# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.373 0.239 0.069 0.138 0.080 0.040 0.031 0.014 0.009 0.005 0.002 2 I 0.060 0.039 0.021 0.060 0.065 0.097 0.148 0.158 0.144 0.116 0.091 3 P 0.276 0.227 0.067 0.148 0.105 0.065 0.054 0.027 0.017 0.010 0.005 4 D 0.220 0.174 0.089 0.193 0.129 0.070 0.057 0.031 0.020 0.012 0.006 5 I 0.049 0.029 0.024 0.048 0.060 0.084 0.147 0.160 0.173 0.131 0.096 6 H 0.091 0.132 0.071 0.195 0.160 0.108 0.107 0.054 0.042 0.028 0.012 7 Y 0.030 0.036 0.045 0.081 0.079 0.106 0.160 0.140 0.141 0.109 0.074 8 S 0.147 0.134 0.089 0.176 0.146 0.096 0.085 0.046 0.038 0.028 0.014 9 N 0.228 0.199 0.066 0.155 0.115 0.071 0.074 0.040 0.027 0.017 0.009 10 D 0.249 0.138 0.047 0.143 0.117 0.086 0.084 0.052 0.041 0.027 0.017 11 S 0.230 0.120 0.054 0.130 0.112 0.096 0.106 0.059 0.046 0.030 0.016 12 K 0.256 0.202 0.081 0.211 0.119 0.053 0.041 0.019 0.011 0.006 0.002 13 Y 0.052 0.038 0.025 0.055 0.059 0.092 0.160 0.160 0.162 0.117 0.082 14 T 0.136 0.167 0.073 0.178 0.147 0.098 0.092 0.047 0.031 0.022 0.010 15 P 0.308 0.147 0.077 0.113 0.081 0.067 0.078 0.051 0.036 0.026 0.015 16 S 0.217 0.159 0.064 0.138 0.120 0.095 0.084 0.049 0.037 0.026 0.013 17 P 0.213 0.136 0.049 0.126 0.113 0.092 0.113 0.063 0.049 0.031 0.016 18 A 0.130 0.081 0.055 0.147 0.149 0.128 0.127 0.076 0.055 0.035 0.017 19 A 0.059 0.073 0.088 0.176 0.163 0.143 0.137 0.070 0.049 0.028 0.013 20 F 0.008 0.017 0.034 0.066 0.070 0.088 0.198 0.166 0.162 0.116 0.074 21 I 0.005 0.009 0.027 0.038 0.044 0.072 0.158 0.153 0.200 0.164 0.131 22 R 0.014 0.028 0.145 0.207 0.196 0.134 0.132 0.059 0.044 0.028 0.012 23 Q 0.024 0.039 0.138 0.184 0.158 0.145 0.148 0.063 0.052 0.033 0.015 24 Y 0.011 0.011 0.024 0.036 0.042 0.079 0.184 0.201 0.186 0.139 0.087 25 R 0.064 0.093 0.123 0.179 0.138 0.105 0.120 0.067 0.053 0.041 0.015 26 Y 0.034 0.035 0.078 0.086 0.096 0.122 0.176 0.133 0.110 0.085 0.047 27 D 0.190 0.199 0.165 0.188 0.109 0.053 0.044 0.021 0.015 0.011 0.004 28 V 0.037 0.037 0.029 0.046 0.053 0.092 0.187 0.172 0.152 0.124 0.072 29 T 0.199 0.204 0.106 0.185 0.119 0.064 0.056 0.028 0.019 0.013 0.006 30 H 0.262 0.112 0.113 0.121 0.103 0.088 0.094 0.050 0.030 0.018 0.008 31 D 0.200 0.291 0.141 0.165 0.086 0.046 0.038 0.015 0.010 0.006 0.002 32 L 0.014 0.017 0.017 0.041 0.055 0.136 0.267 0.193 0.136 0.076 