# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 181 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.440 0.113 0.046 0.084 0.076 0.055 0.077 0.052 0.030 0.017 0.010 2 G 0.337 0.223 0.062 0.136 0.080 0.046 0.051 0.029 0.019 0.010 0.006 3 S 0.120 0.074 0.034 0.075 0.083 0.083 0.144 0.118 0.122 0.085 0.061 4 S 0.323 0.249 0.082 0.166 0.083 0.036 0.028 0.017 0.009 0.005 0.002 5 H 0.133 0.098 0.070 0.170 0.136 0.108 0.116 0.079 0.049 0.029 0.014 6 H 0.141 0.120 0.076 0.168 0.130 0.099 0.104 0.074 0.045 0.028 0.014 7 H 0.060 0.074 0.055 0.131 0.122 0.131 0.169 0.112 0.077 0.049 0.020 8 H 0.117 0.104 0.102 0.151 0.118 0.107 0.123 0.075 0.052 0.036 0.015 9 H 0.213 0.187 0.111 0.181 0.103 0.064 0.063 0.036 0.022 0.014 0.006 10 H 0.179 0.144 0.069 0.143 0.104 0.091 0.107 0.071 0.047 0.032 0.013 11 S 0.229 0.226 0.067 0.149 0.095 0.073 0.071 0.042 0.025 0.016 0.007 12 S 0.235 0.141 0.078 0.161 0.120 0.089 0.080 0.049 0.025 0.014 0.007 13 G 0.366 0.142 0.076 0.139 0.092 0.060 0.060 0.034 0.017 0.010 0.004 14 L 0.025 0.034 0.022 0.048 0.055 0.111 0.174 0.128 0.173 0.146 0.083 15 V 0.063 0.122 0.060 0.154 0.153 0.122 0.141 0.084 0.054 0.032 0.015 16 P 0.339 0.199 0.118 0.156 0.079 0.041 0.034 0.018 0.009 0.005 0.002 17 R 0.317 0.166 0.078 0.151 0.093 0.064 0.064 0.035 0.017 0.010 0.005 18 G 0.257 0.205 0.047 0.136 0.094 0.070 0.079 0.054 0.031 0.019 0.009 19 S 0.216 0.168 0.058 0.133 0.109 0.093 0.098 0.060 0.034 0.021 0.010 20 K 0.297 0.216 0.131 0.162 0.083 0.043 0.034 0.018 0.009 0.005 0.002 21 M 0.194 0.105 0.079 0.140 0.109 0.109 0.125 0.070 0.039 0.023 0.009 22 D 0.133 0.254 0.114 0.189 0.106 0.071 0.063 0.036 0.019 0.011 0.004 23 M 0.092 0.082 0.063 0.128 0.130 0.128 0.151 0.107 0.062 0.039 0.018 24 E 0.340 0.186 0.132 0.156 0.076 0.040 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 25 D 0.091 0.100 0.108 0.170 0.125 0.123 0.132 0.073 0.042 0.025 0.010 26 A 0.096 0.083 0.076 0.123 0.119 0.127 0.149 0.103 0.064 0.039 0.020 27 D 0.180 0.170 0.120 0.179 0.116 0.071 0.075 0.046 0.025 0.013 0.006 28 M 0.037 0.029 0.047 0.067 0.082 0.102 0.191 0.163 0.133 0.096 0.054 29 T 0.132 0.128 0.140 0.203 0.133 0.085 0.080 0.047 0.028 0.016 0.007 30 L 0.085 0.066 0.095 0.140 0.134 0.125 0.153 0.099 0.056 0.030 0.016 31 W 0.061 0.061 0.071 0.115 0.126 0.098 0.150 0.134 0.090 0.057 0.036 32 T 0.036 0.040 0.046 0.080 0.089 0.095 0.198 0.157 0.127 0.089 0.043 33 E 0.125 0.124 0.193 0.214 0.133 0.077 0.067 0.033 0.019 0.010 0.005 34 A 0.244 0.125 