# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 181 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.012 0.028 0.038 0.048 0.158 0.036 0.646 2 G 0.043 0.030 0.034 0.037 0.062 0.115 0.040 0.640 3 S 0.094 0.039 0.031 0.046 0.052 0.121 0.064 0.553 4 S 0.100 0.056 0.046 0.044 0.072 0.109 0.081 0.492 5 H 0.118 0.041 0.030 0.034 0.066 0.118 0.074 0.518 6 H 0.085 0.028 0.054 0.052 0.092 0.125 0.064 0.499 7 H 0.074 0.021 0.037 0.047 0.072 0.111 0.059 0.578 8 H 0.044 0.016 0.035 0.048 0.071 0.134 0.069 0.583 9 H 0.022 0.014 0.033 0.027 0.044 0.134 0.042 0.684 10 H 0.410 0.070 0.012 0.014 0.014 0.064 0.091 0.326 11 S 0.361 0.052 0.008 0.007 0.011 0.063 0.061 0.438 12 S 0.052 0.031 0.008 0.010 0.014 0.108 0.035 0.741 13 G 0.028 0.040 0.018 0.020 0.037 0.148 0.039 0.670 14 L 0.049 0.048 0.035 0.034 0.036 0.124 0.070 0.604 15 V 0.319 0.068 0.018 0.023 0.024 0.079 0.100 0.369 16 P 0.178 0.070 0.015 0.010 0.015 0.086 0.065 0.562 17 R 0.071 0.057 0.013 0.005 0.010 0.115 0.031 0.700 18 G 0.113 0.087 0.020 0.009 0.013 0.108 0.068 0.581 19 S 0.140 0.106 0.015 0.010 0.012 0.095 0.058 0.564 20 K 0.145 0.087 0.015 0.010 0.014 0.097 0.067 0.565 21 M 0.067 0.098 0.017 0.009 0.012 0.121 0.040 0.636 22 D 0.137 0.189 0.017 0.006 0.010 0.090 0.065 0.486 23 M 0.137 0.160 0.021 0.011 0.013 0.098 0.085 0.475 24 E 0.142 0.193 0.021 0.012 0.018 0.098 0.065 0.451 25 D 0.132 0.068 0.035 0.012 0.020 0.111 0.190 0.432 26 A 0.079 0.099 0.048 0.019 0.028 0.133 0.099 0.496 27 D 0.094 0.127 0.030 0.021 0.035 0.112 0.085 0.495 28 M 0.051 0.077 0.050 0.025 0.036 0.116 0.133 0.510 29 T 0.088 0.200 0.043 0.027 0.045 0.104 0.122 0.371 30 L 0.087 0.202 0.041 0.028 0.038 0.092 0.074 0.439 31 W 0.081 0.223 0.052 0.025 0.041 0.085 0.078 0.415 32 T 0.131 0.209 0.028 0.016 0.032 0.079 0.101 0.404 33 E 0.119 0.207 0.029 0.015 0.020 0.080 0.073 0.458 34 A 0.085 0.192 0.024 0.019 0.024 0.091 0.045 0.521 35 E 0.090 0.122 0.022 0.012 0.019 0.088 0.066 0.580 36 F 0.172 0.115 0.015 0.011 0.015 0.084 0.087 0.501 37 E 0.144 0.074 0.018 0.013 0.015 0.091 0.144 0.499 38 E 0.058 0.049 0.020 0.011 0.017 0.120 0.050 0.674 39 K 0.126 0.054 0.029 0.020 0.032 0.100 0.062 0.577 40 C 0.135 0.039 0.025 0.022 0.033 0.099 0.074 0.572 41 T 0.039 0.021 0.036 0.028 0.047 0.123 0.051 0.655 42 Y 0.036 0.015 0.047 0.033 0.045 0.110 0.044 0.671 43 I 0.215 0.013 0.047 0.026 0.033 0.097 0.079 0.491 44 V 0.161 0.008 0.024 0.017 0.023 0.093 0.050 0.624 45 N 0.018 0.004 0.017 0.013 0.025 0.109 0.018 0.796 46 D 0.018 0.006 0.025 0.015 0.023 0.121 0.022 0.770 47 H 0.122 0.018 0.040 0.038 0.034 0.125 0.078 0.545 48 P 0.100 0.020 0.031 0.025 0.041 0.106 0.062 0.615 49 W 0.059 0.014 0.024 0.020 0.032 0.121 0.032 0.699 50 D 0.080 0.023 0.042 0.028 0.040 0.124 0.057 0.605 51 S 0.071 0.018 0.034 