# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.083 0.018 0.029 0.020 0.041 0.088 0.018 0.703 2 I 0.233 0.020 0.095 0.054 0.076 0.116 0.016 0.390 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.992 4 D 0.023 0.004 0.031 0.041 0.101 0.177 0.004 0.620 5 I 0.265 0.013 0.115 0.069 0.077 0.080 0.006 0.375 6 H 0.064 0.034 0.080 0.170 0.178 0.150 0.007 0.318 7 Y 0.058 0.032 0.072 0.106 0.184 0.108 0.007 0.433 8 S 0.053 0.034 0.066 0.118 0.185 0.144 0.013 0.387 9 N 0.028 0.011 0.018 0.023 0.034 0.090 0.010 0.786 10 D 0.066 0.016 0.026 0.025 0.032 0.234 0.025 0.577 11 S 0.158 0.016 0.017 0.015 0.013 0.355 0.030 0.396 12 K 0.187 0.022 0.019 0.024 0.024 0.334 0.027 0.363 13 Y 0.217 0.038 0.044 0.027 0.052 0.173 0.024 0.424 14 T 0.112 0.022 0.062 0.067 0.072 0.194 0.008 0.464 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 16 S 0.026 0.006 0.019 0.025 0.065 0.402 0.003 0.455 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 A 0.022 0.022 0.009 0.014 0.035 0.197 0.002 0.699 19 A 0.193 0.065 0.013 0.011 0.012 0.263 0.004 0.439 20 F 0.146 0.542 0.018 0.014 0.027 0.041 0.006 0.206 21 I 0.034 0.833 0.026 0.012 0.032 0.007 0.003 0.055 22 R 0.030 0.802 0.016 0.019 0.031 0.008 0.007 0.087 23 Q 0.077 0.694 0.009 0.012 0.024 0.011 0.025 0.148 24 Y 0.118 0.639 0.032 0.023 0.031 0.014 0.045 0.098 25 R 0.083 0.380 0.100 0.056 0.061 0.036 0.041 0.243 26 Y 0.060 0.193 0.173 0.078 0.069 0.041 0.015 0.371 27 D 0.066 0.147 0.102 0.062 0.068 0.071 0.014 0.470 28 V 0.071 0.117 0.086 0.038 0.057 0.095 0.009 0.527 29 T 0.041 0.142 0.065 0.043 0.074 0.251 0.012 0.372 30 H 0.097 0.104 0.035 0.027 0.039 0.179 0.012 0.508 31 D 0.084 0.171 0.029 0.014 0.021 0.154 0.012 0.515 32 L 0.082 0.341 0.041 0.013 0.024 0.086 0.012 0.400 33 Q 0.033 0.282 0.007 0.007 0.013 0.273 0.008 0.377 34 E 0.078 0.427 0.005 0.005 0.011 0.247 0.011 0.217 35 A 0.074 0.745 0.016 0.004 0.009 0.018 0.012 0.123 36 E 0.027 0.824 0.024 0.006 0.008 0.015 0.008 0.087 37 T 0.032 0.742 0.017 0.010 0.013 0.020 0.010 0.154 38 A 0.035 0.804 0.029 0.015 0.023 0.007 0.009 0.078 39 L 0.035 0.689 0.049 0.050 0.057 0.019 0.015 0.086 40 L 0.044 0.584 0.078 0.097 0.081 0.020 0.011 0.085 41 I 0.027 0.607 0.133 0.075 0.089 0.010 0.008 0.052 42 W 0.029 0.451 0.098 0.112 0.176 0.012 0.010 0.112 43 R 0.041 0.342 0.078 0.105 0.172 0.039 0.016 0.206 44 N 0.084 0.152 0.038 0.075 0.138 0.068 0.038 0.407 45 A 0.134 0.113 0.045 0.037 0.067 0.098 0.041 0.465 46 E 0.045 0.072 0.028 0.017 0.024 0.367 0.023 0.423 47 D 0.113 0.070 0.017 0.013 0.016 0.204 0.031 0.536 48 D 0.171 0.157 0.049 0.012 0.016 0.101 0.030 0.464 49 V 0.117 0.177 0.078 0.035 0.040 0.169 0.017 0.368 50 M 0.058 0.347 0.065 0.058 0.099 0.134 0.009 0.230 51 Y 0.094 0.359 0.050 0.065 0.137 0.040 0.011 0.244 52 Q 0.107 0.309 0.086 0.086 0.113 0.052 0.014 0.233 53 T 0.099 0.250 0.056 0.039 0.059 0.063 0.023 0.411 54 L 0.084 0.326 0.068 0.072 0.121 0.050 0.019 0.260 55 D 0.035 0.138 0.023 0.020 0.026 0.198 0.016 0.542 56 G 0.138 0.082 0.013 0.007 0.011 0.250 0.044 0.455 57 F 0.427 0.145 0.053 0.014 0.019 0.087 0.027 0.229 58 D 0.038 0.269 0.060 0.048 0.035 0.156 0.008 0.386 59 M 0.043 0.288 0.042 0.025 0.054 0.065 0.007 0.477 60 M 0.047 0.536 0.039 0.021 0.036 0.124 0.006 0.192 61 L 0.032 0.652 0.028 0.024 0.044 0.063 0.008 0.150 62 L 0.032 0.664 0.105 0.031 0.052 0.019 0.006 0.091 63 E 0.021 0.711 0.086 0.035 0.036 0.017 0.007 0.086 64 I 0.045 0.699 0.049 0.022 0.039 0.016 0.012 0.118 65 M 0.040 0.705 0.055 0.021 0.045 