# TARGET T0443 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0443.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.392 0.187 0.163 0.094 0.062 0.044 0.026 0.012 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 I 0.116 0.094 0.092 0.135 0.154 0.143 0.099 0.071 0.049 0.025 0.011 0.007 0.003 0.001 3 P 0.164 0.132 0.138 0.150 0.128 0.098 0.081 0.044 0.032 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 4 D 0.226 0.172 0.127 0.128 0.113 0.097 0.054 0.034 0.024 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 5 I 0.059 0.052 0.063 0.099 0.134 0.151 0.118 0.116 0.081 0.059 0.031 0.022 0.011 0.003 6 H 0.089 0.080 0.101 0.145 0.175 0.129 0.110 0.078 0.046 0.026 0.012 0.005 0.002 0.002 7 Y 0.091 0.067 0.078 0.119 0.146 0.135 0.113 0.102 0.067 0.039 0.024 0.013 0.005 0.002 8 S 0.249 0.157 0.132 0.128 0.115 0.077 0.060 0.033 0.024 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 9 N 0.227 0.162 0.146 0.151 0.114 0.087 0.051 0.030 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 10 D 0.350 0.180 0.146 0.107 0.079 0.053 0.045 0.018 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 11 S 0.399 0.178 0.113 0.107 0.073 0.058 0.041 0.014 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.411 0.184 0.129 0.094 0.068 0.052 0.032 0.012 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 Y 0.153 0.108 0.109 0.149 0.163 0.132 0.075 0.058 0.025 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 14 T 0.284 0.146 0.138 0.131 0.111 0.071 0.052 0.027 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 15 P 0.223 0.120 0.119 0.142 0.128 0.097 0.067 0.047 0.026 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 16 S 0.298 0.137 0.137 0.114 0.099 0.071 0.059 0.032 0.024 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 17 P 0.146 0.096 0.112 0.143 0.152 0.125 0.084 0.062 0.038 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 18 A 0.147 0.090 0.089 0.120 0.142 0.123 0.102 0.074 0.049 0.033 0.018 0.008 0.003 0.002 19 A 0.179 0.096 0.104 0.115 0.131 0.107 0.091 0.070 0.045 0.031 0.018 0.008 0.003 0.002 20 F 0.079 0.053 0.062 0.098 0.143 0.137 0.125 0.115 0.075 0.051 0.031 0.019 0.008 0.004 21 I 0.079 0.054 0.064 0.091 0.123 0.127 0.120 0.114 0.093 0.058 0.041 0.022 0.011 0.005 22 R 0.199 0.124 0.124 0.126 0.120 0.097 0.075 0.053 0.036 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 23 Q 0.218 0.146 0.124 0.125 0.113 0.098 0.068 0.042 0.032 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 24 Y 0.077 0.055 0.064 0.107 0.160 0.163 0.128 0.104 0.062 0.040 0.020 0.011 0.006 0.002 25 R 0.165 0.138 0.135 0.152 0.139 0.106 0.068 0.041 0.032 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 26 Y 0.143 0.085 0.089 0.122 0.151 0.128 0.098 0.080 0.046 0.028 0.016 0.008 0.003 0.001 27 D 0.247 0.182 0.149 0.126 0.107 0.077 0.049 0.025 0.021 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 28 V 0.094 0.058 0.077 0.114 0.155 0.164 0.118 0.101 0.056 0.032 0.016 0.010 0.004 0.001 29 T 0.231 0.165 0.168 0.126 0.111 0.076 0.058 0.026 0.025 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 30 H 0.354 0.153 0.132 0.131 0.093 0.064 0.033 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 31 D 0.381 0.190 0.163 0.104 0.072 0.041 0.026 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.128 0.095 0.105 0.158 0.184 0.143 0.086 0.057 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 33 Q 0.456 0.186 0.144 0.086 0.058 0.032 0.023 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.492 0.216 0.118 0.067 0.041 0.037 0.017 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.116 0.112 0.105 0.180 0.182 0.155 0.082 0.037 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 36 E 0.175 0.150 0.175 0.162 0.137 0.094 0.055 0.025 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 T 0.151 0.111 0.103 0.145 0.153 0.135 0.086 0.053 0.034 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 38 A 0.041 0.035 0.047 0.090 0.151 0.166 0.164 0.127 0.080 0.048 0.028 0.015 0.006 0.003 39 L 0.045 0.030 0.047 0.067 0.113 0.123 0.146 0.139 0.097 0.079 0.056 0.033 0.018 0.008 40 L 0.065 0.047 0.052 0.078 0.101 0.112 0.115 0.125 0.102 0.081 0.051 0.042 0.020 0.008 41 I 0.027 0.024 0.029 0.051 0.087 0.114 0.151 0.153 0.125 0.094 0.076 0.040 0.019 0.010 42 W 0.036 0.041 0.049 0.084 0.126 0.144 0.161 0.134 0.094 0.058 0.045 0.015 0.008 0.005 43 R 0.143 0.120 0.137 0.151 0.151 0.112 0.073 0.051 0.031 