# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 181 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.010 0.002 0.043 0.039 0.060 0.159 0.003 0.001 0.056 0.609 2 G 0.066 0.023 0.003 0.054 0.042 0.062 0.127 0.005 0.001 0.079 0.537 3 S 0.056 0.024 0.003 0.033 0.037 0.045 0.125 0.004 0.001 0.064 0.608 4 S 0.070 0.044 0.003 0.044 0.034 0.048 0.120 0.008 0.001 0.060 0.568 5 H 0.140 0.037 0.005 0.032 0.032 0.049 0.105 0.008 0.002 0.065 0.525 6 H 0.049 0.020 0.002 0.039 0.037 0.065 0.123 0.004 0.001 0.051 0.610 7 H 0.059 0.014 0.002 0.023 0.021 0.045 0.104 0.003 0.001 0.046 0.682 8 H 0.024 0.003 0.002 0.028 0.044 0.060 0.170 0.001 0.001 0.087 0.580 9 H 0.028 0.006 0.003 0.033 0.022 0.028 0.126 0.002 0.001 0.049 0.703 10 H 0.354 0.015 0.002 0.013 0.014 0.012 0.074 0.008 0.001 0.025 0.481 11 S 0.217 0.020 0.001 0.010 0.007 0.010 0.088 0.011 0.001 0.019 0.615 12 S 0.055 0.010 0.001 0.009 0.008 0.013 0.094 0.001 0.001 0.027 0.781 13 G 0.008 0.006 0.001 0.030 0.022 0.044 0.143 0.001 0.001 0.022 0.723 14 L 0.026 0.016 0.001 0.024 0.017 0.030 0.133 0.003 0.001 0.038 0.710 15 V 0.171 0.016 0.002 0.023 0.022 0.022 0.123 0.010 0.002 0.105 0.504 16 P 0.099 0.028 0.002 0.018 0.009 0.013 0.107 0.004 0.001 0.051 0.669 17 R 0.027 0.031 0.001 0.020 0.007 0.014 0.115 0.003 0.001 0.032 0.751 18 G 0.129 0.077 0.006 0.023 0.006 0.010 0.108 0.016 0.003 0.058 0.565 19 S 0.228 0.123 0.003 0.015 0.007 0.010 0.089 0.021 0.003 0.045 0.457 20 K 0.166 0.102 0.005 0.011 0.004 0.007 0.075 0.013 0.003 0.052 0.562 21 M 0.070 0.092 0.006 0.016 0.008 0.017 0.135 0.009 0.002 0.048 0.597 22 D 0.171 0.121 0.006 0.014 0.004 0.009 0.093 0.012 0.003 0.066 0.501 23 M 0.210 0.108 0.008 0.018 0.007 0.010 0.103 0.017 0.004 0.069 0.446 24 E 0.147 0.140 0.006 0.012 0.006 0.014 0.110 0.018 0.003 0.041 0.504 25 D 0.159 0.043 0.008 0.020 0.010 0.021 0.114 0.010 0.004 0.153 0.458 26 A 0.042 0.055 0.004 0.045 0.021 0.032 0.143 0.005 0.001 0.062 0.590 27 D 0.070 0.106 0.003 0.028 0.020 0.040 0.111 0.012 0.001 0.055 0.554 28 M 0.040 0.037 0.005 0.028 0.031 0.042 0.146 0.007 0.002 0.155 0.507 29 T 0.055 0.114 0.005 0.042 0.044 0.060 0.105 0.005 0.002 0.093 0.473 30 L 0.056 0.117 0.003 0.039 0.038 0.061 0.099 0.009 0.001 0.059 0.518 31 W 0.086 0.070 0.007 0.039 0.027 0.047 0.130 0.015 0.004 0.090 0.486 32 T 0.113 0.097 0.006 0.032 0.038 0.058 0.092 0.009 0.002 0.050 0.502 33 E 0.089 0.063 0.003 0.021 0.017 0.032 0.083 0.006 0.001 0.060 0.626 34 A 0.072 0.055 0.004 0.022 0.025 0.035 0.142 