0.023 0.034 0.116 0.048 0.657 52 G 0.182 0.014 0.025 0.020 0.024 0.100 0.074 0.562 53 A 0.106 0.008 0.018 0.014 0.016 0.111 0.035 0.693 54 D 0.101 0.013 0.010 0.006 0.009 0.100 0.051 0.711 55 G 0.034 0.015 0.012 0.008 0.013 0.142 0.028 0.748 56 G 0.039 0.066 0.025 0.023 0.034 0.113 0.036 0.665 57 T 0.086 0.174 0.025 0.033 0.033 0.109 0.044 0.496 58 S 0.070 0.323 0.039 0.026 0.038 0.081 0.045 0.376 59 V 0.159 0.287 0.028 0.020 0.039 0.078 0.064 0.325 60 Q 0.305 0.075 0.056 0.024 0.032 0.079 0.173 0.257 61 A 0.177 0.034 0.022 0.027 0.060 0.103 0.084 0.495 62 E 0.057 0.012 0.012 0.020 0.041 0.110 0.039 0.709 63 A 0.010 0.004 0.027 0.045 0.063 0.150 0.026 0.674 64 S 0.012 0.006 0.023 0.051 0.070 0.112 0.058 0.668 65 L 0.079 0.012 0.023 0.050 0.054 0.118 0.069 0.595 66 P 0.348 0.034 0.010 0.009 0.010 0.077 0.108 0.404 67 R 0.046 0.025 0.036 0.021 0.054 0.134 0.061 0.624 68 N 0.013 0.016 0.094 0.036 0.138 0.084 0.056 0.564 69 L 0.010 0.014 0.137 0.208 0.269 0.060 0.039 0.262 70 L 0.014 0.013 0.192 0.226 0.182 0.048 0.087 0.238 71 F 0.034 0.008 0.121 0.216 0.231 0.057 0.099 0.235 72 K 0.044 0.010 0.094 0.112 0.282 0.069 0.068 0.322 73 Y 0.079 0.007 0.050 0.118 0.140 0.096 0.065 0.444 74 A 0.014 0.004 0.050 0.141 0.161 0.121 0.032 0.477 75 T 0.013 0.004 0.028 0.030 0.056 0.134 0.028 0.708 76 N 0.287 0.022 0.015 0.030 0.026 0.110 0.140 0.370 77 S 0.162 0.038 0.008 0.010 0.017 0.125 0.075 0.566 78 E 0.053 0.016 0.012 0.015 0.035 0.135 0.078 0.655 79 E 0.016 0.025 0.049 0.107 0.242 0.113 0.048 0.400 80 V 0.015 0.034 0.042 0.123 0.200 0.096 0.061 0.429 81 I 0.007 0.013 0.069 0.299 0.313 0.037 0.123 0.139 82 G 0.005 0.019 0.081 0.173 0.512 0.024 0.078 0.109 83 V 0.011 0.019 0.075 0.408 0.248 0.039 0.043 0.157 84 M 0.014 0.011 0.172 0.325 0.265 0.028 0.056 0.130 85 S 0.150 0.026 0.045 0.080 0.218 0.054 0.109 0.318 86 K 0.200 0.008 0.019 0.048 0.063 0.083 0.070 0.509 87 E 0.008 0.005 0.026 0.083 0.099 0.106 0.021 0.652 88 Y 0.009 0.008 0.021 0.028 0.061 0.102 0.031 0.739 89 I 0.102 0.013 0.029 0.071 0.044 0.117 0.098 0.526 90 P 0.303 0.043 0.015 0.020 0.019 0.082 0.130 0.387 91 K 0.050 0.027 0.018 0.015 0.038 0.111 0.044 0.697 92 G 0.050 0.020 0.046 0.035 0.071 0.104 0.054 0.619 93 T 0.046 0.022 0.068 0.126 0.138 0.115 0.055 0.430 94 R 0.019 0.020 0.062 0.104 0.158 0.093 0.052 0.491 95 F 0.038 0.041 0.042 0.077 0.109 0.112 0.076 0.505 96 G 0.049 0.025 0.074 0.116 0.254 0.075 0.161 0.245 97 P 0.036 0.024 0.037 0.106 0.149 0.080 0.069 0.499 98 L 0.065 0.021 0.044 0.252 0.237 0.065 0.049 0.265 99 I 0.035 0.019 0.027 0.088 0.165 0.084 0.073 0.508 100 G 0.053 0.009 0.024 0.113 0.336 0.079 0.070 0.317 101 E 0.013 0.005 0.031 0.304 0.300 0.045 0.051 0.251 102 I 0.027 0.007 0.036 0.167 0.198 0.082 0.039 0.443 103 Y 0.053 0.006 0.051 0.115 