# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.077 0.100 0.104 0.032 0.101 0.019 0.034 0.062 0.055 0.332 0.084 2 I 0.123 0.334 0.151 0.013 0.263 0.007 0.008 0.034 0.026 0.019 0.021 3 P 0.044 0.209 0.080 0.035 0.098 0.097 0.097 0.157 0.117 0.039 0.025 4 D 0.167 0.102 0.043 0.022 0.229 0.013 0.043 0.080 0.064 0.150 0.086 5 I 0.199 0.161 0.035 0.008 0.361 0.011 0.015 0.064 0.041 0.048 0.056 6 H 0.153 0.189 0.054 0.015 0.342 0.025 0.037 0.070 0.026 0.043 0.045 7 Y 0.208 0.126 0.054 0.024 0.258 0.021 0.026 0.082 0.044 0.072 0.084 8 S 0.062 0.118 0.089 0.100 0.122 0.089 0.081 0.153 0.078 0.073 0.034 9 N 0.063 0.123 0.091 0.074 0.106 0.045 0.056 0.127 0.094 0.179 0.044 10 D 0.085 0.125 0.076 0.029 0.145 0.019 0.031 0.130 0.138 0.165 0.058 11 S 0.050 0.176 0.083 0.015 0.126 0.024 0.042 0.171 0.189 0.095 0.030 12 K 0.056 0.122 0.040 0.011 0.103 0.015 0.066 0.216 0.235 0.101 0.035 13 Y 0.066 0.105 0.052 0.022 0.111 0.024 0.054 0.101 0.152 0.249 0.064 14 T 0.069 0.345 0.182 0.010 0.254 0.008 0.016 0.041 0.023 0.031 0.019 15 P 0.050 0.232 0.106 0.015 0.089 0.027 0.061 0.089 0.119 0.179 0.034 16 S 0.034 0.417 0.363 0.007 0.126 0.003 0.005 0.023 0.009 0.009 0.006 17 P 0.017 0.049 0.008 0.002 0.026 0.006 0.018 0.562 0.273 0.028 0.010 18 A 0.010 0.013 0.004 0.002 0.017 0.005 0.022 0.664 0.208 0.048 0.007 19 A 0.020 0.021 0.006 0.002 0.037 0.004 0.010 0.755 0.097 0.039 0.011 20 F 0.028 0.018 0.004 0.002 0.036 0.003 0.018 0.778 0.071 0.031 0.010 21 I 0.036 0.019 0.005 0.003 0.046 0.007 0.012 0.687 0.149 0.025 0.011 22 R 0.017 0.042 0.015 0.007 0.045 0.021 0.060 0.663 0.102 0.022 0.007 23 Q 0.064 0.064 0.024 0.007 0.086 0.011 0.073 0.457 0.103 0.080 0.030 24 Y 0.079 0.170 0.067 0.012 0.182 0.016 0.044 0.241 0.079 0.070 0.040 25 R 0.165 0.094 0.026 0.010 0.188 0.015 0.035 0.225 0.085 0.082 0.075 26 Y 0.082 0.234 0.053 0.013 0.179 0.027 0.045 0.206 0.071 0.045 0.045 27 D 0.137 0.142 0.056 0.016 0.257 0.021 0.049 0.172 0.043 0.059 0.049 28 V 0.092 0.099 0.030 0.010 0.147 0.012 0.023 0.350 0.138 0.060 0.039 29 T 0.081 0.100 0.037 0.018 0.123 0.026 0.035 0.376 0.103 0.061 0.041 30 H 0.040 0.161 0.075 0.018 0.098 0.029 0.051 0.377 0.082 0.050 0.021 31 D 0.098 0.141 0.047 0.011 0.142 0.008 0.024 0.330 0.061 0.087 0.052 32 L 0.029 0.033 0.007 0.004 0.047 0.006 0.009 0.589 0.226 0.036 0.014 