# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.270 0.151 0.115 0.121 0.057 0.057 0.059 0.036 0.059 0.025 2 G 0.080 0.084 0.113 0.187 0.082 0.053 0.029 0.058 0.040 0.173 0.102 3 S 0.084 0.158 0.089 0.041 0.183 0.024 0.035 0.130 0.106 0.103 0.046 4 S 0.100 0.160 0.076 0.027 0.172 0.040 0.052 0.148 0.077 0.095 0.054 5 H 0.163 0.129 0.056 0.021 0.226 0.018 0.030 0.127 0.078 0.089 0.064 6 H 0.099 0.154 0.063 0.026 0.190 0.039 0.045 0.164 0.101 0.072 0.047 7 H 0.114 0.136 0.072 0.025 0.208 0.026 0.041 0.150 0.077 0.101 0.050 8 H 0.090 0.137 0.069 0.020 0.154 0.019 0.040 0.173 0.115 0.135 0.047 9 H 0.090 0.195 0.106 0.033 0.204 0.035 0.038 0.136 0.068 0.065 0.030 10 H 0.044 0.177 0.113 0.032 0.070 0.035 0.093 0.242 0.108 0.060 0.026 11 S 0.062 0.047 0.064 0.042 0.063 0.035 0.071 0.182 0.101 0.230 0.102 12 S 0.022 0.441 0.177 0.070 0.079 0.038 0.048 0.040 0.034 0.038 0.013 13 G 0.053 0.047 0.054 0.151 0.046 0.042 0.031 0.045 0.048 0.288 0.195 14 L 0.103 0.266 0.108 0.025 0.283 0.009 0.016 0.031 0.033 0.079 0.047 15 V 0.136 0.285 0.100 0.014 0.341 0.014 0.015 0.027 0.014 0.017 0.036 16 P 0.197 0.200 0.110 0.033 0.243 0.026 0.027 0.046 0.030 0.032 0.058 17 R 0.070 0.215 0.137 0.066 0.141 0.058 0.074 0.085 0.054 0.055 0.044 18 G 0.118 0.103 0.104 0.075 0.121 0.040 0.032 0.089 0.073 0.158 0.086 19 S 0.048 0.191 0.103 0.045 0.135 0.039 0.056 0.147 0.111 0.093 0.032 20 K 0.127 0.102 0.067 0.034 0.177 0.022 0.030 0.091 0.065 0.179 0.105 21 M 0.060 0.345 0.137 0.029 0.182 0.025 0.031 0.063 0.050 0.051 0.027 22 D 0.117 0.235 0.151 0.026 0.222 0.014 0.021 0.053 0.028 0.060 0.072 23 M 0.093 0.152 0.075 0.022 0.142 0.019 0.033 0.201 0.158 0.063 0.042 24 E 0.032 0.143 0.077 0.045 0.067 0.070 0.122 0.252 0.101 0.068 0.023 25 D 0.100 0.092 0.073 0.037 0.136 0.018 0.028 0.120 0.076 0.243 0.076 26 A 0.052 0.156 0.086 0.028 0.113 0.027 0.036 0.248 0.141 0.082 0.031 27 D 0.068 0.145 0.072 0.021 0.125 0.025 0.048 0.232 0.103 0.119 0.042 28 M 0.083 0.118 0.038 0.013 0.139 0.014 0.034 0.240 0.156 0.123 0.044 29 T 0.072 0.146 0.065 0.015 0.169 0.020 0.035 0.261 0.107 0.073 0.037 30 L 0.076 0.128 0.046 0.012 0.134 0.019 0.050 0.300 0.111 0.088 0.036 31 W 0.070 0.168 0.074 0.022 0.124 0.023 0.051 0.204 0.083 0.134 0.047 32 T 0.086 0.226 0.113 0.017 0.182 0.011 0.016 0.170 0.072 0.069 0.039 33 E 0.021 0.054 0.018 0.006 0.047 0.011 0.028 0.485 0.274 0.044 0.012 34 A 0.014 0.029 0.015 0.005 0.029 0.011 0.052 0.553 0.211 0.069 0.010 35 E 0.039 0.045 