# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.158 0.174 0.277 0.266 0.044 0.020 0.034 0.002 0.020 0.003 0.001 2 G 0.077 0.027 0.101 0.043 0.136 0.019 0.114 0.288 0.008 0.188 0.001 3 S 0.173 0.276 0.337 0.087 0.075 0.021 0.008 0.002 0.015 0.005 0.001 4 S 0.213 0.277 0.219 0.106 0.093 0.042 0.020 0.006 0.016 0.007 0.001 5 H 0.170 0.314 0.230 0.098 0.078 0.051 0.021 0.005 0.029 0.004 0.001 6 H 0.306 0.262 0.219 0.099 0.044 0.031 0.013 0.003 0.018 0.003 0.002 7 H 0.210 0.219 0.205 0.136 0.072 0.060 0.048 0.012 0.032 0.005 0.001 8 H 0.196 0.252 0.218 0.141 0.056 0.053 0.038 0.008 0.033 0.004 0.001 9 H 0.167 0.270 0.307 0.094 0.042 0.052 0.020 0.003 0.040 0.004 0.001 10 H 0.365 0.097 0.292 0.110 0.041 0.039 0.024 0.006 0.015 0.010 0.002 11 S 0.365 0.103 0.133 0.201 0.061 0.030 0.047 0.022 0.017 0.022 0.001 12 S 0.195 0.132 0.206 0.338 0.047 0.013 0.041 0.005 0.016 0.006 0.001 13 G 0.079 0.029 0.088 0.052 0.080 0.016 0.179 0.356 0.008 0.114 0.001 14 L 0.071 0.365 0.370 0.091 0.035 0.034 0.009 0.001 0.020 0.002 0.002 15 V 0.014 0.359 0.478 0.005 0.036 0.018 0.003 0.001 0.084 0.002 0.001 16 P 0.069 0.016 0.851 0.007 0.003 0.026 0.002 0.001 0.009 0.001 0.016 17 R 0.140 0.272 0.342 0.126 0.057 0.025 0.011 0.003 0.021 0.002 0.001 18 G 0.086 0.045 0.182 0.033 0.173 0.030 0.029 0.201 0.017 0.205 0.001 19 S 0.207 0.241 0.259 0.149 0.088 0.022 0.012 0.003 0.008 0.009 0.001 20 K 0.123 0.187 0.186 0.200 0.089 0.059 0.092 0.017 0.029 0.015 0.003 21 M 0.135 0.368 0.289 0.089 0.056 0.019 0.013 0.005 0.023 0.004 0.001 22 D 0.101 0.168 0.382 0.124 0.042 0.094 0.035 0.007 0.041 0.004 0.003 23 M 0.220 0.206 0.364 0.067 0.051 0.038 0.013 0.005 0.025 0.009 0.002 24 E 0.508 0.098 0.180 0.115 0.024 0.034 0.017 0.005 0.011 0.005 0.003 25 D 0.161 0.102 0.158 0.275 0.056 0.066 0.111 0.018 0.041 0.010 0.002 26 A 0.462 0.111 0.190 0.103 0.036 0.025 0.034 0.011 0.016 0.011 0.001 27 D 0.389 0.089 0.212 0.183 0.022 0.045 0.030 0.005 0.019 0.003 0.003 28 M 0.339 0.177 0.157 0.177 0.057 0.036 0.025 0.009 0.015 0.006 0.001 29 T 0.245 0.263 0.229 0.120 0.056 0.039 0.019 0.001 0.023 0.003 0.001 30 L 0.362 0.181 0.223 0.083 0.063 0.039 0.018 0.004 0.018 0.005 0.001 31 W 0.291 0.204 0.215 0.158 0.048 0.039 0.016 0.003 0.022 0.004 0.001 32 T 0.212 0.268 0.233 0.100 0.087 0.045 0.014 0.002 0.034 0.005 0.001 33 E 0.708 0.053 0.140 0.045 0.017 0.018 0.007 0.002 0.005 0.003 0.002 34 A 0.656 0.058 0.074 0.126 0.022 0.021 0.022 0.008 0.008 0.004 0.001 35 E 0.366 0.131 0.106 0.276 0.027 0.030 0.036 0.006 0.020 0.002 0.001 36 F 0.165 0.184 0.259 0.101 0.051 0.068 0.080 0.007 0.080 0.006 0.001 37 E 0.520 0.046 0.269 0.085 0.014 0.029 0.018 0.004 0.008 0.003 0.004 38 E 0.466 0.099 0.170 0.163 0.030 0.025 0.023 0.007 0.014 0.003 0.001 39 K 0.295 0.160 0.228 0.189 0.037 0.037 0.024 0.004 0.022 0.002 0.002 40 C 0.173 0.354 0.276 0.087 0.053 0.022 0.012 0.002 0.017 0.002 0.001 41 T 0.096 0.548 0.183 0.036 0.095 0.022 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 42 Y 0.065 0.507 0.245 0.036 0.067 0.043 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 43 I 0.085 0.378 0.354 0.047 0.038 0.054 0.008 0.001 0.032 0.002 0.001 