33 Q 0.007 0.018 0.009 0.005 0.014 0.013 0.036 0.779 0.103 0.012 0.004 34 E 0.015 0.017 0.008 0.003 0.018 0.004 0.020 0.728 0.109 0.069 0.008 35 A 0.019 0.016 0.006 0.003 0.023 0.004 0.011 0.765 0.111 0.034 0.009 36 E 0.010 0.010 0.004 0.002 0.013 0.005 0.015 0.808 0.107 0.021 0.005 37 T 0.024 0.027 0.007 0.002 0.038 0.005 0.025 0.754 0.083 0.024 0.008 38 A 0.048 0.027 0.007 0.003 0.074 0.008 0.043 0.677 0.077 0.023 0.014 39 L 0.106 0.043 0.006 0.003 0.202 0.006 0.021 0.507 0.075 0.014 0.018 40 L 0.150 0.079 0.010 0.003 0.291 0.009 0.037 0.332 0.046 0.017 0.026 41 I 0.145 0.099 0.021 0.007 0.227 0.012 0.050 0.294 0.055 0.031 0.058 42 W 0.156 0.088 0.036 0.018 0.190 0.019 0.039 0.227 0.072 0.070 0.085 43 R 0.040 0.190 0.062 0.036 0.096 0.061 0.123 0.234 0.076 0.056 0.025 44 N 0.123 0.105 0.092 0.039 0.144 0.022 0.039 0.103 0.048 0.199 0.085 45 A 0.048 0.113 0.067 0.018 0.090 0.017 0.031 0.351 0.162 0.070 0.031 46 E 0.034 0.059 0.036 0.025 0.050 0.038 0.067 0.418 0.166 0.080 0.026 47 D 0.033 0.092 0.052 0.027 0.057 0.027 0.044 0.398 0.134 0.108 0.028 48 D 0.052 0.057 0.020 0.008 0.079 0.010 0.029 0.451 0.112 0.138 0.045 49 V 0.122 0.078 0.013 0.003 0.215 0.006 0.016 0.404 0.096 0.027 0.020 50 M 0.079 0.087 0.017 0.009 0.150 0.024 0.051 0.421 0.095 0.040 0.026 51 Y 0.153 0.093 0.026 0.010 0.233 0.014 0.029 0.273 0.081 0.045 0.043 52 Q 0.082 0.133 0.057 0.013 0.186 0.024 0.066 0.272 0.075 0.061 0.030 53 T 0.149 0.145 0.052 0.011 0.170 0.010 0.051 0.207 0.061 0.084 0.060 54 L 0.096 0.109 0.045 0.048 0.131 0.052 0.066 0.191 0.108 0.091 0.063 55 D 0.019 0.129 0.128 0.170 0.036 0.116 0.112 0.162 0.062 0.051 0.015 56 G 0.047 0.022 0.023 0.033 0.035 0.014 0.024 0.171 0.083 0.455 0.094 57 F 0.071 0.185 0.057 0.012 0.162 0.015 0.016 0.279 0.102 0.069 0.032 58 D 0.052 0.091 0.028 0.010 0.092 0.027 0.042 0.476 0.093 0.062 0.029 59 M 0.116 0.063 0.014 0.004 0.183 0.006 0.015 0.463 0.097 0.023 0.016 60 M 0.049 0.056 0.011 0.004 0.131 0.009 0.021 0.632 0.063 0.014 0.011 61 L 0.108 0.028 0.005 0.002 0.103 0.004 0.013 0.619 0.079 0.016 0.023 62 L 0.050 0.051 0.011 0.004 0.105 0.011 0.027 0.595 0.114 0.020 0.013 63 E 0.065 0.060 0.017 0.005 0.122 0.010 0.064 0.521 0.083 0.031 0.021 64 I 0.115 0.048 0.020 0.011 0.102 0.020 0.096 0.358 0.099 0.079 0.053 65 M 0.047 0.181 0.084 0.071 0.097 0.069 