# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 181 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.313 0.242 0.132 0.094 0.023 0.042 0.009 0.036 0.009 0.001 2 G 0.060 0.101 0.203 0.064 0.197 0.058 0.095 0.092 0.022 0.107 0.001 3 S 0.213 0.330 0.206 0.142 0.054 0.023 0.008 0.003 0.018 0.003 0.002 4 S 0.195 0.243 0.178 0.165 0.104 0.037 0.029 0.010 0.027 0.012 0.001 5 H 0.149 0.250 0.195 0.140 0.124 0.045 0.047 0.009 0.033 0.008 0.002 6 H 0.213 0.295 0.214 0.132 0.062 0.032 0.020 0.004 0.023 0.003 0.002 7 H 0.167 0.359 0.204 0.119 0.064 0.036 0.016 0.003 0.028 0.002 0.001 8 H 0.119 0.357 0.256 0.085 0.069 0.051 0.019 0.003 0.038 0.002 0.002 9 H 0.142 0.309 0.296 0.097 0.039 0.068 0.013 0.002 0.028 0.002 0.002 10 H 0.138 0.203 0.347 0.086 0.064 0.065 0.028 0.004 0.053 0.012 0.001 11 S 0.554 0.070 0.179 0.106 0.021 0.024 0.012 0.002 0.021 0.005 0.007 12 S 0.334 0.053 0.169 0.335 0.019 0.014 0.055 0.006 0.008 0.005 0.001 13 G 0.123 0.030 0.096 0.083 0.062 0.019 0.194 0.283 0.007 0.101 0.001 14 L 0.179 0.204 0.363 0.173 0.023 0.025 0.012 0.003 0.013 0.002 0.003 15 V 0.046 0.312 0.482 0.007 0.022 0.012 0.004 0.001 0.110 0.004 0.001 16 P 0.116 0.013 0.762 0.011 0.003 0.034 0.001 0.001 0.005 0.001 0.054 17 R 0.178 0.165 0.385 0.174 0.033 0.015 0.022 0.007 0.017 0.002 0.002 18 G 0.032 0.027 0.086 0.020 0.121 0.010 0.039 0.368 0.008 0.288 0.001 19 S 0.255 0.129 0.410 0.102 0.047 0.025 0.008 0.001 0.017 0.003 0.002 20 K 0.222 0.179 0.285 0.169 0.038 0.052 0.018 0.005 0.024 0.006 0.002 21 M 0.263 0.247 0.275 0.105 0.039 0.029 0.011 0.002 0.023 0.004 0.002 22 D 0.188 0.121 0.327 0.163 0.042 0.086 0.034 0.002 0.032 0.003 0.003 23 M 0.420 0.118 0.201 0.150 0.032 0.026 0.015 0.005 0.023 0.005 0.003 24 E 0.482 0.120 0.190 0.118 0.023 0.029 0.016 0.003 0.016 0.003 0.001 25 D 0.300 0.134 0.217 0.204 0.034 0.048 0.028 0.004 0.027 0.003 0.002 26 A 0.416 0.181 0.193 0.103 0.034 0.022 0.021 0.005 0.022 0.004 0.001 27 D 0.312 0.155 0.237 0.148 0.039 0.051 0.032 0.003 0.019 0.003 0.001 28 M 0.301 0.265 0.172 0.149 0.042 0.026 0.016 0.003 0.023 0.002 0.001 29 T 0.206 0.281 0.277 0.066 0.064 0.044 0.017 0.002 0.040 0.003 0.001 30 L 0.380 0.221 0.238 0.069 0.031 0.031 0.008 0.001 0.017 0.001 0.002 31 W 0.357 0.201 0.207 0.100 0.052 0.042 0.015 0.003 0.021 0.002 0.001 32 T 0.385 0.213 0.168 0.124 0.046 0.024 0.012 0.002 0.022 0.002 0.001 33 E 0.344 0.204 0.202 0.108 0.060 0.029 0.022 0.003 0.027 0.003 0.001 34 A 0.297 0.226 0.280 0.072 0.040 0.037 0.013 0.002 0.029 0.002 0.001 35 E 0.317 0.158 0.347 0.080 0.023 0.042 0.010 0.001 0.020 0.001 0.002 36 F 0.320 0.177 0.257 0.123 0.038 0.038 0.015 0.003 0.025 0.003 0.001 37 E 0.315 0.163 0.261 0.099 0.049 0.039 0.025 0.003 0.039 0.005 0.001 38 E 0.474 0.101 0.211 0.127 0.025 0.026 0.014 0.002 0.015 0.002 0.002 39 K 0.236 0.185 0.220 0.188 0.052 0.044 0.030 0.007 0.031 0.005 0.001 40 C 0.258 0.174 0.307 0.111 0.047 0.041 0.025 0.004 0.025 0.005 0.002 41 T 0.379 0.184 0.199 0.134 0.039 0.027 0.016 0.002 0.016 0.002 0.002 42 Y 0.263 0.276 0.169 0.148 0.072 0.029 0.016 0.004 0.021 0.003 0.001 43 I 0.135 0.327 0.318 0.061 0.055 0.048 0.014 0.002 0.035 0.002 0.002 44 V 0.199 0.282 