44 V 0.224 0.254 0.257 0.083 0.062 0.052 0.017 0.005 0.038 0.005 0.003 45 N 0.506 0.085 0.132 0.158 0.037 0.023 0.031 0.008 0.009 0.007 0.003 46 D 0.197 0.090 0.096 0.472 0.022 0.039 0.049 0.012 0.019 0.002 0.002 47 H 0.016 0.302 0.315 0.006 0.056 0.014 0.011 0.001 0.275 0.003 0.001 48 P 0.235 0.004 0.697 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 49 W 0.234 0.257 0.210 0.208 0.035 0.016 0.012 0.007 0.017 0.002 0.001 50 D 0.132 0.144 0.243 0.153 0.070 0.082 0.055 0.016 0.098 0.008 0.001 51 S 0.355 0.091 0.273 0.199 0.027 0.016 0.024 0.003 0.007 0.005 0.001 52 G 0.280 0.039 0.116 0.076 0.086 0.023 0.039 0.157 0.007 0.177 0.001 53 A 0.288 0.217 0.258 0.142 0.036 0.019 0.010 0.002 0.020 0.008 0.001 54 D 0.156 0.111 0.200 0.260 0.041 0.038 0.141 0.011 0.029 0.009 0.003 55 G 0.067 0.019 0.120 0.138 0.042 0.013 0.309 0.233 0.008 0.050 0.001 56 G 0.046 0.040 0.146 0.046 0.099 0.022 0.118 0.349 0.015 0.118 0.001 57 T 0.066 0.411 0.398 0.031 0.041 0.030 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 58 S 0.128 0.271 0.399 0.039 0.058 0.071 0.007 0.002 0.018 0.004 0.004 59 V 0.212 0.430 0.194 0.045 0.069 0.029 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 60 Q 0.273 0.245 0.237 0.078 0.064 0.050 0.009 0.001 0.038 0.002 0.002 61 A 0.313 0.215 0.233 0.062 0.089 0.034 0.019 0.006 0.021 0.007 0.001 62 E 0.422 0.177 0.223 0.083 0.029 0.033 0.010 0.003 0.016 0.002 0.002 63 A 0.383 0.174 0.184 0.142 0.033 0.031 0.027 0.003 0.018 0.003 0.002 64 S 0.195 0.118 0.220 0.228 0.051 0.058 0.061 0.017 0.044 0.007 0.001 65 L 0.039 0.263 0.470 0.010 0.042 0.022 0.007 0.001 0.142 0.003 0.001 66 P 0.190 0.008 0.728 0.012 0.002 0.018 0.002 0.001 0.003 0.001 0.035 67 R 0.503 0.075 0.182 0.161 0.022 0.011 0.017 0.015 0.006 0.004 0.003 68 N 0.060 0.092 0.148 0.268 0.063 0.046 0.216 0.052 0.046 0.006 0.002 69 L 0.031 0.411 0.445 0.043 0.029 0.013 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 70 L 0.061 0.333 0.512 0.021 0.018 0.032 0.004 0.001 0.015 0.001 0.004 71 F 0.012 0.684 0.210 0.011 0.048 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 72 K 0.006 0.824 0.083 0.003 0.065 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 73 Y 0.012 0.550 0.313 0.007 0.028 0.059 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 74 A 0.043 0.575 0.211 0.023 0.084 0.036 0.004 0.001 0.021 0.003 0.001 75 T 0.078 0.421 0.168 0.076 0.147 0.051 0.016 0.004 0.033 0.006 0.001 76 N 0.059 0.228 0.323 0.097 0.087 0.072 0.042 0.006 0.073 0.012 0.001 77 S 0.456 0.069 0.246 0.100 0.038 0.029 0.026 0.009 0.009 0.014 0.003 78 E 0.528 0.068 0.114 0.184 0.034 0.022 0.024 0.011 0.008 0.007 0.001 79 E 0.283 0.148 0.158 0.285 0.041 0.015 0.044 0.005 0.015 0.005 0.001 80 V 0.178 0.209 0.184 0.105 0.104 0.035 0.119 0.036 0.019 0.013 0.001 81 I 0.114 0.494 0.230 0.069 0.047 0.019 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 82 G 0.075 0.166 0.176 0.020 0.384 0.029 0.032 0.054 0.011 0.052 0.001 83 V 0.099 0.605 0.181 0.011 0.049 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 84 M 0.131 0.547 0.147 0.029 0.051 0.059 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 85 S 0.178 0.371 0.177 