0.131 0.151 0.064 0.079 0.025 66 G 0.057 0.073 0.072 0.114 0.057 0.043 0.047 0.151 0.078 0.225 0.083 67 S 0.053 0.119 0.063 0.033 0.111 0.021 0.035 0.235 0.166 0.126 0.039 68 S 0.051 0.107 0.042 0.015 0.093 0.029 0.057 0.298 0.161 0.108 0.039 69 A 0.085 0.071 0.023 0.009 0.109 0.013 0.037 0.297 0.144 0.152 0.060 70 L 0.067 0.205 0.080 0.012 0.164 0.021 0.038 0.229 0.084 0.068 0.032 71 S 0.117 0.200 0.080 0.011 0.165 0.014 0.023 0.205 0.052 0.078 0.055 72 F 0.036 0.063 0.015 0.007 0.065 0.011 0.017 0.498 0.219 0.053 0.019 73 D 0.012 0.020 0.012 0.007 0.023 0.014 0.032 0.693 0.142 0.037 0.007 74 T 0.009 0.016 0.006 0.002 0.015 0.002 0.013 0.799 0.096 0.035 0.005 75 L 0.015 0.016 0.005 0.002 0.017 0.003 0.012 0.770 0.106 0.045 0.009 76 A 0.004 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.004 0.846 0.111 0.011 0.002 77 Q 0.005 0.007 0.002 0.001 0.009 0.003 0.014 0.853 0.094 0.010 0.002 78 T 0.011 0.022 0.010 0.002 0.021 0.004 0.025 0.821 0.064 0.017 0.004 79 L 0.030 0.011 0.002 0.001 0.024 0.002 0.013 0.757 0.128 0.021 0.011 80 V 0.016 0.016 0.003 0.001 0.030 0.006 0.015 0.634 0.255 0.017 0.006 81 E 0.028 0.039 0.010 0.003 0.077 0.012 0.129 0.567 0.095 0.029 0.010 82 F 0.065 0.068 0.032 0.008 0.081 0.009 0.084 0.212 0.141 0.254 0.047 83 M 0.088 0.286 0.159 0.014 0.239 0.009 0.012 0.070 0.042 0.048 0.033 84 P 0.040 0.309 0.090 0.013 0.110 0.019 0.063 0.225 0.093 0.023 0.016 85 K 0.056 0.087 0.042 0.015 0.067 0.013 0.083 0.245 0.140 0.194 0.058 86 A 0.048 0.110 0.040 0.020 0.104 0.021 0.033 0.309 0.171 0.098 0.045 87 D 0.017 0.052 0.034 0.031 0.025 0.053 0.084 0.424 0.139 0.121 0.019 88 N 0.025 0.034 0.028 0.012 0.032 0.007 0.019 0.403 0.103 0.308 0.030 89 W 0.068 0.049 0.018 0.007 0.086 0.006 0.010 0.515 0.156 0.059 0.027 90 K 0.014 0.048 0.019 0.008 0.029 0.028 0.035 0.655 0.134 0.024 0.008 91 N 0.051 0.040 0.015 0.006 0.082 0.010 0.046 0.497 0.109 0.119 0.025 92 I 0.073 0.051 0.017 0.004 0.130 0.006 0.019 0.521 0.129 0.037 0.015 93 L 0.082 0.048 0.018 0.010 0.116 0.021 0.064 0.480 0.089 0.045 0.028 94 L 0.047 0.209 0.071 0.045 0.095 0.044 0.087 0.237 0.084 0.056 0.025 95 G 0.047 0.085 0.106 0.093 0.072 0.044 0.063 0.197 0.068 0.166 0.058 96 K 0.071 0.125 0.079 0.019 0.101 0.013 0.042 0.243 0.110 0.147 0.051 97 W 0.085 0.100 0.047 0.028 0.119 0.039 0.056 0.234 0.115 