# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.099 0.044 0.098 0.092 0.113 0.138 0.095 0.077 0.053 0.030 2 G 0.414 0.198 0.049 0.112 0.083 0.045 0.041 0.023 0.017 0.011 0.005 3 S 0.226 0.130 0.053 0.118 0.111 0.091 0.102 0.065 0.052 0.033 0.019 4 S 0.261 0.206 0.074 0.151 0.120 0.061 0.057 0.032 0.021 0.012 0.006 5 H 0.080 0.067 0.038 0.098 0.096 0.106 0.175 0.127 0.104 0.068 0.040 6 H 0.086 0.083 0.061 0.152 0.134 0.139 0.147 0.084 0.061 0.036 0.017 7 H 0.289 0.164 0.120 0.179 0.091 0.057 0.047 0.023 0.015 0.010 0.004 8 H 0.095 0.066 0.049 0.129 0.125 0.139 0.163 0.093 0.071 0.043 0.026 9 H 0.114 0.101 0.055 0.111 0.107 0.100 0.134 0.092 0.082 0.063 0.040 10 H 0.219 0.183 0.117 0.182 0.120 0.068 0.056 0.028 0.015 0.009 0.004 11 S 0.396 0.173 0.099 0.122 0.074 0.045 0.040 0.022 0.015 0.009 0.005 12 S 0.154 0.099 0.042 0.114 0.119 0.129 0.146 0.081 0.058 0.037 0.021 13 G 0.457 0.186 0.059 0.124 0.067 0.039 0.033 0.016 0.011 0.006 0.003 14 L 0.068 0.047 0.043 0.077 0.084 0.112 0.155 0.132 0.125 0.097 0.061 15 V 0.144 0.132 0.076 0.174 0.142 0.098 0.102 0.055 0.039 0.025 0.013 16 P 0.141 0.093 0.060 0.106 0.090 0.101 0.126 0.087 0.088 0.068 0.039 17 R 0.144 0.137 0.071 0.152 0.135 0.114 0.105 0.056 0.042 0.029 0.015 18 G 0.198 0.123 0.050 0.125 0.102 0.096 0.113 0.070 0.058 0.041 0.024 19 S 0.127 0.090 0.043 0.107 0.122 0.129 0.142 0.093 0.070 0.049 0.027 20 K 0.238 0.255 0.085 0.206 0.111 0.043 0.031 0.014 0.009 0.006 0.002 21 M 0.045 0.025 0.019 0.047 0.062 0.089 0.159 0.193 0.162 0.110 0.089 22 D 0.197 0.331 0.099 0.187 0.103 0.033 0.024 0.011 0.007 0.006 0.002 23 M 0.046 0.047 0.037 0.092 0.092 0.139 0.190 0.140 0.102 0.068 0.046 24 E 0.478 0.200 0.097 0.119 0.051 0.022 0.014 0.008 0.006 0.004 0.002 25 D 0.207 0.158 0.066 0.175 0.132 0.101 0.085 0.036 0.021 0.012 0.006 26 A 0.152 0.085 0.054 0.103 0.107 0.103 0.124 0.095 0.081 0.058 0.037 27 D 0.195 0.172 0.095 0.191 0.133 0.089 0.069 0.026 0.017 0.009 0.004 28 M 0.057 0.053 0.080 0.111 0.100 0.105 0.148 0.123 0.110 0.073 0.039 29 T 0.071 0.059 0.053 0.106 0.119 0.138 0.173 0.096 0.090 0.064 0.031 30 L 0.074 0.086 0.099 0.171 0.137 0.123 0.126 0.070 0.056 0.038 0.019 31 W 0.038 0.040 0.059 0.081 0.087 0.101 0.165 0.154 0.122 0.096 0.056 32 T 0.036 0.065 0.060 0.090 0.092 0.103 0.175 0.134 0.109 0.092 0.044 33 E 0.096 0.087 0.100 0.167 0.139 0.130 0.125 0.074 0.042 0.028 0.011 34 A 0.488 0.100 0.133 0.121 0.055 0.038 0.030 0.015 0.010 0.007 0.003 35 E 0.084 0.082 0.063 