0.005 0.001 0.062 0.576 35 E 0.059 0.069 0.005 0.022 0.019 0.033 0.113 0.007 0.002 0.054 0.616 36 F 0.172 0.055 0.005 0.015 0.014 0.027 0.102 0.018 0.002 0.059 0.531 37 E 0.174 0.024 0.005 0.015 0.018 0.023 0.108 0.006 0.002 0.147 0.478 38 E 0.033 0.028 0.006 0.026 0.022 0.032 0.109 0.004 0.001 0.052 0.687 39 K 0.076 0.047 0.004 0.027 0.024 0.043 0.116 0.011 0.001 0.050 0.601 40 C 0.154 0.025 0.003 0.022 0.024 0.038 0.111 0.013 0.003 0.057 0.550 41 T 0.034 0.013 0.003 0.029 0.048 0.064 0.109 0.002 0.001 0.057 0.640 42 Y 0.012 0.008 0.003 0.037 0.044 0.075 0.105 0.002 0.001 0.037 0.676 43 I 0.121 0.009 0.003 0.047 0.052 0.060 0.141 0.007 0.001 0.067 0.492 44 V 0.175 0.005 0.001 0.026 0.026 0.031 0.116 0.004 0.001 0.047 0.567 45 N 0.009 0.002 0.001 0.024 0.019 0.042 0.140 0.001 0.001 0.020 0.742 46 D 0.006 0.003 0.001 0.018 0.011 0.029 0.131 0.001 0.001 0.017 0.785 47 H 0.055 0.006 0.001 0.041 0.047 0.042 0.153 0.003 0.001 0.073 0.577 48 P 0.077 0.014 0.002 0.032 0.022 0.028 0.123 0.006 0.001 0.073 0.623 49 W 0.052 0.013 0.001 0.028 0.020 0.034 0.128 0.003 0.001 0.038 0.681 50 D 0.077 0.014 0.003 0.029 0.015 0.032 0.102 0.004 0.001 0.047 0.677 51 S 0.056 0.012 0.003 0.035 0.025 0.038 0.122 0.003 0.001 0.050 0.654 52 G 0.110 0.012 0.004 0.018 0.019 0.029 0.104 0.005 0.001 0.054 0.645 53 A 0.110 0.007 0.002 0.019 0.024 0.030 0.140 0.004 0.001 0.059 0.604 54 D 0.060 0.007 0.001 0.018 0.011 0.019 0.125 0.002 0.001 0.048 0.707 55 G 0.020 0.008 0.001 0.017 0.017 0.025 0.142 0.001 0.001 0.028 0.740 56 G 0.020 0.019 0.001 0.018 0.015 0.025 0.128 0.002 0.001 0.031 0.742 57 T 0.036 0.095 0.002 0.021 0.035 0.035 0.112 0.004 0.001 0.046 0.613 58 S 0.052 0.277 0.002 0.015 0.024 0.042 0.074 0.008 0.001 0.051 0.455 59 V 0.180 0.380 0.003 0.013 0.017 0.033 0.046 0.008 0.001 0.040 0.279 60 Q 0.165 0.107 0.012 0.026 0.027 0.057 0.079 0.011 0.005 0.095 0.416 61 A 0.123 0.047 0.010 0.052 0.056 0.130 0.088 0.012 0.004 0.077 0.402 62 E 0.292 0.011 0.002 0.017 0.017 0.030 0.078 0.004 0.002 0.062 0.485 63 A 0.007 0.003 0.001 0.015 0.085 0.080 0.130 0.001 0.001 0.019 0.659 64 S 0.007 0.006 0.003 0.014 0.019 0.054 0.104 0.001 0.001 0.034 0.758 65 L 0.076 0.008 0.004 0.022 0.063 0.053 0.180 0.004 0.001 0.057 0.533 66 P 0.385 0.027 0.002 0.013 0.011 0.015 0.074 0.007 0.001 0.040 0.427 67 R 0.058 0.021 0.001 0.037 0.028 0.059 0.114 0.003 0.001 0.029 0.652 68 N 0.007 0.011 0.001 0.061 0.016 0.065 0.133 0.001 0.001 0.039 0.665 69 L 0.006 0.007 0.001 0.228 0.150 0.228 