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 44 N 0.149 0.136 0.143 0.182 0.161 0.101 0.056 0.037 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 45 A 0.106 0.099 0.108 0.178 0.191 0.139 0.083 0.052 0.028 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 46 E 0.378 0.200 0.162 0.096 0.065 0.047 0.031 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.470 0.200 0.136 0.073 0.045 0.039 0.022 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.296 0.198 0.145 0.116 0.096 0.077 0.040 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.097 0.071 0.085 0.124 0.160 0.162 0.120 0.096 0.040 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 50 M 0.100 0.069 0.081 0.136 0.172 0.142 0.111 0.088 0.053 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 51 Y 0.128 0.078 0.089 0.124 0.143 0.119 0.094 0.082 0.063 0.037 0.022 0.013 0.005 0.002 52 Q 0.297 0.142 0.132 0.113 0.098 0.077 0.054 0.036 0.023 0.013 0.011 0.003 0.001 0.001 53 T 0.126 0.106 0.120 0.158 0.169 0.127 0.077 0.051 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 54 L 0.090 0.071 0.072 0.125 0.178 0.147 0.124 0.095 0.052 0.025 0.013 0.005 0.003 0.001 55 D 0.321 0.187 0.164 0.127 0.079 0.054 0.029 0.017 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 56 G 0.317 0.191 0.125 0.114 0.084 0.076 0.044 0.020 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 57 F 0.073 0.065 0.077 0.124 0.164 0.174 0.141 0.091 0.044 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 58 D 0.148 0.117 0.138 0.150 0.147 0.122 0.072 0.047 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 59 M 0.152 0.075 0.073 0.103 0.124 0.116 0.106 0.090 0.066 0.044 0.026 0.015 0.007 0.003 60 M 0.078 0.049 0.062 0.088 0.131 0.132 0.131 0.119 0.077 0.053 0.044 0.024 0.009 0.004 61 L 0.051 0.036 0.051 0.073 0.109 0.118 0.132 0.139 0.106 0.072 0.058 0.029 0.016 0.009 62 L 0.086 0.060 0.055 0.089 0.114 0.122 0.118 0.105 0.093 0.067 0.044 0.029 0.014 0.005 63 E 0.200 0.145 0.137 0.131 0.113 0.104 0.068 0.043 0.029 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 64 I 0.065 0.043 0.059 0.084 0.140 0.148 0.143 0.121 0.080 0.050 0.037 0.018 0.009 0.003 65 M 0.098 0.080 0.091 0.130 0.167 0.144 0.110 0.084 0.047 0.026 0.013 0.005 0.003 0.001 66 G 0.206 0.123 0.114 0.146 0.131 0.104 0.070 0.046 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 67 S 0.243 0.131 0.137 0.122 0.118 0.089 0.065 0.042 0.028 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 68 S 0.256 0.121 0.140 0.123 0.119 0.093 0.062 0.035 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 69 A 0.181 0.100 0.099 0.125 0.142 0.117 0.092 0.064 0.039 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 70 L 0.183 0.088 0.081 0.106 0.133 0.113 0.101 0.084 0.046 0.030 0.019 0.010 0.005 0.002 71 S 0.210 0.137 0.124 0.134 0.122 0.100 0.068 0.044 0.031 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 72 F 0.093 0.055 0.069 0.105 0.141 0.144 0.127 0.106 0.069 0.042 0.027 0.012 0.006 0.002 73 D 0.256 0.149 0.140 0.134 0.114 0.082 0.054 0.032 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 74 T 0.265 0.143 0.139 0.125 0.112 0.086 0.051 0.036 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 75 L 0.087 0.061 0.059 0.108 0.152 0.159 0.143 0.112 0.061 0.030 0.017 0.007 0.003 0.001 76 A 0.100 0.086 0.109 0.155 0.168 0.147 0.098 0.065 0.040 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 77 Q 0.382 0.184 0.148 0.099 0.068 0.052 0.029 0.015 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 78 T 0.147 0.115 0.136 0.161 0.169 0.117 0.067 0.041 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 79 L 0.055 0.042 0.053 0.095 0.146 0.162 0.159 0.138 0.073 0.036 0.024 0.009 0.006 0.002 80 V 0.100 0.076 0.081 0.125 0.162 0.141 0.120 0.088 0.051 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 81 E 0.320 0.192 0.150 0.108 0.076 0.066 0.036 0.022 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 82 F 0.079 0.054 0.077 0.121 0.170 0.164 0.128 0.095 0.051 0.030 0.018 0.009 0.004 0.001 83 M 0.100 0.094 0.123 0.159 0.175 0.138 0.095 0.058 0.033 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 84 P 0.297 0.154 0.130 0.147 0.116 0.072 0.039 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 85 K 0.294 0.173 0.182 0.132 0.097 0.058 0.030 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 86 A 0.225 0.141 0.155 0.147 0.138 0.086 0.055 0.023 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 87 D 