0.075 0.129 0.036 0.010 0.002 0.018 0.003 0.001 86 K 0.398 0.233 0.158 0.085 0.064 0.028 0.013 0.004 0.014 0.002 0.001 87 E 0.345 0.284 0.138 0.106 0.057 0.023 0.023 0.003 0.019 0.001 0.001 88 Y 0.229 0.154 0.190 0.215 0.023 0.108 0.042 0.006 0.030 0.001 0.001 89 I 0.043 0.392 0.314 0.006 0.024 0.018 0.003 0.001 0.199 0.001 0.001 90 P 0.297 0.008 0.633 0.019 0.002 0.023 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 91 K 0.349 0.043 0.217 0.327 0.015 0.009 0.027 0.003 0.006 0.002 0.001 92 G 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.037 0.851 0.001 0.093 0.001 93 T 0.094 0.290 0.412 0.102 0.057 0.013 0.012 0.001 0.016 0.003 0.001 94 R 0.104 0.364 0.357 0.041 0.028 0.077 0.007 0.001 0.017 0.001 0.002 95 F 0.089 0.530 0.181 0.077 0.035 0.057 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 96 G 0.056 0.221 0.225 0.009 0.370 0.019 0.006 0.003 0.052 0.039 0.001 97 P 0.341 0.013 0.582 0.017 0.006 0.018 0.002 0.001 0.004 0.001 0.015 98 L 0.358 0.196 0.229 0.122 0.023 0.032 0.014 0.003 0.020 0.002 0.001 99 I 0.252 0.245 0.238 0.195 0.031 0.013 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 100 G 0.042 0.018 0.067 0.013 0.226 0.007 0.087 0.403 0.004 0.133 0.001 101 E 0.107 0.464 0.301 0.026 0.057 0.026 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 102 I 0.075 0.453 0.283 0.021 0.012 0.107 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 103 Y 0.072 0.501 0.215 0.089 0.043 0.053 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 104 T 0.066 0.323 0.308 0.058 0.126 0.050 0.012 0.001 0.051 0.005 0.001 105 N 0.599 0.046 0.197 0.070 0.024 0.024 0.014 0.006 0.011 0.004 0.006 106 D 0.564 0.045 0.082 0.194 0.023 0.019 0.045 0.015 0.008 0.004 0.001 107 T 0.352 0.127 0.115 0.310 0.021 0.035 0.018 0.004 0.016 0.001 0.001 108 V 0.116 0.286 0.393 0.009 0.025 0.018 0.003 0.001 0.148 0.001 0.001 109 P 0.505 0.006 0.437 0.019 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 110 K 0.550 0.098 0.101 0.186 0.020 0.017 0.013 0.006 0.009 0.002 0.001 111 N 0.245 0.088 0.170 0.212 0.052 0.056 0.092 0.034 0.039 0.011 0.001 112 A 0.467 0.079 0.150 0.208 0.017 0.017 0.037 0.009 0.009 0.006 0.001 113 N 0.107 0.072 0.099 0.361 0.039 0.062 0.192 0.029 0.026 0.011 0.001 114 R 0.337 0.123 0.192 0.209 0.035 0.030 0.038 0.011 0.017 0.007 0.001 115 K 0.364 0.144 0.166 0.188 0.048 0.027 0.039 0.008 0.011 0.005 0.001 116 Y 0.175 0.310 0.174 0.169 0.081 0.036 0.025 0.004 0.023 0.003 0.001 117 F 0.124 0.485 0.214 0.055 0.061 0.025 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 118 W 0.080 0.592 0.173 0.029 0.084 0.023 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 119 R 0.051 0.674 0.156 0.015 0.057 0.026 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 120 I 0.061 0.663 0.178 0.017 0.031 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 121 Y 0.106 0.443 0.222 0.037 0.084 0.058 0.008 0.001 0.040 0.002 0.001 122 S 0.274 0.256 0.168 0.115 0.087 0.042 0.022 0.005 0.022 0.008 0.001 123 R 0.143 0.079 0.165 0.369 0.038 0.030 0.133 0.010 0.025 0.007 0.001 124 G 0.066 0.009 0.030 0.038 0.047 0.006 0.155 0.525 0.003 0.119 0.001 125 E 0.127 0.202 0.303 0.190 