# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 181 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.025 0.030 0.024 0.041 0.057 0.008 0.747 2 G 0.055 0.017 0.031 0.028 0.045 0.105 0.012 0.706 3 S 0.137 0.022 0.055 0.045 0.071 0.110 0.016 0.544 4 S 0.061 0.026 0.029 0.024 0.040 0.110 0.008 0.702 5 H 0.051 0.016 0.024 0.024 0.041 0.158 0.010 0.678 6 H 0.121 0.025 0.030 0.030 0.041 0.148 0.014 0.591 7 H 0.105 0.041 0.028 0.042 0.053 0.103 0.012 0.616 8 H 0.112 0.065 0.041 0.066 0.113 0.073 0.010 0.519 9 H 0.050 0.035 0.017 0.029 0.038 0.045 0.007 0.780 10 H 0.051 0.024 0.024 0.039 0.064 0.060 0.010 0.729 11 S 0.042 0.020 0.024 0.017 0.030 0.054 0.008 0.804 12 S 0.068 0.019 0.020 0.013 0.022 0.098 0.013 0.748 13 G 0.297 0.018 0.041 0.017 0.023 0.177 0.032 0.394 14 L 0.252 0.033 0.067 0.027 0.034 0.122 0.024 0.441 15 V 0.099 0.031 0.116 0.066 0.088 0.169 0.007 0.424 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 17 R 0.030 0.013 0.036 0.020 0.087 0.098 0.005 0.711 18 G 0.174 0.028 0.028 0.018 0.024 0.101 0.012 0.614 19 S 0.117 0.030 0.018 0.012 0.016 0.084 0.010 0.712 20 K 0.145 0.034 0.025 0.014 0.029 0.059 0.010 0.684 21 M 0.153 0.039 0.023 0.016 0.021 0.204 0.015 0.529 22 D 0.150 0.035 0.023 0.015 0.024 0.180 0.019 0.554 23 M 0.137 0.072 0.036 0.016 0.036 0.079 0.010 0.614 24 E 0.043 0.037 0.014 0.011 0.013 0.319 0.010 0.554 25 D 0.241 0.040 0.026 0.015 0.022 0.197 0.032 0.427 26 A 0.207 0.179 0.037 0.025 0.032 0.143 0.017 0.360 27 D 0.117 0.120 0.034 0.028 0.042 0.168 0.019 0.472 28 M 0.111 0.121 0.056 0.029 0.056 0.109 0.019 0.498 29 T 0.074 0.104 0.042 0.045 0.057 0.207 0.017 0.454 30 L 0.084 0.104 0.037 0.037 0.058 0.130 0.014 0.537 31 W 0.056 0.192 0.047 0.034 0.057 0.150 0.010 0.454 32 T 0.062 0.200 0.034 0.036 0.062 0.146 0.012 0.449 33 E 0.052 0.329 0.021 0.020 0.044 0.059 0.010 0.465 34 A 0.072 0.398 0.019 0.023 0.041 0.086 0.012 0.349 35 E 0.079 0.329 0.015 0.019 0.027 0.097 0.017 0.417 36 F 0.078 0.402 0.021 0.019 0.035 0.052 0.015 0.378 37 E 0.084 0.414 0.018 0.017 0.029 0.069 0.014 0.355 38 E 0.108 0.263 0.026 0.014 0.021 0.055 0.024 0.489 39 K 0.164 0.285 0.044 0.021 0.034 0.067 0.028 0.358 40 C 0.151 0.162 0.050 0.029 0.037 0.062 0.024 0.485 41 T 0.087 0.112 0.079 0.052 0.064 0.101 0.020 0.486 42 Y 0.100 0.070 0.083 0.048 0.055 0.070 0.017 0.556 43 I 0.078 0.068 0.114 0.060 0.091 0.112 0.012 0.466 44 V 0.039 0.035 0.067 0.041 0.052 0.068 0.007 0.691 45 N 0.035 0.027 0.068 0.048 0.090 0.102 0.012 0.617 46 D 0.097 0.021 0.038 0.024 0.040 0.101 0.030 0.648 47 H 0.220 0.027 0.081 0.053 0.056 0.143 0.016 0.404 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 49 W 0.018 0.004 0.037 0.042 0.128 0.101 0.003 0.667 50 D 0.067 0.014 0.038 0.046 0.083 0.131 0.007 0.614 51 S 0.096 0.021 0.023 0.036 0.060 