# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1436 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.639 0.202 0.085 0.049 0.021 0.004 0.001 2 G 0.748 0.191 0.042 0.014 0.004 0.001 0.001 3 S 0.518 0.227 0.155 0.076 0.020 0.004 0.001 4 S 0.602 0.272 0.086 0.031 0.008 0.002 0.001 5 H 0.279 0.216 0.225 0.178 0.082 0.019 0.001 6 H 0.392 0.264 0.190 0.106 0.039 0.009 0.001 7 H 0.477 0.295 0.141 0.061 0.021 0.005 0.001 8 H 0.297 0.233 0.224 0.165 0.066 0.015 0.001 9 H 0.336 0.222 0.211 0.147 0.068 0.015 0.001 10 H 0.587 0.276 0.088 0.035 0.011 0.003 0.001 11 S 0.617 0.242 0.087 0.040 0.011 0.003 0.001 12 S 0.475 0.227 0.157 0.097 0.036 0.009 0.001 13 G 0.496 0.299 0.129 0.055 0.016 0.005 0.001 14 L 0.192 0.145 0.200 0.236 0.165 0.057 0.005 15 V 0.285 0.297 0.193 0.131 0.066 0.025 0.002 16 P 0.238 0.217 0.193 0.176 0.118 0.053 0.005 17 R 0.259 0.263 0.192 0.152 0.094 0.036 0.003 18 G 0.212 0.203 0.215 0.197 0.122 0.046 0.005 19 S 0.284 0.224 0.200 0.160 0.097 0.033 0.003 20 K 0.435 0.294 0.150 0.079 0.031 0.010 0.001 21 M 0.234 0.167 0.217 0.217 0.124 0.038 0.003 22 D 0.461 0.310 0.136 0.063 0.022 0.008 0.001 23 M 0.308 0.199 0.202 0.177 0.082 0.029 0.002 24 E 0.539 0.242 0.120 0.065 0.025 0.008 0.001 25 D 0.517 0.246 0.130 0.071 0.026 0.010 0.001 26 A 0.392 0.207 0.178 0.134 0.062 0.024 0.004 27 D 0.402 0.279 0.150 0.096 0.048 0.022 0.003 28 M 0.213 0.186 0.164 0.183 0.146 0.091 0.017 29 T 0.171 0.172 0.167 0.184 0.173 0.113 0.018 30 L 0.173 0.223 0.211 0.178 0.127 0.075 0.013 31 W 0.118 0.127 0.168 0.216 0.213 0.131 0.027 32 T 0.152 0.153 0.159 0.198 0.199 0.118 0.020 33 E 0.331 0.272 0.175 0.119 0.072 0.028 0.003 34 A 0.457 0.323 0.125 0.062 0.025 0.009 0.001 35 E 0.225 0.207 0.213 0.203 0.107 0.040 0.004 36 F 0.210 0.168 0.231 0.219 0.121 0.047 0.004 37 E 0.484 0.267 0.148 0.071 0.023 0.007 0.001 38 E 0.587 0.264 0.092 0.040 0.013 0.004 0.001 39 K 0.264 0.275 0.188 0.166 0.079 0.027 0.003 40 C 0.102 0.130 0.165 0.236 0.240 0.118 0.009 41 T 0.141 0.216 0.248 0.215 0.123 0.053 0.004 42 Y 0.187 0.251 0.235 0.177 0.106 0.040 0.004 43 I 0.072 0.097 0.143 0.228 0.285 0.157 0.017 44 V 0.210 0.229 0.233 0.188 0.105 0.032 0.003 45 N 0.435 0.335 0.137 0.063 0.022 0.007 0.001 46 D 0.373 0.278 0.181 0.115 0.042 0.011 0.001 47 H 0.180 0.163 0.224 0.235 0.154 0.040 0.002 48 P 0.421 0.360 0.138 0.056 0.019 0.005 0.001 49 W 0.165 0.152 0.233 0.256 0.150 0.042 0.002 50 D 0.474 0.288 0.144 0.067 0.022 0.005 0.001 51 S 0.566 0.263 