0.161 0.163 0.108 0.065 0.068 0.036 0.017 0.009 0.004 35 E 0.131 0.103 0.076 0.145 0.126 0.094 0.134 0.091 0.054 0.031 0.015 36 F 0.057 0.092 0.056 0.084 0.079 0.094 0.180 0.128 0.108 0.084 0.038 37 E 0.154 0.193 0.215 0.223 0.108 0.049 0.030 0.015 0.008 0.004 0.002 38 E 0.463 0.160 0.135 0.121 0.053 0.026 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 39 K 0.092 0.089 0.056 0.135 0.117 0.121 0.153 0.105 0.071 0.042 0.019 40 C 0.038 0.039 0.025 0.056 0.066 0.102 0.174 0.157 0.156 0.119 0.067 41 T 0.117 0.123 0.164 0.209 0.139 0.087 0.068 0.043 0.026 0.016 0.008 42 Y 0.135 0.087 0.108 0.146 0.122 0.105 0.126 0.079 0.048 0.030 0.014 43 I 0.044 0.047 0.027 0.077 0.080 0.101 0.166 0.146 0.143 0.108 0.063 44 V 0.075 0.076 0.037 0.108 0.113 0.109 0.147 0.122 0.101 0.070 0.043 45 N 0.287 0.138 0.085 0.151 0.103 0.067 0.070 0.045 0.029 0.018 0.010 46 D 0.175 0.139 0.063 0.157 0.113 0.092 0.105 0.063 0.046 0.030 0.017 47 H 0.096 0.073 0.025 0.085 0.084 0.095 0.139 0.120 0.125 0.095 0.063 48 P 0.243 0.178 0.053 0.153 0.112 0.072 0.069 0.050 0.035 0.023 0.012 49 W 0.084 0.061 0.044 0.110 0.101 0.121 0.150 0.113 0.100 0.076 0.042 50 D 0.113 0.120 0.055 0.152 0.125 0.122 0.124 0.076 0.056 0.039 0.019 51 S 0.132 0.099 0.045 0.121 0.106 0.109 0.130 0.095 0.080 0.053 0.030 52 G 0.231 0.148 0.047 0.131 0.099 0.076 0.092 0.065 0.052 0.037 0.023 53 A 0.109 0.081 0.030 0.103 0.097 0.094 0.139 0.109 0.103 0.079 0.055 54 D 0.331 0.266 0.067 0.146 0.081 0.039 0.031 0.019 0.010 0.006 0.003 55 G 0.266 0.156 0.042 0.141 0.106 0.088 0.084 0.054 0.033 0.020 0.012 56 G 0.344 0.167 0.037 0.106 0.081 0.062 0.070 0.052 0.038 0.027 0.017 57 T 0.136 0.117 0.038 0.123 0.113 0.113 0.133 0.088 0.071 0.045 0.024 58 S 0.162 0.130 0.064 0.151 0.125 0.103 0.102 0.066 0.049 0.032 0.017 59 V 0.110 0.111 0.065 0.141 0.118 0.109 0.137 0.087 0.062 0.039 0.021 60 Q 0.100 0.104 0.075 0.203 0.170 0.109 0.102 0.066 0.037 0.022 0.012 61 A 0.074 0.063 0.055 0.110 0.103 0.107 0.159 0.134 0.094 0.069 0.031 62 E 0.046 0.096 0.096 0.222 0.167 0.126 0.114 0.064 0.037 0.022 0.009 63 A 0.075 0.041 0.065 0.094 0.097 0.113 0.166 0.132 0.102 0.075 0.040 64 S 0.117 0.179 0.153 0.224 0.132 0.077 0.056 0.028 0.017 0.010 0.006 65 L 0.009 0.013 0.014 0.025 0.045 0.057 0.140 0.165 0.195 0.175 0.162 66 P 0.111 0.127 0.078 0.162 0.152 0.102 0.101 0.069 0.046 0.036 0.018 67 R 0.151 0.172 0.166 0.211 0.111 0.070 0.063 0.030 0.016 0.007 0.003 68 N 0.203 0.111 0.070 0.201 0.150 0.096 0.090 0.043 0.020 0.010 