0.019 0.018 0.097 66 G 0.120 0.377 0.059 0.029 0.052 0.038 0.056 0.270 67 S 0.162 0.231 0.080 0.032 0.033 0.059 0.037 0.364 68 S 0.069 0.164 0.074 0.026 0.028 0.078 0.026 0.536 69 A 0.108 0.130 0.062 0.021 0.029 0.096 0.023 0.532 70 L 0.112 0.201 0.067 0.027 0.032 0.266 0.017 0.278 71 S 0.154 0.235 0.039 0.021 0.031 0.181 0.023 0.316 72 F 0.121 0.280 0.065 0.014 0.026 0.058 0.016 0.421 73 D 0.053 0.195 0.052 0.020 0.021 0.136 0.011 0.512 74 T 0.059 0.244 0.024 0.014 0.017 0.211 0.010 0.422 75 L 0.055 0.514 0.021 0.009 0.026 0.117 0.009 0.249 76 A 0.047 0.669 0.015 0.006 0.013 0.073 0.008 0.170 77 Q 0.045 0.719 0.013 0.005 0.008 0.041 0.009 0.159 78 T 0.049 0.799 0.014 0.004 0.005 0.021 0.008 0.100 79 L 0.028 0.865 0.022 0.005 0.008 0.006 0.007 0.058 80 V 0.031 0.788 0.030 0.021 0.027 0.011 0.008 0.085 81 E 0.062 0.756 0.023 0.020 0.018 0.021 0.015 0.086 82 F 0.113 0.654 0.028 0.009 0.020 0.007 0.036 0.132 83 M 0.138 0.440 0.096 0.025 0.031 0.032 0.033 0.205 84 P 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.987 85 K 0.045 0.035 0.028 0.019 0.045 0.065 0.010 0.753 86 A 0.263 0.064 0.042 0.016 0.019 0.074 0.014 0.507 87 D 0.142 0.079 0.024 0.014 0.017 0.107 0.019 0.597 88 N 0.236 0.069 0.022 0.006 0.009 0.142 0.021 0.495 89 W 0.130 0.133 0.045 0.015 0.021 0.161 0.016 0.479 90 K 0.065 0.142 0.029 0.032 0.040 0.250 0.012 0.432 91 N 0.079 0.199 0.060 0.031 0.042 0.136 0.010 0.443 92 I 0.091 0.377 0.135 0.041 0.051 0.047 0.010 0.247 93 L 0.033 0.559 0.082 0.055 0.075 0.044 0.007 0.144 94 L 0.049 0.491 0.069 0.045 0.097 0.036 0.012 0.200 95 G 0.110 0.314 0.083 0.041 0.079 0.034 0.030 0.307 96 K 0.165 0.150 0.086 0.042 0.047 0.077 0.037 0.395 97 W 0.050 0.130 0.099 0.042 0.057 0.071 0.015 0.537 98 S 0.041 0.121 0.069 0.049 0.088 0.119 0.018 0.495 99 G 0.131 0.100 0.049 0.044 0.059 0.130 0.017 0.471 100 W 0.161 0.150 0.050 0.041 0.053 0.122 0.016 0.407 101 I 0.054 0.288 0.067 0.125 0.170 0.047 0.008 0.241 102 E 0.033 0.252 0.041 0.082 0.164 0.066 0.007 0.356 103 Q 0.057 0.298 0.037 0.108 0.176 0.044 0.013 0.266 104 R 0.114 0.260 0.068 0.096 0.133 0.035 0.027 0.267 105 I 0.080 0.195 0.143 0.130 0.134 0.031 0.014 0.273 106 I 0.025 0.116 0.231 0.125 0.255 0.019 0.007 0.222 107 I 0.029 0.061 0.230 0.133 0.212 0.037 0.004 0.293 108 P 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.003 0.001 0.982 109 S 0.024 0.020 0.081 0.033 0.094 0.151 0.006 0.591 110 L 0.156 0.040 0.114 0.038 0.064 0.095 0.011 0.482 111 S 0.087 0.077 0.070 0.047 0.055 0.210 0.012 0.443 112 A 0.154 0.104 0.063 0.032 0.054 0.130 0.016 0.448 113 I 0.146 0.234 0.077 0.036 0.084 0.117 0.020 0.286 114 S 0.076 0.284 0.041 0.063 0.086 0.118 0.020 0.312 115 E 0.103 0.197 0.037 0.021 0.042 0.066 0.026 0.508 116 N 0.198 0.147 0.036 0.024 0.034 0.115 0.059 0.386 117 M 0.292 0.105 0.048 0.039 0.034 0.084 0.049 0.349 118 E 0.067 0.102 0.041 0.032 0.027 0.284 0.027 0.421 119 G 0.167 0.042 0.040 0.021 0.030 0.105 0.036 0.558 120 N 0.256 0.037 0.073 0.021 0.028 0.140 0.028 0.417 121 S 0.074 0.020 0.050 0.046 0.036 0.242 0.009 0.525 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 123 S 0.023 0.011 0.015 0.016 0.036 0.564 0.004 0.331 124 Q 0.305 0.026 0.016 0.012 0.016 0.136 0.013 0.477 125 N 0.175 0.105 0.028 0.018 0.025 0.180 0.021 0.449 126 H 0.257 0.088 0.037 0.020 0.025 0.132 0.024 0.418 127 L 0.131 0.185 0.071 0.047 0.080 0.142 0.015 0.331 128 S 0.076 0.160 0.036 0.063 0.097 0.173 0.016 0.378 129 A 0.086 0.116 0.039 0.024 0.046 0.063 0.013 0.613