# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.011 0.001 0.030 0.014 0.026 0.133 0.002 0.001 0.036 0.725 2 G 0.046 0.031 0.001 0.024 0.022 0.040 0.128 0.005 0.001 0.049 0.652 3 S 0.049 0.036 0.002 0.026 0.058 0.054 0.129 0.005 0.001 0.063 0.577 4 S 0.059 0.050 0.003 0.044 0.044 0.077 0.114 0.006 0.001 0.059 0.542 5 H 0.109 0.052 0.003 0.036 0.044 0.072 0.107 0.011 0.001 0.058 0.506 6 H 0.101 0.033 0.003 0.031 0.044 0.064 0.104 0.008 0.001 0.065 0.547 7 H 0.044 0.023 0.002 0.029 0.043 0.076 0.109 0.005 0.001 0.075 0.593 8 H 0.027 0.013 0.002 0.028 0.029 0.052 0.132 0.003 0.001 0.096 0.617 9 H 0.070 0.013 0.007 0.024 0.037 0.035 0.130 0.006 0.004 0.107 0.566 10 H 0.233 0.012 0.002 0.016 0.012 0.016 0.100 0.008 0.001 0.039 0.562 11 S 0.168 0.011 0.001 0.012 0.006 0.015 0.089 0.006 0.001 0.040 0.653 12 S 0.030 0.005 0.001 0.014 0.012 0.019 0.121 0.001 0.001 0.031 0.766 13 G 0.010 0.006 0.001 0.022 0.021 0.041 0.124 0.001 0.001 0.042 0.732 14 L 0.018 0.007 0.001 0.027 0.071 0.051 0.118 0.002 0.001 0.051 0.653 15 V 0.046 0.011 0.002 0.050 0.059 0.067 0.135 0.003 0.001 0.080 0.548 16 P 0.025 0.011 0.001 0.030 0.026 0.040 0.124 0.003 0.001 0.053 0.685 17 R 0.106 0.028 0.002 0.042 0.024 0.043 0.126 0.008 0.001 0.041 0.579 18 G 0.146 0.027 0.003 0.023 0.019 0.031 0.115 0.009 0.002 0.057 0.569 19 S 0.068 0.022 0.002 0.028 0.024 0.040 0.128 0.005 0.001 0.037 0.646 20 K 0.066 0.020 0.001 0.025 0.025 0.042 0.112 0.003 0.001 0.043 0.662 21 M 0.023 0.015 0.002 0.029 0.035 0.036 0.134 0.003 0.001 0.037 0.684 22 D 0.135 0.044 0.002 0.032 0.022 0.033 0.107 0.008 0.001 0.047 0.569 23 M 0.185 0.034 0.002 0.014 0.017 0.019 0.101 0.008 0.001 0.074 0.545 24 E 0.051 0.046 0.002 0.021 0.011 0.018 0.111 0.004 0.001 0.037 0.698 25 D 0.109 0.048 0.002 0.019 0.010 0.019 0.120 0.006 0.001 0.150 0.516 26 A 0.057 0.082 0.003 0.024 0.024 0.021 0.150 0.008 0.001 0.089 0.541 27 D 0.108 0.131 0.003 0.022 0.019 0.027 0.100 0.010 0.001 0.062 0.519 28 M 0.049 0.070 0.002 0.026 0.024 0.041 0.123 0.005 0.001 0.147 0.511 29 T 0.040 0.116 0.002 0.038 0.025 0.043 0.118 0.005 0.001 0.087 0.526 30 L 0.060 0.140 0.004 0.036 0.039 0.052 0.122 0.006 0.001 0.042 0.498 31 W 0.036 0.210 0.007 0.031 0.029 0.031 0.090 0.007 0.002 0.026 0.532 32 T 0.234 0.504 0.004 0.008 0.009 0.012 0.029 0.027 0.001 0.023 0.150 33 E 0.269 0.311 0.004 0.008 0.010 0.013 0.051 0.014 0.001 0.053 0.267 34 A 0.077 0.232 0.011 0.018 0.017 0.024 0.083 0.005 0.002 0.052 0.479 35 E 0.086 