0.006 69 L 0.008 0.006 0.008 0.013 0.018 0.032 0.081 0.118 0.228 0.250 0.238 70 L 0.015 0.055 0.057 0.213 0.219 0.166 0.136 0.068 0.040 0.021 0.010 71 F 0.002 0.002 0.008 0.007 0.012 0.020 0.046 0.081 0.201 0.278 0.342 72 K 0.018 0.035 0.061 0.157 0.199 0.153 0.153 0.101 0.064 0.038 0.021 73 Y 0.023 0.030 0.046 0.101 0.096 0.111 0.190 0.145 0.122 0.095 0.042 74 A 0.011 0.011 0.013 0.029 0.042 0.097 0.143 0.124 0.197 0.184 0.149 75 T 0.193 0.164 0.067 0.155 0.114 0.074 0.095 0.056 0.042 0.025 0.014 76 N 0.197 0.150 0.054 0.121 0.093 0.088 0.109 0.066 0.054 0.041 0.027 77 S 0.269 0.239 0.041 0.125 0.091 0.065 0.069 0.040 0.028 0.020 0.014 78 E 0.558 0.181 0.026 0.093 0.051 0.031 0.026 0.017 0.008 0.005 0.003 79 E 0.181 0.124 0.044 0.160 0.136 0.111 0.104 0.063 0.037 0.024 0.016 80 V 0.022 0.042 0.027 0.091 0.116 0.126 0.155 0.138 0.119 0.106 0.060 81 I 0.003 0.007 0.007 0.025 0.041 0.114 0.177 0.150 0.211 0.182 0.083 82 G 0.010 0.024 0.027 0.085 0.105 0.157 0.176 0.117 0.130 0.100 0.071 83 V 0.004 0.003 0.009 0.015 0.030 0.043 0.094 0.136 0.202 0.216 0.248 84 M 0.004 0.009 0.014 0.054 0.098 0.092 0.144 0.148 0.170 0.148 0.120 85 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.026 0.050 0.181 0.254 0.472 86 K 0.026 0.049 0.065 0.201 0.271 0.151 0.121 0.054 0.033 0.018 0.011 87 E 0.147 0.122 0.186 0.226 0.119 0.074 0.065 0.033 0.016 0.008 0.004 88 Y 0.067 0.082 0.038 0.131 0.122 0.157 0.189 0.096 0.059 0.037 0.022 89 I 0.017 0.015 0.007 0.016 0.020 0.033 0.084 0.102 0.204 0.232 0.269 90 P 0.147 0.289 0.152 0.206 0.109 0.047 0.025 0.012 0.007 0.005 0.003 91 K 0.165 0.178 0.122 0.187 0.115 0.083 0.070 0.038 0.023 0.014 0.007 92 G 0.392 0.135 0.032 0.102 0.070 0.063 0.075 0.056 0.037 0.025 0.015 93 T 0.109 0.083 0.039 0.117 0.097 0.113 0.135 0.112 0.091 0.068 0.037 94 R 0.051 0.085 0.063 0.158 0.142 0.154 0.136 0.091 0.060 0.040 0.019 95 F 0.027 0.027 0.023 0.052 0.062 0.084 0.145 0.151 0.175 0.152 0.103 96 G 0.078 0.076 0.047 0.122 0.113 0.109 0.151 0.115 0.093 0.060 0.036 97 P 0.117 0.085 0.061 0.168 0.140 0.097 0.109 0.082 0.066 0.046 0.031 98 L 0.024 0.021 0.016 0.036 0.051 0.077 0.128 0.143 0.192 0.178 0.135 99 I 0.073 0.114 0.043 0.188 0.163 0.103 0.121 0.086 0.057 0.033 0.019 100 G 0.093 0.041 0.027 0.059 0.060 0.074 0.130 0.120 0.159 0.138 0.097 101 E 0.121 0.140 0.076 0.220 0.168 0.100 0.083 0.043 0.026 0.014 0.008 102 I 0.043 0.034 0.035 0.077 0.084 0.094 0.155 0.145 0.143 0.123 0.067 103 Y 0.031 0.048 0.030 0.083 0.093 0.160 0.190 