# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.010 0.034 0.029 0.045 0.063 0.005 0.782 2 G 0.029 0.012 0.032 0.034 0.053 0.075 0.007 0.758 3 S 0.059 0.009 0.031 0.023 0.039 0.064 0.006 0.768 4 S 0.048 0.016 0.029 0.038 0.052 0.139 0.007 0.670 5 H 0.060 0.013 0.017 0.021 0.050 0.107 0.005 0.728 6 H 0.074 0.046 0.040 0.059 0.095 0.189 0.009 0.489 7 H 0.072 0.062 0.028 0.047 0.061 0.161 0.013 0.556 8 H 0.107 0.056 0.029 0.037 0.061 0.078 0.013 0.619 9 H 0.108 0.061 0.029 0.047 0.090 0.112 0.011 0.541 10 H 0.043 0.036 0.024 0.037 0.065 0.083 0.013 0.699 11 S 0.060 0.046 0.018 0.022 0.039 0.099 0.016 0.698 12 S 0.265 0.035 0.022 0.025 0.032 0.103 0.029 0.489 13 G 0.294 0.022 0.031 0.031 0.031 0.120 0.044 0.428 14 L 0.220 0.017 0.102 0.037 0.075 0.139 0.021 0.388 15 V 0.051 0.012 0.089 0.117 0.141 0.088 0.006 0.496 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 17 R 0.011 0.005 0.081 0.073 0.177 0.100 0.004 0.549 18 G 0.074 0.011 0.041 0.035 0.056 0.067 0.006 0.709 19 S 0.120 0.021 0.063 0.057 0.129 0.144 0.009 0.456 20 K 0.109 0.015 0.027 0.020 0.043 0.189 0.007 0.591 21 M 0.235 0.028 0.046 0.027 0.045 0.158 0.012 0.449 22 D 0.064 0.030 0.018 0.018 0.029 0.296 0.011 0.535 23 M 0.088 0.035 0.020 0.013 0.035 0.051 0.008 0.751 24 E 0.047 0.042 0.018 0.012 0.027 0.350 0.010 0.494 25 D 0.137 0.051 0.014 0.010 0.019 0.251 0.020 0.498 26 A 0.194 0.118 0.024 0.009 0.017 0.073 0.011 0.554 27 D 0.050 0.097 0.028 0.014 0.022 0.250 0.014 0.524 28 M 0.210 0.106 0.046 0.017 0.032 0.161 0.018 0.410 29 T 0.177 0.204 0.029 0.020 0.047 0.261 0.011 0.252 30 L 0.133 0.209 0.045 0.033 0.052 0.132 0.017 0.378 31 W 0.088 0.296 0.041 0.023 0.035 0.153 0.010 0.354 32 T 0.130 0.247 0.022 0.025 0.055 0.165 0.019 0.337 33 E 0.072 0.269 0.023 0.014 0.049 0.076 0.009 0.487 34 A 0.044 0.231 0.008 0.008 0.021 0.223 0.012 0.452 35 E 0.143 0.419 0.008 0.007 0.010 0.160 0.019 0.234 36 F 0.100 0.729 0.007 0.005 0.008 0.015 0.011 0.123 37 E 0.074 0.420 0.021 0.010 0.019 0.055 0.024 0.378 38 E 0.146 0.361 0.031 0.016 0.018 0.059 0.031 0.338 39 K 0.232 0.281 0.020 0.012 0.019 0.069 0.041 0.326 40 C 0.171 0.224 0.094 0.045 0.056 0.065 0.033 0.314 41 T 0.058 0.159 0.119 0.066 0.075 0.114 0.017 0.392 42 Y 0.081 0.101 0.075 0.055 0.087 0.114 0.018 0.468 43 I 0.132 0.125 0.090 0.061 0.105 0.117 0.016 0.354 44 V 0.050 0.107 0.062 0.060 0.086 0.099 0.012 0.525 45 N 0.043 0.068 0.036 0.030 0.059 0.089 0.020 0.655 46 D 0.153 0.028 0.018 0.014 0.022 0.093 0.039 0.634 47 H 0.383 0.029 0.042 0.048 0.042 0.129 0.025 0.301 48 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.985 49 W 0.015 0.007 0.037 0.045 0.121 0.123 0.004 0.648 50 D 0.060 0.014 0.022 0.032 0.051 0.208 0.006 0.608 51 S 0.088 0.018 0.020 0.028 0.044 0.084 0.006 0.713 52 G 0.094 0.026 0.023 0.027 