0.020 0.007 0.053 0.009 0.038 0.437 0.145 0.177 0.028 36 F 0.058 0.101 0.037 0.011 0.102 0.010 0.025 0.357 0.145 0.123 0.031 37 E 0.037 0.081 0.043 0.012 0.072 0.021 0.037 0.440 0.171 0.066 0.020 38 E 0.028 0.118 0.057 0.010 0.074 0.020 0.076 0.395 0.140 0.068 0.013 39 K 0.082 0.105 0.035 0.009 0.111 0.011 0.053 0.311 0.115 0.119 0.048 40 C 0.141 0.086 0.020 0.008 0.176 0.011 0.022 0.238 0.146 0.090 0.062 41 T 0.075 0.138 0.039 0.013 0.198 0.040 0.077 0.237 0.097 0.053 0.032 42 Y 0.161 0.120 0.048 0.014 0.259 0.018 0.050 0.098 0.049 0.127 0.054 43 I 0.135 0.235 0.105 0.024 0.266 0.015 0.024 0.052 0.036 0.062 0.047 44 V 0.096 0.200 0.156 0.045 0.204 0.034 0.031 0.086 0.067 0.045 0.035 45 N 0.026 0.067 0.036 0.024 0.051 0.031 0.121 0.317 0.248 0.058 0.019 46 D 0.052 0.065 0.042 0.025 0.065 0.024 0.061 0.078 0.087 0.441 0.060 47 H 0.073 0.315 0.204 0.018 0.243 0.009 0.010 0.023 0.020 0.048 0.036 48 P 0.091 0.166 0.087 0.032 0.133 0.039 0.067 0.138 0.113 0.086 0.048 49 W 0.063 0.168 0.115 0.066 0.110 0.043 0.081 0.086 0.075 0.147 0.046 50 D 0.100 0.168 0.195 0.078 0.155 0.032 0.027 0.056 0.037 0.088 0.064 51 S 0.029 0.117 0.091 0.048 0.066 0.043 0.085 0.209 0.184 0.102 0.025 52 G 0.064 0.120 0.128 0.074 0.079 0.042 0.054 0.111 0.070 0.205 0.053 53 A 0.095 0.125 0.110 0.072 0.126 0.034 0.043 0.107 0.066 0.141 0.081 54 D 0.043 0.071 0.084 0.172 0.053 0.113 0.106 0.134 0.090 0.096 0.039 55 G 0.035 0.092 0.115 0.264 0.052 0.064 0.043 0.065 0.061 0.161 0.048 56 G 0.073 0.154 0.116 0.079 0.118 0.025 0.023 0.075 0.060 0.205 0.073 57 T 0.129 0.238 0.059 0.009 0.333 0.008 0.014 0.081 0.043 0.043 0.042 58 S 0.219 0.147 0.031 0.008 0.334 0.013 0.017 0.112 0.047 0.024 0.047 59 V 0.127 0.164 0.053 0.018 0.245 0.036 0.044 0.182 0.061 0.031 0.039 60 Q 0.146 0.127 0.059 0.021 0.196 0.025 0.039 0.187 0.076 0.075 0.048 61 A 0.079 0.122 0.054 0.016 0.150 0.017 0.032 0.278 0.150 0.069 0.033 62 E 0.069 0.111 0.045 0.015 0.129 0.021 0.059 0.270 0.163 0.090 0.030 63 A 0.063 0.196 0.069 0.018 0.149 0.020 0.066 0.174 0.108 0.098 0.038 64 S 0.099 0.153 0.082 0.022 0.192 0.019 0.039 0.115 0.081 0.149 0.051 65 L 0.065 0.314 0.169 0.022 0.135 0.017 0.032 0.105 0.073 0.046 0.023 66 P 0.128 0.168 0.131 0.035 0.184 0.037 0.038 0.107 0.082 0.053 0.037 67 R 0.030 0.169 0.054 0.029 0.071 0.055 0.173 0.200 0.157 0.049 0.015 68 N 0.136 0.053 0.025 0.015 0.100 0.011 0.024 0.047 0.039 0.351 0.200 69 L 0.090 0.322 0.041 0.004 0.463 0.008 0.014 0.015 0.010 0.016 