# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.007 0.002 0.018 0.025 0.053 0.067 0.001 0.001 0.003 0.782 2 G 0.019 0.003 0.001 0.013 0.011 0.020 0.094 0.001 0.001 0.003 0.834 3 S 0.071 0.002 0.003 0.013 0.011 0.021 0.093 0.001 0.001 0.002 0.784 4 S 0.039 0.006 0.001 0.024 0.026 0.042 0.184 0.001 0.001 0.005 0.673 5 H 0.057 0.011 0.002 0.029 0.029 0.060 0.124 0.001 0.001 0.005 0.681 6 H 0.088 0.041 0.002 0.051 0.057 0.113 0.146 0.001 0.001 0.007 0.494 7 H 0.090 0.039 0.002 0.029 0.036 0.056 0.171 0.003 0.001 0.008 0.567 8 H 0.113 0.056 0.005 0.022 0.030 0.057 0.083 0.006 0.001 0.005 0.623 9 H 0.141 0.051 0.007 0.034 0.058 0.105 0.107 0.005 0.001 0.005 0.487 10 H 0.020 0.009 0.002 0.008 0.011 0.017 0.077 0.003 0.001 0.002 0.850 11 S 0.056 0.014 0.003 0.014 0.018 0.039 0.158 0.003 0.001 0.004 0.691 12 S 0.156 0.018 0.002 0.014 0.013 0.019 0.141 0.002 0.001 0.011 0.623 13 G 0.149 0.021 0.007 0.034 0.028 0.033 0.140 0.004 0.001 0.043 0.540 14 L 0.162 0.014 0.036 0.038 0.017 0.039 0.171 0.002 0.001 0.008 0.514 15 V 0.112 0.010 0.004 0.106 0.075 0.096 0.142 0.001 0.001 0.006 0.447 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.983 17 R 0.016 0.005 0.001 0.055 0.066 0.196 0.057 0.001 0.001 0.001 0.604 18 G 0.083 0.014 0.001 0.050 0.032 0.054 0.109 0.001 0.001 0.010 0.646 19 S 0.121 0.020 0.002 0.035 0.045 0.060 0.132 0.002 0.001 0.008 0.575 20 K 0.129 0.026 0.002 0.037 0.032 0.052 0.160 0.002 0.001 0.007 0.554 21 M 0.147 0.042 0.005 0.043 0.049 0.076 0.164 0.002 0.001 0.008 0.463 22 D 0.050 0.029 0.004 0.025 0.032 0.046 0.208 0.004 0.001 0.010 0.591 23 M 0.079 0.020 0.004 0.023 0.019 0.040 0.077 0.003 0.001 0.006 0.729 24 E 0.034 0.027 0.004 0.018 0.019 0.031 0.409 0.002 0.001 0.007 0.449 25 D 0.180 0.035 0.004 0.016 0.013 0.024 0.264 0.004 0.001 0.018 0.443 26 A 0.197 0.087 0.008 0.026 0.018 0.035 0.094 0.004 0.001 0.011 0.519 27 D 0.056 0.054 0.010 0.022 0.019 0.027 0.354 0.003 0.001 0.012 0.442 28 M 0.215 0.087 0.011 0.025 0.018 0.030 0.192 0.005 0.001 0.018 0.400 29 T 0.182 0.221 0.010 0.028 0.027 0.046 0.185 0.008 0.001 0.010 0.283 30 L 0.190 0.217 0.017 0.038 0.028 0.042 0.124 0.010 0.001 0.011 0.323 31 W 0.082 0.241 0.030 0.036 0.027 0.048 0.121 0.008 0.001 0.006 0.402 32 T 0.076 0.206 0.012 0.029 0.030 0.082 0.140 0.007 0.001 0.006 0.413 33 E 0.063 0.198 0.006 0.022 0.015 0.034 0.076 0.006 0.001 0.005 0.574 34 A 0.050 0.220 0.005 0.008 0.011 0.019 0.188 0.006 0.001 0.004 