0.159 0.013 0.020 0.020 0.026 0.087 0.011 0.003 0.058 0.517 36 F 0.350 0.161 0.008 0.009 0.014 0.014 0.067 0.024 0.003 0.056 0.294 37 E 0.162 0.060 0.003 0.012 0.019 0.028 0.090 0.008 0.001 0.115 0.502 38 E 0.028 0.048 0.004 0.025 0.017 0.040 0.110 0.003 0.001 0.053 0.670 39 K 0.056 0.059 0.004 0.040 0.047 0.098 0.113 0.012 0.001 0.078 0.492 40 C 0.057 0.027 0.002 0.033 0.062 0.083 0.112 0.009 0.001 0.093 0.521 41 T 0.013 0.011 0.002 0.080 0.107 0.147 0.095 0.002 0.001 0.078 0.462 42 Y 0.010 0.009 0.003 0.068 0.062 0.128 0.092 0.002 0.001 0.064 0.563 43 I 0.085 0.012 0.003 0.065 0.061 0.081 0.110 0.011 0.002 0.098 0.472 44 V 0.363 0.005 0.001 0.022 0.019 0.025 0.081 0.006 0.001 0.095 0.382 45 N 0.009 0.002 0.001 0.015 0.009 0.024 0.112 0.001 0.001 0.022 0.805 46 D 0.007 0.004 0.001 0.011 0.010 0.020 0.102 0.001 0.001 0.018 0.825 47 H 0.159 0.012 0.001 0.017 0.059 0.030 0.139 0.006 0.001 0.101 0.473 48 P 0.074 0.015 0.001 0.014 0.016 0.024 0.160 0.004 0.001 0.083 0.610 49 W 0.038 0.018 0.001 0.010 0.011 0.022 0.121 0.003 0.001 0.028 0.747 50 D 0.140 0.037 0.002 0.016 0.023 0.034 0.131 0.009 0.001 0.062 0.546 51 S 0.061 0.018 0.003 0.020 0.023 0.032 0.147 0.005 0.002 0.071 0.618 52 G 0.089 0.015 0.003 0.021 0.021 0.039 0.120 0.004 0.002 0.068 0.619 53 A 0.200 0.009 0.001 0.021 0.021 0.026 0.113 0.004 0.001 0.061 0.544 54 D 0.050 0.009 0.001 0.021 0.010 0.023 0.138 0.002 0.001 0.048 0.697 55 G 0.009 0.012 0.001 0.017 0.015 0.032 0.125 0.001 0.001 0.022 0.767 56 G 0.016 0.036 0.001 0.032 0.075 0.104 0.126 0.002 0.001 0.034 0.573 57 T 0.025 0.084 0.002 0.046 0.147 0.140 0.091 0.004 0.001 0.041 0.420 58 S 0.054 0.167 0.004 0.045 0.095 0.119 0.068 0.010 0.001 0.043 0.394 59 V 0.125 0.193 0.006 0.039 0.097 0.117 0.057 0.014 0.002 0.040 0.310 60 Q 0.143 0.087 0.021 0.031 0.068 0.108 0.065 0.014 0.007 0.088 0.369 61 A 0.193 0.042 0.005 0.023 0.047 0.079 0.077 0.011 0.002 0.071 0.450 62 E 0.129 0.013 0.002 0.015 0.035 0.050 0.078 0.005 0.001 0.060 0.613 63 A 0.010 0.010 0.002 0.023 0.047 0.058 0.096 0.001 0.001 0.031 0.722 64 S 0.039 0.014 0.003 0.014 0.026 0.034 0.094 0.003 0.002 0.064 0.707 65 L 0.204 0.018 0.004 0.011 0.050 0.031 0.122 0.011 0.002 0.071 0.476 66 P 0.168 0.011 0.002 0.013 0.007 0.014 0.091 0.005 0.001 0.036 0.653 67 R 0.064 0.008 0.002 0.024 0.021 0.046 0.142 0.003 0.001 0.033 0.657 68 N 0.010 0.004 0.001 0.048 0.018 0.061 0.110 0.002 0.001 0.041 0.706 69 L 0.008 0.004 0.001 0.099 0.160 0.193 0.088 0.001 0.001 