0.118 0.112 0.092 0.042 104 T 0.112 0.239 0.103 0.174 0.101 0.081 0.083 0.044 0.034 0.021 0.009 105 N 0.343 0.171 0.059 0.151 0.092 0.062 0.057 0.032 0.017 0.011 0.005 106 D 0.520 0.139 0.051 0.096 0.055 0.040 0.044 0.025 0.016 0.010 0.004 107 T 0.269 0.228 0.066 0.177 0.100 0.060 0.048 0.028 0.013 0.007 0.004 108 V 0.028 0.040 0.020 0.047 0.060 0.099 0.142 0.137 0.160 0.146 0.121 109 P 0.211 0.202 0.084 0.160 0.133 0.070 0.068 0.040 0.018 0.010 0.005 110 K 0.345 0.162 0.115 0.180 0.086 0.045 0.035 0.019 0.008 0.004 0.002 111 N 0.228 0.120 0.062 0.128 0.103 0.090 0.108 0.067 0.044 0.032 0.019 112 A 0.101 0.109 0.035 0.130 0.128 0.111 0.138 0.105 0.071 0.046 0.025 113 N 0.166 0.192 0.084 0.168 0.122 0.078 0.075 0.056 0.030 0.021 0.009 114 R 0.064 0.064 0.072 0.144 0.142 0.149 0.167 0.093 0.056 0.033 0.015 115 K 0.173 0.132 0.140 0.227 0.132 0.071 0.059 0.036 0.016 0.010 0.004 116 Y 0.012 0.019 0.021 0.053 0.074 0.173 0.223 0.142 0.141 0.096 0.045 117 F 0.010 0.017 0.023 0.048 0.063 0.068 0.124 0.140 0.196 0.177 0.135 118 W 0.008 0.008 0.021 0.043 0.071 0.132 0.222 0.154 0.159 0.126 0.056 119 R 0.040 0.096 0.252 0.273 0.160 0.078 0.054 0.024 0.013 0.007 0.003 120 I 0.008 0.008 0.016 0.027 0.045 0.086 0.167 0.167 0.187 0.173 0.118 121 Y 0.015 0.021 0.016 0.050 0.067 0.111 0.191 0.156 0.164 0.140 0.069 122 S 0.079 0.170 0.129 0.156 0.107 0.101 0.117 0.057 0.044 0.027 0.012 123 R 0.259 0.224 0.120 0.189 0.099 0.046 0.032 0.016 0.007 0.004 0.003 124 G 0.597 0.131 0.032 0.063 0.039 0.032 0.044 0.027 0.017 0.012 0.006 125 E 0.268 0.197 0.045 0.161 0.104 0.070 0.063 0.042 0.025 0.016 0.009 126 L 0.024 0.037 0.027 0.069 0.091 0.135 0.171 0.145 0.129 0.105 0.067 127 H 0.042 0.061 0.079 0.155 0.158 0.152 0.140 0.093 0.061 0.040 0.019 128 H 0.020 0.031 0.048 0.089 0.089 0.149 0.212 0.140 0.115 0.074 0.031 129 F 0.008 0.012 0.016 0.049 0.058 0.088 0.149 0.142 0.191 0.166 0.122 130 I 0.004 0.004 0.005 0.010 0.018 0.034 0.073 0.101 0.222 0.268 0.262 131 D 0.033 0.056 0.072 0.171 0.199 0.128 0.131 0.091 0.060 0.037 0.020 132 G 0.031 0.024 0.030 0.049 0.066 0.092 0.171 0.150 0.167 0.135 0.086 133 F 0.104 0.108 0.046 0.141 0.122 0.109 0.148 0.092 0.067 0.039 0.024 134 N 0.295 0.271 0.075 0.137 0.070 0.046 0.049 0.026 0.017 0.010 0.005 135 E 0.355 0.156 0.049 0.145 0.100 0.061 0.058 0.036 0.020 0.012 0.008 136 E 0.385 0.237 0.064 0.108 0.058 0.043 0.043 0.027 0.017 0.012 0.006 137 K 0.089 0.110 0.059 0.166 0.147 0.136 0.133 0.077 0.044 0.026 0.015 138 S 0.121 