0.071 0.010 0.684 52 G 0.104 0.022 0.037 0.034 0.048 0.134 0.012 0.609 53 A 0.110 0.023 0.056 0.045 0.048 0.268 0.014 0.435 54 D 0.067 0.035 0.036 0.032 0.047 0.157 0.013 0.611 55 G 0.063 0.031 0.037 0.015 0.036 0.149 0.014 0.654 56 G 0.140 0.016 0.057 0.015 0.022 0.160 0.037 0.552 57 T 0.250 0.016 0.108 0.040 0.044 0.180 0.028 0.334 58 S 0.017 0.010 0.035 0.016 0.024 0.083 0.003 0.813 59 V 0.011 0.011 0.058 0.049 0.149 0.123 0.003 0.596 60 Q 0.019 0.022 0.033 0.023 0.044 0.182 0.003 0.674 61 A 0.058 0.065 0.025 0.041 0.068 0.256 0.009 0.478 62 E 0.279 0.174 0.024 0.036 0.063 0.095 0.022 0.307 63 A 0.362 0.273 0.012 0.031 0.037 0.049 0.031 0.204 64 S 0.305 0.170 0.015 0.023 0.036 0.050 0.061 0.341 65 L 0.220 0.074 0.041 0.062 0.074 0.072 0.025 0.432 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 67 R 0.011 0.004 0.017 0.028 0.037 0.075 0.004 0.825 68 N 0.263 0.019 0.058 0.026 0.047 0.077 0.011 0.499 69 L 0.196 0.027 0.119 0.086 0.103 0.044 0.010 0.415 70 L 0.030 0.006 0.332 0.197 0.255 0.056 0.004 0.121 71 F 0.010 0.004 0.165 0.265 0.246 0.036 0.003 0.270 72 K 0.004 0.002 0.170 0.287 0.438 0.017 0.002 0.080 73 Y 0.006 0.007 0.078 0.119 0.167 0.048 0.003 0.572 74 A 0.013 0.007 0.108 0.148 0.319 0.080 0.006 0.319 75 T 0.041 0.007 0.046 0.093 0.133 0.132 0.015 0.532 76 N 0.072 0.011 0.034 0.063 0.103 0.185 0.013 0.518 77 S 0.016 0.004 0.009 0.016 0.028 0.075 0.004 0.848 78 E 0.014 0.006 0.008 0.008 0.016 0.166 0.005 0.777 79 E 0.249 0.014 0.016 0.017 0.023 0.301 0.024 0.356 80 V 0.279 0.076 0.044 0.038 0.056 0.141 0.016 0.350 81 I 0.071 0.120 0.096 0.131 0.190 0.096 0.009 0.288 82 G 0.051 0.075 0.092 0.126 0.208 0.099 0.009 0.340 83 V 0.038 0.074 0.100 0.176 0.279 0.048 0.006 0.279 84 M 0.021 0.083 0.075 0.240 0.333 0.035 0.006 0.207 85 S 0.031 0.098 0.073 0.160 0.333 0.054 0.010 0.241 86 K 0.052 0.109 0.071 0.173 0.199 0.056 0.017 0.323 87 E 0.082 0.053 0.034 0.132 0.145 0.103 0.023 0.429 88 Y 0.122 0.051 0.023 0.064 0.117 0.046 0.034 0.542 89 I 0.090 0.030 0.094 0.179 0.253 0.086 0.008 0.258 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 91 K 0.010 0.005 0.021 0.034 0.150 0.052 0.004 0.725 92 G 0.257 0.021 0.045 0.040 0.083 0.089 0.021 0.444 93 T 0.376 0.016 0.069 0.102 0.059 0.073 0.026 0.278 94 R 0.055 0.019 0.096 0.125 0.122 0.063 0.008 0.512 95 F 0.027 0.011 0.091 0.125 0.320 0.040 0.005 0.381 96 G 0.028 0.006 0.103 0.190 0.320 0.074 0.004 0.276 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 98 L 0.006 0.001 0.061 0.198 0.467 0.045 0.002 0.222 99 I 0.053 0.005 0.053 0.097 0.187 0.063 0.006 0.536 100 G 0.046 0.006 0.067 0.149 0.250 0.054 0.009 0.419 101 E 0.067 0.006 0.103 0.241 0.243 0.083 0.007 0.252 102 I 0.026 0.007 0.039 0.151 0.137 0.043 0.004 0.594 103 Y 0.011 0.003 0.056 0.195 0.548 0.025 0.002 0.160 