0.081 0.001 0.001 0.041 0.257 70 L 0.007 0.010 0.001 0.276 0.141 0.240 0.044 0.001 0.001 0.068 0.212 71 F 0.008 0.004 0.002 0.150 0.206 0.181 0.062 0.001 0.001 0.088 0.298 72 K 0.029 0.006 0.001 0.195 0.216 0.219 0.052 0.002 0.001 0.069 0.210 73 Y 0.061 0.007 0.001 0.097 0.086 0.131 0.089 0.003 0.001 0.079 0.444 74 A 0.020 0.003 0.002 0.050 0.052 0.080 0.145 0.002 0.001 0.048 0.597 75 T 0.043 0.012 0.005 0.044 0.039 0.055 0.123 0.003 0.001 0.043 0.632 76 N 0.293 0.023 0.005 0.018 0.019 0.024 0.080 0.010 0.001 0.054 0.473 77 S 0.262 0.036 0.004 0.017 0.017 0.021 0.113 0.007 0.001 0.047 0.475 78 E 0.049 0.026 0.004 0.022 0.019 0.044 0.109 0.003 0.001 0.063 0.660 79 E 0.024 0.029 0.001 0.071 0.060 0.143 0.134 0.002 0.001 0.057 0.479 80 V 0.016 0.043 0.001 0.062 0.085 0.180 0.104 0.003 0.001 0.065 0.441 81 I 0.004 0.019 0.001 0.057 0.277 0.277 0.057 0.001 0.001 0.083 0.224 82 G 0.011 0.037 0.002 0.079 0.229 0.392 0.033 0.002 0.001 0.079 0.135 83 V 0.011 0.019 0.002 0.071 0.316 0.288 0.044 0.002 0.001 0.061 0.186 84 M 0.036 0.016 0.008 0.082 0.222 0.302 0.043 0.005 0.002 0.065 0.220 85 S 0.106 0.020 0.003 0.077 0.162 0.207 0.060 0.006 0.001 0.047 0.310 86 K 0.148 0.007 0.003 0.026 0.029 0.048 0.086 0.003 0.001 0.058 0.592 87 E 0.006 0.003 0.001 0.029 0.074 0.117 0.179 0.001 0.001 0.016 0.575 88 Y 0.009 0.005 0.003 0.018 0.018 0.042 0.093 0.001 0.001 0.025 0.786 89 I 0.038 0.003 0.002 0.020 0.086 0.071 0.213 0.002 0.001 0.077 0.488 90 P 0.343 0.022 0.002 0.024 0.013 0.021 0.073 0.005 0.001 0.066 0.429 91 K 0.053 0.013 0.002 0.041 0.018 0.031 0.115 0.004 0.001 0.032 0.691 92 G 0.040 0.009 0.004 0.052 0.018 0.054 0.111 0.004 0.001 0.033 0.676 93 T 0.037 0.003 0.001 0.074 0.120 0.136 0.105 0.001 0.001 0.045 0.478 94 R 0.006 0.006 0.001 0.127 0.070 0.110 0.087 0.001 0.001 0.037 0.555 95 F 0.041 0.015 0.001 0.045 0.080 0.076 0.120 0.003 0.001 0.036 0.582 96 G 0.182 0.011 0.006 0.058 0.117 0.142 0.089 0.006 0.001 0.083 0.304 97 P 0.013 0.006 0.001 0.036 0.064 0.114 0.130 0.001 0.001 0.036 0.598 98 L 0.035 0.007 0.001 0.093 0.114 0.262 0.080 0.002 0.001 0.040 0.366 99 I 0.011 0.005 0.001 0.065 0.107 0.219 0.119 0.001 0.001 0.026 0.446 100 G 0.009 0.003 0.001 0.078 0.147 0.206 0.083 0.001 0.001 0.054 0.418 101 E 0.002 0.001 0.001 0.056 0.318 0.376 0.046 0.001 0.001 0.025 0.175 102 I 0.015 0.003 0.001 0.089 0.134 0.149 0.077 0.001 0.001 0.042 0.489 103 Y 0.026 0.002 0.002 0.052 0.207 0.121 0.096 0.002 0.001 0.059 0.433 104 T 0.146 0.012 0.002 0.090 0.037 