# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.114 0.135 0.246 0.246 0.037 0.095 0.086 0.014 0.020 0.004 0.003 2 I 0.029 0.398 0.341 0.008 0.030 0.018 0.010 0.001 0.165 0.001 0.001 3 P 0.212 0.010 0.703 0.015 0.005 0.018 0.002 0.001 0.002 0.008 0.024 4 D 0.256 0.146 0.200 0.162 0.059 0.059 0.054 0.037 0.021 0.004 0.002 5 I 0.121 0.496 0.248 0.050 0.046 0.015 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 6 H 0.151 0.273 0.292 0.112 0.049 0.081 0.012 0.003 0.020 0.003 0.004 7 Y 0.081 0.432 0.189 0.086 0.121 0.033 0.011 0.002 0.042 0.002 0.001 8 S 0.207 0.263 0.236 0.113 0.068 0.041 0.026 0.006 0.030 0.008 0.003 9 N 0.250 0.095 0.155 0.245 0.091 0.040 0.056 0.028 0.021 0.019 0.002 10 D 0.371 0.087 0.128 0.214 0.041 0.025 0.086 0.018 0.020 0.008 0.002 11 S 0.500 0.127 0.131 0.145 0.033 0.014 0.023 0.007 0.014 0.004 0.001 12 K 0.435 0.131 0.146 0.220 0.012 0.016 0.026 0.002 0.008 0.001 0.003 13 Y 0.202 0.183 0.159 0.332 0.041 0.023 0.031 0.006 0.018 0.002 0.002 14 T 0.021 0.245 0.436 0.006 0.043 0.021 0.020 0.001 0.203 0.003 0.001 15 P 0.253 0.004 0.638 0.030 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 16 S 0.032 0.112 0.516 0.011 0.060 0.027 0.006 0.002 0.226 0.009 0.001 17 P 0.604 0.001 0.355 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 18 A 0.881 0.024 0.044 0.032 0.003 0.004 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 19 A 0.900 0.034 0.032 0.021 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 F 0.823 0.061 0.041 0.048 0.009 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 I 0.928 0.032 0.020 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 22 R 0.922 0.032 0.019 0.016 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 23 Q 0.788 0.045 0.035 0.095 0.014 0.006 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 24 Y 0.505 0.114 0.143 0.165 0.028 0.015 0.012 0.002 0.017 0.001 0.001 25 R 0.456 0.152 0.161 0.110 0.015 0.035 0.052 0.003 0.013 0.001 0.001 26 Y 0.258 0.290 0.196 0.130 0.069 0.026 0.013 0.002 0.014 0.002 0.001 27 D 0.202 0.128 0.297 0.108 0.040 0.136 0.050 0.011 0.022 0.004 0.003 28 V 0.276 0.339 0.198 0.092 0.033 0.038 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 29 T 0.331 0.211 0.154 0.207 0.020 0.046 0.017 0.001 0.011 0.001 0.001 30 H 0.304 0.193 0.117 0.193 0.119 0.019 0.024 0.007 0.020 0.004 0.001 31 D 0.290 0.137 0.247 0.089 0.043 0.097 0.050 0.005 0.036 0.005 0.001 32 L 0.802 0.025 0.072 0.081 0.004 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.845 0.049 0.059 0.026 0.004 0.005 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 34 E 0.848 0.035 0.039 0.056 0.005 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 35 A 0.910 0.012 0.030 0.032 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 36 E 0.959 0.008 0.017 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.922 0.015 0.011 0.044 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.928 0.019 0.022 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.868 0.081 0.020 0.016 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 40 L 0.716 0.205 0.039 0.007 0.009 0.012 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 41 I 0.525 0.305 0.089 0.023 0.014 0.021 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 42 W 0.300 0.228 0.215 0.111 0.042 0.055 0.014 0.001 0.030 0.001 0.001 43 R 0.366 0.168 0.127 0.230 0.049 0.017 0.018 0.002 0.018 0.003 0.001 44 N 0.140 0.074 0.194 0.128 0.060 0.077 0.228 0.036 