104 T 0.019 0.012 0.027 0.178 0.229 0.124 0.006 0.405 105 N 0.022 0.010 0.018 0.048 0.107 0.044 0.005 0.745 106 D 0.031 0.009 0.011 0.023 0.038 0.270 0.012 0.606 107 T 0.323 0.009 0.015 0.016 0.024 0.207 0.066 0.341 108 V 0.156 0.035 0.040 0.041 0.068 0.308 0.010 0.342 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.989 110 K 0.013 0.011 0.009 0.013 0.051 0.133 0.003 0.767 111 N 0.271 0.062 0.015 0.021 0.042 0.106 0.017 0.465 112 A 0.207 0.121 0.020 0.025 0.039 0.093 0.015 0.481 113 N 0.121 0.084 0.023 0.027 0.032 0.252 0.023 0.438 114 R 0.279 0.069 0.021 0.025 0.042 0.080 0.039 0.444 115 K 0.123 0.086 0.038 0.046 0.060 0.188 0.024 0.434 116 Y 0.114 0.039 0.074 0.136 0.144 0.128 0.021 0.345 117 F 0.046 0.048 0.066 0.203 0.325 0.055 0.008 0.248 118 W 0.014 0.023 0.044 0.313 0.402 0.022 0.004 0.179 119 R 0.014 0.015 0.047 0.386 0.427 0.014 0.003 0.094 120 I 0.015 0.021 0.028 0.350 0.362 0.012 0.004 0.208 121 Y 0.005 0.006 0.036 0.366 0.513 0.007 0.002 0.065 122 S 0.008 0.014 0.018 0.340 0.277 0.060 0.006 0.276 123 R 0.018 0.009 0.022 0.058 0.171 0.065 0.013 0.645 124 G 0.083 0.006 0.026 0.042 0.083 0.312 0.051 0.397 125 E 0.477 0.002 0.031 0.035 0.036 0.134 0.058 0.228 126 L 0.039 0.004 0.065 0.114 0.122 0.174 0.006 0.476 127 H 0.006 0.001 0.099 0.238 0.373 0.088 0.001 0.193 128 H 0.013 0.002 0.180 0.185 0.315 0.076 0.002 0.227 129 F 0.009 0.002 0.252 0.181 0.351 0.034 0.002 0.169 130 I 0.002 0.001 0.321 0.232 0.362 0.014 0.001 0.067 131 D 0.003 0.003 0.223 0.196 0.269 0.074 0.003 0.230 132 G 0.012 0.004 0.147 0.068 0.210 0.109 0.007 0.444 133 F 0.013 0.003 0.049 0.027 0.046 0.556 0.010 0.296 134 N 0.091 0.004 0.032 0.020 0.033 0.280 0.024 0.516 135 E 0.043 0.016 0.017 0.010 0.020 0.101 0.004 0.788 136 E 0.014 0.009 0.008 0.011 0.015 0.631 0.005 0.308 137 K 0.319 0.031 0.017 0.012 0.029 0.134 0.030 0.429 138 S 0.163 0.175 0.017 0.019 0.038 0.196 0.016 0.376 139 N 0.209 0.078 0.017 0.024 0.035 0.188 0.022 0.427 140 W 0.124 0.171 0.038 0.025 0.043 0.116 0.016 0.466 141 M 0.081 0.167 0.070 0.097 0.135 0.170 0.013 0.267 142 R 0.072 0.296 0.055 0.080 0.101 0.097 0.011 0.290 143 Y 0.114 0.410 0.073 0.051 0.105 0.015 0.015 0.217 144 V 0.075 0.393 0.132 0.056 0.126 0.016 0.014 0.188 145 N 0.053 0.166 0.189 0.139 0.140 0.045 0.013 0.254 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 147 A 0.070 0.020 0.119 0.050 0.156 0.098 0.016 0.471 148 H 0.244 0.027 0.059 0.012 0.015 0.147 0.031 0.466 149 S 0.114 0.020 0.029 0.012 0.025 0.185 0.008 0.607 150 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 151 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.615 0.001 0.377 152 E 0.405 0.012 0.004 0.004 0.005 0.425 0.016 0.129 153 Q 0.321 0.497 0.005 0.013 0.017 0.026 0.004 0.119 154 N 0.092 0.577 0.010 0.025 0.087 0.019 0.006 