0.052 0.078 0.007 0.001 0.048 0.529 105 N 0.115 0.005 0.001 0.015 0.012 0.014 0.084 0.002 0.001 0.036 0.715 106 D 0.004 0.002 0.001 0.011 0.027 0.040 0.160 0.001 0.001 0.015 0.741 107 T 0.008 0.009 0.001 0.016 0.017 0.039 0.103 0.001 0.001 0.047 0.759 108 V 0.086 0.026 0.001 0.017 0.025 0.024 0.134 0.008 0.001 0.062 0.616 109 P 0.175 0.052 0.005 0.013 0.016 0.020 0.094 0.009 0.002 0.116 0.499 110 K 0.080 0.050 0.004 0.012 0.009 0.019 0.080 0.007 0.002 0.034 0.701 111 N 0.388 0.067 0.004 0.011 0.006 0.011 0.060 0.006 0.001 0.040 0.407 112 A 0.060 0.077 0.004 0.013 0.011 0.020 0.107 0.005 0.001 0.032 0.671 113 N 0.080 0.211 0.003 0.008 0.011 0.023 0.085 0.005 0.001 0.035 0.538 114 R 0.115 0.259 0.005 0.014 0.031 0.048 0.080 0.005 0.001 0.059 0.383 115 K 0.026 0.224 0.004 0.033 0.050 0.105 0.089 0.004 0.001 0.109 0.354 116 Y 0.039 0.185 0.004 0.049 0.112 0.295 0.046 0.005 0.001 0.074 0.190 117 F 0.024 0.076 0.001 0.049 0.162 0.357 0.051 0.003 0.001 0.055 0.221 118 W 0.007 0.019 0.001 0.029 0.267 0.403 0.031 0.001 0.001 0.071 0.172 119 R 0.003 0.006 0.001 0.034 0.321 0.506 0.015 0.001 0.001 0.052 0.060 120 I 0.017 0.005 0.010 0.036 0.312 0.343 0.035 0.002 0.001 0.075 0.166 121 Y 0.165 0.002 0.004 0.020 0.269 0.228 0.046 0.003 0.001 0.062 0.199 122 S 0.487 0.003 0.001 0.010 0.021 0.029 0.036 0.002 0.001 0.030 0.380 123 R 0.030 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.067 0.001 0.001 0.015 0.863 124 G 0.015 0.002 0.003 0.010 0.043 0.032 0.096 0.001 0.001 0.037 0.760 125 E 0.013 0.003 0.001 0.024 0.207 0.159 0.094 0.001 0.001 0.058 0.439 126 L 0.005 0.004 0.001 0.050 0.185 0.261 0.071 0.001 0.001 0.047 0.376 127 H 0.003 0.002 0.001 0.056 0.254 0.378 0.034 0.001 0.001 0.049 0.223 128 H 0.003 0.002 0.001 0.132 0.283 0.410 0.021 0.001 0.001 0.034 0.114 129 F 0.004 0.002 0.001 0.082 0.337 0.325 0.033 0.001 0.001 0.034 0.182 130 I 0.008 0.002 0.001 0.180 0.296 0.244 0.048 0.001 0.001 0.043 0.177 131 D 0.091 0.009 0.001 0.150 0.086 0.118 0.087 0.004 0.001 0.066 0.388 132 G 0.037 0.007 0.001 0.079 0.035 0.054 0.160 0.002 0.001 0.058 0.566 133 F 0.026 0.016 0.002 0.035 0.016 0.029 0.137 0.004 0.001 0.030 0.704 134 N 0.319 0.030 0.005 0.035 0.017 0.022 0.098 0.011 0.001 0.104 0.358 135 E 0.084 0.038 0.005 0.029 0.012 0.016 0.146 0.008 0.002 0.091 0.569 136 E 0.162 0.117 0.003 0.017 0.011 0.021 0.107 0.009 0.001 0.051 0.500 137 K 0.101 0.139 0.004 0.017 0.012 0.030 0.112 0.009 0.001 0.063 0.513 138 S 0.036 0.146 0.006 0.018 0.020 0.043 0.132 