0.138 0.127 0.138 0.160 0.084 0.061 0.043 0.020 36 F 0.040 0.051 0.040 0.071 0.072 0.108 0.181 0.145 0.129 0.094 0.068 37 E 0.192 0.133 0.179 0.184 0.126 0.081 0.054 0.025 0.014 0.009 0.004 38 E 0.277 0.138 0.202 0.150 0.084 0.059 0.043 0.021 0.013 0.009 0.004 39 K 0.103 0.084 0.052 0.149 0.139 0.149 0.152 0.073 0.053 0.029 0.015 40 C 0.023 0.017 0.021 0.035 0.041 0.066 0.140 0.157 0.196 0.169 0.135 41 T 0.040 0.068 0.119 0.165 0.164 0.137 0.132 0.069 0.053 0.037 0.016 42 Y 0.051 0.078 0.124 0.133 0.113 0.103 0.130 0.093 0.083 0.060 0.031 43 I 0.020 0.017 0.020 0.039 0.043 0.066 0.154 0.152 0.182 0.166 0.141 44 V 0.059 0.069 0.044 0.108 0.102 0.115 0.152 0.111 0.102 0.080 0.058 45 N 0.258 0.173 0.108 0.176 0.112 0.063 0.047 0.027 0.018 0.012 0.006 46 D 0.215 0.118 0.054 0.170 0.137 0.104 0.093 0.048 0.032 0.020 0.010 47 H 0.039 0.029 0.017 0.044 0.049 0.077 0.144 0.155 0.186 0.146 0.114 48 P 0.341 0.292 0.071 0.134 0.070 0.036 0.027 0.013 0.008 0.006 0.002 49 W 0.093 0.055 0.046 0.092 0.090 0.116 0.149 0.123 0.102 0.081 0.053 50 D 0.232 0.195 0.057 0.156 0.115 0.077 0.064 0.037 0.032 0.022 0.012 51 S 0.275 0.223 0.055 0.118 0.100 0.066 0.071 0.039 0.027 0.017 0.010 52 G 0.397 0.154 0.053 0.125 0.108 0.055 0.046 0.029 0.017 0.010 0.006 53 A 0.080 0.052 0.035 0.082 0.083 0.114 0.154 0.117 0.126 0.096 0.062 54 D 0.202 0.280 0.083 0.196 0.114 0.047 0.040 0.018 0.011 0.006 0.002 55 G 0.210 0.090 0.042 0.098 0.100 0.103 0.133 0.094 0.068 0.041 0.022 56 G 0.201 0.129 0.066 0.162 0.134 0.109 0.084 0.044 0.036 0.024 0.010 57 T 0.077 0.093 0.064 0.155 0.129 0.126 0.161 0.082 0.060 0.036 0.017 58 S 0.059 0.048 0.053 0.093 0.100 0.109 0.171 0.140 0.110 0.075 0.043 59 V 0.084 0.087 0.107 0.162 0.142 0.111 0.122 0.072 0.055 0.039 0.019 60 Q 0.063 0.075 0.115 0.169 0.126 0.118 0.132 0.077 0.060 0.043 0.021 61 A 0.096 0.069 0.083 0.156 0.138 0.123 0.147 0.076 0.057 0.037 0.018 62 E 0.115 0.092 0.096 0.193 0.161 0.108 0.111 0.054 0.037 0.023 0.010 63 A 0.095 0.073 0.083 0.138 0.129 0.122 0.153 0.082 0.067 0.038 0.020 64 S 0.156 0.133 0.096 0.129 0.100 0.091 0.121 0.062 0.054 0.037 0.021 65 L 0.063 0.055 0.046 0.100 0.095 0.118 0.191 0.118 0.098 0.064 0.051 66 P 0.326 0.207 0.080 0.125 0.084 0.051 0.049 0.029 0.023 0.016 0.011 67 R 0.244 0.224 0.058 0.163 0.116 0.080 0.061 0.025 0.016 0.009 0.005 68 N 0.335 0.143 0.047 0.156 0.115 0.078 0.056 0.030 0.021 0.012 0.008 69 L 0.018 0.025 0.020 0.061 0.089 0.133 0.196 0.177 0.129 0.094 0.059 70 L 0.023 