0.108 0.047 0.014 0.003 0.001 52 G 0.571 0.253 0.106 0.051 0.015 0.004 0.001 53 A 0.286 0.178 0.222 0.195 0.092 0.026 0.002 54 D 0.552 0.289 0.101 0.039 0.013 0.004 0.001 55 G 0.352 0.259 0.177 0.130 0.059 0.021 0.002 56 G 0.285 0.235 0.171 0.158 0.103 0.043 0.005 57 T 0.161 0.192 0.200 0.208 0.146 0.082 0.011 58 S 0.132 0.154 0.183 0.211 0.193 0.109 0.017 59 V 0.147 0.181 0.195 0.206 0.172 0.086 0.012 60 Q 0.192 0.219 0.206 0.180 0.132 0.062 0.010 61 A 0.239 0.214 0.191 0.182 0.112 0.054 0.009 62 E 0.287 0.225 0.198 0.159 0.085 0.040 0.006 63 A 0.249 0.222 0.214 0.177 0.089 0.044 0.005 64 S 0.256 0.229 0.190 0.161 0.107 0.052 0.005 65 L 0.185 0.175 0.207 0.225 0.139 0.063 0.006 66 P 0.305 0.252 0.210 0.136 0.068 0.026 0.003 67 R 0.462 0.307 0.133 0.066 0.024 0.007 0.001 68 N 0.368 0.362 0.153 0.071 0.033 0.011 0.002 69 L 0.059 0.126 0.165 0.302 0.236 0.100 0.012 70 L 0.019 0.099 0.205 0.311 0.223 0.129 0.012 71 F 0.014 0.027 0.048 0.121 0.261 0.427 0.101 72 K 0.021 0.096 0.190 0.303 0.253 0.124 0.013 73 Y 0.023 0.064 0.099 0.211 0.323 0.247 0.033 74 A 0.030 0.106 0.211 0.257 0.247 0.138 0.012 75 T 0.086 0.200 0.271 0.253 0.133 0.052 0.005 76 N 0.136 0.173 0.222 0.235 0.165 0.063 0.006 77 S 0.367 0.285 0.175 0.111 0.045 0.016 0.002 78 E 0.466 0.277 0.147 0.072 0.027 0.009 0.001 79 E 0.312 0.336 0.192 0.107 0.040 0.012 0.002 80 V 0.059 0.129 0.160 0.252 0.265 0.120 0.015 81 I 0.014 0.052 0.103 0.227 0.301 0.271 0.033 82 G 0.011 0.040 0.088 0.163 0.250 0.368 0.080 83 V 0.006 0.013 0.035 0.078 0.200 0.429 0.238 84 M 0.005 0.018 0.052 0.113 0.204 0.339 0.269 85 S 0.004 0.013 0.027 0.062 0.185 0.438 0.271 86 K 0.029 0.128 0.235 0.311 0.191 0.092 0.015 87 E 0.118 0.287 0.198 0.184 0.145 0.065 0.004 88 Y 0.040 0.170 0.274 0.276 0.173 0.064 0.003 89 I 0.038 0.053 0.134 0.318 0.335 0.116 0.006 90 P 0.367 0.414 0.143 0.049 0.022 0.004 0.001 91 K 0.407 0.334 0.156 0.080 0.018 0.004 0.001 92 G 0.273 0.287 0.208 0.148 0.067 0.015 0.001 93 T 0.237 0.339 0.198 0.152 0.056 0.016 0.001 94 R 0.060 0.116 0.194 0.266 0.231 0.119 0.014 95 F 0.056 0.059 0.102 0.201 0.225 0.275 0.081 96 G 0.040 0.064 0.112 0.188 0.224 0.260 0.112 97 P 0.094 0.151 0.187 0.219 0.186 0.111 0.053 98 L 0.030 0.066 0.100 0.154 0.244 0.283 0.124 99 I 0.041 0.093 0.121 0.186 0.216 0.240 0.103 100 G 0.049 0.071 0.097 0.169 0.237 0.273 0.104 101 E 0.059 0.145 0.174 0.203 0.225 0.162 0.033 102 I 0.032 0.073 0.139 0.218 0.295 0.212 0.031 103 Y 0.052 0.099 0.184 0.287 0.254 