# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.015 0.011 0.017 0.029 0.143 0.036 0.723 2 G 0.087 0.048 0.012 0.020 0.038 0.115 0.044 0.636 3 S 0.068 0.057 0.014 0.020 0.026 0.109 0.049 0.657 4 S 0.102 0.121 0.031 0.037 0.049 0.119 0.061 0.479 5 H 0.141 0.103 0.029 0.030 0.048 0.097 0.068 0.483 6 H 0.116 0.073 0.034 0.034 0.045 0.116 0.058 0.523 7 H 0.053 0.034 0.041 0.043 0.063 0.100 0.090 0.576 8 H 0.037 0.017 0.030 0.032 0.047 0.127 0.115 0.594 9 H 0.089 0.018 0.052 0.044 0.048 0.123 0.146 0.479 10 H 0.230 0.012 0.015 0.015 0.023 0.091 0.034 0.581 11 S 0.180 0.009 0.008 0.008 0.017 0.072 0.033 0.672 12 S 0.025 0.005 0.014 0.013 0.030 0.132 0.019 0.762 13 G 0.014 0.004 0.031 0.036 0.104 0.140 0.040 0.631 14 L 0.018 0.005 0.030 0.057 0.063 0.103 0.032 0.693 15 V 0.043 0.010 0.063 0.104 0.092 0.118 0.065 0.506 16 P 0.029 0.011 0.042 0.039 0.049 0.091 0.059 0.681 17 R 0.121 0.034 0.043 0.049 0.059 0.100 0.055 0.539 18 G 0.129 0.033 0.028 0.026 0.035 0.085 0.047 0.618 19 S 0.086 0.058 0.020 0.031 0.049 0.103 0.046 0.606 20 K 0.079 0.054 0.022 0.026 0.046 0.111 0.042 0.619 21 M 0.034 0.033 0.025 0.039 0.044 0.114 0.053 0.659 22 D 0.148 0.084 0.021 0.027 0.032 0.107 0.057 0.524 23 M 0.168 0.079 0.021 0.020 0.024 0.101 0.075 0.512 24 E 0.068 0.060 0.012 0.011 0.017 0.097 0.032 0.703 25 D 0.114 0.072 0.015 0.011 0.016 0.083 0.153 0.536 26 A 0.065 0.120 0.017 0.021 0.025 0.127 0.107 0.518 27 D 0.147 0.127 0.016 0.015 0.029 0.093 0.047 0.525 28 M 0.048 0.052 0.019 0.027 0.040 0.124 0.123 0.567 29 T 0.048 0.166 0.025 0.021 0.044 0.120 0.103 0.474 30 L 0.067 0.207 0.024 0.030 0.045 0.129 0.053 0.444 31 W 0.030 0.131 0.033 0.025 0.026 0.106 0.070 0.578 32 T 0.208 0.501 0.012 0.009 0.011 0.032 0.110 0.117 33 E 0.212 0.429 0.012 0.007 0.007 0.049 0.061 0.224 34 A 0.052 0.214 0.023 0.014 0.017 0.082 0.056 0.543 35 E 0.078 0.130 0.020 0.009 0.012 0.093 0.096 0.562 36 F 0.325 0.216 0.010 0.007 0.008 0.063 0.093 0.279 37 E 0.105 0.092 0.013 0.007 0.012 0.075 0.100 0.596 38 E 0.024 0.052 0.017 0.012 0.026 0.114 0.072 0.683 39 K 0.037 0.053 0.038 0.041 0.079 0.117 0.088 0.546 40 C 0.047 0.034 0.056 0.053 0.081 0.127 0.063 0.540 41 T 0.029 0.028 0.080 0.084 0.123 0.118 0.091 0.447 42 Y 0.013 0.010 0.077 0.061 0.079 0.113 0.056 0.593 43 I 0.128 0.018 0.061 0.057 0.061 0.098 0.075 0.500 44 V 0.429 0.016 0.024 0.023 0.022 0.080 0.070 0.335 45 N 0.034 0.008 0.014 0.012 0.023 0.124 0.021 0.765 46 D 0.011 0.003 0.010 0.007 0.018 0.079 0.012 0.861 47 H 0.137 0.018 0.015 0.035 0.032 0.151 0.068 0.544 48 P 0.064 0.019 0.021 0.033 0.035 0.154 0.065 0.610 49 W 0.069 0.014 0.010 0.010 0.017 0.089 0.025 0.765 50 D 0.310 0.031 0.014 0.020 0.021 0.096 0.056 0.452 51 S 0.050 0.017 0.014 0.014 0.022 0.130 0.040 0.712 52 G 0.096 