# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.009 0.003 0.042 0.029 0.026 0.158 0.003 0.001 0.037 0.671 2 G 0.097 0.021 0.002 0.033 0.033 0.062 0.111 0.010 0.001 0.044 0.588 3 S 0.081 0.023 0.001 0.026 0.036 0.032 0.113 0.004 0.001 0.039 0.644 4 S 0.037 0.038 0.001 0.059 0.060 0.096 0.109 0.003 0.001 0.049 0.547 5 H 0.045 0.037 0.001 0.045 0.052 0.095 0.094 0.004 0.001 0.061 0.564 6 H 0.058 0.041 0.003 0.062 0.093 0.107 0.095 0.007 0.001 0.067 0.467 7 H 0.049 0.025 0.001 0.048 0.089 0.122 0.085 0.003 0.001 0.063 0.514 8 H 0.032 0.017 0.002 0.050 0.072 0.088 0.108 0.002 0.001 0.098 0.531 9 H 0.045 0.009 0.007 0.052 0.071 0.092 0.142 0.003 0.002 0.088 0.488 10 H 0.136 0.014 0.003 0.017 0.023 0.033 0.112 0.006 0.001 0.034 0.621 11 S 0.419 0.007 0.001 0.015 0.014 0.026 0.061 0.006 0.001 0.025 0.425 12 S 0.030 0.004 0.001 0.020 0.019 0.028 0.154 0.001 0.001 0.018 0.726 13 G 0.013 0.006 0.001 0.058 0.036 0.119 0.120 0.001 0.001 0.022 0.623 14 L 0.018 0.009 0.001 0.037 0.079 0.078 0.137 0.002 0.001 0.026 0.614 15 V 0.067 0.012 0.001 0.067 0.127 0.147 0.113 0.005 0.001 0.061 0.400 16 P 0.057 0.010 0.001 0.036 0.048 0.061 0.103 0.002 0.001 0.046 0.636 17 R 0.103 0.029 0.001 0.056 0.056 0.062 0.084 0.004 0.001 0.037 0.567 18 G 0.079 0.025 0.001 0.027 0.031 0.053 0.098 0.004 0.001 0.039 0.642 19 S 0.085 0.054 0.001 0.019 0.030 0.050 0.087 0.006 0.001 0.036 0.631 20 K 0.142 0.069 0.001 0.025 0.040 0.054 0.098 0.007 0.001 0.050 0.514 21 M 0.054 0.082 0.002 0.021 0.039 0.049 0.108 0.005 0.001 0.039 0.600 22 D 0.072 0.116 0.002 0.025 0.034 0.045 0.088 0.007 0.001 0.053 0.558 23 M 0.110 0.101 0.004 0.024 0.047 0.063 0.106 0.008 0.002 0.090 0.444 24 E 0.080 0.093 0.004 0.017 0.029 0.028 0.108 0.006 0.001 0.067 0.567 25 D 0.247 0.062 0.003 0.016 0.020 0.036 0.076 0.012 0.002 0.137 0.390 26 A 0.096 0.054 0.002 0.016 0.020 0.019 0.092 0.005 0.001 0.054 0.641 27 D 0.061 0.109 0.002 0.020 0.018 0.029 0.090 0.005 0.001 0.044 0.623 28 M 0.063 0.046 0.002 0.017 0.029 0.044 0.101 0.010 0.001 0.106 0.581 29 T 0.084 0.115 0.003 0.028 0.047 0.050 0.106 0.007 0.001 0.094 0.465 30 L 0.067 0.130 0.003 0.032 0.039 0.047 0.097 0.005 0.001 0.059 0.519 31 W 0.048 0.137 0.006 0.026 0.041 0.039 0.109 0.008 0.002 0.070 0.514 32 T 0.186 0.304 0.005 0.012 0.019 0.030 0.053 0.016 0.003 0.048 0.322 33 E 0.317 0.308 0.003 0.007 0.011 0.012 0.048 0.011 0.002 0.042 0.239 34 A 0.075 0.298 0.005 0.010 0.013 0.017 0.066 0.008 0.002 0.047 0.459 