# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 181 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.003 0.001 0.020 0.011 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.930 2 G 0.008 0.002 0.001 0.020 0.031 0.061 0.022 0.001 0.001 0.001 0.854 3 S 0.059 0.004 0.007 0.059 0.075 0.151 0.052 0.001 0.001 0.006 0.587 4 S 0.023 0.004 0.001 0.037 0.065 0.072 0.080 0.001 0.001 0.003 0.714 5 H 0.033 0.003 0.002 0.032 0.041 0.057 0.082 0.001 0.001 0.006 0.745 6 H 0.084 0.010 0.002 0.075 0.054 0.074 0.125 0.001 0.001 0.006 0.572 7 H 0.065 0.010 0.002 0.057 0.058 0.084 0.101 0.001 0.001 0.006 0.617 8 H 0.067 0.013 0.002 0.070 0.070 0.103 0.062 0.001 0.001 0.004 0.607 9 H 0.026 0.015 0.003 0.041 0.065 0.096 0.067 0.001 0.001 0.004 0.682 10 H 0.032 0.017 0.003 0.025 0.046 0.091 0.095 0.002 0.001 0.006 0.684 11 S 0.027 0.013 0.001 0.011 0.012 0.027 0.063 0.001 0.001 0.004 0.841 12 S 0.098 0.018 0.003 0.013 0.022 0.027 0.149 0.002 0.001 0.014 0.654 13 G 0.380 0.021 0.008 0.017 0.016 0.025 0.146 0.004 0.001 0.018 0.365 14 L 0.254 0.047 0.038 0.036 0.035 0.061 0.148 0.005 0.001 0.012 0.365 15 V 0.058 0.035 0.013 0.048 0.103 0.135 0.154 0.002 0.001 0.005 0.448 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 17 R 0.028 0.015 0.001 0.025 0.058 0.164 0.078 0.001 0.001 0.003 0.628 18 G 0.216 0.024 0.003 0.019 0.027 0.041 0.091 0.002 0.001 0.008 0.569 19 S 0.144 0.042 0.004 0.015 0.035 0.042 0.081 0.002 0.001 0.004 0.632 20 K 0.059 0.025 0.003 0.013 0.015 0.032 0.078 0.001 0.001 0.005 0.769 21 M 0.116 0.034 0.004 0.017 0.022 0.037 0.183 0.002 0.001 0.008 0.577 22 D 0.129 0.045 0.004 0.015 0.022 0.037 0.145 0.005 0.001 0.009 0.589 23 M 0.138 0.056 0.012 0.018 0.018 0.028 0.057 0.003 0.001 0.008 0.663 24 E 0.058 0.053 0.007 0.015 0.018 0.024 0.274 0.004 0.001 0.006 0.541 25 D 0.142 0.043 0.006 0.015 0.015 0.029 0.128 0.004 0.001 0.011 0.605 26 A 0.148 0.150 0.007 0.027 0.033 0.050 0.121 0.005 0.001 0.007 0.451 27 D 0.104 0.107 0.009 0.020 0.031 0.052 0.182 0.007 0.001 0.010 0.478 28 M 0.187 0.161 0.023 0.041 0.037 0.065 0.096 0.006 0.001 0.008 0.375 29 T 0.079 0.152 0.007 0.026 0.051 0.073 0.184 0.008 0.001 0.007 0.413 30 L 0.147 0.124 0.016 0.034 0.038 0.057 0.108 0.005 0.001 0.008 0.464 31 W 0.082 0.224 0.006 0.036 0.057 0.090 0.115 0.006 0.001 0.005 0.379 32 T 0.116 0.191 0.012 0.036 0.064 0.104 0.106 0.007 0.001 0.008 0.357 33 E 0.081 0.251 0.006 0.028 0.051 0.078 0.072 0.006 0.001 0.005 0.422 34 A 