0.016 70 L 0.295 0.076 0.007 0.003 0.538 0.008 0.019 0.008 0.005 0.007 0.031 71 F 0.296 0.104 0.013 0.004 0.540 0.004 0.003 0.003 0.002 0.004 0.026 72 K 0.184 0.134 0.013 0.003 0.616 0.005 0.006 0.005 0.002 0.004 0.028 73 Y 0.364 0.102 0.015 0.005 0.353 0.004 0.004 0.006 0.006 0.016 0.126 74 A 0.151 0.191 0.080 0.040 0.323 0.038 0.041 0.021 0.014 0.040 0.059 75 T 0.133 0.203 0.110 0.059 0.207 0.046 0.052 0.029 0.028 0.082 0.051 76 N 0.092 0.268 0.242 0.064 0.203 0.021 0.011 0.020 0.016 0.034 0.029 77 S 0.034 0.080 0.049 0.043 0.059 0.060 0.082 0.257 0.240 0.071 0.025 78 E 0.042 0.085 0.063 0.031 0.073 0.039 0.082 0.203 0.176 0.175 0.031 79 E 0.068 0.108 0.064 0.024 0.101 0.027 0.043 0.171 0.101 0.232 0.061 80 V 0.114 0.114 0.057 0.023 0.141 0.022 0.045 0.175 0.093 0.141 0.075 81 I 0.077 0.202 0.085 0.038 0.140 0.043 0.048 0.128 0.102 0.097 0.041 82 G 0.116 0.152 0.061 0.045 0.204 0.033 0.042 0.132 0.072 0.090 0.052 83 V 0.197 0.118 0.031 0.012 0.336 0.012 0.024 0.115 0.053 0.048 0.055 84 M 0.147 0.136 0.052 0.019 0.229 0.044 0.055 0.118 0.061 0.089 0.051 85 S 0.136 0.220 0.076 0.015 0.251 0.012 0.016 0.113 0.082 0.040 0.040 86 K 0.040 0.056 0.027 0.014 0.055 0.026 0.048 0.231 0.367 0.111 0.023 87 E 0.037 0.159 0.068 0.009 0.154 0.012 0.068 0.249 0.164 0.061 0.019 88 Y 0.079 0.070 0.014 0.005 0.132 0.007 0.038 0.119 0.125 0.367 0.045 89 I 0.047 0.348 0.287 0.010 0.164 0.005 0.010 0.051 0.041 0.025 0.012 90 P 0.031 0.172 0.323 0.031 0.059 0.070 0.063 0.163 0.072 0.009 0.007 91 K 0.003 0.111 0.021 0.016 0.009 0.021 0.426 0.220 0.156 0.014 0.003 92 G 0.007 0.003 0.004 0.007 0.003 0.003 0.002 0.012 0.011 0.745 0.204 93 T 0.014 0.684 0.112 0.002 0.147 0.002 0.004 0.007 0.005 0.014 0.009 94 R 0.290 0.119 0.021 0.006 0.390 0.021 0.024 0.015 0.012 0.023 0.077 95 F 0.224 0.189 0.057 0.059 0.264 0.020 0.013 0.014 0.015 0.026 0.119 96 G 0.146 0.254 0.083 0.013 0.435 0.010 0.009 0.013 0.006 0.010 0.020 97 P 0.213 0.235 0.089 0.008 0.363 0.010 0.008 0.017 0.017 0.010 0.029 98 L 0.342 0.070 0.035 0.036 0.263 0.056 0.054 0.020 0.016 0.033 0.075 99 I 0.055 0.118 0.054 0.225 0.081 0.135 0.183 0.033 0.043 0.043 0.029 100 G 0.049 0.080 0.128 0.317 0.047 0.035 0.014 0.016 0.030 0.183 0.101 101 E 0.074 0.324 0.046 0.004 0.509 0.002 0.005 0.006 0.006 0.011 0.014 102 I 0.361 0.111 0.010 0.002 0.397 0.004 0.006 0.006 0.006 0.007 0.089 103 Y 0.169 0.198 0.101 0.061 0.223 0.070 0.038 0.013 0.009 0.026 0.091 104 T 0.066 0.341 0.283 0.062 0.141 0.031 