0.489 35 E 0.330 0.254 0.007 0.006 0.005 0.010 0.162 0.013 0.001 0.007 0.206 36 F 0.243 0.542 0.015 0.007 0.006 0.013 0.023 0.017 0.001 0.004 0.131 37 E 0.084 0.329 0.032 0.011 0.010 0.017 0.035 0.016 0.001 0.006 0.460 38 E 0.117 0.224 0.040 0.013 0.016 0.017 0.104 0.013 0.001 0.006 0.448 39 K 0.197 0.223 0.012 0.017 0.018 0.029 0.074 0.017 0.001 0.005 0.408 40 C 0.141 0.260 0.023 0.044 0.027 0.054 0.050 0.010 0.001 0.003 0.388 41 T 0.070 0.221 0.014 0.113 0.080 0.099 0.079 0.007 0.001 0.004 0.313 42 Y 0.070 0.167 0.007 0.071 0.061 0.083 0.063 0.012 0.001 0.003 0.463 43 I 0.078 0.199 0.007 0.092 0.068 0.121 0.060 0.010 0.001 0.003 0.362 44 V 0.043 0.063 0.003 0.039 0.037 0.069 0.072 0.006 0.001 0.004 0.663 45 N 0.052 0.030 0.005 0.025 0.017 0.031 0.081 0.008 0.001 0.007 0.743 46 D 0.197 0.028 0.017 0.022 0.010 0.024 0.146 0.008 0.001 0.011 0.536 47 H 0.383 0.026 0.014 0.037 0.023 0.031 0.096 0.005 0.001 0.012 0.374 48 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.963 49 W 0.025 0.004 0.002 0.021 0.014 0.035 0.107 0.001 0.001 0.002 0.789 50 D 0.214 0.020 0.002 0.029 0.023 0.043 0.140 0.002 0.001 0.009 0.519 51 S 0.108 0.020 0.002 0.024 0.019 0.025 0.126 0.003 0.001 0.013 0.658 52 G 0.080 0.015 0.007 0.031 0.017 0.023 0.244 0.003 0.001 0.010 0.570 53 A 0.239 0.016 0.005 0.041 0.031 0.059 0.174 0.002 0.001 0.009 0.424 54 D 0.038 0.020 0.002 0.025 0.022 0.033 0.254 0.002 0.001 0.010 0.594 55 G 0.104 0.023 0.005 0.031 0.019 0.035 0.221 0.003 0.001 0.024 0.536 56 G 0.300 0.024 0.014 0.032 0.020 0.028 0.180 0.004 0.001 0.021 0.377 57 T 0.106 0.018 0.016 0.030 0.031 0.041 0.295 0.002 0.001 0.006 0.456 58 S 0.044 0.020 0.006 0.054 0.051 0.121 0.091 0.001 0.001 0.004 0.608 59 V 0.029 0.042 0.003 0.046 0.072 0.182 0.143 0.001 0.001 0.004 0.479 60 Q 0.039 0.066 0.001 0.027 0.040 0.092 0.194 0.002 0.001 0.005 0.533 61 A 0.064 0.164 0.002 0.028 0.059 0.108 0.077 0.003 0.001 0.006 0.489 62 E 0.063 0.278 0.004 0.019 0.067 0.075 0.135 0.003 0.001 0.004 0.353 63 A 0.180 0.316 0.004 0.009 0.036 0.050 0.082 0.009 0.001 0.005 0.307 64 S 0.280 0.210 0.007 0.007 0.014 0.047 0.027 0.032 0.001 0.008 0.367 65 L 0.381 0.098 0.052 0.025 0.032 0.041 0.046 0.012 0.001 0.005 0.308 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.983 67 R 0.027 0.012 0.002 0.014 0.041 0.075 0.117 0.002 0.001 0.003 0.706 68 N 0.280 0.020 0.002 0.026 0.017 0.023 0.062 0.003 0.001 0.011 0.555 69 L 0.278 0.012 0.013 0.057 0.098 