0.090 0.082 0.124 0.105 0.116 0.129 0.091 0.068 0.046 0.027 139 N 0.059 0.071 0.080 0.136 0.118 0.124 0.162 0.099 0.083 0.045 0.024 140 W 0.022 0.027 0.040 0.080 0.091 0.083 0.158 0.154 0.153 0.106 0.086 141 M 0.011 0.013 0.025 0.042 0.055 0.070 0.123 0.140 0.188 0.181 0.153 142 R 0.014 0.032 0.064 0.104 0.132 0.125 0.162 0.140 0.112 0.071 0.042 143 Y 0.008 0.011 0.025 0.041 0.064 0.055 0.132 0.205 0.185 0.156 0.117 144 V 0.009 0.009 0.017 0.030 0.040 0.052 0.108 0.144 0.211 0.210 0.169 145 N 0.054 0.062 0.066 0.121 0.118 0.109 0.156 0.113 0.104 0.063 0.034 146 P 0.052 0.040 0.047 0.109 0.141 0.099 0.169 0.153 0.095 0.056 0.039 147 A 0.061 0.037 0.048 0.067 0.078 0.063 0.131 0.145 0.147 0.122 0.102 148 H 0.098 0.104 0.081 0.136 0.130 0.111 0.160 0.075 0.057 0.031 0.017 149 S 0.094 0.285 0.135 0.165 0.101 0.066 0.065 0.034 0.027 0.016 0.011 150 P 0.327 0.169 0.066 0.143 0.102 0.060 0.066 0.032 0.019 0.010 0.006 151 R 0.624 0.175 0.057 0.071 0.026 0.015 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 152 E 0.031 0.039 0.059 0.142 0.140 0.174 0.183 0.099 0.071 0.040 0.021 153 Q 0.019 0.044 0.078 0.100 0.110 0.144 0.192 0.129 0.093 0.061 0.029 154 N 0.005 0.017 0.059 0.084 0.112 0.129 0.195 0.150 0.123 0.084 0.043 155 L 0.001 0.002 0.010 0.010 0.020 0.047 0.123 0.174 0.237 0.247 0.128 156 A 0.012 0.028 0.085 0.180 0.158 0.130 0.156 0.101 0.079 0.048 0.022 157 A 0.003 0.004 0.020 0.021 0.041 0.048 0.129 0.198 0.190 0.181 0.166 158 C 0.002 0.003 0.010 0.015 0.029 0.053 0.107 0.117 0.235 0.237 0.192 159 Q 0.007 0.010 0.028 0.038 0.066 0.078 0.181 0.155 0.177 0.148 0.112 160 N 0.024 0.084 0.132 0.182 0.171 0.139 0.126 0.062 0.042 0.024 0.013 161 G 0.126 0.102 0.066 0.116 0.102 0.106 0.159 0.088 0.066 0.043 0.026 162 M 0.220 0.103 0.049 0.120 0.088 0.102 0.141 0.080 0.051 0.030 0.016 163 N 0.130 0.185 0.097 0.238 0.134 0.085 0.067 0.031 0.017 0.010 0.006 164 I 0.006 0.007 0.010 0.014 0.022 0.039 0.074 0.097 0.206 0.244 0.281 165 Y 0.012 0.039 0.036 0.119 0.157 0.153 0.178 0.119 0.087 0.061 0.038 166 F 0.007 0.008 0.023 0.032 0.042 0.084 0.125 0.129 0.201 0.207 0.141 167 Y 0.022 0.031 0.042 0.111 0.151 0.180 0.198 0.122 0.074 0.044 0.024 168 T 0.012 0.014 0.020 0.046 0.055 0.047 0.124 0.175 0.197 0.174 0.136 169 I 0.008 0.009 0.010 0.020 0.031 0.054 0.098 0.094 0.199 0.257 0.219 170 K 0.071 0.123 0.090 0.214 0.180 0.114 0.099 0.052 0.034 0.016 0.008 171 P 0.247 0.228 0.078 0.170 0.100 0.061 0.057 0.031 0.015 0.008 0.005 172 I 0.031 0.022 0.010 0.025 