0.047 33 Q 0.348 0.135 0.247 0.136 0.055 0.031 0.023 0.013 0.006 0.005 0.001 34 E 0.141 0.138 0.260 0.222 0.108 0.069 0.042 0.012 0.005 0.003 0.001 35 A 0.028 0.024 0.050 0.064 0.075 0.130 0.216 0.150 0.126 0.081 0.056 36 E 0.079 0.067 0.172 0.184 0.164 0.130 0.115 0.041 0.027 0.017 0.006 37 T 0.028 0.045 0.371 0.180 0.134 0.103 0.074 0.030 0.020 0.011 0.004 38 A 0.011 0.018 0.084 0.081 0.108 0.151 0.232 0.119 0.105 0.062 0.031 39 L 0.006 0.013 0.048 0.060 0.080 0.114 0.220 0.157 0.149 0.098 0.054 40 L 0.005 0.016 0.110 0.080 0.087 0.101 0.174 0.148 0.131 0.097 0.050 41 I 0.004 0.011 0.067 0.048 0.046 0.068 0.170 0.159 0.182 0.150 0.094 42 W 0.004 0.009 0.032 0.042 0.044 0.076 0.183 0.172 0.199 0.148 0.091 43 R 0.025 0.040 0.110 0.146 0.164 0.131 0.166 0.089 0.062 0.046 0.019 44 N 0.093 0.113 0.128 0.171 0.141 0.105 0.119 0.055 0.036 0.027 0.012 45 A 0.073 0.066 0.044 0.085 0.083 0.120 0.187 0.128 0.099 0.071 0.044 46 E 0.362 0.280 0.092 0.122 0.063 0.027 0.024 0.014 0.008 0.006 0.002 47 D 0.300 0.130 0.080 0.139 0.107 0.089 0.077 0.039 0.021 0.012 0.005 48 D 0.190 0.135 0.098 0.184 0.135 0.102 0.073 0.035 0.025 0.015 0.007 49 V 0.026 0.032 0.040 0.073 0.079 0.133 0.204 0.152 0.129 0.085 0.047 50 M 0.025 0.047 0.096 0.122 0.125 0.117 0.161 0.115 0.091 0.068 0.034 51 Y 0.009 0.020 0.057 0.075 0.083 0.108 0.165 0.145 0.151 0.114 0.072 52 Q 0.058 0.076 0.163 0.183 0.165 0.098 0.107 0.055 0.045 0.034 0.014 53 T 0.058 0.073 0.077 0.165 0.147 0.130 0.157 0.078 0.057 0.038 0.020 54 L 0.030 0.023 0.023 0.049 0.050 0.084 0.147 0.145 0.182 0.142 0.125 55 D 0.233 0.277 0.100 0.176 0.107 0.042 0.034 0.015 0.010 0.006 0.002 56 G 0.281 0.177 0.071 0.158 0.105 0.065 0.063 0.033 0.023 0.014 0.008 57 F 0.041 0.027 0.018 0.055 0.074 0.110 0.158 0.136 0.165 0.127 0.089 58 D 0.058 0.124 0.069 0.211 0.174 0.122 0.122 0.051 0.039 0.021 0.010 59 M 0.014 0.022 0.044 0.075 0.086 0.112 0.164 0.142 0.147 0.115 0.080 60 M 0.009 0.019 0.040 0.087 0.105 0.133 0.191 0.153 0.128 0.083 0.053 61 L 0.003 0.010 0.030 0.048 0.047 0.058 0.130 0.164 0.196 0.179 0.135 62 L 0.003 0.005 0.022 0.029 0.035 0.060 0.132 0.172 0.208 0.198 0.136 63 E 0.017 0.033 0.133 0.223 0.227 0.112 0.110 0.058 0.044 0.031 0.011 64 I 0.008 0.012 0.028 0.036 0.036 0.080 0.173 0.164 0.191 0.167 0.105 65 M 0.041 0.049 0.051 0.093 