0.098 0.084 0.001 0.001 0.006 0.352 70 L 0.041 0.006 0.003 0.221 0.143 0.125 0.102 0.001 0.001 0.005 0.354 71 F 0.019 0.006 0.002 0.178 0.182 0.304 0.035 0.001 0.001 0.002 0.273 72 K 0.009 0.003 0.001 0.451 0.230 0.240 0.018 0.001 0.001 0.002 0.045 73 Y 0.003 0.004 0.001 0.119 0.109 0.144 0.050 0.001 0.001 0.001 0.568 74 A 0.007 0.003 0.001 0.244 0.195 0.471 0.014 0.001 0.001 0.002 0.065 75 T 0.020 0.004 0.002 0.080 0.085 0.126 0.122 0.001 0.001 0.004 0.555 76 N 0.041 0.005 0.003 0.071 0.085 0.167 0.139 0.001 0.001 0.006 0.482 77 S 0.021 0.002 0.001 0.023 0.020 0.047 0.112 0.001 0.001 0.011 0.763 78 E 0.021 0.002 0.001 0.009 0.008 0.011 0.418 0.001 0.001 0.009 0.519 79 E 0.187 0.008 0.002 0.015 0.021 0.031 0.376 0.001 0.001 0.026 0.334 80 V 0.292 0.054 0.009 0.042 0.064 0.084 0.117 0.003 0.001 0.015 0.320 81 I 0.078 0.043 0.012 0.073 0.189 0.245 0.087 0.002 0.001 0.007 0.265 82 G 0.047 0.022 0.005 0.088 0.163 0.261 0.050 0.002 0.001 0.004 0.357 83 V 0.033 0.025 0.003 0.075 0.270 0.398 0.032 0.001 0.001 0.002 0.161 84 M 0.008 0.019 0.001 0.062 0.294 0.433 0.045 0.001 0.001 0.002 0.135 85 S 0.008 0.027 0.001 0.057 0.250 0.437 0.049 0.001 0.001 0.002 0.168 86 K 0.030 0.051 0.001 0.048 0.183 0.323 0.054 0.001 0.001 0.004 0.304 87 E 0.089 0.050 0.003 0.043 0.174 0.204 0.122 0.003 0.001 0.009 0.304 88 Y 0.101 0.025 0.007 0.019 0.029 0.101 0.062 0.007 0.001 0.004 0.645 89 I 0.239 0.021 0.012 0.074 0.137 0.262 0.052 0.002 0.001 0.005 0.196 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.980 91 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.027 0.037 0.001 0.001 0.001 0.922 92 G 0.110 0.014 0.001 0.028 0.075 0.122 0.048 0.001 0.001 0.047 0.554 93 T 0.678 0.006 0.014 0.014 0.026 0.026 0.097 0.001 0.001 0.008 0.133 94 R 0.124 0.011 0.002 0.055 0.102 0.086 0.103 0.001 0.001 0.006 0.511 95 F 0.029 0.012 0.003 0.101 0.092 0.319 0.054 0.001 0.001 0.002 0.389 96 G 0.037 0.010 0.001 0.239 0.156 0.228 0.061 0.001 0.001 0.004 0.262 97 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.981 98 L 0.005 0.009 0.001 0.061 0.227 0.507 0.032 0.001 0.001 0.002 0.157 99 I 0.043 0.030 0.001 0.096 0.131 0.209 0.058 0.001 0.001 0.008 0.422 100 G 0.103 0.030 0.004 0.042 0.091 0.164 0.054 0.002 0.001 0.017 0.492 101 E 0.262 0.032 0.004 0.094 0.225 0.184 0.052 0.001 0.001 0.004 0.142 102 I 0.027 0.022 0.002 0.040 0.146 0.145 0.056 0.003 0.001 0.001 0.557 103 Y 0.041 0.013 0.004 0.075 0.238 0.469 0.028 