0.064 0.381 70 L 0.004 0.003 0.001 0.218 0.135 0.215 0.045 0.001 0.001 0.072 0.307 71 F 0.004 0.002 0.001 0.162 0.214 0.209 0.038 0.001 0.001 0.078 0.290 72 K 0.004 0.002 0.001 0.289 0.180 0.255 0.032 0.001 0.001 0.068 0.168 73 Y 0.022 0.003 0.001 0.136 0.125 0.153 0.058 0.002 0.001 0.106 0.394 74 A 0.017 0.004 0.001 0.123 0.119 0.153 0.092 0.002 0.001 0.063 0.426 75 T 0.021 0.007 0.001 0.043 0.050 0.070 0.105 0.002 0.001 0.035 0.665 76 N 0.207 0.028 0.004 0.020 0.035 0.040 0.103 0.012 0.002 0.088 0.461 77 S 0.153 0.024 0.002 0.011 0.024 0.030 0.119 0.008 0.001 0.050 0.579 78 E 0.057 0.022 0.004 0.021 0.023 0.059 0.146 0.003 0.001 0.052 0.611 79 E 0.024 0.020 0.002 0.041 0.097 0.187 0.113 0.004 0.001 0.053 0.460 80 V 0.019 0.016 0.002 0.030 0.074 0.180 0.110 0.004 0.001 0.066 0.499 81 I 0.005 0.009 0.001 0.082 0.225 0.360 0.049 0.001 0.001 0.078 0.190 82 G 0.006 0.009 0.001 0.085 0.162 0.363 0.045 0.001 0.001 0.079 0.249 83 V 0.005 0.008 0.001 0.101 0.350 0.334 0.033 0.001 0.001 0.024 0.143 84 M 0.015 0.023 0.005 0.094 0.260 0.302 0.036 0.004 0.002 0.049 0.210 85 S 0.210 0.070 0.004 0.033 0.122 0.169 0.039 0.029 0.002 0.070 0.253 86 K 0.125 0.023 0.002 0.020 0.063 0.076 0.079 0.011 0.001 0.079 0.521 87 E 0.024 0.013 0.003 0.029 0.054 0.086 0.099 0.002 0.001 0.058 0.629 88 Y 0.028 0.007 0.008 0.019 0.035 0.052 0.107 0.004 0.005 0.121 0.613 89 I 0.294 0.003 0.002 0.012 0.028 0.021 0.119 0.005 0.002 0.097 0.416 90 P 0.207 0.003 0.001 0.012 0.010 0.016 0.079 0.003 0.001 0.037 0.631 91 K 0.013 0.002 0.001 0.010 0.003 0.009 0.116 0.001 0.001 0.011 0.835 92 G 0.015 0.004 0.001 0.019 0.019 0.051 0.144 0.003 0.001 0.038 0.707 93 T 0.015 0.005 0.001 0.045 0.124 0.096 0.133 0.002 0.001 0.068 0.511 94 R 0.006 0.007 0.001 0.168 0.105 0.224 0.080 0.001 0.001 0.048 0.359 95 F 0.017 0.010 0.001 0.111 0.112 0.130 0.071 0.003 0.001 0.054 0.492 96 G 0.016 0.009 0.005 0.184 0.207 0.246 0.060 0.003 0.002 0.063 0.203 97 P 0.034 0.012 0.002 0.127 0.085 0.206 0.092 0.003 0.001 0.079 0.359 98 L 0.075 0.014 0.003 0.071 0.108 0.217 0.099 0.007 0.001 0.091 0.314 99 I 0.023 0.011 0.001 0.072 0.102 0.201 0.113 0.005 0.001 0.048 0.424 100 G 0.011 0.007 0.001 0.066 0.081 0.370 0.074 0.002 0.001 0.077 0.311 101 E 0.008 0.004 0.001 0.048 0.278 0.278 0.051 0.001 0.001 0.077 0.253 102 I 0.013 0.005 0.001 0.076 0.161 0.190 0.086 0.002 0.001 0.057 0.409 103 Y 0.025 0.008 0.002 0.054 0.090 0.147 0.111 0.003 0.001 0.082 0.474 104 T 0.131 0.031 0.002 0.024 0.036 