0.072 0.076 0.212 0.185 0.131 0.136 0.075 0.047 0.029 0.015 71 F 0.001 0.002 0.006 0.007 0.008 0.019 0.060 0.134 0.215 0.281 0.267 72 K 0.024 0.059 0.107 0.272 0.209 0.114 0.099 0.047 0.034 0.025 0.010 73 Y 0.011 0.022 0.035 0.068 0.062 0.087 0.146 0.142 0.170 0.154 0.105 74 A 0.037 0.038 0.036 0.098 0.104 0.130 0.175 0.119 0.116 0.091 0.054 75 T 0.152 0.159 0.093 0.170 0.128 0.080 0.089 0.051 0.039 0.028 0.012 76 N 0.080 0.077 0.043 0.097 0.080 0.104 0.145 0.108 0.107 0.087 0.072 77 S 0.182 0.154 0.053 0.168 0.141 0.091 0.092 0.046 0.036 0.022 0.015 78 E 0.502 0.218 0.055 0.092 0.053 0.024 0.023 0.013 0.010 0.006 0.004 79 E 0.157 0.106 0.042 0.182 0.147 0.145 0.108 0.048 0.033 0.019 0.012 80 V 0.089 0.063 0.038 0.099 0.089 0.109 0.142 0.108 0.111 0.088 0.064 81 I 0.008 0.024 0.021 0.069 0.096 0.149 0.211 0.174 0.119 0.082 0.045 82 G 0.032 0.054 0.068 0.130 0.115 0.141 0.155 0.094 0.092 0.073 0.045 83 V 0.003 0.004 0.010 0.014 0.019 0.034 0.094 0.159 0.195 0.247 0.221 84 M 0.010 0.032 0.043 0.098 0.094 0.089 0.138 0.150 0.134 0.138 0.074 85 S 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.010 0.032 0.072 0.165 0.312 0.394 86 K 0.018 0.040 0.055 0.262 0.228 0.155 0.119 0.049 0.036 0.024 0.013 87 E 0.143 0.096 0.123 0.158 0.148 0.088 0.102 0.048 0.044 0.032 0.017 88 Y 0.046 0.117 0.037 0.163 0.178 0.141 0.146 0.075 0.052 0.030 0.016 89 I 0.004 0.004 0.005 0.010 0.008 0.027 0.075 0.114 0.219 0.249 0.285 90 P 0.266 0.262 0.135 0.212 0.078 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 91 K 0.197 0.321 0.087 0.164 0.104 0.054 0.036 0.017 0.010 0.006 0.003 92 G 0.477 0.095 0.021 0.083 0.078 0.061 0.062 0.040 0.038 0.027 0.018 93 T 0.138 0.139 0.054 0.136 0.127 0.125 0.123 0.059 0.050 0.032 0.015 94 R 0.050 0.082 0.083 0.173 0.142 0.119 0.136 0.096 0.063 0.034 0.021 95 F 0.028 0.025 0.023 0.041 0.046 0.070 0.158 0.147 0.183 0.154 0.125 96 G 0.036 0.039 0.032 0.085 0.098 0.104 0.168 0.142 0.130 0.096 0.071 97 P 0.087 0.090 0.077 0.165 0.130 0.107 0.106 0.071 0.072 0.060 0.033 98 L 0.023 0.017 0.018 0.041 0.045 0.082 0.131 0.153 0.179 0.164 0.146 99 I 0.069 0.090 0.046 0.167 0.148 0.126 0.127 0.084 0.065 0.051 0.027 100 G 0.084 0.059 0.035 0.087 0.093 0.099 0.144 0.128 0.124 0.091 0.057 101 E 0.083 0.110 0.066 0.186 0.190 0.115 0.103 0.057 0.047 0.030 0.013 102 I 0.030 0.026 0.030 0.064 0.051 0.067 0.138 0.122 0.176 0.175 0.122 103 Y 0.017 0.032 0.027 0.083 0.092 0.110 0.172 0.147 0.139 0.107 0.075 104 T 0.063 0.310 0.102 