0.005 0.001 0.094 0.499 139 N 0.101 0.176 0.010 0.039 0.059 0.124 0.079 0.010 0.002 0.123 0.275 140 W 0.085 0.103 0.006 0.064 0.059 0.126 0.111 0.013 0.003 0.103 0.326 141 M 0.056 0.040 0.005 0.072 0.088 0.166 0.093 0.007 0.002 0.106 0.366 142 R 0.017 0.014 0.001 0.108 0.145 0.284 0.084 0.002 0.001 0.053 0.290 143 Y 0.005 0.009 0.002 0.099 0.108 0.182 0.100 0.001 0.001 0.061 0.434 144 V 0.028 0.014 0.003 0.138 0.163 0.094 0.107 0.003 0.001 0.068 0.380 145 N 0.192 0.029 0.004 0.136 0.064 0.068 0.075 0.020 0.002 0.123 0.288 146 P 0.089 0.012 0.001 0.032 0.008 0.011 0.132 0.006 0.001 0.056 0.652 147 A 0.009 0.012 0.001 0.033 0.014 0.020 0.171 0.001 0.001 0.062 0.676 148 H 0.004 0.107 0.001 0.015 0.004 0.007 0.101 0.002 0.001 0.043 0.716 149 S 0.098 0.745 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.026 0.001 0.029 0.076 150 P 0.134 0.676 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 0.004 0.101 0.044 151 R 0.029 0.890 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.021 0.037 152 E 0.064 0.765 0.005 0.002 0.001 0.002 0.011 0.007 0.001 0.084 0.058 153 Q 0.019 0.827 0.008 0.004 0.002 0.004 0.017 0.007 0.002 0.049 0.062 154 N 0.011 0.766 0.005 0.001 0.005 0.017 0.021 0.004 0.001 0.086 0.084 155 L 0.043 0.700 0.005 0.004 0.011 0.017 0.026 0.005 0.001 0.078 0.109 156 A 0.030 0.272 0.014 0.018 0.060 0.076 0.058 0.004 0.004 0.328 0.137 157 A 0.019 0.030 0.094 0.021 0.083 0.186 0.052 0.007 0.023 0.308 0.177 158 C 0.501 0.009 0.020 0.023 0.049 0.053 0.054 0.006 0.005 0.104 0.175 159 Q 0.324 0.002 0.005 0.007 0.021 0.030 0.070 0.002 0.001 0.086 0.452 160 N 0.016 0.001 0.001 0.012 0.006 0.018 0.136 0.001 0.001 0.024 0.785 161 G 0.007 0.001 0.001 0.014 0.010 0.019 0.116 0.001 0.001 0.021 0.811 162 M 0.003 0.001 0.001 0.045 0.228 0.122 0.135 0.001 0.001 0.035 0.431 163 N 0.002 0.002 0.001 0.188 0.161 0.288 0.055 0.001 0.001 0.087 0.215 164 I 0.001 0.001 0.001 0.260 0.221 0.223 0.033 0.001 0.001 0.115 0.147 165 Y 0.001 0.001 0.001 0.437 0.180 0.255 0.016 0.001 0.001 0.041 0.068 166 F 0.002 0.001 0.001 0.187 0.317 0.321 0.024 0.001 0.001 0.026 0.121 167 Y 0.006 0.001 0.001 0.134 0.275 0.358 0.032 0.001 0.001 0.045 0.146 168 T 0.006 0.001 0.001 0.170 0.259 0.331 0.047 0.001 0.001 0.031 0.153 169 I 0.033 0.001 0.002 0.061 0.111 0.156 0.079 0.001 0.001 0.043 0.514 170 K 0.005 0.001 0.001 0.019 0.270 0.259 0.112 0.001 0.001 0.016 0.318 171 P 0.005 0.001 0.001 0.009 0.031 0.085 0.083 0.001 0.001 0.028 0.757 172 I 0.022 0.001 0.001 0.004 