0.096 0.177 0.011 0.025 0.053 0.080 0.086 0.006 0.001 0.006 0.462 35 E 0.094 0.163 0.007 0.023 0.035 0.056 0.108 0.008 0.001 0.007 0.499 36 F 0.100 0.174 0.012 0.025 0.050 0.096 0.076 0.007 0.001 0.006 0.454 37 E 0.096 0.155 0.008 0.021 0.044 0.061 0.099 0.007 0.001 0.008 0.501 38 E 0.104 0.098 0.014 0.018 0.022 0.033 0.068 0.006 0.001 0.007 0.630 39 K 0.137 0.098 0.010 0.028 0.031 0.055 0.125 0.009 0.001 0.009 0.499 40 C 0.152 0.079 0.015 0.038 0.040 0.066 0.068 0.007 0.001 0.008 0.527 41 T 0.087 0.074 0.011 0.051 0.077 0.100 0.066 0.005 0.001 0.007 0.521 42 Y 0.075 0.036 0.015 0.045 0.070 0.084 0.072 0.004 0.001 0.008 0.591 43 I 0.074 0.037 0.006 0.071 0.069 0.097 0.114 0.003 0.001 0.006 0.522 44 V 0.037 0.026 0.004 0.054 0.061 0.089 0.075 0.002 0.001 0.004 0.648 45 N 0.044 0.018 0.002 0.062 0.057 0.101 0.072 0.003 0.001 0.005 0.634 46 D 0.113 0.014 0.011 0.038 0.035 0.052 0.075 0.004 0.001 0.020 0.639 47 H 0.142 0.011 0.019 0.048 0.050 0.044 0.214 0.001 0.001 0.009 0.464 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 W 0.010 0.002 0.001 0.044 0.064 0.217 0.057 0.001 0.001 0.005 0.601 50 D 0.059 0.004 0.001 0.027 0.033 0.049 0.069 0.001 0.001 0.004 0.753 51 S 0.091 0.007 0.002 0.021 0.035 0.040 0.055 0.001 0.001 0.003 0.746 52 G 0.067 0.010 0.001 0.023 0.028 0.036 0.167 0.001 0.001 0.006 0.661 53 A 0.077 0.011 0.002 0.027 0.029 0.044 0.213 0.001 0.001 0.008 0.588 54 D 0.076 0.019 0.002 0.027 0.030 0.042 0.118 0.002 0.001 0.011 0.673 55 G 0.124 0.026 0.011 0.029 0.019 0.031 0.087 0.002 0.001 0.013 0.657 56 G 0.080 0.014 0.007 0.024 0.017 0.021 0.213 0.003 0.001 0.012 0.608 57 T 0.178 0.014 0.029 0.033 0.030 0.045 0.153 0.001 0.001 0.019 0.498 58 S 0.020 0.016 0.004 0.027 0.029 0.049 0.072 0.001 0.001 0.004 0.778 59 V 0.022 0.017 0.004 0.032 0.070 0.129 0.098 0.001 0.001 0.006 0.621 60 Q 0.042 0.057 0.003 0.036 0.047 0.083 0.146 0.001 0.001 0.006 0.580 61 A 0.072 0.136 0.002 0.035 0.058 0.102 0.128 0.002 0.001 0.004 0.461 62 E 0.180 0.190 0.002 0.031 0.044 0.092 0.127 0.010 0.001 0.006 0.319 63 A 0.372 0.241 0.007 0.031 0.055 0.065 0.029 0.008 0.001 0.004 0.188 64 S 0.167 0.189 0.017 0.029 0.059 0.096 0.043 0.029 0.001 0.008 0.363 65 L 0.133 0.086 0.054 0.039 0.087 0.148 0.088 0.013 0.001 0.005 0.347 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 67 R 0.004 0.002 0.001 0.010 0.015 0.049 0.043 0.001 0.001 0.003 0.873 68 N 0.249 0.006 0.002 0.047 0.027 0.047 0.093 0.002 0.001 0.012 0.515 69 L 