0.108 0.093 0.070 0.505 104 T 0.138 0.017 0.014 0.030 0.067 0.071 0.058 0.606 105 N 0.269 0.023 0.003 0.012 0.015 0.058 0.047 0.573 106 D 0.014 0.012 0.008 0.032 0.034 0.106 0.017 0.776 107 T 0.012 0.029 0.013 0.022 0.041 0.090 0.039 0.754 108 V 0.092 0.095 0.013 0.040 0.037 0.100 0.090 0.533 109 P 0.228 0.103 0.017 0.021 0.018 0.081 0.136 0.397 110 K 0.094 0.066 0.016 0.010 0.021 0.086 0.051 0.655 111 N 0.165 0.082 0.017 0.010 0.013 0.084 0.067 0.562 112 A 0.064 0.093 0.018 0.012 0.014 0.124 0.041 0.634 113 N 0.079 0.268 0.009 0.009 0.013 0.086 0.058 0.480 114 R 0.083 0.269 0.014 0.022 0.040 0.094 0.089 0.389 115 K 0.041 0.225 0.029 0.050 0.099 0.103 0.085 0.367 116 Y 0.036 0.193 0.041 0.106 0.228 0.063 0.093 0.239 117 F 0.034 0.114 0.034 0.099 0.284 0.057 0.121 0.259 118 W 0.024 0.043 0.042 0.205 0.366 0.041 0.124 0.156 119 R 0.008 0.009 0.056 0.257 0.362 0.038 0.104 0.166 120 I 0.008 0.002 0.054 0.322 0.330 0.047 0.053 0.184 121 Y 0.112 0.002 0.045 0.127 0.153 0.072 0.063 0.427 122 S 0.472 0.005 0.005 0.018 0.018 0.048 0.094 0.340 123 R 0.037 0.002 0.004 0.004 0.013 0.103 0.016 0.820 124 G 0.024 0.002 0.016 0.046 0.079 0.104 0.026 0.703 125 E 0.007 0.003 0.036 0.149 0.272 0.077 0.043 0.413 126 L 0.010 0.004 0.047 0.175 0.184 0.079 0.072 0.429 127 H 0.008 0.005 0.083 0.207 0.376 0.044 0.053 0.224 128 H 0.004 0.005 0.144 0.251 0.372 0.028 0.041 0.156 129 F 0.007 0.004 0.111 0.289 0.335 0.039 0.037 0.179 130 I 0.013 0.004 0.188 0.285 0.263 0.046 0.039 0.163 131 D 0.052 0.017 0.143 0.103 0.165 0.091 0.096 0.334 132 G 0.030 0.019 0.055 0.069 0.096 0.150 0.057 0.525 133 F 0.018 0.037 0.053 0.037 0.053 0.123 0.050 0.630 134 N 0.307 0.188 0.016 0.008 0.008 0.050 0.255 0.170 135 E 0.122 0.151 0.028 0.011 0.015 0.114 0.163 0.398 136 E 0.070 0.245 0.019 0.019 0.024 0.109 0.061 0.453 137 K 0.060 0.434 0.014 0.014 0.038 0.075 0.051 0.315 138 S 0.051 0.224 0.028 0.042 0.081 0.096 0.105 0.371 139 N 0.056 0.228 0.043 0.094 0.121 0.077 0.128 0.253 140 W 0.078 0.145 0.058 0.064 0.146 0.088 0.129 0.293 141 M 0.097 0.029 0.077 0.069 0.123 0.086 0.214 0.307 142 R 0.025 0.020 0.115 0.127 0.232 0.082 0.106 0.292 143 Y 0.011 0.026 0.074 0.121 0.173 0.094 0.057 0.444 144 V 0.016 0.013 0.082 0.122 0.129 0.133 0.042 0.463 145 N 0.344 0.040 0.045 0.045 0.063 0.060 0.210 0.194 146 P 0.159 0.011 0.023 0.018 0.027 0.084 0.102 0.577 147 A 0.008 0.003 0.020 0.019 0.025 0.161 0.024 0.740 148 H 0.004 0.008 0.013 0.008 0.017 0.129 0.009 0.811 149 S 0.247 0.336 0.002 0.003 0.002 0.029 0.275 0.106 150 P 0.062 0.548 0.003 0.002 0.004 0.041 0.157 0.183 151 R 0.026 0.681 0.006 0.010 0.015 0.036 0.059 0.168 152 E 0.013 0.738 0.014 0.013 0.044 0.023 0.073 0.081 153 Q 0.006 0.661 0.018 0.055 0.073 0.017 0.075 0.095 154 N 0.006 0.663 0.009 0.063 0.184 0.006 