0.173 0.124 0.072 0.070 0.034 0.026 0.018 0.009 105 N 0.250 0.145 0.056 0.170 0.156 0.080 0.076 0.035 0.017 0.010 0.005 106 D 0.643 0.125 0.056 0.081 0.044 0.018 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 107 T 0.106 0.167 0.065 0.209 0.149 0.097 0.105 0.048 0.029 0.017 0.007 108 V 0.008 0.017 0.017 0.040 0.048 0.095 0.219 0.207 0.169 0.105 0.074 109 P 0.247 0.167 0.209 0.198 0.079 0.045 0.029 0.014 0.007 0.004 0.001 110 K 0.188 0.151 0.174 0.201 0.118 0.081 0.052 0.018 0.009 0.005 0.002 111 N 0.220 0.104 0.047 0.100 0.089 0.105 0.135 0.068 0.060 0.040 0.031 112 A 0.199 0.150 0.060 0.133 0.124 0.107 0.118 0.048 0.032 0.018 0.010 113 N 0.259 0.238 0.174 0.138 0.090 0.035 0.029 0.016 0.011 0.006 0.003 114 R 0.072 0.057 0.041 0.100 0.128 0.193 0.203 0.096 0.061 0.032 0.019 115 K 0.200 0.164 0.094 0.226 0.134 0.080 0.054 0.022 0.015 0.009 0.004 116 Y 0.005 0.011 0.014 0.046 0.074 0.110 0.188 0.256 0.151 0.086 0.060 117 F 0.004 0.010 0.026 0.036 0.041 0.056 0.116 0.143 0.190 0.234 0.145 118 W 0.002 0.005 0.021 0.037 0.045 0.085 0.174 0.200 0.181 0.152 0.097 119 R 0.007 0.024 0.085 0.139 0.129 0.126 0.166 0.115 0.107 0.070 0.032 120 I 0.003 0.004 0.009 0.013 0.014 0.030 0.103 0.142 0.233 0.252 0.197 121 Y 0.019 0.028 0.032 0.089 0.081 0.115 0.194 0.148 0.140 0.095 0.057 122 S 0.038 0.059 0.050 0.102 0.087 0.137 0.169 0.115 0.107 0.082 0.054 123 R 0.179 0.205 0.063 0.179 0.143 0.084 0.072 0.034 0.020 0.012 0.008 124 G 0.577 0.139 0.029 0.074 0.052 0.033 0.038 0.023 0.017 0.011 0.007 125 E 0.284 0.216 0.044 0.161 0.120 0.062 0.048 0.024 0.020 0.013 0.008 126 L 0.044 0.036 0.024 0.080 0.081 0.121 0.179 0.146 0.130 0.083 0.077 127 H 0.042 0.072 0.050 0.166 0.177 0.163 0.147 0.073 0.058 0.035 0.018 128 H 0.007 0.017 0.018 0.044 0.065 0.091 0.173 0.214 0.178 0.112 0.080 129 F 0.005 0.009 0.012 0.025 0.030 0.047 0.116 0.156 0.200 0.232 0.167 130 I 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.013 0.049 0.117 0.215 0.290 0.297 131 D 0.008 0.021 0.030 0.069 0.083 0.090 0.159 0.165 0.160 0.127 0.089 132 G 0.009 0.011 0.014 0.028 0.032 0.053 0.134 0.135 0.186 0.209 0.189 133 F 0.029 0.033 0.021 0.090 0.107 0.128 0.183 0.140 0.117 0.083 0.069 134 N 0.193 0.201 0.051 0.155 0.129 0.082 0.071 0.050 0.031 0.022 0.015 135 E 0.340 0.188 0.043 0.152 0.116 0.059 0.044 0.025 0.015 0.011 0.007 136 E 0.376 0.195 0.048 0.126 0.090 0.050 0.043 0.026 0.021 0.016 0.009 137 K 0.099 0.083 0.036 0.124 0.115 0.123 0.145 0.097 0.081 0.056 0.040 