35 E 0.115 0.352 0.007 0.009 0.012 0.019 0.058 0.013 0.003 0.063 0.348 36 F 0.157 0.254 0.009 0.009 0.021 0.024 0.056 0.020 0.004 0.078 0.369 37 E 0.136 0.082 0.007 0.014 0.029 0.030 0.099 0.010 0.004 0.136 0.454 38 E 0.071 0.063 0.008 0.022 0.033 0.048 0.090 0.007 0.004 0.082 0.570 39 K 0.056 0.053 0.004 0.019 0.036 0.034 0.103 0.006 0.002 0.043 0.644 40 C 0.083 0.055 0.002 0.021 0.037 0.067 0.116 0.008 0.001 0.055 0.554 41 T 0.044 0.036 0.001 0.032 0.048 0.071 0.104 0.003 0.001 0.065 0.595 42 Y 0.029 0.031 0.003 0.048 0.084 0.118 0.119 0.003 0.001 0.071 0.492 43 I 0.073 0.020 0.003 0.040 0.067 0.107 0.097 0.008 0.001 0.078 0.506 44 V 0.135 0.007 0.001 0.052 0.050 0.065 0.079 0.004 0.001 0.094 0.512 45 N 0.017 0.003 0.001 0.059 0.041 0.050 0.116 0.001 0.001 0.036 0.676 46 D 0.008 0.006 0.001 0.034 0.025 0.037 0.138 0.001 0.001 0.023 0.728 47 H 0.106 0.014 0.001 0.028 0.029 0.042 0.107 0.008 0.001 0.101 0.564 48 P 0.229 0.016 0.001 0.033 0.020 0.023 0.111 0.004 0.001 0.096 0.466 49 W 0.041 0.017 0.001 0.025 0.009 0.013 0.125 0.002 0.001 0.032 0.734 50 D 0.094 0.026 0.001 0.028 0.014 0.025 0.114 0.005 0.001 0.062 0.632 51 S 0.135 0.023 0.001 0.019 0.021 0.030 0.097 0.005 0.001 0.101 0.569 52 G 0.084 0.020 0.002 0.019 0.025 0.032 0.110 0.003 0.001 0.076 0.629 53 A 0.081 0.009 0.001 0.013 0.021 0.025 0.093 0.004 0.001 0.087 0.666 54 D 0.104 0.017 0.001 0.014 0.021 0.021 0.124 0.003 0.001 0.089 0.606 55 G 0.024 0.021 0.001 0.013 0.022 0.027 0.143 0.001 0.001 0.041 0.707 56 G 0.039 0.108 0.002 0.018 0.035 0.049 0.113 0.004 0.001 0.046 0.586 57 T 0.108 0.226 0.002 0.019 0.061 0.088 0.078 0.010 0.001 0.056 0.351 58 S 0.063 0.329 0.002 0.021 0.045 0.063 0.090 0.005 0.001 0.050 0.333 59 V 0.047 0.309 0.004 0.035 0.067 0.104 0.053 0.005 0.001 0.083 0.292 60 Q 0.083 0.120 0.013 0.028 0.112 0.115 0.074 0.010 0.004 0.130 0.310 61 A 0.183 0.074 0.014 0.020 0.078 0.127 0.056 0.015 0.005 0.063 0.367 62 E 0.210 0.012 0.003 0.019 0.058 0.081 0.070 0.007 0.002 0.051 0.487 63 A 0.026 0.007 0.002 0.028 0.053 0.079 0.097 0.002 0.001 0.022 0.684 64 S 0.012 0.007 0.002 0.017 0.031 0.043 0.120 0.001 0.001 0.020 0.748 65 L 0.057 0.013 0.004 0.018 0.047 0.057 0.176 0.005 0.001 0.048 0.574 66 P 0.097 0.010 0.002 0.022 0.030 0.045 0.131 0.003 0.001 0.056 0.603 67 R 0.034 0.010 0.001 0.065 0.056 0.089 0.154 0.001 0.001 0.038 0.552 68 N 0.005 0.005 0.001 0.124 0.079 0.233 0.091 0.001 0.001 0.028 0.434 69 L 0.003 0.004 0.001 0.172 0.175 