# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.114 0.146 0.227 0.208 0.035 0.151 0.067 0.010 0.036 0.003 0.004 2 I 0.039 0.370 0.385 0.007 0.034 0.014 0.003 0.001 0.145 0.002 0.001 3 P 0.340 0.007 0.574 0.019 0.003 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.036 4 D 0.164 0.170 0.204 0.207 0.054 0.059 0.076 0.028 0.036 0.002 0.001 5 I 0.128 0.441 0.300 0.056 0.028 0.020 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 6 H 0.106 0.495 0.235 0.045 0.054 0.041 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 7 Y 0.107 0.443 0.198 0.055 0.094 0.068 0.007 0.001 0.023 0.003 0.001 8 S 0.286 0.230 0.188 0.111 0.092 0.039 0.015 0.004 0.022 0.012 0.001 9 N 0.238 0.125 0.134 0.228 0.079 0.049 0.085 0.017 0.029 0.015 0.001 10 D 0.263 0.082 0.143 0.226 0.034 0.053 0.136 0.023 0.025 0.012 0.002 11 S 0.442 0.145 0.130 0.174 0.032 0.019 0.027 0.012 0.011 0.008 0.001 12 K 0.413 0.098 0.172 0.171 0.033 0.035 0.051 0.007 0.010 0.005 0.003 13 Y 0.125 0.207 0.179 0.279 0.032 0.051 0.066 0.010 0.044 0.004 0.003 14 T 0.015 0.236 0.459 0.005 0.045 0.024 0.009 0.001 0.204 0.003 0.001 15 P 0.155 0.003 0.689 0.026 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.087 16 S 0.057 0.153 0.531 0.008 0.070 0.012 0.002 0.001 0.156 0.011 0.001 17 P 0.704 0.001 0.228 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 18 A 0.927 0.009 0.023 0.031 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.923 0.019 0.018 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 F 0.888 0.033 0.031 0.021 0.005 0.014 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 21 I 0.859 0.057 0.040 0.014 0.003 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 22 R 0.887 0.019 0.021 0.051 0.004 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 23 Q 0.684 0.069 0.030 0.168 0.017 0.014 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 24 Y 0.472 0.195 0.097 0.148 0.029 0.023 0.023 0.002 0.009 0.001 0.001 25 R 0.421 0.189 0.144 0.105 0.033 0.051 0.033 0.002 0.021 0.001 0.001 26 Y 0.302 0.380 0.133 0.082 0.047 0.023 0.013 0.001 0.019 0.001 0.001 27 D 0.268 0.123 0.202 0.102 0.029 0.192 0.031 0.004 0.046 0.001 0.001 28 V 0.411 0.299 0.108 0.096 0.024 0.047 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 29 T 0.470 0.189 0.122 0.117 0.047 0.032 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 30 H 0.506 0.141 0.093 0.093 0.094 0.027 0.022 0.004 0.015 0.004 0.001 31 D 0.417 0.063 0.147 0.139 0.033 0.098 0.060 0.005 0.035 0.003 0.001 32 L 0.794 0.040 0.064 0.071 0.007 0.014 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 33 Q 0.837 0.033 0.041 0.051 0.009 0.015 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 34 E 0.782 0.032 0.038 0.092 0.016 0.021 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 35 A 0.839 0.034 0.044 0.048 0.012 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 36 E 0.857 0.021 0.040 0.052 0.006 0.016 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 37 T 0.813 0.057 0.028 0.070 0.014 0.009 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 38 A 0.757 0.075 0.047 0.060 0.032 0.015 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 39 L 0.616 0.184 0.095 0.037 0.020 0.024 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 40 L 0.423 0.320 0.123 0.039 0.022 0.048 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 41 I 0.231 0.499 0.117 0.051 0.027 0.057 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 42 W 0.244 0.323 0.162 0.095 0.048 0.085 0.009 0.001 0.033 0.001 0.001 43 R 0.332 0.289 0.092 0.169 0.064 