0.352 0.067 0.017 0.052 0.007 0.001 0.019 0.001 0.003 45 N 0.252 0.171 0.286 0.129 0.034 0.062 0.035 0.002 0.023 0.003 0.002 46 D 0.148 0.129 0.190 0.312 0.048 0.053 0.068 0.014 0.027 0.007 0.002 47 H 0.032 0.241 0.401 0.011 0.044 0.012 0.013 0.001 0.236 0.008 0.001 48 P 0.186 0.008 0.692 0.017 0.003 0.028 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 49 W 0.313 0.163 0.284 0.146 0.026 0.034 0.007 0.005 0.019 0.002 0.001 50 D 0.234 0.149 0.291 0.153 0.058 0.045 0.023 0.005 0.034 0.006 0.002 51 S 0.209 0.152 0.187 0.277 0.066 0.028 0.039 0.006 0.029 0.006 0.002 52 G 0.177 0.117 0.196 0.123 0.138 0.041 0.045 0.058 0.032 0.074 0.001 53 A 0.319 0.214 0.275 0.106 0.028 0.025 0.006 0.001 0.020 0.004 0.002 54 D 0.184 0.139 0.279 0.220 0.035 0.048 0.048 0.003 0.035 0.007 0.003 55 G 0.079 0.037 0.157 0.192 0.063 0.015 0.168 0.169 0.007 0.113 0.001 56 G 0.034 0.023 0.079 0.053 0.088 0.014 0.086 0.450 0.005 0.168 0.001 57 T 0.086 0.356 0.438 0.034 0.037 0.016 0.004 0.001 0.024 0.003 0.001 58 S 0.157 0.137 0.579 0.025 0.020 0.053 0.004 0.001 0.017 0.003 0.004 59 V 0.251 0.177 0.389 0.057 0.038 0.052 0.006 0.001 0.024 0.001 0.004 60 Q 0.427 0.142 0.268 0.059 0.045 0.026 0.010 0.002 0.018 0.002 0.002 61 A 0.649 0.086 0.111 0.073 0.036 0.015 0.013 0.003 0.010 0.002 0.002 62 E 0.391 0.186 0.086 0.252 0.038 0.012 0.014 0.002 0.016 0.001 0.001 63 A 0.204 0.289 0.211 0.138 0.054 0.025 0.043 0.003 0.030 0.002 0.001 64 S 0.078 0.337 0.368 0.084 0.029 0.059 0.019 0.002 0.019 0.001 0.004 65 L 0.007 0.300 0.495 0.004 0.022 0.017 0.002 0.001 0.149 0.003 0.001 66 P 0.068 0.004 0.822 0.005 0.003 0.025 0.001 0.001 0.008 0.003 0.061 67 R 0.608 0.017 0.184 0.147 0.012 0.009 0.010 0.002 0.004 0.002 0.005 68 N 0.113 0.093 0.110 0.292 0.122 0.038 0.089 0.112 0.016 0.014 0.001 69 L 0.029 0.441 0.415 0.041 0.035 0.018 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 70 L 0.017 0.726 0.200 0.009 0.011 0.025 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 71 F 0.013 0.672 0.225 0.006 0.039 0.025 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 72 K 0.019 0.491 0.346 0.011 0.055 0.040 0.002 0.001 0.034 0.001 0.002 73 Y 0.036 0.495 0.311 0.019 0.074 0.031 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 74 A 0.085 0.345 0.271 0.043 0.151 0.044 0.015 0.005 0.033 0.006 0.001 75 T 0.172 0.337 0.181 0.144 0.092 0.028 0.013 0.003 0.024 0.004 0.002 76 N 0.102 0.240 0.239 0.129 0.107 0.053 0.047 0.007 0.058 0.015 0.001 77 S 0.370 0.081 0.276 0.131 0.041 0.034 0.027 0.003 0.019 0.011 0.006 78 E 0.413 0.076 0.161 0.227 0.031 0.027 0.029 0.009 0.017 0.007 0.002 79 E 0.320 0.155 0.223 0.163 0.052 0.026 0.026 0.008 0.020 0.006 0.001 80 V 0.171 0.234 0.337 0.111 0.032 0.054 0.025 0.003 0.028 0.002 0.003 81 I 0.111 0.443 0.268 0.088 0.038 0.012 0.019 0.001 0.018 0.001 0.001 82 G 0.051 0.143 0.168 0.021 0.354 0.029 0.043 0.102 0.015 0.074 0.001 83 V 0.050 0.649 0.221 0.015 0.033 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 M 0.061 0.566 0.229 0.022 0.066 0.034 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 85 S 0.108 0.410 0.245 0.039 0.113 0.038 0.010 0.001 0.032 0.002 0.002 86 K 0.225 0.323 0.221 0.057 0.118 