0.015 0.017 0.011 0.014 0.020 105 N 0.048 0.062 0.050 0.038 0.059 0.036 0.040 0.153 0.284 0.192 0.037 106 D 0.024 0.075 0.053 0.019 0.065 0.026 0.076 0.312 0.248 0.090 0.014 107 T 0.059 0.083 0.031 0.008 0.095 0.009 0.035 0.161 0.148 0.324 0.048 108 V 0.095 0.254 0.124 0.012 0.199 0.009 0.016 0.098 0.075 0.070 0.048 109 P 0.068 0.220 0.105 0.015 0.146 0.027 0.041 0.229 0.091 0.038 0.021 110 K 0.037 0.150 0.047 0.016 0.075 0.022 0.091 0.276 0.163 0.096 0.026 111 N 0.106 0.075 0.072 0.030 0.137 0.027 0.044 0.201 0.080 0.153 0.075 112 A 0.031 0.130 0.053 0.027 0.070 0.033 0.080 0.352 0.132 0.071 0.021 113 N 0.066 0.068 0.062 0.056 0.065 0.038 0.040 0.149 0.068 0.307 0.081 114 R 0.082 0.162 0.080 0.025 0.200 0.021 0.024 0.179 0.098 0.094 0.035 115 K 0.078 0.105 0.042 0.016 0.114 0.038 0.064 0.280 0.124 0.099 0.039 116 Y 0.118 0.142 0.045 0.013 0.216 0.018 0.045 0.208 0.073 0.084 0.037 117 F 0.226 0.092 0.015 0.008 0.271 0.011 0.023 0.192 0.072 0.038 0.051 118 W 0.162 0.127 0.025 0.007 0.378 0.018 0.026 0.145 0.059 0.025 0.029 119 R 0.202 0.120 0.020 0.005 0.468 0.008 0.018 0.075 0.024 0.024 0.038 120 I 0.204 0.155 0.029 0.010 0.356 0.014 0.028 0.068 0.025 0.042 0.068 121 Y 0.152 0.188 0.136 0.031 0.219 0.025 0.048 0.082 0.030 0.042 0.048 122 S 0.058 0.069 0.083 0.076 0.068 0.060 0.122 0.232 0.116 0.068 0.047 123 R 0.019 0.144 0.101 0.248 0.043 0.117 0.115 0.084 0.070 0.048 0.012 124 G 0.031 0.032 0.047 0.152 0.026 0.053 0.028 0.041 0.059 0.446 0.085 125 E 0.097 0.197 0.113 0.018 0.203 0.011 0.020 0.053 0.048 0.167 0.073 126 L 0.197 0.214 0.043 0.006 0.383 0.011 0.023 0.035 0.025 0.025 0.038 127 H 0.213 0.188 0.035 0.022 0.273 0.039 0.057 0.037 0.032 0.026 0.077 128 H 0.165 0.151 0.032 0.009 0.540 0.015 0.026 0.014 0.009 0.016 0.023 129 F 0.269 0.057 0.005 0.001 0.642 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.011 130 I 0.236 0.136 0.012 0.004 0.542 0.005 0.003 0.006 0.003 0.007 0.047 131 D 0.231 0.144 0.057 0.011 0.442 0.009 0.010 0.013 0.004 0.014 0.066 132 G 0.147 0.110 0.047 0.027 0.167 0.020 0.040 0.175 0.105 0.083 0.079 133 F 0.046 0.238 0.086 0.076 0.121 0.061 0.072 0.115 0.055 0.101 0.030 134 N 0.119 0.177 0.096 0.031 0.247 0.015 0.015 0.077 0.044 0.109 0.071 135 E 0.043 0.058 0.030 0.008 0.076 0.016 0.036 0.418 0.228 0.063 0.025 136 E 0.050 0.091 0.053 0.019 0.075 0.032 0.088 0.389 0.109 0.069 0.024 137 K 0.068 0.075 0.042 0.038 0.090 0.025 0.049 0.272 0.103 0.192 0.045 138 S 0.064 0.082 0.050 0.058 0.075 