# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.3997 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.718 0.195 0.054 0.023 0.009 0.001 0.001 2 K 0.787 0.179 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 3 D 0.686 0.231 0.063 0.017 0.003 0.001 0.001 4 V 0.461 0.288 0.178 0.061 0.011 0.001 0.001 5 V 0.315 0.211 0.264 0.161 0.044 0.005 0.001 6 D 0.712 0.238 0.038 0.009 0.002 0.001 0.001 7 K 0.567 0.302 0.089 0.033 0.007 0.001 0.001 8 C 0.290 0.203 0.256 0.176 0.067 0.009 0.001 9 S 0.625 0.274 0.075 0.020 0.005 0.001 0.001 10 T 0.500 0.254 0.143 0.075 0.023 0.005 0.001 11 K 0.373 0.257 0.208 0.115 0.037 0.008 0.001 12 G 0.358 0.367 0.176 0.071 0.021 0.006 0.001 13 C 0.063 0.088 0.142 0.246 0.298 0.142 0.020 14 A 0.041 0.117 0.186 0.256 0.220 0.158 0.022 15 I 0.024 0.037 0.070 0.159 0.248 0.348 0.115 16 D 0.026 0.091 0.194 0.248 0.218 0.156 0.066 17 I 0.005 0.011 0.022 0.059 0.196 0.432 0.275 18 G 0.012 0.049 0.090 0.157 0.269 0.305 0.118 19 T 0.013 0.058 0.099 0.168 0.266 0.310 0.086 20 V 0.007 0.020 0.055 0.146 0.269 0.379 0.123 21 I 0.013 0.039 0.094 0.186 0.328 0.291 0.049 22 D 0.085 0.215 0.292 0.249 0.121 0.034 0.003 23 N 0.329 0.332 0.185 0.104 0.039 0.010 0.001 24 D 0.498 0.302 0.113 0.062 0.020 0.005 0.001 25 N 0.437 0.303 0.151 0.075 0.026 0.007 0.001 26 C 0.141 0.208 0.276 0.246 0.100 0.026 0.002 27 T 0.179 0.318 0.248 0.156 0.073 0.024 0.002 28 S 0.059 0.091 0.169 0.287 0.261 0.121 0.012 29 K 0.083 0.230 0.291 0.230 0.120 0.041 0.005 30 F 0.028 0.049 0.070 0.167 0.319 0.315 0.051 31 S 0.060 0.194 0.241 0.257 0.177 0.066 0.005 32 R 0.055 0.160 0.240 0.281 0.180 0.078 0.005 33 F 0.044 0.124 0.226 0.257 0.242 0.101 0.005 34 F 0.052 0.121 0.273 0.304 0.203 0.045 0.001 35 A 0.377 0.378 0.155 0.066 0.021 0.003 0.001 36 T 0.541 0.304 0.102 0.040 0.012 0.002 0.001 37 R 0.550 0.288 0.103 0.046 0.012 0.002 0.001 38 E 0.639 0.306 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 39 E 0.192 0.401 0.285 0.107 0.013 0.001 0.001 40 A 0.035 0.052 0.136 0.242 0.433 0.100 0.002 41 E 0.089 0.342 0.329 0.196 0.040 0.004 0.001 42 S 0.378 0.510 0.083 0.022 0.006 0.001 0.001 43 F 0.019 0.095 0.273 0.421 0.160 0.031 0.001 44 M 0.014 0.046 0.143 0.306 0.381 0.108 0.002 45 T 0.343 0.501 0.123 0.025 0.007 0.001 0.001 46 K 0.104 0.296 0.356 0.207 0.033 0.004 0.001 47 L 0.014 0.027 0.059 0.140 0.439 0.304 0.017 48 K 0.033 0.184 0.327 0.341 0.099 0.016 0.001 49 E 0.325 