0.016 0.011 0.002 0.023 0.003 0.002 87 E 0.306 0.223 0.272 0.084 0.051 0.029 0.014 0.001 0.016 0.001 0.002 88 Y 0.123 0.291 0.241 0.209 0.040 0.050 0.018 0.002 0.022 0.001 0.003 89 I 0.017 0.417 0.413 0.005 0.028 0.013 0.005 0.001 0.099 0.002 0.001 90 P 0.038 0.010 0.843 0.004 0.002 0.052 0.001 0.001 0.008 0.001 0.042 91 K 0.340 0.046 0.445 0.109 0.016 0.008 0.017 0.002 0.008 0.002 0.006 92 G 0.019 0.006 0.020 0.010 0.054 0.005 0.026 0.694 0.002 0.164 0.001 93 T 0.108 0.299 0.429 0.079 0.045 0.022 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 94 R 0.092 0.562 0.198 0.029 0.065 0.019 0.004 0.001 0.028 0.002 0.001 95 F 0.099 0.358 0.273 0.126 0.079 0.029 0.014 0.001 0.015 0.002 0.004 96 G 0.021 0.131 0.186 0.007 0.347 0.008 0.014 0.013 0.190 0.083 0.001 97 P 0.149 0.018 0.755 0.018 0.010 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 98 L 0.053 0.366 0.389 0.059 0.040 0.058 0.007 0.003 0.024 0.001 0.001 99 I 0.083 0.360 0.369 0.085 0.055 0.013 0.014 0.001 0.015 0.002 0.002 100 G 0.018 0.056 0.064 0.024 0.468 0.013 0.049 0.170 0.008 0.130 0.001 101 E 0.045 0.497 0.316 0.024 0.067 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 102 I 0.053 0.370 0.444 0.019 0.024 0.073 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 103 Y 0.074 0.576 0.187 0.034 0.057 0.040 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 104 T 0.098 0.336 0.268 0.078 0.091 0.065 0.022 0.001 0.036 0.003 0.002 105 N 0.247 0.156 0.211 0.164 0.088 0.032 0.044 0.010 0.030 0.016 0.003 106 D 0.314 0.122 0.169 0.234 0.054 0.029 0.048 0.006 0.015 0.007 0.002 107 T 0.172 0.228 0.268 0.180 0.048 0.036 0.029 0.007 0.025 0.004 0.003 108 V 0.046 0.308 0.511 0.007 0.017 0.017 0.004 0.001 0.088 0.002 0.001 109 P 0.094 0.010 0.801 0.008 0.002 0.046 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 110 K 0.420 0.104 0.299 0.114 0.015 0.024 0.007 0.003 0.012 0.001 0.002 111 N 0.250 0.095 0.188 0.164 0.094 0.045 0.063 0.034 0.030 0.036 0.001 112 A 0.574 0.054 0.155 0.130 0.024 0.018 0.024 0.003 0.012 0.005 0.002 113 N 0.297 0.051 0.092 0.429 0.018 0.032 0.054 0.009 0.010 0.007 0.001 114 R 0.319 0.102 0.209 0.151 0.038 0.032 0.094 0.023 0.019 0.012 0.001 115 K 0.375 0.168 0.230 0.118 0.028 0.026 0.031 0.005 0.013 0.003 0.001 116 Y 0.210 0.337 0.177 0.149 0.053 0.030 0.019 0.004 0.019 0.002 0.001 117 F 0.206 0.412 0.203 0.056 0.066 0.021 0.011 0.001 0.023 0.001 0.001 118 W 0.135 0.594 0.126 0.033 0.073 0.017 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 119 R 0.054 0.675 0.136 0.012 0.069 0.025 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 120 I 0.057 0.496 0.323 0.014 0.019 0.076 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 121 Y 0.106 0.525 0.227 0.030 0.039 0.038 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 122 S 0.217 0.311 0.187 0.071 0.072 0.049 0.028 0.001 0.057 0.005 0.001 123 R 0.153 0.048 0.179 0.295 0.039 0.016 0.228 0.010 0.013 0.016 0.001 124 G 0.011 0.003 0.011 0.011 0.018 0.003 0.071 0.744 0.001 0.129 0.001 125 E 0.076 0.266 0.504 0.055 0.049 0.017 0.010 0.003 0.015 0.003 0.001 126 L 0.105 0.284 0.450 0.058 0.026 0.043 0.010 0.002 0.018 0.002 0.003 127 H 0.094 0.489 0.197 0.066 