0.036 0.024 0.002 45 A 0.484 0.074 0.278 0.077 0.025 0.026 0.014 0.004 0.011 0.006 0.002 46 E 0.663 0.073 0.111 0.121 0.005 0.010 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 47 D 0.540 0.053 0.071 0.253 0.022 0.015 0.030 0.007 0.006 0.002 0.001 48 D 0.434 0.077 0.128 0.206 0.031 0.033 0.068 0.012 0.008 0.001 0.001 49 V 0.373 0.288 0.199 0.077 0.015 0.030 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 50 M 0.488 0.207 0.164 0.084 0.009 0.033 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 51 Y 0.392 0.263 0.112 0.103 0.071 0.031 0.011 0.002 0.015 0.001 0.001 52 Q 0.403 0.296 0.117 0.052 0.066 0.029 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 53 T 0.329 0.232 0.239 0.088 0.033 0.042 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 54 L 0.531 0.176 0.137 0.083 0.016 0.019 0.007 0.001 0.028 0.002 0.001 55 D 0.279 0.060 0.144 0.276 0.024 0.019 0.172 0.005 0.014 0.005 0.002 56 G 0.068 0.005 0.020 0.025 0.067 0.006 0.092 0.582 0.002 0.133 0.001 57 F 0.408 0.173 0.235 0.117 0.028 0.017 0.007 0.002 0.011 0.002 0.001 58 D 0.520 0.073 0.206 0.084 0.019 0.057 0.024 0.003 0.010 0.003 0.001 59 M 0.727 0.102 0.069 0.046 0.023 0.017 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 60 M 0.789 0.117 0.050 0.015 0.009 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 61 L 0.744 0.126 0.071 0.023 0.008 0.018 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 62 L 0.765 0.145 0.034 0.022 0.008 0.016 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 63 E 0.729 0.162 0.054 0.012 0.011 0.015 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 64 I 0.667 0.157 0.086 0.028 0.006 0.034 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 65 M 0.389 0.124 0.157 0.240 0.023 0.019 0.022 0.001 0.023 0.001 0.001 66 G 0.139 0.017 0.080 0.085 0.148 0.019 0.066 0.186 0.010 0.248 0.002 67 S 0.437 0.101 0.181 0.175 0.031 0.027 0.023 0.007 0.012 0.004 0.002 68 S 0.432 0.130 0.151 0.184 0.043 0.022 0.018 0.004 0.014 0.003 0.001 69 A 0.540 0.131 0.154 0.094 0.030 0.019 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 70 L 0.339 0.311 0.165 0.102 0.035 0.020 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 71 S 0.247 0.268 0.221 0.077 0.079 0.051 0.024 0.003 0.027 0.003 0.001 72 F 0.455 0.165 0.181 0.113 0.032 0.028 0.007 0.001 0.014 0.002 0.001 73 D 0.570 0.084 0.143 0.084 0.017 0.040 0.042 0.006 0.010 0.003 0.001 74 T 0.782 0.057 0.063 0.057 0.014 0.014 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 75 L 0.869 0.031 0.034 0.051 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 76 A 0.923 0.014 0.019 0.032 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.905 0.023 0.018 0.028 0.006 0.003 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 78 T 0.851 0.044 0.041 0.040 0.008 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 79 L 0.858 0.034 0.048 0.043 0.002 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 V 0.815 0.094 0.032 0.037 0.004 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 81 E 0.717 0.112 0.062 0.056 0.015 0.013 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 82 F 0.354 0.122 0.167 0.259 0.028 0.034 0.016 0.003 0.016 0.001 0.001 83 M 0.057 0.206 0.330 0.005 0.026 0.024 0.010 0.001 0.339 0.002 0.001 84 P 0.458 0.001 0.473 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 85 K 0.507 0.064 0.198 0.140 0.012 0.036 0.015 0.007 0.017 0.002 0.001 86 A 0.745 0.033 0.108 0.078 0.010 0.007 0.005 0.002 