0.039 0.035 0.321 0.127 0.109 0.040 139 N 0.060 0.089 0.065 0.024 0.108 0.028 0.041 0.351 0.092 0.110 0.032 140 W 0.071 0.060 0.015 0.006 0.086 0.009 0.032 0.479 0.134 0.085 0.024 141 M 0.106 0.061 0.011 0.004 0.174 0.009 0.018 0.439 0.124 0.031 0.024 142 R 0.065 0.058 0.012 0.005 0.167 0.021 0.051 0.463 0.114 0.028 0.016 143 Y 0.218 0.051 0.012 0.004 0.260 0.008 0.036 0.275 0.055 0.042 0.039 144 V 0.111 0.134 0.042 0.026 0.213 0.036 0.059 0.167 0.063 0.099 0.050 145 N 0.140 0.196 0.115 0.021 0.288 0.012 0.015 0.089 0.049 0.037 0.038 146 P 0.028 0.059 0.026 0.012 0.050 0.026 0.090 0.336 0.261 0.092 0.020 147 A 0.053 0.130 0.054 0.014 0.111 0.019 0.114 0.262 0.104 0.116 0.023 148 H 0.085 0.099 0.040 0.015 0.110 0.016 0.032 0.138 0.104 0.271 0.090 149 S 0.113 0.211 0.154 0.022 0.230 0.017 0.017 0.112 0.044 0.043 0.037 150 P 0.033 0.101 0.029 0.017 0.064 0.043 0.079 0.381 0.186 0.049 0.018 151 R 0.067 0.061 0.043 0.028 0.093 0.023 0.052 0.239 0.108 0.234 0.053 152 E 0.100 0.109 0.038 0.010 0.191 0.012 0.022 0.299 0.101 0.080 0.039 153 Q 0.104 0.143 0.036 0.011 0.183 0.027 0.052 0.276 0.074 0.058 0.035 154 N 0.184 0.090 0.026 0.014 0.223 0.019 0.032 0.221 0.067 0.064 0.060 155 L 0.160 0.153 0.036 0.010 0.318 0.018 0.031 0.161 0.056 0.029 0.028 156 A 0.215 0.133 0.023 0.006 0.450 0.008 0.015 0.073 0.021 0.016 0.040 157 A 0.215 0.158 0.021 0.006 0.455 0.008 0.020 0.047 0.014 0.018 0.037 158 C 0.266 0.127 0.043 0.015 0.314 0.015 0.030 0.070 0.023 0.024 0.074 159 Q 0.136 0.076 0.087 0.121 0.111 0.109 0.107 0.110 0.053 0.037 0.055 160 N 0.017 0.076 0.071 0.340 0.023 0.162 0.186 0.058 0.034 0.024 0.010 161 G 0.046 0.015 0.042 0.190 0.026 0.031 0.011 0.012 0.022 0.484 0.122 162 M 0.083 0.245 0.086 0.027 0.238 0.032 0.051 0.046 0.055 0.088 0.049 163 N 0.272 0.142 0.016 0.007 0.395 0.019 0.046 0.010 0.011 0.032 0.051 164 I 0.242 0.067 0.004 0.002 0.665 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 165 Y 0.212 0.043 0.002 0.001 0.726 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 166 F 0.419 0.034 0.002 0.001 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 167 Y 0.249 0.112 0.014 0.006 0.528 0.010 0.006 0.001 0.001 0.008 0.064 168 T 0.291 0.126 0.014 0.006 0.427 0.003 0.005 0.003 0.004 0.013 0.108 169 I 0.237 0.145 0.041 0.024 0.233 0.022 0.019 0.013 0.039 0.074 0.153 170 K 0.038 0.458 0.172 0.019 0.229 0.015 0.022 0.008 0.014 0.011 0.014 171 P 0.220 0.161 0.036 0.010 0.295 0.006 0.018 0.023 0.035 0.114 0.083 172 I 