0.001 0.001 0.003 0.129 104 T 0.018 0.016 0.002 0.038 0.130 0.203 0.138 0.001 0.001 0.002 0.452 105 N 0.016 0.009 0.001 0.030 0.070 0.159 0.045 0.001 0.001 0.006 0.663 106 D 0.015 0.007 0.002 0.011 0.015 0.031 0.404 0.001 0.001 0.008 0.507 107 T 0.312 0.007 0.004 0.009 0.005 0.014 0.361 0.001 0.001 0.020 0.266 108 V 0.388 0.075 0.013 0.032 0.039 0.068 0.102 0.003 0.001 0.010 0.270 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.982 110 K 0.012 0.011 0.002 0.011 0.032 0.071 0.092 0.001 0.001 0.001 0.767 111 N 0.239 0.079 0.001 0.014 0.042 0.071 0.064 0.004 0.001 0.005 0.479 112 A 0.165 0.049 0.002 0.012 0.018 0.032 0.042 0.004 0.001 0.005 0.670 113 N 0.090 0.042 0.006 0.022 0.024 0.036 0.233 0.004 0.001 0.008 0.536 114 R 0.272 0.027 0.004 0.023 0.015 0.027 0.081 0.002 0.001 0.010 0.539 115 K 0.067 0.044 0.009 0.024 0.034 0.037 0.237 0.002 0.001 0.010 0.535 116 Y 0.113 0.035 0.009 0.044 0.075 0.099 0.225 0.002 0.001 0.014 0.383 117 F 0.137 0.064 0.011 0.066 0.118 0.206 0.079 0.002 0.001 0.007 0.309 118 W 0.047 0.044 0.005 0.071 0.248 0.369 0.063 0.001 0.001 0.004 0.149 119 R 0.018 0.044 0.002 0.047 0.313 0.362 0.040 0.002 0.001 0.002 0.170 120 I 0.013 0.040 0.001 0.041 0.289 0.487 0.018 0.002 0.001 0.001 0.110 121 Y 0.014 0.036 0.001 0.035 0.339 0.430 0.027 0.001 0.001 0.001 0.116 122 S 0.021 0.048 0.002 0.032 0.269 0.350 0.063 0.002 0.001 0.003 0.211 123 R 0.052 0.035 0.002 0.027 0.093 0.216 0.110 0.004 0.001 0.010 0.451 124 G 0.160 0.015 0.006 0.026 0.033 0.054 0.135 0.007 0.001 0.052 0.513 125 E 0.251 0.004 0.031 0.018 0.017 0.020 0.252 0.003 0.001 0.012 0.391 126 L 0.091 0.003 0.007 0.044 0.060 0.084 0.155 0.002 0.001 0.005 0.549 127 H 0.034 0.003 0.006 0.111 0.126 0.250 0.071 0.001 0.001 0.004 0.394 128 H 0.022 0.001 0.001 0.251 0.225 0.274 0.042 0.001 0.001 0.002 0.180 129 F 0.013 0.002 0.001 0.218 0.172 0.295 0.030 0.001 0.001 0.001 0.268 130 I 0.006 0.002 0.001 0.486 0.167 0.272 0.016 0.001 0.001 0.005 0.045 131 D 0.008 0.002 0.001 0.251 0.211 0.322 0.051 0.001 0.001 0.002 0.152 132 G 0.006 0.004 0.001 0.261 0.064 0.146 0.093 0.001 0.001 0.004 0.421 133 F 0.009 0.005 0.001 0.119 0.026 0.061 0.491 0.001 0.001 0.014 0.272 134 N 0.151 0.008 0.002 0.049 0.012 0.029 0.290 0.001 0.001 0.060 0.399 135 E 0.151 0.021 0.006 0.030 0.007 0.014 0.229 0.002 0.001 0.022 0.518 136 E 0.039 0.019 0.006 0.016 0.009 0.014 0.439 0.002 0.001 0.010 0.447 137 K 0.248 0.062 0.009 0.018 0.017 0.044 0.206 