0.007 0.004 0.001 87 D 0.647 0.023 0.069 0.207 0.008 0.010 0.020 0.006 0.005 0.003 0.002 88 N 0.352 0.027 0.052 0.319 0.053 0.029 0.089 0.057 0.010 0.012 0.001 89 W 0.661 0.055 0.119 0.121 0.011 0.012 0.009 0.002 0.009 0.001 0.001 90 K 0.763 0.072 0.068 0.069 0.004 0.005 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 91 N 0.510 0.096 0.094 0.118 0.072 0.030 0.052 0.016 0.009 0.003 0.001 92 I 0.438 0.248 0.222 0.036 0.018 0.021 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 93 L 0.368 0.253 0.250 0.038 0.009 0.054 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 94 L 0.405 0.180 0.164 0.159 0.010 0.037 0.022 0.001 0.019 0.001 0.001 95 G 0.149 0.025 0.071 0.037 0.212 0.020 0.049 0.244 0.006 0.185 0.001 96 K 0.420 0.148 0.216 0.122 0.028 0.029 0.014 0.003 0.016 0.002 0.002 97 W 0.391 0.169 0.192 0.133 0.033 0.035 0.014 0.002 0.027 0.003 0.001 98 S 0.414 0.110 0.153 0.187 0.034 0.014 0.058 0.007 0.015 0.007 0.002 99 G 0.229 0.041 0.099 0.053 0.195 0.012 0.060 0.214 0.006 0.090 0.001 100 W 0.413 0.230 0.200 0.068 0.030 0.036 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 101 I 0.434 0.333 0.149 0.028 0.014 0.020 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 102 E 0.715 0.116 0.087 0.043 0.014 0.012 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 103 Q 0.344 0.172 0.075 0.241 0.126 0.008 0.017 0.002 0.014 0.001 0.001 104 R 0.195 0.414 0.209 0.057 0.059 0.022 0.022 0.002 0.020 0.001 0.001 105 I 0.108 0.547 0.235 0.025 0.010 0.052 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 106 I 0.169 0.465 0.237 0.040 0.013 0.057 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 107 I 0.040 0.391 0.289 0.005 0.023 0.072 0.006 0.001 0.174 0.001 0.001 108 P 0.306 0.006 0.581 0.026 0.012 0.033 0.002 0.001 0.002 0.009 0.023 109 S 0.324 0.139 0.222 0.119 0.072 0.035 0.024 0.016 0.042 0.007 0.001 110 L 0.551 0.089 0.220 0.097 0.008 0.020 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 111 S 0.581 0.120 0.117 0.090 0.043 0.013 0.016 0.005 0.010 0.003 0.001 112 A 0.571 0.137 0.127 0.070 0.044 0.027 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 113 I 0.616 0.180 0.087 0.073 0.009 0.019 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 114 S 0.644 0.118 0.130 0.033 0.021 0.017 0.011 0.002 0.017 0.003 0.001 115 E 0.795 0.033 0.034 0.113 0.009 0.004 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 116 N 0.284 0.028 0.076 0.448 0.032 0.026 0.070 0.020 0.010 0.004 0.001 117 M 0.352 0.152 0.256 0.108 0.026 0.026 0.027 0.005 0.042 0.003 0.001 118 E 0.225 0.141 0.284 0.237 0.009 0.016 0.064 0.002 0.016 0.002 0.004 119 G 0.066 0.015 0.053 0.049 0.103 0.012 0.050 0.416 0.004 0.228 0.003 120 N 0.127 0.107 0.240 0.364 0.041 0.040 0.037 0.017 0.017 0.006 0.005 121 S 0.034 0.222 0.424 0.009 0.070 0.021 0.013 0.001 0.195 0.009 0.001 122 P 0.429 0.007 0.483 0.017 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.005 0.037 123 S 0.420 0.106 0.187 0.175 0.035 0.026 0.015 0.011 0.020 0.004 0.001 124 Q 0.591 0.067 0.118 0.171 0.018 0.009 0.010 0.003 0.009 0.002 0.002 125 N 0.316 0.066 0.092 0.339 0.040 0.023 0.079 0.026 0.011 0.006 0.002 126 H 0.255 0.163 0.204 0.168 0.061 0.036 0.067 0.014 0.025 0.005 0.001 127 L 0.296 0.227 0.298 0.115 0.015 0.021 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 128 S 0.227 0.250 0.272 0.102 0.046 0.039 0.027 0.005 0.025 0.004 0.002 129 A 0.333 0.181 0.279 0.074 0.066 0.024 0.012 0.005 0.018 0.005 0.002