0.344 0.058 0.001 0.001 0.034 0.209 70 L 0.004 0.003 0.001 0.164 0.246 0.369 0.034 0.001 0.001 0.039 0.140 71 F 0.006 0.003 0.001 0.146 0.265 0.236 0.045 0.001 0.001 0.059 0.238 72 K 0.018 0.003 0.001 0.181 0.177 0.237 0.052 0.001 0.001 0.058 0.271 73 Y 0.021 0.003 0.001 0.116 0.095 0.141 0.079 0.001 0.001 0.061 0.482 74 A 0.022 0.007 0.001 0.080 0.076 0.103 0.121 0.001 0.001 0.043 0.546 75 T 0.049 0.019 0.002 0.037 0.032 0.053 0.125 0.003 0.001 0.043 0.636 76 N 0.148 0.032 0.002 0.024 0.027 0.033 0.118 0.006 0.001 0.064 0.545 77 S 0.140 0.045 0.001 0.014 0.013 0.019 0.137 0.003 0.001 0.070 0.556 78 E 0.058 0.036 0.002 0.025 0.021 0.033 0.112 0.003 0.001 0.086 0.623 79 E 0.031 0.034 0.002 0.026 0.039 0.066 0.118 0.004 0.001 0.060 0.621 80 V 0.027 0.083 0.002 0.044 0.089 0.121 0.071 0.004 0.001 0.065 0.494 81 I 0.013 0.019 0.001 0.060 0.188 0.192 0.103 0.003 0.001 0.180 0.240 82 G 0.010 0.051 0.003 0.104 0.176 0.280 0.081 0.003 0.001 0.106 0.186 83 V 0.026 0.106 0.006 0.118 0.214 0.156 0.065 0.003 0.001 0.058 0.245 84 M 0.050 0.068 0.014 0.081 0.210 0.246 0.059 0.010 0.004 0.061 0.198 85 S 0.203 0.058 0.006 0.044 0.074 0.201 0.076 0.018 0.003 0.050 0.266 86 K 0.180 0.018 0.003 0.068 0.072 0.099 0.086 0.009 0.001 0.057 0.406 87 E 0.017 0.008 0.004 0.107 0.076 0.076 0.121 0.003 0.002 0.028 0.559 88 Y 0.015 0.013 0.005 0.039 0.033 0.055 0.138 0.005 0.002 0.025 0.670 89 I 0.223 0.012 0.005 0.021 0.042 0.043 0.125 0.017 0.002 0.096 0.415 90 P 0.259 0.007 0.003 0.028 0.024 0.022 0.106 0.005 0.001 0.075 0.469 91 K 0.038 0.010 0.001 0.040 0.022 0.027 0.104 0.002 0.001 0.017 0.738 92 G 0.018 0.006 0.001 0.044 0.041 0.123 0.098 0.002 0.001 0.022 0.646 93 T 0.011 0.005 0.001 0.089 0.133 0.219 0.104 0.002 0.001 0.043 0.394 94 R 0.005 0.003 0.001 0.091 0.197 0.367 0.076 0.001 0.001 0.024 0.234 95 F 0.010 0.013 0.001 0.083 0.289 0.144 0.068 0.001 0.001 0.036 0.354 96 G 0.035 0.012 0.002 0.097 0.227 0.281 0.076 0.002 0.001 0.068 0.200 97 P 0.027 0.012 0.001 0.045 0.080 0.159 0.087 0.001 0.001 0.058 0.529 98 L 0.087 0.025 0.001 0.052 0.134 0.214 0.067 0.004 0.001 0.042 0.374 99 I 0.021 0.015 0.001 0.031 0.119 0.213 0.088 0.001 0.001 0.036 0.475 100 G 0.005 0.005 0.001 0.060 0.162 0.341 0.058 0.001 0.001 0.075 0.293 101 E 0.005 0.003 0.001 0.070 0.233 0.382 0.049 0.001 0.001 0.069 0.188 102 I 0.004 0.004 0.001 0.084 0.302 0.203 0.063 0.001 0.001 0.054 0.284 103 Y 0.012 0.003 0.001 0.075 0.178 0.232 0.097 0.001 0.001 0.097 