0.018 0.016 0.012 0.030 0.119 0.038 0.672 53 A 0.303 0.011 0.011 0.016 0.019 0.094 0.073 0.473 54 D 0.059 0.014 0.010 0.018 0.029 0.126 0.072 0.673 55 G 0.018 0.017 0.011 0.011 0.044 0.106 0.025 0.766 56 G 0.028 0.035 0.028 0.063 0.105 0.128 0.031 0.582 57 T 0.046 0.085 0.036 0.097 0.096 0.092 0.036 0.513 58 S 0.058 0.208 0.060 0.087 0.106 0.072 0.056 0.354 59 V 0.102 0.202 0.039 0.066 0.089 0.059 0.058 0.385 60 Q 0.133 0.058 0.071 0.085 0.075 0.057 0.221 0.300 61 A 0.122 0.084 0.023 0.060 0.069 0.082 0.091 0.468 62 E 0.126 0.024 0.022 0.028 0.051 0.077 0.051 0.621 63 A 0.024 0.013 0.012 0.037 0.057 0.129 0.036 0.691 64 S 0.015 0.007 0.014 0.018 0.031 0.089 0.049 0.778 65 L 0.262 0.025 0.010 0.031 0.026 0.104 0.055 0.486 66 P 0.366 0.019 0.012 0.010 0.013 0.066 0.054 0.459 67 R 0.072 0.017 0.014 0.011 0.029 0.125 0.018 0.714 68 N 0.020 0.008 0.034 0.011 0.042 0.098 0.025 0.762 69 L 0.023 0.013 0.078 0.119 0.121 0.115 0.037 0.493 70 L 0.018 0.009 0.136 0.095 0.235 0.075 0.071 0.361 71 F 0.015 0.003 0.103 0.151 0.227 0.051 0.084 0.366 72 K 0.008 0.001 0.106 0.339 0.333 0.033 0.046 0.134 73 Y 0.011 0.002 0.055 0.107 0.179 0.069 0.042 0.535 74 A 0.008 0.002 0.069 0.191 0.283 0.089 0.027 0.329 75 T 0.027 0.003 0.025 0.038 0.066 0.088 0.024 0.728 76 N 0.233 0.029 0.018 0.057 0.047 0.087 0.068 0.462 77 S 0.115 0.041 0.020 0.029 0.057 0.116 0.040 0.583 78 E 0.029 0.028 0.027 0.033 0.075 0.110 0.056 0.640 79 E 0.038 0.036 0.054 0.099 0.158 0.112 0.047 0.456 80 V 0.035 0.038 0.047 0.099 0.171 0.094 0.077 0.439 81 I 0.009 0.018 0.091 0.169 0.347 0.074 0.053 0.238 82 G 0.008 0.020 0.136 0.155 0.430 0.036 0.092 0.124 83 V 0.019 0.030 0.091 0.280 0.321 0.044 0.043 0.172 84 M 0.015 0.016 0.169 0.269 0.346 0.030 0.048 0.106 85 S 0.068 0.061 0.048 0.123 0.223 0.062 0.059 0.357 86 K 0.131 0.026 0.067 0.126 0.126 0.067 0.065 0.392 87 E 0.026 0.014 0.024 0.097 0.107 0.122 0.049 0.561 88 Y 0.019 0.004 0.033 0.022 0.042 0.101 0.077 0.701 89 I 0.462 0.003 0.012 0.017 0.012 0.078 0.054 0.361 90 P 0.450 0.004 0.004 0.005 0.006 0.039 0.058 0.433 91 K 0.018 0.002 0.006 0.003 0.015 0.092 0.006 0.857 92 G 0.014 0.001 0.036 0.028 0.186 0.095 0.027 0.614 93 T 0.005 0.001 0.040 0.231 0.162 0.080 0.032 0.449 94 R 0.002 0.001 0.112 0.193 0.238 0.071 0.020 0.363 95 F 0.012 0.003 0.075 0.113 0.127 0.059 0.035 0.576 96 G 0.090 0.023 0.138 0.248 0.128 0.045 0.087 0.240 97 P 0.075 0.031 0.100 0.049 0.094 0.079 0.045 0.528 98 L 0.074 0.031 0.072 0.126 0.181 0.072 0.071 0.373 99 I 0.067 0.020 0.050 0.116 0.218 0.079 0.052 0.397 100 G 0.025 0.006 0.027 0.115 0.260 0.064 0.069 0.433 101 E 0.005 0.003 0.042 0.296 0.379 0.057 0.032 0.186 102 I 0.007 0.003 0.040 0.125 0.265 0.074 0.024 0.464 103 Y 0.024 0.004 0.073 0.261 0.200 0.062 0.047 0.329 104 