0.397 0.012 0.015 0.078 0.094 0.097 0.043 0.001 0.001 0.005 0.258 70 L 0.029 0.010 0.004 0.284 0.151 0.198 0.092 0.001 0.001 0.005 0.226 71 F 0.018 0.006 0.002 0.150 0.229 0.262 0.036 0.001 0.001 0.002 0.295 72 K 0.006 0.006 0.001 0.252 0.233 0.335 0.031 0.001 0.001 0.002 0.136 73 Y 0.009 0.004 0.001 0.082 0.104 0.175 0.040 0.001 0.001 0.001 0.584 74 A 0.023 0.005 0.001 0.128 0.174 0.339 0.052 0.001 0.001 0.003 0.276 75 T 0.027 0.007 0.003 0.060 0.108 0.183 0.146 0.002 0.001 0.014 0.452 76 N 0.049 0.011 0.004 0.038 0.076 0.114 0.193 0.001 0.001 0.014 0.501 77 S 0.032 0.010 0.003 0.020 0.022 0.047 0.196 0.001 0.001 0.011 0.659 78 E 0.043 0.008 0.002 0.010 0.015 0.021 0.293 0.001 0.001 0.022 0.585 79 E 0.177 0.018 0.006 0.013 0.013 0.022 0.332 0.002 0.001 0.023 0.394 80 V 0.159 0.071 0.011 0.044 0.052 0.079 0.223 0.003 0.001 0.015 0.343 81 I 0.054 0.097 0.016 0.059 0.221 0.237 0.052 0.002 0.001 0.008 0.254 82 G 0.031 0.060 0.006 0.085 0.202 0.311 0.039 0.002 0.001 0.003 0.260 83 V 0.030 0.042 0.003 0.071 0.247 0.319 0.029 0.001 0.001 0.001 0.257 84 M 0.013 0.061 0.002 0.086 0.245 0.378 0.030 0.001 0.001 0.004 0.179 85 S 0.025 0.072 0.002 0.059 0.180 0.364 0.035 0.002 0.001 0.002 0.259 86 K 0.030 0.073 0.002 0.069 0.138 0.251 0.056 0.004 0.001 0.003 0.376 87 E 0.097 0.047 0.003 0.042 0.102 0.150 0.116 0.005 0.001 0.007 0.430 88 Y 0.129 0.040 0.011 0.031 0.057 0.116 0.099 0.008 0.001 0.013 0.497 89 I 0.133 0.048 0.014 0.050 0.119 0.222 0.075 0.004 0.001 0.006 0.328 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 91 K 0.007 0.006 0.001 0.023 0.029 0.083 0.056 0.001 0.001 0.003 0.790 92 G 0.301 0.011 0.003 0.048 0.032 0.054 0.058 0.003 0.001 0.012 0.479 93 T 0.363 0.019 0.017 0.057 0.064 0.048 0.082 0.001 0.001 0.007 0.341 94 R 0.038 0.011 0.007 0.166 0.105 0.107 0.117 0.001 0.001 0.006 0.443 95 F 0.042 0.008 0.004 0.131 0.112 0.206 0.077 0.001 0.001 0.009 0.409 96 G 0.018 0.006 0.002 0.197 0.151 0.232 0.086 0.001 0.001 0.003 0.306 97 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 98 L 0.008 0.001 0.001 0.083 0.119 0.364 0.049 0.001 0.001 0.004 0.372 99 I 0.070 0.005 0.002 0.074 0.096 0.190 0.055 0.001 0.001 0.004 0.502 100 G 0.042 0.009 0.001 0.049 0.238 0.278 0.034 0.001 0.001 0.004 0.344 101 E 0.074 0.009 0.002 0.048 0.213 0.229 0.063 0.001 0.001 0.003 0.359 102 I 0.030 0.012 0.001 0.039 0.157 0.224 0.044 0.001 0.001 0.002 0.492 103 Y 0.029 0.014 0.001 0.048 0.256 0.388 0.046 0.001 0.001 0.004 