0.112 0.012 104 T 0.265 0.318 0.212 0.123 0.065 0.017 0.001 105 N 0.398 0.301 0.163 0.098 0.033 0.006 0.001 106 D 0.544 0.329 0.087 0.030 0.009 0.001 0.001 107 T 0.331 0.347 0.195 0.102 0.020 0.004 0.001 108 V 0.119 0.113 0.275 0.296 0.173 0.024 0.001 109 P 0.538 0.319 0.108 0.028 0.006 0.001 0.001 110 K 0.570 0.311 0.084 0.028 0.007 0.001 0.001 111 N 0.372 0.285 0.200 0.111 0.028 0.004 0.001 112 A 0.452 0.281 0.167 0.075 0.022 0.003 0.001 113 N 0.602 0.282 0.082 0.026 0.007 0.001 0.001 114 R 0.235 0.268 0.264 0.168 0.054 0.010 0.001 115 K 0.178 0.359 0.239 0.144 0.062 0.016 0.001 116 Y 0.016 0.069 0.143 0.292 0.305 0.161 0.014 117 F 0.010 0.039 0.088 0.195 0.304 0.317 0.045 118 W 0.006 0.022 0.050 0.123 0.260 0.442 0.097 119 R 0.012 0.056 0.137 0.243 0.285 0.217 0.051 120 I 0.006 0.022 0.048 0.107 0.292 0.430 0.094 121 Y 0.023 0.097 0.209 0.275 0.235 0.143 0.019 122 S 0.064 0.149 0.245 0.279 0.178 0.077 0.007 123 R 0.253 0.290 0.230 0.147 0.061 0.018 0.001 124 G 0.424 0.308 0.139 0.077 0.040 0.010 0.001 125 E 0.328 0.380 0.141 0.085 0.050 0.014 0.002 126 L 0.052 0.143 0.207 0.276 0.228 0.087 0.008 127 H 0.017 0.079 0.188 0.295 0.254 0.153 0.015 128 H 0.005 0.021 0.060 0.131 0.317 0.389 0.077 129 F 0.002 0.004 0.013 0.035 0.132 0.474 0.339 130 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.322 0.641 131 D 0.006 0.018 0.046 0.119 0.170 0.278 0.364 132 G 0.006 0.018 0.041 0.080 0.216 0.429 0.209 133 F 0.018 0.064 0.148 0.245 0.270 0.221 0.034 134 N 0.175 0.266 0.213 0.158 0.124 0.059 0.006 135 E 0.319 0.298 0.167 0.125 0.063 0.024 0.003 136 E 0.493 0.278 0.121 0.061 0.033 0.012 0.002 137 K 0.209 0.256 0.249 0.180 0.069 0.031 0.005 138 S 0.117 0.177 0.208 0.209 0.187 0.090 0.013 139 N 0.043 0.106 0.166 0.250 0.244 0.162 0.028 140 W 0.015 0.037 0.077 0.132 0.237 0.361 0.140 141 M 0.005 0.007 0.011 0.027 0.099 0.431 0.421 142 R 0.011 0.027 0.055 0.102 0.176 0.316 0.314 143 Y 0.004 0.008 0.016 0.035 0.094 0.289 0.554 144 V 0.002 0.005 0.008 0.018 0.072 0.331 0.565 145 N 0.015 0.036 0.056 0.100 0.194 0.304 0.295 146 P 0.040 0.077 0.089 0.144 0.197 0.266 0.188 147 A 0.054 0.080 0.086 0.148 0.216 0.290 0.126 148 H 0.062 0.091 0.136 0.189 0.252 0.210 0.058 149 S 0.189 0.247 0.207 0.175 0.102 0.062 0.017 150 P 0.266 0.203 0.158 0.149 0.125 0.078 0.020 151 R 0.274 0.198 0.166 0.165 0.108 0.069 0.020 152 E 0.294 0.194 0.182 0.154 0.103 0.060 0.014 153 Q 0.225 0.258 0.225 0.167 0.072 0.041 0.012 154 N 0.117 0.106 0.126 0.188 