0.305 104 T 0.081 0.031 0.001 0.040 0.111 0.175 0.068 0.003 0.001 0.056 0.433 105 N 0.273 0.030 0.001 0.021 0.055 0.081 0.061 0.004 0.001 0.042 0.431 106 D 0.046 0.034 0.001 0.024 0.040 0.080 0.113 0.002 0.001 0.038 0.622 107 T 0.031 0.028 0.001 0.015 0.027 0.064 0.115 0.002 0.001 0.051 0.667 108 V 0.074 0.036 0.002 0.020 0.072 0.073 0.125 0.005 0.001 0.100 0.491 109 P 0.069 0.026 0.004 0.026 0.073 0.071 0.141 0.003 0.001 0.072 0.513 110 K 0.080 0.021 0.003 0.015 0.041 0.063 0.090 0.004 0.001 0.042 0.640 111 N 0.254 0.017 0.003 0.015 0.027 0.046 0.087 0.006 0.002 0.050 0.493 112 A 0.071 0.011 0.002 0.014 0.022 0.029 0.115 0.002 0.001 0.029 0.704 113 N 0.036 0.013 0.001 0.017 0.025 0.051 0.132 0.002 0.001 0.036 0.685 114 R 0.026 0.017 0.001 0.022 0.058 0.073 0.183 0.002 0.001 0.041 0.577 115 K 0.017 0.021 0.001 0.055 0.137 0.197 0.104 0.002 0.001 0.046 0.418 116 Y 0.018 0.022 0.001 0.069 0.152 0.348 0.070 0.002 0.001 0.038 0.278 117 F 0.009 0.022 0.001 0.098 0.285 0.319 0.038 0.001 0.001 0.025 0.202 118 W 0.005 0.005 0.001 0.106 0.247 0.476 0.027 0.001 0.001 0.033 0.099 119 R 0.006 0.005 0.001 0.110 0.259 0.368 0.039 0.001 0.001 0.047 0.165 120 I 0.015 0.006 0.002 0.089 0.259 0.276 0.066 0.001 0.001 0.048 0.238 121 Y 0.094 0.004 0.004 0.062 0.126 0.205 0.083 0.003 0.002 0.066 0.351 122 S 0.158 0.004 0.001 0.018 0.035 0.048 0.064 0.003 0.001 0.021 0.647 123 R 0.071 0.003 0.001 0.009 0.017 0.030 0.111 0.001 0.001 0.020 0.736 124 G 0.013 0.002 0.001 0.012 0.024 0.041 0.138 0.001 0.001 0.020 0.749 125 E 0.016 0.003 0.001 0.024 0.054 0.168 0.103 0.001 0.001 0.037 0.593 126 L 0.010 0.002 0.001 0.029 0.155 0.203 0.141 0.001 0.001 0.043 0.415 127 H 0.003 0.002 0.001 0.111 0.232 0.233 0.079 0.001 0.001 0.041 0.299 128 H 0.002 0.001 0.001 0.179 0.176 0.438 0.038 0.001 0.001 0.040 0.126 129 F 0.002 0.002 0.001 0.192 0.210 0.318 0.055 0.001 0.001 0.048 0.171 130 I 0.010 0.005 0.001 0.220 0.252 0.263 0.046 0.001 0.001 0.054 0.148 131 D 0.084 0.013 0.001 0.192 0.087 0.134 0.097 0.004 0.001 0.090 0.297 132 G 0.082 0.021 0.002 0.100 0.036 0.048 0.132 0.005 0.001 0.049 0.526 133 F 0.058 0.027 0.002 0.062 0.022 0.030 0.119 0.004 0.001 0.047 0.628 134 N 0.148 0.045 0.004 0.047 0.023 0.040 0.125 0.010 0.002 0.117 0.438 135 E 0.062 0.021 0.003 0.027 0.024 0.026 0.105 0.007 0.001 0.069 0.656 136 E 0.087 0.028 0.002 0.039 0.026 0.026 0.104 0.006 0.001 0.095 0.585 137 K 0.035 0.068 0.002 0.030 0.026 0.029 0.151 0.004 0.001 0.040 