0.042 0.220 0.011 0.558 53 A 0.246 0.034 0.043 0.036 0.055 0.176 0.019 0.390 54 D 0.027 0.047 0.026 0.029 0.038 0.112 0.010 0.712 55 G 0.076 0.036 0.028 0.029 0.048 0.092 0.032 0.659 56 G 0.338 0.020 0.041 0.025 0.023 0.103 0.034 0.417 57 T 0.112 0.011 0.058 0.031 0.045 0.142 0.009 0.592 58 S 0.014 0.012 0.042 0.060 0.103 0.072 0.002 0.696 59 V 0.021 0.021 0.043 0.082 0.216 0.126 0.003 0.489 60 Q 0.031 0.049 0.032 0.072 0.147 0.172 0.005 0.493 61 A 0.065 0.164 0.026 0.050 0.111 0.111 0.007 0.466 62 E 0.103 0.281 0.018 0.046 0.087 0.103 0.014 0.347 63 A 0.218 0.237 0.019 0.043 0.057 0.075 0.042 0.309 64 S 0.294 0.207 0.025 0.038 0.044 0.042 0.081 0.267 65 L 0.459 0.067 0.043 0.053 0.066 0.043 0.038 0.232 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 67 R 0.013 0.011 0.029 0.066 0.131 0.132 0.010 0.609 68 N 0.222 0.015 0.034 0.024 0.028 0.091 0.027 0.560 69 L 0.268 0.010 0.095 0.071 0.069 0.093 0.015 0.379 70 L 0.071 0.005 0.179 0.144 0.142 0.109 0.005 0.346 71 F 0.023 0.005 0.199 0.162 0.270 0.048 0.003 0.289 72 K 0.008 0.002 0.244 0.300 0.333 0.022 0.002 0.088 73 Y 0.004 0.002 0.082 0.126 0.191 0.030 0.001 0.564 74 A 0.005 0.003 0.304 0.192 0.313 0.032 0.002 0.149 75 T 0.010 0.004 0.078 0.098 0.150 0.111 0.003 0.546 76 N 0.024 0.007 0.049 0.051 0.147 0.141 0.006 0.576 77 S 0.027 0.004 0.015 0.012 0.032 0.109 0.005 0.796 78 E 0.032 0.005 0.005 0.006 0.009 0.632 0.010 0.300 79 E 0.241 0.018 0.007 0.009 0.010 0.462 0.026 0.226 80 V 0.203 0.181 0.036 0.038 0.043 0.146 0.019 0.335 81 I 0.060 0.093 0.095 0.130 0.177 0.137 0.015 0.293 82 G 0.040 0.046 0.067 0.181 0.242 0.065 0.009 0.349 83 V 0.032 0.037 0.076 0.192 0.406 0.033 0.005 0.220 84 M 0.015 0.053 0.064 0.328 0.406 0.036 0.005 0.093 85 S 0.043 0.048 0.062 0.198 0.467 0.047 0.007 0.128 86 K 0.020 0.050 0.036 0.184 0.290 0.051 0.008 0.361 87 E 0.056 0.054 0.049 0.206 0.242 0.082 0.019 0.290 88 Y 0.068 0.028 0.018 0.051 0.079 0.054 0.022 0.678 89 I 0.122 0.041 0.060 0.146 0.244 0.056 0.021 0.311 90 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.001 0.979 91 K 0.007 0.007 0.010 0.019 0.037 0.052 0.005 0.863 92 G 0.371 0.015 0.023 0.022 0.017 0.042 0.068 0.442 93 T 0.690 0.003 0.059 0.019 0.017 0.071 0.018 0.123 94 R 0.012 0.004 0.164 0.068 0.052 0.047 0.003 0.650 95 F 0.018 0.006 0.160 0.127 0.322 0.072 0.004 0.291 96 G 0.017 0.005 0.199 0.164 0.187 0.061 0.003 0.364 97 P 0.002 0.001 0.031 0.025 0.037 0.020 0.001 0.884 98 L 0.012 0.009 0.156 0.123 0.220 0.138 0.005 0.337 99 I 0.050 0.018 0.087 0.100 0.176 0.138 0.010 0.421 100 G 0.029 0.042 0.091 0.203 0.221 0.062 0.013 0.339 101 E 0.153 0.012 0.086 0.133 0.210 0.111 0.013 0.281 102 I 0.025 0.013 0.065 0.118 0.118 0.050 0.005 0.607 103 Y 0.040 0.017 0.092 0.259 0.379 0.059 0.007 0.148 104 T 0.020 0.020 0.054 0.146 