0.067 0.096 0.010 0.001 0.070 0.532 105 N 0.214 0.019 0.001 0.008 0.013 0.026 0.081 0.008 0.001 0.072 0.558 106 D 0.014 0.014 0.001 0.011 0.028 0.041 0.103 0.002 0.001 0.039 0.746 107 T 0.018 0.028 0.002 0.015 0.030 0.047 0.101 0.003 0.001 0.050 0.705 108 V 0.123 0.043 0.005 0.014 0.075 0.040 0.116 0.013 0.003 0.117 0.454 109 P 0.196 0.033 0.004 0.009 0.022 0.029 0.090 0.011 0.003 0.076 0.526 110 K 0.085 0.017 0.002 0.011 0.012 0.025 0.087 0.003 0.001 0.036 0.721 111 N 0.138 0.018 0.002 0.012 0.014 0.021 0.098 0.004 0.001 0.038 0.655 112 A 0.042 0.014 0.002 0.012 0.019 0.021 0.108 0.003 0.001 0.022 0.756 113 N 0.078 0.038 0.001 0.011 0.015 0.020 0.101 0.004 0.001 0.031 0.701 114 R 0.048 0.045 0.002 0.019 0.068 0.098 0.135 0.005 0.001 0.040 0.541 115 K 0.020 0.038 0.002 0.042 0.074 0.174 0.122 0.003 0.001 0.041 0.483 116 Y 0.010 0.028 0.002 0.045 0.179 0.465 0.042 0.003 0.001 0.038 0.191 117 F 0.017 0.023 0.001 0.032 0.204 0.312 0.047 0.004 0.001 0.052 0.307 118 W 0.005 0.008 0.001 0.042 0.287 0.461 0.022 0.001 0.001 0.045 0.127 119 R 0.006 0.005 0.001 0.031 0.277 0.387 0.030 0.001 0.001 0.062 0.200 120 I 0.006 0.003 0.002 0.036 0.315 0.331 0.037 0.001 0.002 0.058 0.209 121 Y 0.049 0.004 0.002 0.029 0.213 0.223 0.057 0.003 0.003 0.064 0.353 122 S 0.262 0.005 0.001 0.013 0.053 0.058 0.060 0.005 0.001 0.048 0.496 123 R 0.073 0.003 0.001 0.006 0.009 0.015 0.093 0.002 0.001 0.023 0.775 124 G 0.015 0.003 0.001 0.011 0.013 0.031 0.128 0.001 0.001 0.020 0.780 125 E 0.012 0.004 0.001 0.030 0.060 0.075 0.133 0.001 0.001 0.050 0.633 126 L 0.011 0.004 0.001 0.098 0.147 0.190 0.084 0.002 0.001 0.081 0.383 127 H 0.007 0.004 0.001 0.117 0.102 0.184 0.066 0.002 0.001 0.096 0.421 128 H 0.003 0.002 0.001 0.286 0.215 0.285 0.029 0.001 0.001 0.045 0.135 129 F 0.004 0.002 0.001 0.261 0.169 0.248 0.035 0.001 0.001 0.055 0.224 130 I 0.005 0.003 0.001 0.294 0.193 0.185 0.043 0.001 0.001 0.043 0.231 131 D 0.105 0.018 0.002 0.199 0.087 0.119 0.075 0.006 0.001 0.091 0.297 132 G 0.071 0.021 0.002 0.059 0.024 0.040 0.149 0.006 0.001 0.052 0.574 133 F 0.035 0.033 0.002 0.021 0.011 0.019 0.123 0.005 0.001 0.031 0.721 134 N 0.230 0.076 0.002 0.018 0.015 0.027 0.110 0.011 0.001 0.108 0.401 135 E 0.083 0.050 0.003 0.019 0.023 0.028 0.129 0.005 0.001 0.231 0.427 136 E 0.062 0.108 0.003 0.021 0.024 0.035 0.090 0.004 0.001 0.067 0.586 137 K 0.073 0.134 0.002 0.019 0.021 0.033 0.113 0.008 0.001 0.039 0.558 138 S 0.037 0.159 0.004 0.029 0.033 0.054 0.132 