0.084 0.104 0.165 0.125 0.124 0.108 0.054 66 G 0.159 0.137 0.080 0.131 0.101 0.089 0.111 0.076 0.056 0.039 0.020 67 S 0.178 0.140 0.075 0.154 0.128 0.099 0.085 0.053 0.043 0.030 0.017 68 S 0.266 0.175 0.061 0.133 0.108 0.076 0.078 0.041 0.031 0.020 0.010 69 A 0.130 0.087 0.052 0.157 0.132 0.104 0.120 0.074 0.067 0.047 0.030 70 L 0.034 0.037 0.042 0.069 0.078 0.103 0.161 0.148 0.144 0.108 0.078 71 S 0.052 0.188 0.124 0.223 0.150 0.087 0.085 0.038 0.027 0.018 0.007 72 F 0.020 0.021 0.024 0.048 0.061 0.103 0.187 0.185 0.160 0.114 0.079 73 D 0.314 0.130 0.128 0.182 0.103 0.055 0.040 0.019 0.014 0.011 0.004 74 T 0.099 0.102 0.107 0.214 0.146 0.114 0.109 0.048 0.032 0.020 0.009 75 L 0.015 0.022 0.027 0.044 0.047 0.069 0.145 0.148 0.193 0.161 0.128 76 A 0.018 0.029 0.059 0.113 0.135 0.165 0.208 0.108 0.084 0.055 0.026 77 Q 0.080 0.079 0.346 0.227 0.119 0.063 0.042 0.019 0.013 0.009 0.003 78 T 0.021 0.032 0.073 0.130 0.142 0.192 0.218 0.093 0.056 0.029 0.014 79 L 0.010 0.014 0.024 0.031 0.032 0.045 0.128 0.147 0.213 0.203 0.154 80 V 0.009 0.014 0.049 0.069 0.088 0.137 0.209 0.150 0.127 0.097 0.052 81 E 0.044 0.079 0.389 0.231 0.132 0.050 0.035 0.017 0.012 0.008 0.003 82 F 0.014 0.021 0.031 0.045 0.054 0.111 0.235 0.184 0.143 0.105 0.058 83 M 0.046 0.044 0.037 0.079 0.077 0.095 0.177 0.146 0.131 0.108 0.059 84 P 0.229 0.156 0.146 0.130 0.086 0.070 0.070 0.044 0.033 0.025 0.011 85 K 0.164 0.254 0.129 0.188 0.114 0.065 0.048 0.018 0.011 0.006 0.003 86 A 0.106 0.055 0.025 0.079 0.087 0.126 0.186 0.128 0.102 0.062 0.045 87 D 0.460 0.218 0.079 0.108 0.060 0.028 0.022 0.011 0.007 0.005 0.002 88 N 0.138 0.195 0.112 0.225 0.145 0.082 0.059 0.022 0.013 0.006 0.003 89 W 0.020 0.016 0.018 0.040 0.052 0.087 0.157 0.156 0.184 0.138 0.132 90 K 0.044 0.083 0.088 0.261 0.219 0.144 0.097 0.031 0.019 0.011 0.004 91 N 0.035 0.065 0.136 0.202 0.165 0.126 0.118 0.067 0.046 0.025 0.014 92 I 0.006 0.009 0.018 0.028 0.035 0.060 0.129 0.173 0.210 0.198 0.133 93 L 0.010 0.026 0.041 0.077 0.070 0.092 0.174 0.168 0.148 0.122 0.071 94 L 0.007 0.018 0.053 0.070 0.071 0.083 0.136 0.142 0.159 0.156 0.105 95 G 0.099 0.076 0.103 0.142 0.131 0.104 0.132 0.069 0.065 0.051 0.028 96 K 0.113 0.127 0.077 0.196 0.159 0.099 0.098 0.053 0.039 0.028 0.012 97 W 0.038 0.033 0.019 0.048 0.043 0.076 0.140 0.162 0.177 0.150 