0.021 0.013 0.001 0.016 0.001 0.001 44 N 0.133 0.088 0.211 0.246 0.062 0.077 0.109 0.013 0.051 0.009 0.001 45 A 0.551 0.086 0.165 0.108 0.028 0.026 0.017 0.005 0.006 0.006 0.001 46 E 0.654 0.054 0.092 0.136 0.017 0.018 0.016 0.003 0.006 0.003 0.001 47 D 0.444 0.064 0.085 0.234 0.037 0.021 0.081 0.013 0.015 0.004 0.001 48 D 0.327 0.105 0.134 0.142 0.040 0.052 0.156 0.016 0.025 0.002 0.001 49 V 0.364 0.350 0.169 0.053 0.022 0.028 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 50 M 0.393 0.353 0.127 0.048 0.034 0.030 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 51 Y 0.327 0.357 0.119 0.053 0.082 0.031 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 52 Q 0.363 0.295 0.130 0.075 0.063 0.045 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 53 T 0.228 0.350 0.221 0.075 0.057 0.035 0.010 0.001 0.021 0.002 0.001 54 L 0.447 0.228 0.186 0.062 0.024 0.025 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 55 D 0.273 0.054 0.149 0.261 0.028 0.060 0.142 0.006 0.023 0.002 0.001 56 G 0.189 0.014 0.031 0.063 0.097 0.013 0.108 0.383 0.003 0.099 0.001 57 F 0.538 0.139 0.178 0.080 0.022 0.023 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 58 D 0.602 0.062 0.095 0.122 0.020 0.055 0.026 0.002 0.014 0.001 0.002 59 M 0.684 0.120 0.063 0.067 0.040 0.013 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 60 M 0.774 0.109 0.055 0.028 0.015 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 L 0.804 0.085 0.045 0.017 0.009 0.026 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 62 L 0.877 0.046 0.028 0.021 0.009 0.013 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 63 E 0.829 0.063 0.039 0.025 0.011 0.020 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 64 I 0.721 0.075 0.068 0.072 0.006 0.040 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 65 M 0.414 0.065 0.070 0.355 0.013 0.034 0.024 0.001 0.025 0.001 0.001 66 G 0.142 0.013 0.045 0.064 0.150 0.010 0.143 0.209 0.005 0.218 0.001 67 S 0.541 0.068 0.145 0.151 0.044 0.028 0.011 0.002 0.007 0.002 0.001 68 S 0.547 0.070 0.095 0.178 0.048 0.020 0.025 0.004 0.007 0.007 0.001 69 A 0.604 0.084 0.095 0.124 0.035 0.022 0.018 0.004 0.010 0.002 0.001 70 L 0.509 0.164 0.143 0.113 0.019 0.031 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 71 S 0.357 0.283 0.139 0.090 0.064 0.042 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 72 F 0.677 0.106 0.079 0.044 0.036 0.032 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 73 D 0.677 0.035 0.051 0.096 0.012 0.070 0.037 0.003 0.018 0.001 0.001 74 T 0.780 0.044 0.026 0.095 0.018 0.022 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 75 L 0.923 0.018 0.017 0.025 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 A 0.927 0.013 0.015 0.029 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 77 Q 0.938 0.010 0.012 0.024 0.004 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 78 T 0.897 0.020 0.020 0.044 0.006 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 79 L 0.795 0.054 0.047 0.069 0.008 0.016 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 80 V 0.753 0.112 0.057 0.037 0.008 0.017 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 81 E 0.661 0.112 0.060 0.097 0.019 0.033 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 82 F 0.370 0.139 0.114 0.271 0.028 0.047 0.015 0.001 0.015 0.001 0.001 83 M 0.072 0.225 0.272 0.009 0.032 0.024 0.006 0.001 0.360 0.001 0.001 84 P 0.391 0.003 0.561 0.016 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 85 K 0.537 0.083 0.131 0.173 0.023 0.029 0.008 0.007 0.006 0.002 