0.006 0.001 0.049 0.495 139 N 0.059 0.253 0.007 0.035 0.062 0.091 0.088 0.010 0.002 0.084 0.310 140 W 0.122 0.214 0.005 0.049 0.046 0.098 0.095 0.020 0.001 0.086 0.264 141 M 0.054 0.092 0.008 0.064 0.066 0.127 0.092 0.015 0.002 0.155 0.326 142 R 0.037 0.025 0.003 0.080 0.123 0.180 0.082 0.003 0.001 0.131 0.334 143 Y 0.019 0.011 0.003 0.058 0.084 0.131 0.132 0.003 0.001 0.142 0.416 144 V 0.014 0.019 0.004 0.119 0.082 0.106 0.143 0.004 0.002 0.041 0.466 145 N 0.427 0.038 0.003 0.026 0.028 0.050 0.062 0.021 0.002 0.097 0.246 146 P 0.088 0.008 0.001 0.018 0.014 0.026 0.140 0.003 0.001 0.076 0.624 147 A 0.006 0.005 0.001 0.024 0.010 0.032 0.189 0.001 0.001 0.045 0.685 148 H 0.019 0.027 0.001 0.022 0.025 0.022 0.143 0.002 0.001 0.037 0.700 149 S 0.549 0.154 0.001 0.005 0.007 0.007 0.046 0.019 0.001 0.040 0.171 150 P 0.074 0.078 0.001 0.005 0.012 0.014 0.091 0.004 0.001 0.141 0.579 151 R 0.025 0.312 0.002 0.008 0.012 0.039 0.081 0.002 0.001 0.049 0.469 152 E 0.071 0.367 0.003 0.014 0.083 0.106 0.068 0.009 0.001 0.048 0.232 153 Q 0.018 0.313 0.006 0.017 0.091 0.210 0.051 0.006 0.001 0.057 0.229 154 N 0.027 0.298 0.002 0.007 0.103 0.144 0.039 0.005 0.001 0.050 0.324 155 L 0.023 0.159 0.003 0.020 0.186 0.321 0.039 0.004 0.001 0.056 0.188 156 A 0.032 0.074 0.003 0.023 0.147 0.279 0.049 0.004 0.002 0.124 0.264 157 A 0.009 0.010 0.033 0.034 0.215 0.319 0.049 0.003 0.035 0.133 0.160 158 C 0.146 0.005 0.003 0.014 0.154 0.152 0.045 0.003 0.005 0.059 0.414 159 Q 0.539 0.001 0.001 0.006 0.031 0.025 0.032 0.003 0.001 0.034 0.328 160 N 0.008 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.076 0.001 0.001 0.005 0.887 161 G 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 0.131 0.001 0.001 0.009 0.825 162 M 0.002 0.001 0.001 0.031 0.339 0.216 0.089 0.001 0.001 0.020 0.302 163 N 0.001 0.001 0.001 0.234 0.099 0.351 0.031 0.001 0.001 0.065 0.218 164 I 0.001 0.001 0.001 0.193 0.324 0.327 0.011 0.001 0.001 0.066 0.079 165 Y 0.001 0.001 0.001 0.394 0.270 0.230 0.006 0.001 0.001 0.052 0.046 166 F 0.001 0.001 0.001 0.275 0.416 0.254 0.003 0.001 0.001 0.023 0.027 167 Y 0.001 0.001 0.001 0.211 0.357 0.334 0.006 0.001 0.001 0.042 0.047 168 T 0.007 0.001 0.001 0.166 0.353 0.341 0.014 0.001 0.001 0.040 0.078 169 I 0.029 0.001 0.001 0.101 0.172 0.249 0.075 0.004 0.001 0.070 0.298 170 K 0.007 0.001 0.001 0.079 0.102 0.173 0.113 0.001 0.001 0.031 0.493 171 P 0.031 0.001 0.002 0.019 0.029 0.079 0.137 0.002 0.002 0.099 0.599 172 I 0.034 0.001 0.001 