0.115 98 S 0.083 0.126 0.062 0.176 0.165 0.128 0.116 0.063 0.042 0.027 0.012 99 G 0.403 0.188 0.103 0.112 0.056 0.043 0.040 0.022 0.016 0.011 0.005 100 W 0.060 0.058 0.046 0.133 0.133 0.155 0.169 0.085 0.075 0.054 0.032 101 I 0.012 0.012 0.017 0.030 0.031 0.055 0.128 0.151 0.201 0.177 0.184 102 E 0.047 0.097 0.141 0.251 0.198 0.110 0.075 0.036 0.023 0.015 0.007 103 Q 0.057 0.058 0.149 0.181 0.147 0.134 0.115 0.061 0.050 0.032 0.016 104 R 0.036 0.039 0.059 0.147 0.157 0.149 0.173 0.089 0.077 0.049 0.025 105 I 0.015 0.023 0.037 0.050 0.051 0.082 0.164 0.173 0.180 0.144 0.081 106 I 0.017 0.040 0.084 0.095 0.096 0.096 0.156 0.137 0.118 0.107 0.053 107 I 0.019 0.029 0.060 0.077 0.079 0.097 0.159 0.142 0.140 0.124 0.076 108 P 0.180 0.152 0.119 0.163 0.127 0.072 0.075 0.041 0.033 0.027 0.012 109 S 0.182 0.183 0.065 0.159 0.122 0.086 0.091 0.045 0.034 0.022 0.011 110 L 0.042 0.027 0.018 0.055 0.067 0.101 0.161 0.156 0.161 0.120 0.091 111 S 0.213 0.178 0.121 0.201 0.121 0.062 0.050 0.023 0.016 0.010 0.004 112 A 0.065 0.105 0.106 0.168 0.135 0.114 0.127 0.072 0.054 0.036 0.018 113 I 0.018 0.023 0.025 0.051 0.058 0.084 0.172 0.158 0.167 0.138 0.108 114 S 0.051 0.090 0.095 0.199 0.171 0.130 0.125 0.060 0.041 0.026 0.012 115 E 0.240 0.161 0.212 0.175 0.100 0.045 0.033 0.016 0.009 0.006 0.003 116 N 0.199 0.103 0.072 0.175 0.146 0.108 0.101 0.045 0.028 0.016 0.008 117 M 0.044 0.037 0.028 0.059 0.058 0.090 0.165 0.140 0.164 0.125 0.090 118 E 0.175 0.231 0.123 0.196 0.127 0.056 0.048 0.021 0.012 0.007 0.003 119 G 0.289 0.140 0.108 0.119 0.089 0.069 0.076 0.047 0.033 0.020 0.010 120 N 0.201 0.142 0.057 0.133 0.121 0.105 0.103 0.051 0.043 0.029 0.015 121 S 0.253 0.165 0.054 0.120 0.092 0.082 0.101 0.055 0.039 0.024 0.015 122 P 0.321 0.168 0.073 0.121 0.098 0.065 0.061 0.040 0.026 0.018 0.009 123 S 0.231 0.176 0.073 0.148 0.114 0.084 0.077 0.043 0.027 0.017 0.009 124 Q 0.170 0.121 0.057 0.158 0.132 0.116 0.111 0.061 0.040 0.023 0.011 125 N 0.313 0.134 0.081 0.134 0.101 0.077 0.073 0.039 0.026 0.016 0.007 126 H 0.097 0.094 0.078 0.167 0.148 0.121 0.122 0.073 0.051 0.034 0.017 127 L 0.033 0.033 0.037 0.057 0.056 0.085 0.156 0.151 0.163 0.134 0.095 128 S 0.136 0.189 0.121 0.206 0.148 0.078 0.061 0.029 0.018 0.011 0.005 129 A 0.378 0.135 0.101 0.117 0.079 0.059 0.054 0.031 0.023 0.016 0.008