0.102 0.019 0.010 0.002 0.020 0.002 0.001 128 H 0.063 0.539 0.140 0.051 0.148 0.025 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 129 F 0.037 0.598 0.190 0.032 0.064 0.051 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 130 I 0.045 0.670 0.170 0.023 0.025 0.041 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 131 D 0.068 0.233 0.341 0.085 0.051 0.130 0.049 0.001 0.038 0.002 0.001 132 G 0.146 0.139 0.110 0.169 0.160 0.043 0.070 0.085 0.029 0.048 0.001 133 F 0.200 0.234 0.205 0.209 0.055 0.042 0.021 0.005 0.021 0.008 0.001 134 N 0.095 0.123 0.331 0.082 0.066 0.107 0.065 0.006 0.092 0.032 0.002 135 E 0.818 0.014 0.079 0.057 0.006 0.008 0.004 0.001 0.004 0.004 0.004 136 E 0.624 0.025 0.069 0.208 0.016 0.025 0.021 0.004 0.006 0.002 0.001 137 K 0.432 0.096 0.091 0.293 0.018 0.021 0.021 0.005 0.021 0.002 0.001 138 S 0.558 0.066 0.156 0.082 0.025 0.016 0.060 0.017 0.009 0.011 0.001 139 N 0.587 0.052 0.086 0.116 0.042 0.025 0.052 0.018 0.007 0.014 0.001 140 W 0.658 0.115 0.067 0.106 0.023 0.012 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 141 M 0.583 0.187 0.119 0.056 0.026 0.010 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 142 R 0.480 0.247 0.106 0.065 0.052 0.019 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 143 Y 0.221 0.348 0.214 0.100 0.047 0.046 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 144 V 0.161 0.495 0.181 0.077 0.022 0.033 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 145 N 0.024 0.164 0.420 0.007 0.046 0.045 0.018 0.001 0.269 0.004 0.001 146 P 0.573 0.004 0.329 0.043 0.004 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.025 147 A 0.421 0.069 0.152 0.205 0.045 0.043 0.024 0.026 0.011 0.004 0.001 148 H 0.201 0.187 0.220 0.298 0.030 0.032 0.009 0.005 0.013 0.004 0.002 149 S 0.022 0.095 0.483 0.018 0.037 0.072 0.039 0.001 0.214 0.018 0.001 150 P 0.862 0.001 0.080 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 151 R 0.814 0.005 0.019 0.134 0.005 0.010 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 152 E 0.486 0.044 0.059 0.350 0.008 0.020 0.017 0.003 0.011 0.001 0.001 153 Q 0.554 0.117 0.152 0.101 0.010 0.017 0.033 0.002 0.012 0.001 0.001 154 N 0.539 0.129 0.123 0.090 0.027 0.043 0.030 0.002 0.016 0.001 0.001 155 L 0.724 0.134 0.061 0.040 0.021 0.009 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 156 A 0.620 0.247 0.040 0.030 0.044 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 157 A 0.562 0.247 0.074 0.038 0.044 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 158 C 0.403 0.338 0.130 0.056 0.029 0.021 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 159 Q 0.377 0.282 0.168 0.066 0.028 0.032 0.008 0.001 0.035 0.001 0.001 160 N 0.137 0.083 0.243 0.273 0.025 0.027 0.180 0.005 0.019 0.007 0.001 161 G 0.009 0.003 0.009 0.012 0.014 0.003 0.124 0.708 0.001 0.118 0.001 162 M 0.083 0.216 0.372 0.170 0.069 0.015 0.048 0.008 0.012 0.005 0.001 163 N 0.024 0.367 0.318 0.054 0.105 0.035 0.054 0.009 0.027 0.007 0.001 164 I 0.006 0.726 0.194 0.007 0.041 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 165 Y 0.002 0.889 0.076 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 166 F 0.001 0.851 0.088 0.001 0.035 