0.005 0.001 0.014 0.378 138 S 0.235 0.155 0.011 0.021 0.018 0.044 0.079 0.008 0.001 0.008 0.422 139 N 0.107 0.089 0.019 0.023 0.036 0.049 0.144 0.008 0.001 0.010 0.514 140 W 0.125 0.119 0.021 0.043 0.063 0.116 0.107 0.004 0.001 0.008 0.394 141 M 0.053 0.229 0.009 0.055 0.083 0.187 0.113 0.004 0.001 0.007 0.262 142 R 0.095 0.202 0.003 0.083 0.128 0.153 0.106 0.009 0.001 0.006 0.215 143 Y 0.083 0.328 0.007 0.055 0.109 0.133 0.041 0.019 0.001 0.002 0.222 144 V 0.105 0.299 0.017 0.152 0.082 0.166 0.040 0.017 0.001 0.005 0.118 145 N 0.052 0.208 0.017 0.060 0.127 0.146 0.070 0.022 0.001 0.010 0.289 146 P 0.024 0.016 0.002 0.018 0.008 0.021 0.014 0.011 0.001 0.005 0.880 147 A 0.021 0.013 0.009 0.011 0.005 0.009 0.764 0.005 0.001 0.006 0.157 148 H 0.557 0.014 0.004 0.012 0.004 0.006 0.147 0.007 0.001 0.095 0.155 149 S 0.155 0.078 0.079 0.025 0.008 0.010 0.264 0.009 0.001 0.012 0.359 150 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.006 0.965 151 R 0.023 0.009 0.011 0.021 0.020 0.034 0.479 0.001 0.001 0.019 0.383 152 E 0.528 0.022 0.002 0.019 0.015 0.030 0.165 0.002 0.001 0.026 0.192 153 Q 0.176 0.171 0.006 0.081 0.136 0.135 0.098 0.003 0.001 0.009 0.185 154 N 0.050 0.095 0.008 0.086 0.094 0.122 0.117 0.003 0.001 0.009 0.417 155 L 0.095 0.055 0.006 0.091 0.210 0.340 0.033 0.002 0.001 0.004 0.163 156 A 0.020 0.038 0.003 0.043 0.297 0.344 0.080 0.002 0.001 0.002 0.171 157 A 0.010 0.035 0.003 0.058 0.320 0.398 0.026 0.002 0.001 0.001 0.148 158 C 0.008 0.025 0.001 0.040 0.320 0.522 0.012 0.001 0.001 0.001 0.070 159 Q 0.012 0.045 0.001 0.033 0.408 0.345 0.040 0.002 0.001 0.001 0.114 160 N 0.024 0.036 0.001 0.027 0.146 0.259 0.066 0.004 0.001 0.005 0.432 161 G 0.127 0.010 0.005 0.030 0.070 0.120 0.079 0.006 0.001 0.041 0.511 162 M 0.257 0.003 0.034 0.019 0.029 0.029 0.227 0.002 0.001 0.007 0.394 163 N 0.057 0.002 0.004 0.037 0.078 0.087 0.151 0.001 0.001 0.007 0.576 164 I 0.044 0.003 0.007 0.106 0.220 0.339 0.060 0.001 0.001 0.003 0.219 165 Y 0.011 0.001 0.001 0.223 0.297 0.377 0.027 0.001 0.001 0.002 0.061 166 F 0.004 0.002 0.001 0.197 0.284 0.426 0.013 0.001 0.001 0.001 0.072 167 Y 0.001 0.003 0.001 0.267 0.288 0.404 0.007 0.001 0.001 0.002 0.027 168 T 0.001 0.007 0.001 0.191 0.337 0.382 0.015 0.001 0.001 0.002 0.065 169 I 0.006 0.015 0.001 0.129 0.191 0.507 0.030 0.001 0.001 0.004 0.117 170 K 0.017 0.008 0.001 0.115 0.339 0.358 0.030 0.001 0.001 0.004 0.127 171 