0.001 86 A 0.517 0.095 0.197 0.105 0.024 0.026 0.010 0.002 0.019 0.003 0.001 87 D 0.564 0.029 0.084 0.230 0.014 0.018 0.042 0.006 0.008 0.003 0.002 88 N 0.222 0.039 0.064 0.391 0.032 0.045 0.153 0.034 0.013 0.007 0.001 89 W 0.607 0.067 0.110 0.155 0.015 0.022 0.010 0.002 0.009 0.002 0.001 90 K 0.802 0.054 0.065 0.049 0.011 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 91 N 0.604 0.058 0.081 0.124 0.028 0.049 0.035 0.005 0.014 0.001 0.001 92 I 0.466 0.254 0.172 0.061 0.017 0.015 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 93 L 0.521 0.180 0.169 0.052 0.015 0.043 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 94 L 0.297 0.256 0.161 0.161 0.044 0.033 0.016 0.001 0.031 0.001 0.001 95 G 0.209 0.050 0.117 0.057 0.204 0.028 0.086 0.134 0.012 0.103 0.001 96 K 0.304 0.278 0.246 0.062 0.061 0.025 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 97 W 0.389 0.159 0.208 0.106 0.031 0.066 0.020 0.002 0.015 0.003 0.001 98 S 0.393 0.102 0.126 0.241 0.049 0.026 0.042 0.003 0.015 0.002 0.001 99 G 0.210 0.026 0.067 0.031 0.201 0.013 0.119 0.221 0.006 0.106 0.001 100 W 0.442 0.177 0.196 0.061 0.047 0.051 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 101 I 0.475 0.296 0.122 0.032 0.021 0.038 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 102 E 0.654 0.104 0.075 0.092 0.026 0.035 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 103 Q 0.400 0.267 0.073 0.148 0.065 0.019 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 104 R 0.258 0.455 0.113 0.067 0.060 0.018 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 105 I 0.131 0.610 0.141 0.020 0.035 0.038 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 106 I 0.158 0.419 0.202 0.045 0.018 0.123 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 107 I 0.049 0.288 0.255 0.006 0.028 0.060 0.003 0.001 0.310 0.001 0.001 108 P 0.384 0.008 0.508 0.039 0.003 0.037 0.005 0.001 0.004 0.001 0.012 109 S 0.381 0.157 0.145 0.164 0.064 0.035 0.024 0.007 0.019 0.003 0.001 110 L 0.538 0.096 0.195 0.094 0.025 0.029 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 111 S 0.504 0.114 0.148 0.122 0.046 0.024 0.023 0.002 0.013 0.003 0.001 112 A 0.495 0.127 0.150 0.096 0.057 0.041 0.012 0.003 0.015 0.002 0.001 113 I 0.415 0.249 0.189 0.079 0.018 0.032 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 114 S 0.390 0.209 0.163 0.068 0.084 0.048 0.010 0.001 0.024 0.003 0.001 115 E 0.671 0.072 0.080 0.105 0.027 0.019 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 116 N 0.195 0.064 0.107 0.370 0.027 0.046 0.133 0.015 0.038 0.006 0.001 117 M 0.392 0.135 0.182 0.167 0.029 0.028 0.040 0.009 0.012 0.005 0.001 118 E 0.291 0.120 0.241 0.249 0.023 0.021 0.032 0.003 0.015 0.004 0.002 119 G 0.078 0.017 0.070 0.046 0.125 0.011 0.090 0.265 0.006 0.292 0.001 120 N 0.093 0.078 0.244 0.316 0.046 0.073 0.089 0.015 0.029 0.014 0.002 121 S 0.036 0.247 0.484 0.016 0.068 0.022 0.009 0.001 0.101 0.014 0.001 122 P 0.549 0.007 0.366 0.023 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 123 S 0.425 0.118 0.142 0.181 0.051 0.026 0.018 0.011 0.016 0.011 0.001 124 Q 0.561 0.085 0.131 0.134 0.027 0.022 0.016 0.004 0.014 0.003 0.003 125 N 0.316 0.084 0.150 0.233 0.027 0.033 0.117 0.017 0.017 0.005 0.002 126 H 0.234 0.213 0.192 0.161 0.055 0.050 0.047 0.010 0.032 0.005 0.001 127 L 0.325 0.190 0.299 0.103 0.018 0.036 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 128 S 0.235 0.229 0.223 0.114 0.102 0.039 0.022 0.004 0.021 0.009 0.001 129 A 0.374 0.157 0.222 0.080 0.080 0.034 0.021 0.006 0.017 0.010 0.001