0.613 138 S 0.028 0.148 0.002 0.025 0.037 0.041 0.139 0.006 0.001 0.062 0.511 139 N 0.129 0.258 0.003 0.029 0.060 0.102 0.053 0.015 0.001 0.144 0.205 140 W 0.072 0.236 0.006 0.037 0.082 0.061 0.080 0.008 0.001 0.166 0.251 141 M 0.050 0.072 0.005 0.068 0.093 0.133 0.070 0.008 0.002 0.197 0.302 142 R 0.040 0.035 0.004 0.120 0.086 0.105 0.082 0.004 0.002 0.162 0.360 143 Y 0.009 0.014 0.002 0.062 0.096 0.131 0.117 0.003 0.001 0.087 0.477 144 V 0.026 0.026 0.004 0.037 0.062 0.044 0.108 0.008 0.002 0.100 0.584 145 N 0.438 0.032 0.003 0.031 0.030 0.035 0.039 0.018 0.002 0.188 0.184 146 P 0.046 0.011 0.001 0.017 0.006 0.006 0.103 0.002 0.001 0.059 0.751 147 A 0.016 0.025 0.002 0.044 0.009 0.016 0.191 0.002 0.001 0.079 0.615 148 H 0.016 0.032 0.002 0.008 0.005 0.005 0.089 0.004 0.001 0.043 0.797 149 S 0.282 0.179 0.005 0.012 0.010 0.009 0.055 0.015 0.003 0.180 0.250 150 P 0.056 0.047 0.003 0.012 0.007 0.008 0.129 0.004 0.001 0.193 0.540 151 R 0.057 0.233 0.008 0.023 0.012 0.015 0.077 0.007 0.002 0.245 0.321 152 E 0.199 0.291 0.008 0.017 0.014 0.018 0.071 0.012 0.003 0.084 0.282 153 Q 0.042 0.406 0.011 0.023 0.037 0.036 0.053 0.005 0.002 0.053 0.332 154 N 0.038 0.195 0.005 0.024 0.057 0.213 0.084 0.013 0.002 0.068 0.301 155 L 0.032 0.168 0.005 0.039 0.215 0.166 0.061 0.006 0.001 0.082 0.225 156 A 0.017 0.032 0.005 0.089 0.217 0.225 0.066 0.003 0.002 0.165 0.178 157 A 0.012 0.015 0.018 0.076 0.194 0.211 0.079 0.003 0.004 0.093 0.295 158 C 0.122 0.011 0.015 0.051 0.113 0.187 0.066 0.009 0.008 0.071 0.347 159 Q 0.216 0.003 0.005 0.030 0.060 0.074 0.071 0.005 0.002 0.046 0.489 160 N 0.027 0.002 0.001 0.018 0.013 0.022 0.137 0.001 0.001 0.018 0.761 161 G 0.009 0.002 0.001 0.030 0.019 0.048 0.153 0.001 0.001 0.047 0.690 162 M 0.001 0.002 0.001 0.072 0.064 0.076 0.203 0.001 0.001 0.050 0.531 163 N 0.001 0.003 0.001 0.273 0.121 0.273 0.066 0.001 0.001 0.076 0.186 164 I 0.001 0.001 0.001 0.291 0.176 0.260 0.032 0.001 0.001 0.172 0.068 165 Y 0.001 0.002 0.001 0.616 0.131 0.151 0.019 0.001 0.001 0.044 0.036 166 F 0.004 0.006 0.001 0.607 0.116 0.157 0.014 0.001 0.001 0.030 0.066 167 Y 0.013 0.009 0.001 0.301 0.200 0.260 0.030 0.002 0.001 0.057 0.127 168 T 0.031 0.009 0.002 0.164 0.117 0.301 0.081 0.003 0.001 0.060 0.232 169 I 0.040 0.004 0.001 0.129 0.073 0.105 0.090 0.002 0.001 0.061 0.494 170 K 0.015 0.002 0.002 0.167 0.094 0.085 0.111 0.002 0.001 0.039 0.483 171 P 0.009 0.002 0.003 0.042 0.026 0.039 0.179 0.002 0.001 0.018 0.681 