0.213 104 T 0.025 0.026 0.002 0.031 0.132 0.220 0.117 0.003 0.001 0.007 0.436 105 N 0.045 0.014 0.004 0.021 0.047 0.077 0.054 0.002 0.001 0.008 0.728 106 D 0.060 0.009 0.004 0.011 0.021 0.028 0.227 0.001 0.001 0.014 0.624 107 T 0.129 0.008 0.012 0.012 0.013 0.026 0.302 0.002 0.001 0.029 0.466 108 V 0.145 0.029 0.010 0.029 0.057 0.093 0.220 0.002 0.001 0.008 0.407 109 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 110 K 0.019 0.013 0.002 0.020 0.047 0.113 0.103 0.001 0.001 0.003 0.680 111 N 0.155 0.049 0.002 0.018 0.047 0.072 0.137 0.003 0.001 0.008 0.509 112 A 0.218 0.100 0.005 0.020 0.026 0.044 0.097 0.003 0.001 0.005 0.482 113 N 0.085 0.089 0.004 0.014 0.025 0.042 0.281 0.008 0.001 0.010 0.443 114 R 0.366 0.053 0.012 0.014 0.016 0.026 0.078 0.004 0.001 0.022 0.410 115 K 0.110 0.068 0.008 0.016 0.025 0.031 0.188 0.006 0.001 0.011 0.537 116 Y 0.120 0.034 0.036 0.028 0.057 0.133 0.226 0.005 0.001 0.022 0.340 117 F 0.066 0.083 0.013 0.059 0.130 0.251 0.080 0.003 0.001 0.007 0.310 118 W 0.014 0.049 0.004 0.028 0.385 0.349 0.021 0.001 0.001 0.002 0.148 119 R 0.024 0.047 0.001 0.036 0.314 0.335 0.038 0.002 0.001 0.001 0.202 120 I 0.045 0.024 0.001 0.016 0.364 0.413 0.008 0.001 0.001 0.001 0.129 121 Y 0.009 0.038 0.001 0.022 0.394 0.451 0.011 0.001 0.001 0.002 0.072 122 S 0.011 0.054 0.003 0.019 0.349 0.311 0.064 0.004 0.001 0.005 0.182 123 R 0.032 0.036 0.006 0.031 0.070 0.192 0.086 0.005 0.001 0.013 0.529 124 G 0.139 0.006 0.008 0.013 0.057 0.059 0.184 0.004 0.001 0.105 0.425 125 E 0.479 0.002 0.060 0.007 0.014 0.014 0.201 0.001 0.001 0.057 0.165 126 L 0.016 0.005 0.010 0.046 0.068 0.091 0.158 0.001 0.001 0.008 0.598 127 H 0.005 0.002 0.002 0.057 0.331 0.503 0.026 0.001 0.001 0.006 0.067 128 H 0.011 0.006 0.001 0.139 0.227 0.314 0.060 0.001 0.001 0.002 0.239 129 F 0.032 0.003 0.001 0.101 0.230 0.449 0.017 0.001 0.001 0.001 0.166 130 I 0.005 0.005 0.001 0.216 0.235 0.401 0.030 0.001 0.001 0.004 0.102 131 D 0.004 0.004 0.001 0.121 0.324 0.292 0.044 0.001 0.001 0.002 0.209 132 G 0.010 0.004 0.007 0.227 0.077 0.279 0.096 0.001 0.001 0.006 0.294 133 F 0.006 0.001 0.001 0.049 0.033 0.056 0.664 0.001 0.001 0.007 0.181 134 N 0.092 0.002 0.002 0.018 0.018 0.021 0.345 0.001 0.001 0.059 0.444 135 E 0.078 0.011 0.003 0.022 0.005 0.006 0.086 0.001 0.001 0.008 0.782 136 E 0.012 0.012 0.001 0.008 0.004 0.005 0.667 0.001 0.001 0.006 0.283 137 K 0.225 0.030 0.004 0.021 0.006 0.019 0.406 0.003 0.001 0.027 0.261 138 S 