T 0.195 0.026 0.022 0.074 0.095 0.068 0.060 0.459 105 N 0.156 0.028 0.017 0.028 0.048 0.093 0.045 0.586 106 D 0.029 0.023 0.025 0.047 0.083 0.135 0.022 0.636 107 T 0.023 0.021 0.022 0.035 0.064 0.080 0.064 0.691 108 V 0.146 0.061 0.021 0.066 0.050 0.109 0.065 0.483 109 P 0.112 0.036 0.035 0.062 0.063 0.083 0.127 0.483 110 K 0.075 0.020 0.010 0.018 0.024 0.083 0.034 0.736 111 N 0.223 0.030 0.020 0.017 0.025 0.084 0.058 0.542 112 A 0.052 0.016 0.007 0.012 0.018 0.124 0.016 0.755 113 N 0.078 0.045 0.009 0.009 0.023 0.076 0.042 0.717 114 R 0.063 0.118 0.016 0.030 0.049 0.128 0.052 0.544 115 K 0.021 0.081 0.046 0.056 0.132 0.092 0.059 0.513 116 Y 0.026 0.098 0.050 0.162 0.255 0.062 0.061 0.286 117 F 0.022 0.069 0.079 0.150 0.298 0.059 0.064 0.257 118 W 0.012 0.028 0.066 0.288 0.361 0.035 0.058 0.152 119 R 0.009 0.014 0.063 0.280 0.377 0.037 0.068 0.152 120 I 0.020 0.010 0.068 0.232 0.296 0.061 0.075 0.238 121 Y 0.109 0.008 0.050 0.172 0.213 0.072 0.067 0.309 122 S 0.171 0.006 0.013 0.032 0.049 0.074 0.048 0.607 123 R 0.046 0.004 0.010 0.015 0.029 0.097 0.022 0.776 124 G 0.021 0.003 0.018 0.016 0.045 0.133 0.040 0.724 125 E 0.017 0.004 0.038 0.043 0.057 0.153 0.061 0.627 126 L 0.016 0.005 0.087 0.095 0.115 0.125 0.070 0.487 127 H 0.004 0.003 0.125 0.088 0.143 0.080 0.073 0.485 128 H 0.002 0.002 0.493 0.128 0.197 0.033 0.051 0.095 129 F 0.004 0.004 0.412 0.114 0.191 0.037 0.060 0.178 130 I 0.008 0.008 0.499 0.149 0.133 0.036 0.038 0.130 131 D 0.094 0.057 0.304 0.078 0.113 0.079 0.076 0.198 132 G 0.058 0.082 0.152 0.051 0.077 0.134 0.092 0.353 133 F 0.062 0.079 0.052 0.018 0.036 0.105 0.063 0.585 134 N 0.226 0.077 0.030 0.024 0.031 0.081 0.253 0.277 135 E 0.051 0.049 0.022 0.025 0.032 0.153 0.168 0.501 136 E 0.076 0.079 0.013 0.015 0.028 0.120 0.052 0.618 137 K 0.064 0.108 0.010 0.017 0.030 0.119 0.047 0.604 138 S 0.041 0.154 0.019 0.016 0.040 0.118 0.077 0.535 139 N 0.060 0.256 0.037 0.055 0.086 0.094 0.142 0.269 140 W 0.053 0.191 0.041 0.076 0.110 0.105 0.134 0.290 141 M 0.046 0.105 0.066 0.061 0.140 0.077 0.197 0.307 142 R 0.041 0.104 0.107 0.147 0.216 0.085 0.098 0.202 143 Y 0.015 0.032 0.150 0.083 0.177 0.102 0.091 0.350 144 V 0.026 0.027 0.175 0.128 0.151 0.094 0.094 0.304 145 N 0.260 0.046 0.068 0.065 0.101 0.079 0.130 0.251 146 P 0.140 0.037 0.023 0.017 0.025 0.132 0.067 0.558 147 A 0.010 0.019 0.025 0.016 0.028 0.144 0.037 0.720 148 H 0.042 0.041 0.013 0.008 0.011 0.115 0.040 0.731 149 S 0.392 0.203 0.010 0.010 0.009 0.072 0.096 0.208 150 P 0.079 0.136 0.015 0.008 0.014 0.110 0.086 0.554 151 R 0.079 0.287 0.014 0.013 0.031 0.089 0.110 0.376 152 E 0.071 0.321 0.022 0.026 0.047 0.075 0.076 0.362 153 Q 0.049 0.219 0.024 0.074 0.163 0.088 0.058 0.324 154 N 0.037 0.132 0.026 0.083 0.205 0.069 0.095 0.354 