0.462 0.191 0.159 0.083 0.048 0.028 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.437 0.241 0.128 0.081 0.046 0.037 0.017 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.094 0.095 0.095 0.175 0.187 0.164 0.093 0.051 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 90 K 0.212 0.166 0.187 0.135 0.106 0.091 0.052 0.021 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 91 N 0.221 0.147 0.137 0.140 0.128 0.106 0.053 0.030 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 92 I 0.071 0.051 0.058 0.106 0.153 0.154 0.143 0.115 0.063 0.039 0.024 0.014 0.007 0.002 93 L 0.062 0.046 0.069 0.109 0.157 0.148 0.129 0.121 0.069 0.042 0.026 0.014 0.006 0.003 94 L 0.083 0.060 0.059 0.104 0.141 0.130 0.120 0.109 0.086 0.049 0.031 0.017 0.007 0.003 95 G 0.250 0.141 0.128 0.125 0.106 0.086 0.059 0.043 0.028 0.015 0.013 0.004 0.002 0.001 96 K 0.297 0.167 0.152 0.121 0.090 0.075 0.045 0.022 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 97 W 0.108 0.073 0.081 0.126 0.168 0.162 0.113 0.080 0.046 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 98 S 0.231 0.136 0.133 0.143 0.127 0.092 0.063 0.035 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 99 G 0.332 0.138 0.120 0.119 0.103 0.073 0.049 0.029 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 100 W 0.162 0.114 0.122 0.142 0.160 0.108 0.078 0.054 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 101 I 0.149 0.081 0.092 0.122 0.144 0.124 0.098 0.081 0.050 0.031 0.016 0.008 0.003 0.001 102 E 0.232 0.138 0.125 0.139 0.116 0.093 0.067 0.040 0.026 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 103 Q 0.207 0.115 0.108 0.134 0.127 0.111 0.079 0.049 0.030 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 104 R 0.137 0.101 0.110 0.137 0.159 0.132 0.088 0.058 0.037 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 105 I 0.082 0.045 0.056 0.076 0.110 0.128 0.131 0.131 0.090 0.065 0.044 0.024 0.014 0.004 106 I 0.071 0.046 0.051 0.083 0.124 0.137 0.138 0.129 0.088 0.058 0.040 0.022 0.009 0.005 107 I 0.098 0.071 0.083 0.107 0.127 0.116 0.108 0.096 0.075 0.050 0.038 0.020 0.009 0.005 108 P 0.151 0.097 0.105 0.125 0.134 0.111 0.088 0.071 0.048 0.031 0.023 0.010 0.004 0.002 109 S 0.105 0.091 0.114 0.146 0.160 0.135 0.095 0.065 0.045 0.025 0.012 0.005 0.002 0.002 110 L 0.068 0.050 0.058 0.093 0.153 0.153 0.146 0.119 0.072 0.043 0.026 0.011 0.006 0.002 111 S 0.238 0.147 0.147 0.125 0.116 0.084 0.059 0.035 0.027 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 112 A 0.151 0.100 0.113 0.141 0.153 0.115 0.087 0.065 0.036 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 113 I 0.076 0.064 0.071 0.122 0.175 0.152 0.129 0.098 0.058 0.027 0.015 0.007 0.003 0.002 114 S 0.182 0.148 0.152 0.150 0.131 0.099 0.062 0.035 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 115 E 0.423 0.176 0.115 0.096 0.067 0.054 0.035 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 116 N 0.302 0.177 0.137 0.132 0.104 0.072 0.041 0.016 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 117 M 0.163 0.104 0.106 0.151 0.166 0.135 0.080 0.053 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 118 E 0.353 0.169 0.129 0.124 0.097 0.053 0.039 0.016 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 119 G 0.378 0.177 0.123 0.103 0.081 0.061 0.039 0.016 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 120 N 0.283 0.156 0.151 0.132 0.113 0.073 0.047 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 121 S 0.411 0.168 0.120 0.098 0.077 0.052 0.038 0.014 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 122 P 0.245 0.144 0.117 0.154 0.129 0.095 0.055 0.032 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 123 S 0.315 0.150 0.124 0.122 0.106 0.072 0.053 0.025 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 124 Q 0.305 0.154 0.139 0.123 0.097 0.073 0.049 0.026 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 125 N 0.323 0.150 0.113 0.122 0.102 0.076 0.052 0.027 0.015 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 126 H 0.185 0.115 0.106 0.139 0.152 0.114 0.077 0.049 0.029 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 127 L 0.137 0.071 0.078 0.110 0.147 0.130 0.106 0.091 0.054 0.038 0.019 0.013 0.005 0.002 128 S 0.292 0.138 0.124 0.115 0.102 0.077 0.059 0.035 0.026 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 129 A 0.254 0.119 0.104 0.115 0.114 0.094 0.074 0.046 0.032 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001