0.037 0.050 0.121 0.128 0.183 0.172 0.221 173 P 0.304 0.472 0.053 0.096 0.038 0.016 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 174 A 0.242 0.213 0.059 0.168 0.105 0.077 0.063 0.032 0.022 0.012 0.007 175 N 0.681 0.157 0.026 0.058 0.027 0.017 0.016 0.009 0.005 0.003 0.002 176 Q 0.109 0.097 0.055 0.181 0.127 0.119 0.147 0.080 0.050 0.025 0.011 177 E 0.017 0.041 0.068 0.135 0.138 0.173 0.169 0.110 0.075 0.050 0.023 178 L 0.002 0.004 0.012 0.018 0.026 0.067 0.136 0.155 0.240 0.234 0.107 179 L 0.004 0.015 0.035 0.070 0.087 0.132 0.205 0.167 0.143 0.099 0.041 180 V 0.005 0.005 0.021 0.027 0.041 0.056 0.118 0.158 0.196 0.218 0.153 181 W 0.010 0.009 0.028 0.046 0.085 0.117 0.185 0.181 0.144 0.131 0.063 182 Y 0.004 0.011 0.016 0.030 0.051 0.077 0.178 0.195 0.202 0.174 0.062 183 C 0.005 0.015 0.021 0.043 0.063 0.116 0.241 0.160 0.167 0.115 0.054 184 R 0.232 0.125 0.217 0.194 0.100 0.057 0.045 0.015 0.009 0.003 0.002 185 D 0.221 0.121 0.152 0.191 0.128 0.068 0.076 0.028 0.009 0.004 0.002 186 F 0.004 0.012 0.015 0.027 0.039 0.069 0.133 0.134 0.211 0.220 0.136 187 A 0.008 0.009 0.014 0.033 0.064 0.137 0.246 0.155 0.142 0.134 0.058 188 E 0.017 0.069 0.596 0.206 0.065 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 189 R 0.013 0.027 0.085 0.115 0.135 0.194 0.236 0.107 0.046 0.030 0.012 190 L 0.005 0.005 0.005 0.008 0.010 0.032 0.074 0.101 0.253 0.295 0.213 191 H 0.189 0.223 0.112 0.219 0.124 0.050 0.040 0.022 0.011 0.006 0.003 192 Y 0.046 0.019 0.049 0.057 0.077 0.086 0.153 0.152 0.139 0.122 0.101 193 P 0.184 0.264 0.101 0.161 0.105 0.066 0.057 0.028 0.017 0.010 0.006 194 Y 0.054 0.040 0.019 0.056 0.077 0.109 0.185 0.168 0.138 0.089 0.066 195 P 0.326 0.239 0.059 0.130 0.080 0.044 0.045 0.032 0.021 0.014 0.009 196 G 0.182 0.094 0.037 0.114 0.103 0.099 0.145 0.088 0.073 0.043 0.023 197 E 0.436 0.211 0.065 0.142 0.062 0.030 0.025 0.014 0.008 0.004 0.002 198 L 0.045 0.042 0.030 0.093 0.106 0.133 0.174 0.134 0.114 0.080 0.048 199 T 0.085 0.098 0.072 0.145 0.133 0.107 0.128 0.102 0.066 0.041 0.023 200 M 0.050 0.083 0.087 0.164 0.147 0.127 0.146 0.086 0.058 0.036 0.016 201 M 0.076 0.048 0.070 0.108 0.113 0.121 0.170 0.119 0.088 0.057 0.031 202 N 0.267 0.291 0.134 0.174 0.065 0.026 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 203 L 0.045 0.027 0.027 0.064 0.086 0.100 0.195 0.164 0.132 0.094 0.064 204 T 0.319 0.337 0.125 0.117 0.048 0.022 0.016 0.008 0.004 0.003 0.001 205 Q 0.168 0.152 0.112 0.207 0.145 0.083 0.069 0.036 0.016 0.007 0.004