138 S 0.081 0.063 0.048 0.101 0.088 0.125 0.161 0.099 0.099 0.079 0.056 139 N 0.039 0.064 0.052 0.138 0.144 0.136 0.162 0.098 0.080 0.054 0.033 140 W 0.032 0.036 0.036 0.091 0.096 0.106 0.150 0.140 0.140 0.095 0.079 141 M 0.006 0.006 0.012 0.023 0.027 0.050 0.101 0.120 0.209 0.241 0.205 142 R 0.010 0.025 0.041 0.113 0.132 0.141 0.182 0.137 0.111 0.066 0.045 143 Y 0.004 0.010 0.020 0.029 0.031 0.049 0.108 0.149 0.220 0.216 0.163 144 V 0.005 0.006 0.012 0.020 0.021 0.034 0.096 0.138 0.223 0.234 0.210 145 N 0.011 0.019 0.030 0.062 0.067 0.087 0.158 0.173 0.173 0.130 0.089 146 P 0.029 0.043 0.049 0.097 0.104 0.118 0.167 0.126 0.121 0.095 0.051 147 A 0.063 0.058 0.049 0.112 0.112 0.108 0.165 0.115 0.100 0.077 0.041 148 H 0.047 0.036 0.024 0.065 0.073 0.106 0.174 0.168 0.139 0.104 0.064 149 S 0.226 0.221 0.080 0.158 0.107 0.064 0.055 0.036 0.025 0.020 0.009 150 P 0.223 0.148 0.059 0.127 0.108 0.095 0.093 0.059 0.043 0.030 0.016 151 R 0.254 0.132 0.051 0.145 0.128 0.092 0.080 0.043 0.037 0.025 0.013 152 E 0.098 0.071 0.053 0.129 0.132 0.131 0.148 0.086 0.073 0.049 0.030 153 Q 0.036 0.072 0.080 0.179 0.171 0.135 0.144 0.079 0.057 0.031 0.015 154 N 0.008 0.011 0.026 0.039 0.043 0.061 0.146 0.155 0.209 0.169 0.132 155 L 0.007 0.014 0.038 0.097 0.114 0.158 0.208 0.130 0.113 0.080 0.040 156 A 0.017 0.040 0.121 0.227 0.180 0.128 0.135 0.064 0.051 0.026 0.011 157 A 0.004 0.008 0.018 0.026 0.029 0.058 0.154 0.184 0.212 0.175 0.131 158 C 0.015 0.015 0.029 0.055 0.047 0.071 0.173 0.147 0.179 0.151 0.119 159 Q 0.039 0.056 0.092 0.145 0.137 0.114 0.141 0.096 0.079 0.060 0.040 160 N 0.140 0.234 0.100 0.195 0.126 0.084 0.065 0.025 0.017 0.009 0.005 161 G 0.436 0.116 0.033 0.101 0.082 0.055 0.065 0.042 0.033 0.023 0.014 162 M 0.096 0.098 0.030 0.108 0.118 0.121 0.151 0.101 0.082 0.058 0.036 163 N 0.046 0.104 0.048 0.217 0.190 0.150 0.123 0.060 0.035 0.017 0.009 164 I 0.002 0.003 0.005 0.007 0.010 0.023 0.078 0.134 0.225 0.267 0.246 165 Y 0.010 0.026 0.030 0.134 0.150 0.152 0.186 0.113 0.100 0.059 0.042 166 F 0.001 0.004 0.010 0.014 0.014 0.028 0.070 0.113 0.223 0.248 0.274 167 Y 0.005 0.014 0.030 0.076 0.089 0.095 0.152 0.153 0.157 0.148 0.081 168 T 0.002 0.005 0.012 0.014 0.012 0.026 0.073 0.131 0.210 0.255 0.261 169 I 0.010 0.025 0.031 0.175 0.151 0.171 0.174 0.096 0.082 0.055 0.031 170 K 0.074 0.072 0.073 0.117 0.139 0.113 0.163 0.088 0.082 0.052 0.026 171 P 0.111 0.165 0.047 0.205 0.207 0.096 0.083 0.042 0.024 0.014 0.006 172 I 0.011 0.006 0.005 