0.187 0.070 0.006 0.498 105 N 0.017 0.012 0.020 0.035 0.123 0.045 0.005 0.743 106 D 0.041 0.010 0.011 0.017 0.031 0.250 0.011 0.629 107 T 0.195 0.015 0.006 0.010 0.017 0.381 0.040 0.335 108 V 0.361 0.068 0.035 0.062 0.072 0.105 0.011 0.288 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 110 K 0.007 0.012 0.009 0.030 0.104 0.082 0.002 0.755 111 N 0.283 0.058 0.012 0.022 0.041 0.078 0.017 0.489 112 A 0.277 0.064 0.013 0.026 0.035 0.065 0.015 0.504 113 N 0.166 0.052 0.024 0.025 0.032 0.213 0.021 0.468 114 R 0.241 0.042 0.032 0.018 0.026 0.096 0.025 0.521 115 K 0.082 0.050 0.028 0.024 0.029 0.247 0.018 0.522 116 Y 0.145 0.041 0.035 0.042 0.069 0.269 0.024 0.375 117 F 0.155 0.075 0.060 0.095 0.189 0.152 0.010 0.264 118 W 0.031 0.054 0.059 0.219 0.320 0.074 0.005 0.238 119 R 0.021 0.047 0.038 0.294 0.389 0.045 0.004 0.162 120 I 0.028 0.055 0.042 0.237 0.425 0.032 0.005 0.176 121 Y 0.022 0.063 0.036 0.314 0.411 0.030 0.005 0.120 122 S 0.035 0.068 0.041 0.197 0.294 0.066 0.016 0.283 123 R 0.077 0.047 0.033 0.071 0.131 0.098 0.029 0.515 124 G 0.156 0.027 0.021 0.036 0.038 0.114 0.061 0.546 125 E 0.254 0.014 0.031 0.028 0.025 0.252 0.054 0.341 126 L 0.081 0.013 0.081 0.039 0.054 0.171 0.018 0.543 127 H 0.036 0.013 0.098 0.129 0.160 0.123 0.008 0.432 128 H 0.023 0.006 0.206 0.132 0.172 0.078 0.005 0.377 129 F 0.022 0.004 0.194 0.141 0.279 0.052 0.003 0.305 130 I 0.008 0.005 0.270 0.267 0.294 0.023 0.002 0.130 131 D 0.005 0.006 0.106 0.181 0.334 0.059 0.003 0.306 132 G 0.017 0.008 0.161 0.117 0.233 0.064 0.004 0.397 133 F 0.013 0.003 0.019 0.017 0.048 0.732 0.004 0.165 134 N 0.191 0.012 0.016 0.019 0.035 0.248 0.014 0.465 135 E 0.064 0.037 0.021 0.012 0.019 0.185 0.007 0.655 136 E 0.041 0.022 0.009 0.009 0.016 0.512 0.016 0.375 137 K 0.247 0.094 0.019 0.017 0.026 0.198 0.027 0.373 138 S 0.069 0.283 0.047 0.043 0.051 0.086 0.020 0.401 139 N 0.081 0.084 0.047 0.039 0.060 0.165 0.027 0.498 140 W 0.117 0.106 0.064 0.047 0.095 0.156 0.014 0.402 141 M 0.102 0.154 0.045 0.090 0.192 0.201 0.012 0.205 142 R 0.104 0.179 0.112 0.158 0.157 0.132 0.019 0.139 143 Y 0.084 0.228 0.086 0.145 0.183 0.046 0.011 0.216 144 V 0.047 0.137 0.160 0.167 0.273 0.047 0.014 0.153 145 N 0.023 0.144 0.077 0.212 0.222 0.040 0.010 0.272 146 P 0.008 0.014 0.016 0.016 0.034 0.017 0.004 0.891 147 A 0.047 0.012 0.012 0.015 0.042 0.584 0.015 0.270 148 H 0.447 0.036 0.013 0.010 0.014 0.114 0.050 0.315 149 S 0.093 0.068 0.023 0.024 0.021 0.294 0.010 0.467 150 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 151 R 0.013 0.010 0.007 0.017 0.049 0.437 0.005 0.462 152 E 0.547 0.022 0.007 0.010 0.019 0.117 0.013 0.265 153 Q 0.150 0.246 0.030 0.064 0.073 0.115 0.010 0.312 154 N 0.085 0.156 0.037 0.075 0.119 0.119 0.012 0.397 155 L 0.098 0.151 0.074 0.175 0.218 0.066 0.010 