0.016 0.031 0.030 0.111 0.002 0.001 0.038 0.735 173 P 0.778 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.030 0.002 0.001 0.021 0.157 174 A 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.094 0.001 0.001 0.007 0.868 175 N 0.006 0.002 0.001 0.007 0.009 0.033 0.128 0.001 0.001 0.013 0.802 176 Q 0.001 0.002 0.001 0.025 0.442 0.426 0.024 0.001 0.001 0.018 0.062 177 E 0.002 0.002 0.001 0.055 0.145 0.408 0.041 0.001 0.001 0.042 0.304 178 L 0.001 0.001 0.001 0.042 0.455 0.414 0.008 0.001 0.001 0.014 0.065 179 L 0.003 0.003 0.001 0.066 0.384 0.416 0.012 0.001 0.001 0.032 0.084 180 V 0.005 0.004 0.001 0.060 0.474 0.323 0.012 0.001 0.001 0.024 0.097 181 W 0.007 0.010 0.001 0.085 0.324 0.368 0.027 0.001 0.001 0.034 0.142 182 Y 0.019 0.032 0.002 0.072 0.250 0.275 0.046 0.003 0.001 0.032 0.266 183 C 0.087 0.103 0.003 0.047 0.143 0.130 0.066 0.012 0.002 0.044 0.363 184 R 0.098 0.157 0.004 0.023 0.059 0.056 0.086 0.010 0.002 0.040 0.464 185 D 0.117 0.290 0.008 0.021 0.024 0.030 0.067 0.016 0.002 0.041 0.383 186 F 0.287 0.248 0.006 0.014 0.015 0.023 0.053 0.023 0.003 0.036 0.292 187 A 0.255 0.092 0.033 0.017 0.019 0.026 0.070 0.021 0.014 0.060 0.393 188 E 0.259 0.024 0.004 0.019 0.015 0.031 0.072 0.008 0.002 0.039 0.528 189 R 0.105 0.007 0.001 0.015 0.011 0.022 0.079 0.004 0.001 0.039 0.716 190 L 0.015 0.003 0.001 0.024 0.019 0.031 0.113 0.001 0.001 0.027 0.766 191 H 0.014 0.002 0.001 0.014 0.016 0.030 0.096 0.001 0.001 0.046 0.782 192 Y 0.008 0.001 0.001 0.015 0.037 0.030 0.148 0.001 0.001 0.034 0.724 193 P 0.027 0.004 0.001 0.027 0.014 0.020 0.128 0.002 0.001 0.041 0.735 194 Y 0.254 0.015 0.001 0.015 0.012 0.016 0.115 0.006 0.001 0.052 0.514 195 P 0.031 0.010 0.001 0.012 0.006 0.011 0.124 0.002 0.001 0.064 0.738 196 G 0.021 0.043 0.001 0.017 0.017 0.027 0.122 0.003 0.001 0.040 0.709 197 E 0.118 0.100 0.002 0.025 0.043 0.040 0.118 0.010 0.001 0.048 0.495 198 L 0.062 0.041 0.010 0.021 0.039 0.039 0.118 0.007 0.005 0.088 0.570 199 T 0.140 0.038 0.002 0.022 0.032 0.061 0.093 0.008 0.001 0.046 0.558 200 M 0.190 0.016 0.002 0.015 0.022 0.042 0.094 0.006 0.001 0.070 0.541 201 M 0.024 0.007 0.003 0.032 0.033 0.041 0.120 0.002 0.001 0.043 0.694 202 N 0.068 0.007 0.001 0.018 0.014 0.032 0.104 0.002 0.001 0.042 0.711 203 L 0.036 0.006 0.001 0.015 0.032 0.026 0.117 0.002 0.001 0.039 0.727 204 T 0.059 0.011 0.001 0.025 0.019 0.023 0.131 0.003 0.001 0.035 0.692 205 Q 0.050 0.016 0.001 0.020 0.015 0.025 0.130 0.003 0.001 0.046 0.692