0.075 0.027 0.040 0.009 0.019 0.007 0.001 126 L 0.159 0.245 0.434 0.086 0.023 0.024 0.009 0.001 0.014 0.002 0.003 127 H 0.175 0.338 0.291 0.068 0.054 0.034 0.013 0.003 0.021 0.002 0.002 128 H 0.073 0.592 0.154 0.042 0.081 0.029 0.010 0.002 0.016 0.001 0.001 129 F 0.055 0.508 0.269 0.029 0.048 0.046 0.010 0.001 0.033 0.001 0.001 130 I 0.037 0.679 0.198 0.013 0.026 0.021 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 131 D 0.057 0.142 0.392 0.044 0.033 0.224 0.021 0.002 0.081 0.002 0.002 132 G 0.420 0.106 0.118 0.093 0.142 0.028 0.014 0.021 0.007 0.051 0.001 133 F 0.354 0.105 0.091 0.331 0.055 0.022 0.016 0.003 0.012 0.010 0.001 134 N 0.171 0.072 0.093 0.329 0.064 0.051 0.158 0.014 0.035 0.012 0.001 135 E 0.803 0.027 0.076 0.062 0.008 0.006 0.008 0.004 0.003 0.003 0.001 136 E 0.642 0.057 0.083 0.172 0.007 0.020 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 137 K 0.267 0.107 0.131 0.316 0.030 0.034 0.082 0.005 0.024 0.002 0.001 138 S 0.320 0.075 0.118 0.100 0.092 0.018 0.147 0.061 0.011 0.056 0.001 139 N 0.215 0.089 0.216 0.151 0.055 0.151 0.059 0.007 0.054 0.003 0.001 140 W 0.828 0.025 0.034 0.079 0.007 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 141 M 0.752 0.051 0.036 0.129 0.014 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 142 R 0.722 0.097 0.059 0.066 0.024 0.014 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 143 Y 0.517 0.130 0.112 0.125 0.020 0.046 0.031 0.001 0.015 0.001 0.001 144 V 0.155 0.303 0.361 0.124 0.011 0.016 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 145 N 0.091 0.076 0.509 0.022 0.029 0.094 0.045 0.002 0.127 0.002 0.002 146 P 0.723 0.014 0.158 0.071 0.004 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.006 147 A 0.525 0.065 0.091 0.231 0.032 0.011 0.019 0.012 0.007 0.006 0.001 148 H 0.241 0.148 0.170 0.284 0.040 0.051 0.029 0.009 0.021 0.005 0.001 149 S 0.030 0.172 0.394 0.016 0.045 0.042 0.025 0.001 0.267 0.007 0.001 150 P 0.762 0.003 0.192 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 151 R 0.284 0.044 0.065 0.423 0.016 0.029 0.095 0.030 0.011 0.002 0.001 152 E 0.254 0.293 0.148 0.196 0.027 0.032 0.024 0.004 0.020 0.001 0.001 153 Q 0.308 0.397 0.145 0.067 0.038 0.015 0.013 0.001 0.013 0.001 0.001 154 N 0.114 0.221 0.266 0.153 0.084 0.081 0.034 0.005 0.038 0.002 0.001 155 L 0.083 0.561 0.237 0.035 0.038 0.018 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 156 A 0.106 0.505 0.268 0.019 0.042 0.030 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 157 A 0.035 0.757 0.108 0.012 0.066 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 158 C 0.051 0.618 0.203 0.015 0.054 0.036 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 159 Q 0.102 0.607 0.158 0.030 0.051 0.020 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 160 N 0.057 0.100 0.175 0.327 0.048 0.052 0.195 0.010 0.028 0.006 0.001 161 G 0.009 0.007 0.016 0.014 0.049 0.005 0.121 0.633 0.003 0.142 0.001 162 M 0.148 0.185 0.369 0.160 0.059 0.016 0.036 0.008 0.010 0.009 0.002 163 N 0.030 0.341 0.207 0.111 0.088 0.057 0.112 0.015 0.035 0.003 0.002 164 I 0.012 0.768 0.162 0.008 0.031 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 