004 0.005 0.012 0.044 0.104 0.020 0.096 92 I 0.077 0.012 0.082 0.021 0.072 0.452 0.016 0.013 0.035 0.034 0.031 0.090 0.065 93 L 0.119 0.012 0.055 0.018 0.052 0.385 0.033 0.027 0.052 0.027 0.049 0.047 0.125 94 L 0.050 0.013 0.084 0.047 0.065 0.358 0.012 0.009 0.025 0.043 0.205 0.042 0.048 95 G 0.017 0.008 0.147 0.016 0.032 0.181 0.003 0.004 0.014 0.178 0.322 0.030 0.048 96 K 0.015 0.013 0.269 0.011 0.049 0.246 0.002 0.002 0.013 0.146 0.142 0.041 0.051 97 W 0.015 0.015 0.177 0.008 0.051 0.332 0.003 0.002 0.019 0.123 0.131 0.041 0.082 98 S 0.008 0.009 0.144 0.020 0.058 0.390 0.002 0.002 0.007 0.123 0.182 0.018 0.038 99 G 0.008 0.009 0.125 0.015 0.043 0.371 0.001 0.002 0.007 0.155 0.188 0.049 0.026 100 W 0.031 0.014 0.145 0.015 0.068 0.412 0.003 0.002 0.008 0.064 0.070 0.029 0.139 101 I 0.053 0.012 0.092 0.030 0.079 0.422 0.007 0.003 0.013 0.045 0.087 0.074 0.083 102 E 0.069 0.010 0.110 0.077 0.086 0.307 0.009 0.002 0.010 0.045 0.130 0.045 0.099 103 Q 0.086 0.008 0.122 0.043 0.082 0.259 0.007 0.002 0.014 0.063 0.114 0.105 0.095 104 R 0.130 0.006 0.136 0.056 0.052 0.145 0.014 0.004 0.020 0.062 0.069 0.078 0.227 105 I 0.159 0.008 0.097 0.012 0.018 0.080 0.034 0.011 0.060 0.045 0.042 0.306 0.130 106 I 0.109 0.029 0.162 0.016 0.015 0.086 0.037 0.019 0.071 0.057 0.062 0.042 0.294 107 I 0.017 0.016 0.514 0.013 0.006 0.049 0.004 0.004 0.045 0.104 0.022 0.175 0.031 108 P 0.006 0.012 0.465 0.014 0.026 0.080 0.003 0.002 0.040 0.130 0.105 0.018 0.101 109 S 0.005 0.019 0.333 0.014 0.085 0.134 0.002 0.002 0.021 0.153 0.164 0.030 0.038 110 L 0.007 0.010 0.216 0.008 0.150 0.381 0.002 0.002 0.021 0.082 0.068 0.012 0.041 111 S 0.008 0.011 0.119 0.013 0.189 0.468 0.002 0.002 0.014 0.052 0.078 0.024 0.020 112 A 0.011 0.017 0.085 0.005 0.176 0.509 0.003 0.004 0.018 0.031 0.075 0.016 0.051 113 I 0.014 0.019 0.136 0.008 0.150 0.491 0.003 0.003 0.013 0.039 0.071 0.013 0.040 114 S 0.009 0.010 0.149 0.011 0.155 0.473 0.002 0.001 0.007 0.043 0.099 0.023 0.018 115 E 0.004 0.009 0.070 0.005 0.145 0.389 0.001 0.001 0.004 0.037 0.311 0.010 0.015 116 N 0.003 0.017 0.119 0.005 0.139 0.325 0.001 0.001 0.003 0.077 0.289 0.005 0.017 117 M 0.003 0.014 0.360 0.003 0.068 0.177 0.001 0.001 0.009 0.177 0.150 0.021 0.017 118 E 0.002 0.013 0.269 0.003 0.063 0.090 0.001 0.001 0.006 0.128 0.394 0.008 0.022 119 G 0.001 0.015 0.191 0.002 0.035 0.037 0.001 0.001 0.004 0.179 0.519 0.009 0.006 120 N 0.001 0.021 0.385 0.001 0.015 0.023 0.001 0.001 0.006 0.379 0.155 0.005 0.009 121 S 0.001 0.028 0.660 0.001 0.008 0.018 0.001 0.001 0.006 0.219 0.040 0.008 0.010 122 P 0.001 0.035 0.442 0.003 0.046 0.073 0.001 0.001 0.006 0.172 0.199 0.006 0.017 123 S 0.001 0.025 0.356 0.004 0.088 0.113 0.001 0.001 0.004 0.154 0.237 0.008 0.010 124 Q 0.002 0.012 0.194 0.005 0.220 0.207 0.001 0.001 0.002 0.126 0.212 0.006 0.012 125 N 0.003 0.016 0.195 0.005 0.205 0.180 0.001 0.001 0.003 0.108 0.259 0.011 0.013 126 H 0.009 0.022 0.232 0.005 0.206 0.212 0.002 0.001 0.005 0.101 0.154 0.016 0.035 127 L 0.013 0.033 0.385 0.005 0.071 0.153 0.003 0.001 0.011 0.132 0.108 0.033 0.052 128 S 0.009 0.032 0.529 0.006 0.041 0.092 0.002 0.001 0.010 0.111 0.087 0.038 0.043 129 A 0.005 0.022 0.576 0.006 0.036 0.088 0.001 0.001 0.011 0.118 0.076 0.026 0.035