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 167 Y 0.002 0.830 0.085 0.002 0.058 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 168 T 0.003 0.824 0.059 0.003 0.091 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 169 I 0.012 0.648 0.190 0.013 0.079 0.040 0.004 0.001 0.011 0.001 0.003 170 K 0.004 0.606 0.192 0.002 0.063 0.009 0.002 0.001 0.121 0.001 0.001 171 P 0.016 0.023 0.800 0.007 0.004 0.064 0.001 0.001 0.003 0.001 0.083 172 I 0.009 0.427 0.432 0.006 0.031 0.017 0.002 0.001 0.072 0.002 0.001 173 P 0.028 0.029 0.832 0.004 0.005 0.033 0.001 0.001 0.024 0.004 0.040 174 A 0.297 0.014 0.577 0.055 0.011 0.007 0.013 0.001 0.006 0.005 0.015 175 N 0.005 0.001 0.006 0.014 0.011 0.003 0.019 0.861 0.001 0.078 0.001 176 Q 0.083 0.202 0.596 0.046 0.043 0.009 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 177 E 0.099 0.346 0.430 0.035 0.029 0.038 0.007 0.001 0.011 0.001 0.003 178 L 0.024 0.726 0.175 0.009 0.034 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 179 L 0.022 0.586 0.286 0.006 0.025 0.065 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 180 V 0.020 0.838 0.069 0.005 0.027 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 181 W 0.042 0.538 0.187 0.017 0.136 0.041 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 182 Y 0.060 0.386 0.207 0.068 0.152 0.069 0.008 0.002 0.045 0.004 0.001 183 C 0.166 0.147 0.410 0.021 0.090 0.076 0.016 0.001 0.061 0.011 0.001 184 R 0.972 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 D 0.946 0.002 0.005 0.037 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 186 F 0.858 0.022 0.008 0.101 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 187 A 0.970 0.007 0.010 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 188 E 0.970 0.004 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 R 0.895 0.008 0.007 0.077 0.003 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 190 L 0.223 0.010 0.026 0.704 0.001 0.003 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 191 H 0.029 0.007 0.022 0.039 0.004 0.009 0.828 0.052 0.003 0.006 0.001 192 Y 0.010 0.311 0.509 0.007 0.011 0.015 0.005 0.001 0.130 0.001 0.001 193 P 0.072 0.002 0.810 0.014 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 194 Y 0.023 0.390 0.269 0.009 0.025 0.012 0.003 0.001 0.266 0.002 0.001 195 P 0.312 0.002 0.590 0.018 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 196 G 0.202 0.028 0.087 0.126 0.086 0.025 0.038 0.365 0.006 0.036 0.001 197 E 0.295 0.175 0.360 0.073 0.041 0.027 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 198 L 0.429 0.178 0.266 0.058 0.021 0.027 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 199 T 0.472 0.229 0.117 0.089 0.044 0.023 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 200 M 0.390 0.226 0.142 0.099 0.069 0.028 0.009 0.001 0.033 0.001 0.001 201 M 0.343 0.241 0.159 0.165 0.033 0.020 0.012 0.001 0.023 0.001 0.001 202 N 0.216 0.120 0.206 0.173 0.062 0.062 0.094 0.011 0.040 0.015 0.001 203 L 0.320 0.094 0.152 0.318 0.028 0.020 0.042 0.007 0.013 0.005 0.002 204 T 0.148 0.095 0.154 0.259 0.057 0.039 0.161 0.035 0.028 0.024 0.001 205 Q 0.202 0.177 0.374 0.096 0.047 0.030 0.029 0.005 0.032 0.006 0.003