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.971 172 I 0.079 0.003 0.002 0.056 0.183 0.407 0.048 0.001 0.001 0.003 0.219 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.984 174 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.978 175 N 0.031 0.004 0.001 0.036 0.092 0.186 0.095 0.001 0.001 0.008 0.547 176 Q 0.697 0.003 0.001 0.021 0.050 0.068 0.028 0.001 0.001 0.005 0.127 177 E 0.042 0.007 0.001 0.030 0.038 0.037 0.111 0.001 0.001 0.002 0.732 178 L 0.024 0.005 0.001 0.097 0.392 0.390 0.026 0.001 0.001 0.002 0.063 179 L 0.011 0.009 0.001 0.138 0.228 0.409 0.034 0.001 0.001 0.002 0.166 180 V 0.010 0.004 0.001 0.103 0.280 0.547 0.009 0.001 0.001 0.001 0.045 181 W 0.006 0.016 0.001 0.080 0.320 0.372 0.037 0.001 0.001 0.001 0.167 182 Y 0.003 0.017 0.001 0.064 0.315 0.444 0.030 0.001 0.001 0.002 0.123 183 C 0.010 0.026 0.002 0.049 0.124 0.329 0.121 0.001 0.001 0.004 0.335 184 R 0.073 0.030 0.004 0.033 0.045 0.090 0.160 0.001 0.001 0.015 0.549 185 D 0.051 0.048 0.004 0.014 0.018 0.042 0.200 0.002 0.001 0.008 0.612 186 F 0.114 0.127 0.009 0.020 0.021 0.058 0.083 0.003 0.001 0.009 0.558 187 A 0.084 0.225 0.007 0.011 0.019 0.037 0.114 0.003 0.001 0.005 0.494 188 E 0.166 0.270 0.004 0.006 0.025 0.036 0.138 0.008 0.001 0.007 0.339 189 R 0.299 0.358 0.005 0.007 0.011 0.020 0.025 0.019 0.001 0.004 0.251 190 L 0.171 0.373 0.023 0.007 0.015 0.030 0.038 0.023 0.001 0.002 0.317 191 H 0.172 0.146 0.023 0.017 0.018 0.028 0.031 0.027 0.001 0.011 0.527 192 Y 0.129 0.038 0.053 0.014 0.014 0.016 0.033 0.018 0.001 0.002 0.682 193 P 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.973 194 Y 0.031 0.004 0.002 0.030 0.022 0.043 0.207 0.001 0.001 0.001 0.660 195 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 196 G 0.022 0.003 0.001 0.029 0.022 0.049 0.101 0.001 0.001 0.003 0.769 197 E 0.381 0.013 0.001 0.037 0.019 0.033 0.102 0.001 0.001 0.005 0.409 198 L 0.053 0.023 0.001 0.021 0.035 0.051 0.090 0.001 0.001 0.004 0.722 199 T 0.087 0.045 0.002 0.042 0.058 0.073 0.194 0.002 0.001 0.009 0.488 200 M 0.160 0.061 0.003 0.038 0.037 0.063 0.079 0.003 0.001 0.006 0.549 201 M 0.088 0.072 0.006 0.039 0.053 0.072 0.176 0.003 0.001 0.009 0.482 202 N 0.075 0.046 0.005 0.027 0.036 0.048 0.147 0.006 0.001 0.015 0.595 203 L 0.155 0.051 0.013 0.038 0.027 0.062 0.088 0.004 0.001 0.006 0.557 204 T 0.059 0.041 0.007 0.040 0.042 0.064 0.292 0.002 0.001 0.008 0.445 205 Q 0.022 0.013 0.002 0.012 0.010 0.015 0.084 0.002 0.001 0.004 0.837