0.183 155 L 0.060 0.320 0.038 0.141 0.225 0.019 0.020 0.176 156 A 0.034 0.155 0.041 0.318 0.279 0.019 0.023 0.132 157 A 0.024 0.138 0.063 0.349 0.254 0.019 0.009 0.143 158 C 0.016 0.109 0.198 0.234 0.301 0.017 0.006 0.118 159 Q 0.021 0.099 0.094 0.310 0.307 0.019 0.008 0.143 160 N 0.023 0.070 0.045 0.173 0.236 0.041 0.016 0.396 161 G 0.084 0.036 0.049 0.111 0.244 0.070 0.036 0.370 162 M 0.173 0.015 0.045 0.104 0.119 0.104 0.041 0.398 163 N 0.051 0.006 0.063 0.121 0.134 0.120 0.011 0.494 164 I 0.011 0.002 0.061 0.303 0.426 0.031 0.002 0.165 165 Y 0.003 0.001 0.061 0.345 0.509 0.017 0.001 0.063 166 F 0.003 0.002 0.086 0.317 0.451 0.019 0.001 0.122 167 Y 0.002 0.001 0.087 0.374 0.486 0.005 0.001 0.043 168 T 0.005 0.002 0.073 0.342 0.465 0.016 0.002 0.094 169 I 0.007 0.003 0.056 0.235 0.532 0.010 0.003 0.153 170 K 0.006 0.002 0.032 0.461 0.407 0.017 0.002 0.074 171 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.989 172 I 0.013 0.001 0.033 0.102 0.566 0.050 0.002 0.233 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 174 A 0.003 0.001 0.002 0.005 0.016 0.017 0.001 0.956 175 N 0.094 0.003 0.011 0.015 0.028 0.161 0.011 0.678 176 Q 0.743 0.002 0.007 0.015 0.013 0.039 0.023 0.158 177 E 0.161 0.016 0.046 0.076 0.086 0.136 0.009 0.470 178 L 0.027 0.007 0.087 0.270 0.275 0.081 0.003 0.251 179 L 0.010 0.005 0.081 0.271 0.493 0.022 0.002 0.118 180 V 0.009 0.009 0.078 0.317 0.422 0.015 0.002 0.147 181 W 0.010 0.012 0.079 0.267 0.474 0.013 0.002 0.145 182 Y 0.019 0.032 0.082 0.170 0.360 0.037 0.005 0.295 183 C 0.022 0.030 0.083 0.104 0.377 0.063 0.007 0.315 184 R 0.010 0.020 0.032 0.020 0.091 0.063 0.005 0.759 185 D 0.013 0.034 0.008 0.005 0.019 0.217 0.005 0.700 186 F 0.118 0.156 0.009 0.007 0.018 0.256 0.015 0.421 187 A 0.069 0.488 0.010 0.008 0.013 0.219 0.005 0.189 188 E 0.126 0.529 0.008 0.013 0.016 0.123 0.013 0.171 189 R 0.152 0.708 0.004 0.004 0.009 0.005 0.015 0.103 190 L 0.170 0.700 0.006 0.008 0.015 0.006 0.027 0.069 191 H 0.190 0.216 0.067 0.031 0.024 0.032 0.113 0.328 192 Y 0.121 0.070 0.247 0.087 0.052 0.072 0.030 0.321 193 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 194 Y 0.018 0.004 0.047 0.029 0.054 0.165 0.005 0.678 195 P 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.986 196 G 0.017 0.003 0.011 0.011 0.027 0.075 0.003 0.853 197 E 0.188 0.010 0.021 0.028 0.036 0.223 0.009 0.484 198 L 0.119 0.082 0.038 0.063 0.079 0.112 0.006 0.500 199 T 0.045 0.185 0.047 0.161 0.253 0.064 0.005 0.239 200 M 0.047 0.321 0.038 0.090 0.206 0.048 0.007 0.243 201 M 0.050 0.299 0.045 0.173 0.234 0.036 0.013 0.151 202 N 0.083 0.277 0.025 0.101 0.159 0.047 0.033 0.275 203 L 0.123 0.174 0.059 0.072 0.122 0.062 0.038 0.350 204 T 0.085 0.093 0.044 0.051 0.077 0.165 0.037 0.448 205 Q 0.104 0.045 0.044 0.031 0.054 0.096 0.021 0.606