0.115 0.061 98 S 0.037 0.101 0.073 0.135 0.056 0.083 0.073 0.200 0.124 0.092 0.027 99 G 0.037 0.077 0.091 0.084 0.055 0.032 0.035 0.243 0.116 0.189 0.041 100 W 0.139 0.094 0.029 0.010 0.189 0.008 0.020 0.273 0.109 0.087 0.043 101 I 0.129 0.110 0.029 0.008 0.203 0.018 0.025 0.280 0.129 0.036 0.033 102 E 0.105 0.099 0.035 0.014 0.169 0.045 0.098 0.284 0.089 0.035 0.027 103 Q 0.153 0.148 0.035 0.009 0.247 0.015 0.047 0.170 0.088 0.045 0.043 104 R 0.150 0.149 0.025 0.006 0.373 0.014 0.043 0.108 0.051 0.040 0.042 105 I 0.202 0.121 0.010 0.002 0.554 0.003 0.012 0.038 0.016 0.014 0.027 106 I 0.186 0.162 0.030 0.012 0.335 0.018 0.030 0.044 0.026 0.061 0.096 107 I 0.158 0.291 0.136 0.012 0.311 0.008 0.009 0.021 0.009 0.012 0.034 108 P 0.046 0.370 0.167 0.017 0.136 0.027 0.039 0.097 0.059 0.025 0.017 109 S 0.167 0.188 0.046 0.010 0.224 0.008 0.033 0.139 0.070 0.070 0.044 110 L 0.082 0.065 0.013 0.008 0.112 0.016 0.020 0.287 0.263 0.078 0.055 111 S 0.034 0.057 0.033 0.019 0.066 0.046 0.088 0.453 0.130 0.056 0.018 112 A 0.065 0.057 0.020 0.008 0.109 0.008 0.033 0.438 0.108 0.130 0.024 113 I 0.080 0.092 0.029 0.014 0.121 0.013 0.026 0.363 0.126 0.096 0.040 114 S 0.059 0.098 0.062 0.014 0.129 0.021 0.026 0.395 0.139 0.038 0.020 115 E 0.016 0.066 0.022 0.009 0.035 0.026 0.115 0.469 0.189 0.045 0.009 116 N 0.060 0.059 0.042 0.012 0.075 0.013 0.056 0.247 0.093 0.286 0.057 117 M 0.093 0.110 0.054 0.013 0.140 0.015 0.038 0.228 0.127 0.122 0.061 118 E 0.040 0.135 0.089 0.077 0.066 0.091 0.119 0.165 0.092 0.090 0.035 119 G 0.047 0.090 0.087 0.157 0.066 0.047 0.061 0.103 0.075 0.214 0.053 120 N 0.056 0.108 0.088 0.061 0.106 0.021 0.028 0.071 0.068 0.320 0.072 121 S 0.082 0.311 0.186 0.015 0.258 0.010 0.011 0.051 0.028 0.026 0.021 122 P 0.058 0.131 0.061 0.019 0.095 0.035 0.077 0.250 0.168 0.071 0.035 123 S 0.071 0.119 0.094 0.031 0.126 0.024 0.053 0.206 0.110 0.124 0.042 124 Q 0.058 0.092 0.038 0.022 0.088 0.029 0.042 0.300 0.178 0.108 0.046 125 N 0.047 0.102 0.072 0.030 0.086 0.034 0.056 0.225 0.117 0.190 0.041 126 H 0.115 0.115 0.043 0.014 0.179 0.013 0.030 0.197 0.086 0.155 0.054 127 L 0.094 0.182 0.059 0.019 0.201 0.025 0.036 0.164 0.088 0.089 0.042 128 S 0.101 0.186 0.109 0.029 0.194 0.029 0.039 0.149 0.060 0.063 0.040 129 A 0.069 0.113 0.050 0.018 0.119 0.021 0.047 0.275 0.160 0.093 0.036