0.224 0.184 0.055 155 L 0.115 0.158 0.185 0.224 0.188 0.109 0.020 156 A 0.160 0.259 0.219 0.180 0.108 0.064 0.011 157 A 0.058 0.074 0.104 0.205 0.269 0.240 0.050 158 C 0.061 0.113 0.164 0.248 0.235 0.154 0.025 159 Q 0.116 0.160 0.221 0.242 0.171 0.079 0.012 160 N 0.258 0.324 0.216 0.126 0.054 0.019 0.003 161 G 0.195 0.268 0.201 0.176 0.108 0.045 0.008 162 M 0.093 0.167 0.191 0.237 0.204 0.095 0.013 163 N 0.034 0.121 0.227 0.280 0.198 0.119 0.021 164 I 0.008 0.012 0.025 0.071 0.194 0.465 0.226 165 Y 0.006 0.019 0.050 0.135 0.229 0.390 0.171 166 F 0.004 0.011 0.024 0.057 0.170 0.466 0.269 167 Y 0.008 0.031 0.095 0.155 0.221 0.308 0.182 168 T 0.006 0.017 0.036 0.100 0.217 0.448 0.176 169 I 0.030 0.092 0.202 0.273 0.251 0.135 0.018 170 K 0.236 0.354 0.181 0.133 0.072 0.023 0.001 171 P 0.317 0.468 0.134 0.051 0.024 0.006 0.001 172 I 0.061 0.065 0.175 0.397 0.246 0.054 0.002 173 P 0.605 0.319 0.056 0.013 0.007 0.001 0.001 174 A 0.574 0.294 0.091 0.034 0.006 0.001 0.001 175 N 0.430 0.283 0.164 0.084 0.032 0.006 0.001 176 Q 0.211 0.292 0.230 0.177 0.068 0.020 0.001 177 E 0.086 0.138 0.216 0.240 0.198 0.102 0.019 178 L 0.053 0.049 0.076 0.149 0.270 0.304 0.099 179 L 0.049 0.099 0.162 0.226 0.232 0.182 0.051 180 V 0.044 0.078 0.125 0.166 0.262 0.248 0.077 181 W 0.046 0.110 0.169 0.234 0.224 0.164 0.053 182 Y 0.033 0.054 0.084 0.148 0.277 0.316 0.089 183 C 0.105 0.149 0.199 0.245 0.184 0.098 0.020 184 R 0.284 0.282 0.237 0.129 0.049 0.018 0.002 185 D 0.309 0.301 0.201 0.134 0.041 0.014 0.001 186 F 0.157 0.122 0.177 0.243 0.214 0.082 0.005 187 A 0.337 0.233 0.207 0.153 0.054 0.014 0.001 188 E 0.687 0.241 0.051 0.015 0.005 0.001 0.001 189 R 0.474 0.284 0.127 0.079 0.029 0.007 0.001 190 L 0.276 0.224 0.202 0.177 0.092 0.026 0.002 191 H 0.406 0.299 0.155 0.086 0.039 0.014 0.001 192 Y 0.341 0.278 0.200 0.119 0.045 0.015 0.002 193 P 0.203 0.140 0.170 0.213 0.185 0.080 0.008 194 Y 0.279 0.283 0.191 0.133 0.078 0.033 0.003 195 P 0.233 0.180 0.207 0.193 0.126 0.056 0.005 196 G 0.494 0.284 0.113 0.065 0.031 0.011 0.001 197 E 0.450 0.240 0.147 0.095 0.048 0.018 0.002 198 L 0.486 0.227 0.151 0.087 0.035 0.012 0.001 199 T 0.501 0.255 0.127 0.075 0.031 0.010 0.001 200 M 0.378 0.226 0.174 0.131 0.064 0.024 0.002 201 M 0.339 0.196 0.190 0.159 0.085 0.029 0.002 202 N 0.633 0.257 0.070 0.026 0.010 0.003 0.001 203 L 0.478 0.203 0.152 0.112 0.041 0.013 0.001 204 T 0.715 0.178 0.065 0.028 0.011 0.003 0.001 205 Q 0.748 0.172 0.049 0.021 0.006 0.002 0.001