0.074 0.091 0.146 0.001 0.001 0.031 0.630 173 P 0.616 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.038 0.002 0.001 0.028 0.303 174 A 0.052 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.081 0.001 0.001 0.018 0.828 175 N 0.005 0.003 0.001 0.007 0.006 0.010 0.056 0.001 0.001 0.010 0.904 176 Q 0.018 0.005 0.001 0.022 0.203 0.121 0.062 0.001 0.001 0.080 0.487 177 E 0.003 0.008 0.001 0.074 0.199 0.299 0.058 0.001 0.001 0.123 0.235 178 L 0.002 0.008 0.001 0.050 0.235 0.438 0.025 0.001 0.001 0.055 0.187 179 L 0.005 0.013 0.001 0.088 0.247 0.444 0.020 0.001 0.001 0.031 0.151 180 V 0.003 0.010 0.001 0.131 0.267 0.362 0.025 0.001 0.001 0.053 0.148 181 W 0.003 0.013 0.002 0.171 0.273 0.313 0.030 0.001 0.001 0.063 0.130 182 Y 0.035 0.070 0.003 0.319 0.103 0.085 0.060 0.007 0.001 0.118 0.201 183 C 0.145 0.578 0.002 0.012 0.015 0.011 0.023 0.033 0.001 0.018 0.161 184 R 0.067 0.513 0.004 0.003 0.008 0.011 0.038 0.009 0.001 0.153 0.193 185 D 0.035 0.718 0.011 0.001 0.002 0.008 0.025 0.011 0.004 0.031 0.154 186 F 0.176 0.530 0.015 0.004 0.005 0.010 0.035 0.034 0.008 0.068 0.114 187 A 0.177 0.043 0.156 0.005 0.006 0.014 0.028 0.127 0.211 0.076 0.158 188 E 0.601 0.013 0.010 0.004 0.016 0.019 0.033 0.006 0.006 0.023 0.268 189 R 0.036 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.038 0.001 0.001 0.011 0.898 190 L 0.007 0.002 0.001 0.016 0.015 0.014 0.175 0.001 0.001 0.020 0.748 191 H 0.022 0.004 0.001 0.020 0.006 0.010 0.129 0.001 0.001 0.021 0.787 192 Y 0.004 0.001 0.001 0.015 0.015 0.014 0.201 0.001 0.001 0.014 0.735 193 P 0.017 0.016 0.001 0.062 0.005 0.008 0.097 0.001 0.001 0.030 0.763 194 Y 0.192 0.121 0.001 0.016 0.003 0.006 0.084 0.016 0.001 0.032 0.528 195 P 0.059 0.042 0.001 0.025 0.001 0.003 0.103 0.003 0.001 0.444 0.318 196 G 0.023 0.227 0.007 0.073 0.006 0.010 0.081 0.004 0.001 0.085 0.482 197 E 0.074 0.511 0.002 0.025 0.007 0.017 0.055 0.013 0.001 0.067 0.229 198 L 0.209 0.146 0.019 0.017 0.005 0.014 0.058 0.073 0.029 0.174 0.256 199 T 0.173 0.124 0.013 0.022 0.039 0.049 0.075 0.006 0.004 0.095 0.400 200 M 0.040 0.018 0.016 0.015 0.022 0.046 0.063 0.004 0.003 0.087 0.686 201 M 0.062 0.005 0.006 0.022 0.064 0.054 0.230 0.002 0.002 0.091 0.460 202 N 0.144 0.006 0.003 0.009 0.017 0.025 0.095 0.003 0.002 0.030 0.666 203 L 0.014 0.001 0.001 0.007 0.011 0.020 0.139 0.001 0.001 0.011 0.797 204 T 0.013 0.002 0.001 0.012 0.011 0.023 0.140 0.001 0.001 0.013 0.787 205 Q 0.007 0.001 0.001 0.021 0.042 0.059 0.145 0.001 0.001 0.014 0.710