0.014 0.011 0.029 0.071 0.088 0.213 0.247 0.305 173 P 0.235 0.481 0.048 0.137 0.067 0.012 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 174 A 0.393 0.394 0.028 0.071 0.060 0.020 0.016 0.009 0.005 0.003 0.002 175 N 0.614 0.122 0.020 0.073 0.070 0.039 0.025 0.014 0.011 0.008 0.004 176 Q 0.014 0.039 0.022 0.132 0.176 0.198 0.222 0.103 0.057 0.026 0.010 177 E 0.008 0.022 0.035 0.095 0.131 0.112 0.195 0.206 0.110 0.058 0.028 178 L 0.001 0.004 0.012 0.018 0.028 0.064 0.160 0.212 0.213 0.181 0.108 179 L 0.003 0.010 0.043 0.071 0.069 0.079 0.145 0.160 0.181 0.150 0.090 180 V 0.003 0.005 0.020 0.028 0.037 0.055 0.132 0.184 0.221 0.202 0.112 181 W 0.017 0.028 0.072 0.113 0.126 0.121 0.174 0.127 0.105 0.084 0.033 182 Y 0.008 0.013 0.023 0.035 0.034 0.065 0.154 0.175 0.196 0.189 0.108 183 C 0.033 0.043 0.040 0.105 0.102 0.134 0.187 0.121 0.110 0.082 0.042 184 R 0.171 0.122 0.100 0.162 0.130 0.095 0.090 0.054 0.039 0.026 0.011 185 D 0.257 0.194 0.097 0.163 0.104 0.073 0.054 0.026 0.017 0.011 0.005 186 F 0.047 0.042 0.029 0.058 0.057 0.076 0.149 0.144 0.154 0.142 0.103 187 A 0.099 0.103 0.067 0.135 0.121 0.131 0.142 0.084 0.057 0.038 0.022 188 E 0.349 0.185 0.190 0.146 0.062 0.027 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 189 R 0.145 0.090 0.078 0.148 0.122 0.134 0.131 0.064 0.045 0.028 0.016 190 L 0.080 0.054 0.039 0.094 0.096 0.115 0.165 0.124 0.105 0.077 0.051 191 H 0.235 0.146 0.146 0.177 0.100 0.076 0.058 0.027 0.018 0.011 0.005 192 Y 0.104 0.078 0.110 0.139 0.127 0.115 0.131 0.083 0.057 0.037 0.018 193 P 0.083 0.056 0.046 0.081 0.079 0.112 0.168 0.118 0.120 0.089 0.047 194 Y 0.201 0.129 0.067 0.129 0.104 0.100 0.110 0.060 0.048 0.033 0.019 195 P 0.106 0.090 0.062 0.094 0.091 0.102 0.129 0.103 0.096 0.076 0.052 196 G 0.408 0.175 0.053 0.104 0.081 0.052 0.051 0.030 0.022 0.015 0.009 197 E 0.226 0.135 0.050 0.143 0.128 0.086 0.092 0.057 0.041 0.027 0.016 198 L 0.252 0.130 0.056 0.127 0.103 0.083 0.084 0.060 0.050 0.033 0.020 199 T 0.184 0.141 0.063 0.164 0.133 0.104 0.100 0.050 0.032 0.019 0.009 200 M 0.102 0.091 0.055 0.141 0.116 0.125 0.140 0.090 0.072 0.045 0.023 201 M 0.119 0.087 0.056 0.112 0.119 0.123 0.146 0.092 0.072 0.048 0.026 202 N 0.291 0.238 0.094 0.157 0.095 0.045 0.037 0.019 0.012 0.008 0.003 203 L 0.116 0.066 0.039 0.081 0.083 0.104 0.145 0.122 0.107 0.080 0.057 204 T 0.322 0.260 0.074 0.146 0.094 0.040 0.030 0.016 0.010 0.006 0.003 205 Q 0.436 0.152 0.071 0.113 0.076 0.051 0.046 0.025 0.015 0.009 0.004