0.062 0.386 0.188 0.022 0.215 0.016 0.021 0.017 0.034 0.025 0.014 173 P 0.019 0.135 0.760 0.018 0.043 0.011 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 174 A 0.003 0.046 0.011 0.006 0.008 0.011 0.273 0.349 0.290 0.002 0.002 175 N 0.007 0.004 0.004 0.004 0.003 0.004 0.006 0.013 0.015 0.842 0.099 176 Q 0.020 0.660 0.063 0.002 0.199 0.003 0.012 0.007 0.004 0.016 0.013 177 E 0.345 0.044 0.002 0.001 0.560 0.003 0.006 0.004 0.003 0.003 0.029 178 L 0.206 0.140 0.011 0.008 0.583 0.006 0.006 0.006 0.003 0.004 0.027 179 L 0.305 0.064 0.004 0.002 0.580 0.003 0.004 0.007 0.002 0.002 0.027 180 V 0.261 0.138 0.021 0.005 0.477 0.005 0.004 0.012 0.007 0.010 0.059 181 W 0.218 0.137 0.037 0.016 0.316 0.026 0.044 0.038 0.018 0.056 0.093 182 Y 0.112 0.213 0.116 0.033 0.192 0.022 0.038 0.068 0.053 0.103 0.051 183 C 0.112 0.223 0.095 0.031 0.216 0.018 0.018 0.092 0.073 0.078 0.043 184 R 0.033 0.107 0.048 0.019 0.075 0.036 0.068 0.323 0.218 0.057 0.017 185 D 0.054 0.087 0.046 0.014 0.095 0.017 0.064 0.349 0.132 0.111 0.031 186 F 0.050 0.045 0.017 0.008 0.067 0.009 0.024 0.409 0.218 0.120 0.032 187 A 0.027 0.058 0.028 0.013 0.055 0.022 0.041 0.488 0.192 0.061 0.015 188 E 0.032 0.074 0.036 0.012 0.057 0.019 0.064 0.423 0.170 0.094 0.019 189 R 0.066 0.069 0.033 0.011 0.093 0.017 0.052 0.298 0.150 0.167 0.044 190 L 0.069 0.198 0.064 0.017 0.135 0.021 0.062 0.183 0.116 0.095 0.041 191 H 0.073 0.156 0.108 0.034 0.123 0.035 0.060 0.087 0.064 0.176 0.083 192 Y 0.075 0.368 0.164 0.020 0.222 0.011 0.020 0.029 0.021 0.042 0.028 193 P 0.110 0.214 0.143 0.043 0.166 0.030 0.034 0.042 0.039 0.093 0.087 194 Y 0.068 0.198 0.263 0.088 0.155 0.048 0.044 0.048 0.033 0.029 0.026 195 P 0.046 0.121 0.066 0.098 0.062 0.067 0.122 0.140 0.132 0.104 0.041 196 G 0.040 0.095 0.134 0.094 0.061 0.032 0.026 0.054 0.056 0.344 0.066 197 E 0.096 0.287 0.116 0.014 0.305 0.007 0.009 0.053 0.033 0.039 0.041 198 L 0.124 0.179 0.048 0.013 0.201 0.031 0.038 0.134 0.111 0.059 0.061 199 T 0.102 0.150 0.082 0.031 0.185 0.039 0.071 0.148 0.068 0.071 0.052 200 M 0.181 0.093 0.047 0.025 0.202 0.019 0.028 0.142 0.076 0.110 0.077 201 M 0.049 0.288 0.123 0.067 0.119 0.065 0.053 0.105 0.058 0.050 0.024 202 N 0.136 0.110 0.092 0.051 0.202 0.024 0.030 0.077 0.043 0.142 0.093 203 L 0.085 0.179 0.074 0.018 0.180 0.015 0.033 0.162 0.123 0.098 0.035 204 T 0.092 0.252 0.120 0.021 0.208 0.023 0.033 0.115 0.050 0.051 0.035 205 Q 0.103 0.205 0.089 0.022 0.190 0.024 0.044 0.158 0.080 0.049 0.037