0.207 0.234 0.009 0.019 0.039 0.081 0.120 0.005 0.001 0.010 0.276 139 N 0.059 0.151 0.016 0.015 0.106 0.090 0.086 0.003 0.001 0.012 0.463 140 W 0.087 0.129 0.024 0.025 0.030 0.097 0.127 0.006 0.001 0.008 0.468 141 M 0.086 0.253 0.010 0.033 0.126 0.177 0.122 0.007 0.001 0.006 0.181 142 R 0.093 0.259 0.007 0.034 0.158 0.148 0.083 0.012 0.001 0.005 0.200 143 Y 0.236 0.171 0.005 0.043 0.085 0.160 0.026 0.015 0.001 0.002 0.257 144 V 0.277 0.098 0.006 0.051 0.121 0.184 0.012 0.003 0.001 0.002 0.246 145 N 0.021 0.072 0.008 0.038 0.271 0.208 0.079 0.007 0.001 0.006 0.291 146 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 147 A 0.021 0.012 0.001 0.050 0.041 0.258 0.334 0.003 0.001 0.004 0.276 148 H 0.255 0.008 0.003 0.013 0.008 0.025 0.191 0.003 0.001 0.019 0.475 149 S 0.176 0.035 0.003 0.006 0.013 0.013 0.145 0.002 0.001 0.004 0.603 150 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.991 151 R 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.619 0.001 0.001 0.001 0.363 152 E 0.186 0.027 0.001 0.002 0.001 0.004 0.564 0.002 0.001 0.006 0.206 153 Q 0.203 0.686 0.001 0.002 0.006 0.007 0.017 0.001 0.001 0.002 0.076 154 N 0.014 0.872 0.010 0.002 0.018 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.064 155 L 0.045 0.624 0.031 0.015 0.031 0.051 0.019 0.005 0.001 0.001 0.178 156 A 0.037 0.719 0.006 0.013 0.078 0.066 0.013 0.004 0.001 0.001 0.062 157 A 0.033 0.690 0.003 0.006 0.109 0.057 0.010 0.010 0.001 0.001 0.082 158 C 0.224 0.277 0.002 0.018 0.138 0.186 0.004 0.006 0.001 0.001 0.144 159 Q 0.042 0.450 0.007 0.020 0.170 0.159 0.021 0.013 0.001 0.003 0.116 160 N 0.040 0.230 0.007 0.024 0.138 0.189 0.034 0.020 0.001 0.004 0.314 161 G 0.099 0.043 0.009 0.028 0.081 0.154 0.071 0.034 0.001 0.017 0.464 162 M 0.298 0.006 0.129 0.018 0.043 0.043 0.067 0.003 0.001 0.054 0.339 163 N 0.051 0.003 0.022 0.047 0.159 0.140 0.300 0.001 0.001 0.018 0.259 164 I 0.008 0.001 0.009 0.049 0.244 0.468 0.054 0.001 0.001 0.008 0.160 165 Y 0.001 0.001 0.001 0.052 0.303 0.613 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 166 F 0.001 0.001 0.001 0.028 0.436 0.471 0.005 0.001 0.001 0.001 0.057 167 Y 0.001 0.001 0.001 0.027 0.478 0.465 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 168 T 0.003 0.001 0.001 0.025 0.314 0.580 0.005 0.001 0.001 0.001 0.073 169 I 0.004 0.001 0.001 0.040 0.325 0.543 0.008 0.001 0.001 0.001 0.078 170 K 0.005 0.001 0.001 0.029 0.383 0.461 0.023 0.001 0.001 0.001 0.098 171 