0.516 0.109 0.034 0.013 0.003 0.001 50 L 0.018 0.088 0.243 0.439 0.177 0.034 0.001 51 A 0.037 0.056 0.142 0.249 0.392 0.120 0.003 52 A 0.217 0.414 0.257 0.086 0.023 0.003 0.001 53 A 0.532 0.357 0.076 0.026 0.007 0.001 0.001 54 A 0.189 0.228 0.269 0.224 0.078 0.012 0.001 55 S 0.529 0.277 0.124 0.051 0.017 0.002 0.001 56 S 0.726 0.218 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 57 A 0.365 0.228 0.242 0.132 0.030 0.004 0.001 58 D 0.592 0.262 0.101 0.034 0.009 0.001 0.001 59 E 0.674 0.249 0.051 0.019 0.006 0.001 0.001 60 G 0.695 0.237 0.049 0.014 0.004 0.001 0.001 61 A 0.278 0.223 0.271 0.173 0.048 0.007 0.001 62 S 0.506 0.363 0.106 0.020 0.005 0.001 0.001 63 V 0.079 0.090 0.194 0.344 0.239 0.052 0.002 64 A 0.306 0.386 0.179 0.085 0.036 0.007 0.001 65 Y 0.284 0.334 0.210 0.123 0.040 0.009 0.001 66 K 0.284 0.363 0.212 0.104 0.032 0.005 0.001 67 I 0.068 0.098 0.229 0.319 0.235 0.050 0.001 68 K 0.351 0.372 0.188 0.065 0.021 0.002 0.001 69 D 0.515 0.360 0.093 0.025 0.006 0.001 0.001 70 L 0.216 0.202 0.253 0.242 0.078 0.009 0.001 71 E 0.595 0.288 0.084 0.024 0.007 0.001 0.001 72 G 0.581 0.307 0.081 0.026 0.004 0.001 0.001 73 Q 0.420 0.353 0.161 0.050 0.014 0.002 0.001 74 V 0.076 0.153 0.278 0.331 0.135 0.026 0.001 75 E 0.069 0.265 0.358 0.199 0.084 0.022 0.001 76 L 0.013 0.036 0.080 0.232 0.340 0.272 0.026 77 D 0.026 0.198 0.343 0.298 0.105 0.028 0.002 78 A 0.005 0.024 0.048 0.176 0.302 0.395 0.051 79 A 0.010 0.107 0.291 0.351 0.176 0.061 0.005 80 F 0.004 0.015 0.033 0.163 0.326 0.412 0.048 81 T 0.029 0.209 0.305 0.258 0.150 0.046 0.004 82 F 0.009 0.022 0.047 0.191 0.281 0.378 0.073 83 S 0.058 0.201 0.241 0.214 0.193 0.082 0.011 84 C 0.047 0.090 0.146 0.266 0.256 0.166 0.029 85 Q 0.187 0.295 0.208 0.129 0.115 0.054 0.013 86 A 0.066 0.086 0.129 0.239 0.208 0.196 0.078 87 E 0.097 0.108 0.141 0.169 0.242 0.178 0.065 88 M 0.208 0.228 0.208 0.167 0.106 0.062 0.021 89 I 0.122 0.098 0.111 0.177 0.217 0.198 0.076 90 I 0.135 0.141 0.133 0.175 0.166 0.179 0.072 91 F 0.085 0.079 0.115 0.208 0.263 0.194 0.055 92 E 0.194 0.261 0.222 0.169 0.092 0.050 0.011 93 L 0.135 0.110 0.167 0.254 0.207 0.109 0.018 94 S 0.412 0.307 0.146 0.081 0.034 0.016 0.003 95 L 0.276 0.164 0.173 0.199 0.124 0.057 0.008 96 R 0.460 0.251 0.141 0.085 0.042 0.019 0.003 97 S 0.379 0.233 0.155 0.130 0.062 0.035 0.006 98 L 0.336 0.142 0.152 0.169 0.124 0.064 0.012 99 A 0.626 0.218 0.087 0.043 0.018 0.008 0.001