0.208 156 A 0.042 0.102 0.031 0.226 0.306 0.051 0.008 0.234 157 A 0.026 0.072 0.070 0.265 0.354 0.029 0.009 0.175 158 C 0.026 0.082 0.052 0.311 0.335 0.032 0.008 0.153 159 Q 0.024 0.065 0.060 0.296 0.314 0.042 0.011 0.188 160 N 0.018 0.036 0.036 0.115 0.184 0.077 0.017 0.517 161 G 0.094 0.021 0.032 0.061 0.080 0.083 0.079 0.550 162 M 0.252 0.007 0.029 0.035 0.033 0.216 0.036 0.393 163 N 0.039 0.003 0.030 0.058 0.048 0.139 0.015 0.669 164 I 0.100 0.004 0.059 0.166 0.305 0.144 0.007 0.216 165 Y 0.021 0.002 0.130 0.344 0.371 0.046 0.002 0.084 166 F 0.005 0.001 0.067 0.326 0.496 0.022 0.001 0.082 167 Y 0.003 0.002 0.077 0.314 0.560 0.010 0.001 0.034 168 T 0.003 0.002 0.077 0.370 0.497 0.014 0.002 0.036 169 I 0.010 0.004 0.059 0.164 0.526 0.030 0.004 0.203 170 K 0.009 0.003 0.115 0.364 0.387 0.026 0.003 0.093 171 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 172 I 0.027 0.004 0.054 0.119 0.397 0.068 0.009 0.322 173 P 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.012 0.001 0.974 174 A 0.005 0.002 0.003 0.007 0.016 0.024 0.003 0.940 175 N 0.193 0.015 0.029 0.042 0.025 0.076 0.046 0.573 176 Q 0.772 0.002 0.017 0.014 0.016 0.080 0.014 0.086 177 E 0.021 0.003 0.062 0.059 0.055 0.060 0.001 0.740 178 L 0.012 0.005 0.063 0.328 0.508 0.033 0.001 0.049 179 L 0.020 0.008 0.099 0.260 0.412 0.028 0.002 0.170 180 V 0.005 0.015 0.116 0.316 0.444 0.017 0.002 0.085 181 W 0.006 0.042 0.070 0.250 0.381 0.036 0.002 0.212 182 Y 0.023 0.049 0.052 0.152 0.399 0.079 0.009 0.236 183 C 0.070 0.076 0.046 0.092 0.190 0.125 0.015 0.386 184 R 0.072 0.072 0.039 0.045 0.066 0.112 0.018 0.576 185 D 0.061 0.112 0.013 0.019 0.025 0.115 0.012 0.641 186 F 0.105 0.187 0.017 0.014 0.040 0.072 0.013 0.553 187 A 0.058 0.248 0.014 0.015 0.034 0.177 0.012 0.442 188 E 0.101 0.308 0.009 0.010 0.018 0.185 0.020 0.348 189 R 0.142 0.616 0.007 0.008 0.009 0.035 0.015 0.170 190 L 0.161 0.545 0.018 0.012 0.016 0.030 0.030 0.187 191 H 0.186 0.276 0.043 0.030 0.031 0.046 0.070 0.317 192 Y 0.139 0.074 0.051 0.023 0.032 0.031 0.026 0.625 193 P 0.004 0.003 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.976 194 Y 0.036 0.011 0.060 0.040 0.055 0.095 0.009 0.695 195 P 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.006 0.001 0.980 196 G 0.047 0.010 0.073 0.044 0.076 0.123 0.008 0.618 197 E 0.135 0.009 0.044 0.021 0.032 0.112 0.005 0.643 198 L 0.035 0.011 0.036 0.023 0.042 0.068 0.003 0.783 199 T 0.064 0.020 0.031 0.035 0.062 0.199 0.008 0.581 200 M 0.093 0.031 0.034 0.024 0.048 0.087 0.009 0.674 201 M 0.095 0.063 0.037 0.044 0.081 0.178 0.011 0.491 202 N 0.117 0.051 0.020 0.035 0.048 0.176 0.025 0.528 203 L 0.261 0.070 0.045 0.029 0.051 0.073 0.015 0.455 204 T 0.073 0.058 0.030 0.035 0.062 0.229 0.013 0.500 205 Q 0.046 0.035 0.020 0.021 0.040 0.090 0.009 0.738