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 172 I 0.006 0.001 0.001 0.010 0.127 0.611 0.027 0.001 0.001 0.001 0.218 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.989 174 A 0.011 0.003 0.001 0.005 0.018 0.059 0.059 0.001 0.001 0.002 0.843 175 N 0.158 0.006 0.001 0.014 0.029 0.069 0.077 0.002 0.001 0.022 0.621 176 Q 0.774 0.003 0.010 0.005 0.021 0.018 0.031 0.001 0.001 0.011 0.127 177 E 0.026 0.014 0.008 0.025 0.059 0.078 0.266 0.001 0.001 0.007 0.518 178 L 0.017 0.005 0.002 0.027 0.358 0.493 0.021 0.001 0.001 0.003 0.074 179 L 0.007 0.020 0.001 0.033 0.343 0.483 0.021 0.001 0.001 0.001 0.091 180 V 0.008 0.011 0.001 0.026 0.391 0.462 0.008 0.001 0.001 0.001 0.094 181 W 0.010 0.013 0.001 0.043 0.297 0.507 0.012 0.001 0.001 0.001 0.118 182 Y 0.012 0.040 0.003 0.040 0.291 0.405 0.046 0.001 0.001 0.003 0.158 183 C 0.018 0.049 0.003 0.033 0.135 0.417 0.077 0.002 0.001 0.003 0.265 184 R 0.022 0.059 0.003 0.017 0.052 0.159 0.092 0.002 0.001 0.004 0.588 185 D 0.016 0.086 0.001 0.003 0.008 0.015 0.202 0.002 0.001 0.004 0.663 186 F 0.120 0.214 0.004 0.005 0.007 0.019 0.265 0.009 0.001 0.005 0.354 187 A 0.083 0.713 0.004 0.003 0.007 0.013 0.040 0.005 0.001 0.003 0.130 188 E 0.059 0.769 0.006 0.003 0.009 0.010 0.029 0.006 0.001 0.001 0.107 189 R 0.103 0.740 0.005 0.003 0.004 0.005 0.012 0.013 0.001 0.002 0.113 190 L 0.183 0.700 0.010 0.007 0.008 0.008 0.006 0.019 0.001 0.001 0.059 191 H 0.199 0.300 0.033 0.016 0.011 0.019 0.025 0.121 0.001 0.003 0.273 192 Y 0.133 0.125 0.278 0.038 0.033 0.047 0.027 0.014 0.001 0.002 0.303 193 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 194 Y 0.019 0.004 0.006 0.025 0.035 0.083 0.062 0.001 0.001 0.005 0.759 195 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 196 G 0.017 0.003 0.001 0.013 0.016 0.033 0.055 0.001 0.001 0.002 0.860 197 E 0.159 0.014 0.002 0.041 0.016 0.028 0.119 0.001 0.001 0.006 0.614 198 L 0.129 0.039 0.002 0.029 0.034 0.042 0.106 0.001 0.001 0.003 0.617 199 T 0.125 0.144 0.003 0.073 0.097 0.118 0.114 0.001 0.001 0.006 0.318 200 M 0.095 0.295 0.003 0.032 0.092 0.100 0.075 0.003 0.001 0.005 0.301 201 M 0.104 0.337 0.004 0.045 0.074 0.135 0.047 0.006 0.001 0.003 0.247 202 N 0.093 0.299 0.004 0.024 0.059 0.090 0.105 0.020 0.001 0.008 0.298 203 L 0.194 0.258 0.030 0.028 0.027 0.057 0.043 0.016 0.001 0.010 0.337 204 T 0.130 0.120 0.019 0.023 0.050 0.072 0.165 0.027 0.001 0.014 0.381 205 Q 0.258 0.033 0.090 0.021 0.023 0.031 0.096 0.004 0.001 0.019 0.427