165 Y 0.012 0.828 0.079 0.005 0.051 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 166 F 0.009 0.814 0.098 0.003 0.038 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 167 Y 0.027 0.767 0.071 0.010 0.073 0.029 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 168 T 0.032 0.674 0.122 0.020 0.101 0.027 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 169 I 0.074 0.576 0.198 0.043 0.059 0.028 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 170 K 0.012 0.497 0.196 0.002 0.095 0.016 0.005 0.001 0.176 0.001 0.001 171 P 0.081 0.010 0.818 0.013 0.002 0.038 0.002 0.001 0.006 0.001 0.029 172 I 0.028 0.502 0.323 0.014 0.039 0.017 0.002 0.001 0.074 0.001 0.001 173 P 0.039 0.017 0.894 0.005 0.005 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 174 A 0.398 0.025 0.388 0.138 0.010 0.008 0.012 0.003 0.003 0.003 0.014 175 N 0.027 0.007 0.028 0.072 0.045 0.008 0.208 0.554 0.007 0.043 0.001 176 Q 0.062 0.265 0.429 0.134 0.046 0.016 0.021 0.005 0.018 0.002 0.001 177 E 0.069 0.428 0.413 0.022 0.023 0.025 0.003 0.001 0.013 0.001 0.003 178 L 0.062 0.565 0.285 0.018 0.025 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 179 L 0.027 0.753 0.111 0.015 0.061 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 180 V 0.034 0.713 0.150 0.007 0.048 0.023 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 181 W 0.188 0.305 0.293 0.041 0.042 0.077 0.009 0.002 0.041 0.002 0.001 182 Y 0.198 0.241 0.157 0.171 0.097 0.059 0.038 0.008 0.025 0.005 0.001 183 C 0.197 0.110 0.189 0.095 0.141 0.059 0.098 0.038 0.031 0.043 0.001 184 R 0.459 0.115 0.198 0.110 0.044 0.030 0.019 0.005 0.013 0.006 0.001 185 D 0.335 0.086 0.163 0.233 0.039 0.064 0.042 0.008 0.022 0.006 0.001 186 F 0.521 0.095 0.118 0.159 0.035 0.032 0.018 0.003 0.014 0.004 0.001 187 A 0.714 0.048 0.095 0.090 0.017 0.013 0.010 0.002 0.007 0.003 0.001 188 E 0.621 0.064 0.090 0.139 0.023 0.020 0.026 0.005 0.009 0.003 0.001 189 R 0.400 0.131 0.143 0.209 0.028 0.025 0.033 0.007 0.020 0.003 0.001 190 L 0.288 0.158 0.273 0.196 0.020 0.019 0.029 0.003 0.012 0.002 0.001 191 H 0.166 0.207 0.200 0.202 0.066 0.043 0.066 0.017 0.027 0.005 0.001 192 Y 0.022 0.530 0.300 0.007 0.052 0.015 0.004 0.001 0.067 0.002 0.001 193 P 0.115 0.013 0.764 0.020 0.002 0.049 0.003 0.001 0.006 0.001 0.026 194 Y 0.042 0.409 0.273 0.012 0.088 0.017 0.006 0.002 0.146 0.004 0.001 195 P 0.138 0.006 0.776 0.026 0.002 0.015 0.003 0.001 0.004 0.001 0.029 196 G 0.128 0.038 0.109 0.054 0.114 0.018 0.045 0.399 0.007 0.088 0.001 197 E 0.144 0.281 0.364 0.068 0.070 0.032 0.005 0.001 0.030 0.003 0.001 198 L 0.354 0.112 0.355 0.095 0.022 0.031 0.008 0.002 0.012 0.004 0.005 199 T 0.247 0.247 0.173 0.167 0.065 0.038 0.031 0.008 0.018 0.003 0.001 200 M 0.228 0.216 0.189 0.145 0.074 0.058 0.038 0.014 0.032 0.006 0.001 201 M 0.227 0.292 0.240 0.153 0.028 0.021 0.015 0.002 0.019 0.002 0.001 202 N 0.089 0.141 0.253 0.137 0.069 0.084 0.136 0.021 0.057 0.011 0.001 203 L 0.274 0.178 0.310 0.100 0.039 0.048 0.022 0.007 0.016 0.005 0.002 204 T 0.263 0.249 0.289 0.101 0.038 0.028 0.008 0.001 0.019 0.003 0.001 205 Q 0.291 0.133 0.293 0.099 0.061 0.044 0.029 0.009 0.026 0.010 0.003