155 L 0.018 0.043 0.027 0.244 0.308 0.061 0.063 0.235 156 A 0.009 0.009 0.028 0.301 0.409 0.033 0.081 0.130 157 A 0.004 0.003 0.035 0.299 0.387 0.036 0.076 0.161 158 C 0.118 0.002 0.043 0.172 0.293 0.048 0.060 0.262 159 Q 0.494 0.001 0.011 0.046 0.039 0.034 0.045 0.331 160 N 0.035 0.001 0.008 0.015 0.050 0.093 0.007 0.791 161 G 0.003 0.001 0.016 0.010 0.090 0.092 0.011 0.777 162 M 0.002 0.002 0.063 0.250 0.390 0.070 0.024 0.199 163 N 0.002 0.001 0.140 0.295 0.342 0.023 0.037 0.160 164 I 0.001 0.001 0.132 0.430 0.323 0.010 0.037 0.066 165 Y 0.001 0.001 0.392 0.209 0.346 0.004 0.035 0.014 166 F 0.002 0.001 0.204 0.347 0.379 0.006 0.028 0.032 167 Y 0.003 0.001 0.225 0.382 0.339 0.006 0.019 0.025 168 T 0.010 0.004 0.122 0.186 0.487 0.029 0.047 0.115 169 I 0.017 0.004 0.080 0.207 0.353 0.063 0.033 0.244 170 K 0.023 0.003 0.039 0.171 0.206 0.114 0.035 0.408 171 P 0.018 0.004 0.029 0.033 0.057 0.128 0.067 0.664 172 I 0.338 0.006 0.013 0.014 0.018 0.106 0.039 0.465 173 P 0.511 0.010 0.006 0.007 0.006 0.059 0.036 0.365 174 A 0.016 0.008 0.009 0.004 0.017 0.133 0.013 0.800 175 N 0.016 0.014 0.039 0.023 0.140 0.125 0.068 0.574 176 Q 0.013 0.016 0.047 0.300 0.263 0.054 0.068 0.238 177 E 0.005 0.007 0.117 0.213 0.299 0.043 0.034 0.281 178 L 0.004 0.006 0.146 0.293 0.390 0.028 0.025 0.109 179 L 0.003 0.008 0.192 0.208 0.419 0.023 0.035 0.112 180 V 0.021 0.020 0.145 0.296 0.308 0.031 0.050 0.130 181 W 0.064 0.055 0.073 0.240 0.218 0.062 0.072 0.215 182 Y 0.061 0.114 0.049 0.072 0.119 0.093 0.045 0.447 183 C 0.082 0.206 0.031 0.037 0.061 0.074 0.038 0.471 184 R 0.086 0.254 0.028 0.039 0.038 0.079 0.058 0.417 185 D 0.087 0.411 0.017 0.027 0.025 0.057 0.069 0.305 186 F 0.181 0.359 0.017 0.018 0.019 0.051 0.080 0.275 187 A 0.150 0.130 0.035 0.030 0.033 0.071 0.156 0.394 188 E 0.299 0.059 0.011 0.017 0.024 0.061 0.058 0.470 189 R 0.163 0.017 0.010 0.015 0.022 0.083 0.045 0.643 190 L 0.020 0.007 0.009 0.012 0.026 0.117 0.018 0.790 191 H 0.033 0.007 0.012 0.017 0.036 0.122 0.029 0.745 192 Y 0.025 0.006 0.014 0.026 0.024 0.146 0.022 0.738 193 P 0.134 0.021 0.028 0.022 0.031 0.112 0.042 0.610 194 Y 0.286 0.038 0.016 0.014 0.020 0.099 0.043 0.484 195 P 0.019 0.011 0.023 0.012 0.018 0.107 0.044 0.764 196 G 0.042 0.046 0.034 0.023 0.033 0.113 0.069 0.641 197 E 0.262 0.138 0.017 0.024 0.029 0.084 0.066 0.380 198 L 0.060 0.034 0.048 0.036 0.046 0.101 0.083 0.592 199 T 0.106 0.040 0.026 0.037 0.065 0.095 0.067 0.565 200 M 0.113 0.011 0.024 0.031 0.044 0.110 0.093 0.573 201 M 0.028 0.007 0.021 0.033 0.051 0.132 0.045 0.683 202 N 0.063 0.010 0.015 0.023 0.055 0.092 0.049 0.694 203 L 0.044 0.006 0.011 0.024 0.032 0.111 0.034 0.738 204 T 0.055 0.013 0.025 0.039 0.061 0.116 0.060 0.632 205 Q 0.046 0.010 0.016 0.026 0.051 0.107 0.041 0.703