0.024 0.045 155 L 0.022 0.335 0.030 0.141 0.233 0.016 0.150 0.075 156 A 0.015 0.089 0.040 0.256 0.203 0.022 0.282 0.093 157 A 0.011 0.012 0.115 0.200 0.248 0.027 0.276 0.110 158 C 0.169 0.004 0.059 0.149 0.130 0.068 0.134 0.287 159 Q 0.318 0.001 0.015 0.035 0.043 0.059 0.045 0.485 160 N 0.040 0.001 0.010 0.009 0.019 0.133 0.025 0.764 161 G 0.021 0.001 0.012 0.007 0.024 0.209 0.014 0.712 162 M 0.002 0.002 0.044 0.151 0.259 0.104 0.021 0.417 163 N 0.001 0.002 0.095 0.148 0.499 0.032 0.070 0.154 164 I 0.001 0.001 0.083 0.273 0.472 0.016 0.071 0.082 165 Y 0.001 0.002 0.103 0.461 0.364 0.006 0.031 0.032 166 F 0.003 0.001 0.082 0.388 0.437 0.008 0.034 0.046 167 Y 0.004 0.001 0.066 0.490 0.361 0.012 0.021 0.046 168 T 0.004 0.001 0.030 0.196 0.663 0.021 0.010 0.075 169 I 0.035 0.001 0.011 0.318 0.277 0.059 0.032 0.268 170 K 0.008 0.001 0.019 0.210 0.301 0.087 0.017 0.357 171 P 0.004 0.001 0.022 0.101 0.217 0.092 0.032 0.532 172 I 0.015 0.001 0.010 0.053 0.091 0.101 0.021 0.709 173 P 0.733 0.004 0.002 0.006 0.003 0.023 0.103 0.127 174 A 0.057 0.014 0.002 0.002 0.006 0.112 0.027 0.780 175 N 0.046 0.020 0.008 0.009 0.019 0.141 0.036 0.721 176 Q 0.006 0.010 0.023 0.182 0.429 0.080 0.060 0.208 177 E 0.003 0.015 0.047 0.189 0.390 0.035 0.155 0.165 178 L 0.002 0.023 0.029 0.284 0.535 0.011 0.061 0.054 179 L 0.005 0.050 0.068 0.326 0.364 0.012 0.104 0.072 180 V 0.009 0.029 0.083 0.345 0.367 0.012 0.097 0.058 181 W 0.006 0.047 0.093 0.342 0.340 0.025 0.059 0.088 182 Y 0.015 0.266 0.069 0.130 0.201 0.043 0.091 0.186 183 C 0.040 0.809 0.009 0.017 0.021 0.014 0.025 0.065 184 R 0.061 0.786 0.008 0.010 0.010 0.017 0.037 0.071 185 D 0.029 0.844 0.007 0.004 0.005 0.014 0.047 0.051 186 F 0.095 0.698 0.017 0.005 0.009 0.024 0.075 0.076 187 A 0.236 0.098 0.120 0.009 0.010 0.048 0.306 0.172 188 E 0.614 0.023 0.011 0.007 0.010 0.043 0.021 0.270 189 R 0.061 0.004 0.004 0.002 0.005 0.056 0.016 0.851 190 L 0.006 0.003 0.007 0.004 0.005 0.211 0.008 0.756 191 H 0.020 0.007 0.014 0.008 0.018 0.109 0.025 0.800 192 Y 0.030 0.005 0.019 0.025 0.017 0.121 0.033 0.750 193 P 0.029 0.010 0.056 0.015 0.029 0.139 0.029 0.691 194 Y 0.176 0.073 0.032 0.009 0.015 0.117 0.073 0.507 195 P 0.131 0.076 0.052 0.006 0.012 0.097 0.211 0.415 196 G 0.050 0.217 0.032 0.014 0.025 0.101 0.069 0.492 197 E 0.083 0.308 0.041 0.032 0.059 0.080 0.089 0.309 198 L 0.071 0.157 0.071 0.053 0.062 0.079 0.173 0.334 199 T 0.100 0.158 0.044 0.101 0.175 0.064 0.086 0.272 200 M 0.105 0.027 0.063 0.070 0.087 0.071 0.164 0.413 201 M 0.134 0.013 0.036 0.064 0.073 0.105 0.069 0.506 202 N 0.111 0.006 0.011 0.022 0.032 0.086 0.040 0.691 203 L 0.021 0.003 0.014 0.015 0.025 0.115 0.021 0.786 204 T 0.019 0.003 0.033 0.027 0.052 0.130 0.040 0.696 205 Q 0.015 0.003 0.051 0.042 0.052 0.112 0.039 0.685