172 I 0.132 0.010 0.003 0.018 0.029 0.025 0.088 0.009 0.001 0.030 0.655 173 P 0.484 0.007 0.001 0.014 0.010 0.014 0.113 0.005 0.001 0.048 0.302 174 A 0.017 0.009 0.001 0.016 0.007 0.009 0.100 0.001 0.001 0.013 0.827 175 N 0.027 0.008 0.001 0.041 0.029 0.082 0.149 0.003 0.001 0.061 0.598 176 Q 0.011 0.007 0.001 0.099 0.113 0.209 0.153 0.001 0.001 0.078 0.328 177 E 0.001 0.003 0.001 0.192 0.225 0.257 0.068 0.001 0.001 0.044 0.211 178 L 0.001 0.001 0.001 0.249 0.263 0.387 0.023 0.001 0.001 0.026 0.049 179 L 0.002 0.003 0.001 0.283 0.249 0.298 0.027 0.001 0.001 0.026 0.110 180 V 0.008 0.015 0.001 0.281 0.289 0.245 0.029 0.001 0.001 0.025 0.106 181 W 0.029 0.023 0.001 0.181 0.180 0.267 0.059 0.004 0.001 0.059 0.197 182 Y 0.052 0.103 0.003 0.074 0.091 0.096 0.075 0.007 0.001 0.047 0.450 183 C 0.138 0.325 0.003 0.033 0.034 0.044 0.058 0.013 0.002 0.037 0.313 184 R 0.062 0.490 0.004 0.017 0.025 0.027 0.041 0.009 0.002 0.036 0.287 185 D 0.066 0.610 0.003 0.006 0.013 0.018 0.036 0.010 0.002 0.041 0.196 186 F 0.119 0.578 0.009 0.004 0.012 0.011 0.024 0.014 0.003 0.064 0.162 187 A 0.250 0.261 0.031 0.008 0.022 0.020 0.058 0.020 0.014 0.092 0.224 188 E 0.273 0.165 0.010 0.006 0.018 0.038 0.041 0.015 0.005 0.032 0.397 189 R 0.160 0.023 0.003 0.009 0.033 0.041 0.076 0.012 0.002 0.049 0.592 190 L 0.034 0.014 0.003 0.020 0.058 0.085 0.129 0.004 0.001 0.029 0.622 191 H 0.029 0.007 0.001 0.015 0.031 0.043 0.106 0.003 0.001 0.032 0.731 192 Y 0.059 0.008 0.003 0.024 0.064 0.063 0.172 0.006 0.001 0.038 0.561 193 P 0.059 0.007 0.001 0.010 0.013 0.017 0.103 0.003 0.001 0.019 0.767 194 Y 0.208 0.016 0.001 0.030 0.019 0.025 0.084 0.006 0.001 0.036 0.573 195 P 0.028 0.007 0.001 0.023 0.013 0.022 0.156 0.001 0.001 0.042 0.706 196 G 0.035 0.047 0.002 0.044 0.025 0.045 0.112 0.003 0.001 0.060 0.626 197 E 0.118 0.074 0.002 0.041 0.039 0.048 0.110 0.008 0.001 0.066 0.493 198 L 0.091 0.083 0.002 0.033 0.042 0.049 0.081 0.006 0.001 0.083 0.527 199 T 0.096 0.071 0.002 0.029 0.041 0.062 0.088 0.005 0.001 0.071 0.535 200 M 0.095 0.048 0.002 0.033 0.053 0.085 0.100 0.005 0.001 0.114 0.466 201 M 0.053 0.022 0.003 0.034 0.073 0.081 0.104 0.004 0.001 0.085 0.540 202 N 0.056 0.024 0.002 0.024 0.058 0.080 0.098 0.004 0.001 0.054 0.600 203 L 0.062 0.016 0.002 0.018 0.045 0.058 0.092 0.004 0.001 0.044 0.659 204 T 0.047 0.017 0.001 0.022 0.043 0.058 0.127 0.002 0.001 0.047 0.636 205 Q 0.038 0.021 0.001 0.024 0.038 0.062 0.113 0.002 0.001 0.042 0.659