# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.009 0.047 0.030 0.065 0.138 0.038 0.650 2 G 0.092 0.026 0.026 0.038 0.056 0.134 0.073 0.556 3 S 0.059 0.016 0.018 0.028 0.031 0.132 0.046 0.668 4 S 0.049 0.029 0.039 0.042 0.094 0.111 0.083 0.552 5 H 0.047 0.024 0.038 0.051 0.087 0.117 0.062 0.572 6 H 0.051 0.020 0.032 0.066 0.106 0.112 0.049 0.563 7 H 0.062 0.023 0.032 0.079 0.135 0.095 0.061 0.513 8 H 0.044 0.009 0.029 0.057 0.150 0.116 0.082 0.514 9 H 0.023 0.004 0.046 0.134 0.123 0.129 0.098 0.445 10 H 0.247 0.004 0.020 0.034 0.050 0.083 0.044 0.518 11 S 0.315 0.008 0.012 0.019 0.029 0.068 0.054 0.495 12 S 0.010 0.002 0.022 0.013 0.032 0.133 0.014 0.773 13 G 0.006 0.004 0.027 0.067 0.131 0.137 0.030 0.597 14 L 0.005 0.001 0.026 0.080 0.066 0.115 0.016 0.691 15 V 0.152 0.019 0.078 0.138 0.132 0.084 0.100 0.297 16 P 0.099 0.006 0.023 0.023 0.034 0.102 0.052 0.661 17 R 0.072 0.012 0.057 0.033 0.056 0.109 0.040 0.621 18 G 0.063 0.011 0.021 0.026 0.049 0.118 0.049 0.664 19 S 0.049 0.021 0.034 0.062 0.071 0.110 0.054 0.598 20 K 0.149 0.046 0.014 0.030 0.048 0.096 0.071 0.547 21 M 0.053 0.048 0.025 0.038 0.062 0.106 0.059 0.610 22 D 0.117 0.069 0.016 0.036 0.049 0.094 0.071 0.549 23 M 0.131 0.052 0.022 0.029 0.055 0.106 0.144 0.461 24 E 0.074 0.054 0.021 0.020 0.031 0.106 0.075 0.618 25 D 0.247 0.054 0.013 0.010 0.022 0.090 0.175 0.389 26 A 0.063 0.067 0.020 0.033 0.031 0.146 0.099 0.541 27 D 0.130 0.097 0.018 0.011 0.038 0.108 0.073 0.525 28 M 0.038 0.060 0.028 0.035 0.040 0.154 0.179 0.466 29 T 0.046 0.136 0.039 0.055 0.070 0.129 0.136 0.389 30 L 0.074 0.122 0.026 0.033 0.056 0.120 0.083 0.485 31 W 0.055 0.143 0.038 0.034 0.040 0.108 0.137 0.445 32 T 0.100 0.321 0.012 0.020 0.031 0.069 0.128 0.319 33 E 0.197 0.361 0.009 0.011 0.014 0.053 0.096 0.259 34 A 0.091 0.306 0.007 0.015 0.019 0.061 0.074 0.427 35 E 0.103 0.275 0.013 0.018 0.031 0.073 0.090 0.396 36 F 0.227 0.236 0.015 0.024 0.034 0.061 0.113 0.290 37 E 0.179 0.038 0.018 0.022 0.035 0.079 0.194 0.436 38 E 0.056 0.037 0.023 0.026 0.038 0.106 0.074 0.641 39 K 0.069 0.027 0.031 0.023 0.052 0.123 0.053 0.622 40 C 0.075 0.034 0.029 0.045 0.045 0.119 0.043 0.609 41 T 0.070 0.017 0.024 0.042 0.071 0.117 0.055 0.604 42 Y 0.025 0.013 0.097 0.073 0.109 0.121 0.060 0.502 43 I 0.088 0.018 0.103 0.072 0.123 0.092 0.073 0.430 44 V 0.093 0.006 0.050 0.051 0.067 0.112 0.061 0.559 45 N 0.011 0.005 0.075 0.055 0.119 0.146 0.036 0.553 46 D 0.011 0.004 0.027 0.022 0.040 0.130 0.022 0.744 47 H 0.122 0.029 0.034 0.056 0.047 0.131 0.131 0.450 48 P 0.143 0.034 0.021 0.022 0.026 0.126 0.093 0.535 49 W 0.086 0.036 0.020 0.015 0.030 0.115 0.052 0.646 50 D 0.063 0.019 0.019 0.016 0.027 0.123 0.055 0.678 51 S 0.070 0.015 0.028 0.035 0.056 0.139 0.071 0.585 52 G 0.071 0.010 0.015 0.017 0.029 0.136 0.075 0.646 53 A 0.136 0.016 0.014 0.013 0.023 0.115 0.053 0.629 54 D 0.130 0.023 0.010 0.009 0.014 0.115 0.060 0.639 55 G 0.012 0.022 0.010 0.015 0.020 0.156 0.040 0.725 56 G 0.027 0.078 0.014 0.025 0.035 0.121 0.050 0.649 57 T 0.071 0.259 0.018 0.053 0.052 0.071 0.091 0.385 58 S 0.054 0.294 0.035 0.058 0.061 0.066 0.102 0.330 59 V 0.077 0.274 0.035 0.065 0.114 0.049 0.109 0.276 60 Q 0.094 0.059 0.091 0.111 0.135 0.054 0.253 0.203 61 A 0.146 0.041 0.043 0.111 0.118 0.063 0.065 0.413 62 E 0.202 0.011 0.036 0.028 0.083 0.081 0.062 0.497 63 A 0.019 0.007 0.031 0.037 0.058 0.122 0.024 0.702 64 S 0.025 0.003 0.017 0.024 0.043 0.137 0.027 0.723 65 L 0.100 0.009 0.023 0.055 0.036 0.119 0.052 0.605 66 P 0.139 0.007 0.018 0.019 0.035 0.086 0.041 0.656 67 R 0.013 0.005 0.093 0.034 0.076 0.138 0.060 0.581 68 N 0.004 0.003 0.144 0.117 0.223 0.100 0.069 0.340 69 L 0.003 0.002 0.108 0.171 0.260 0.063 0.017 0.376 70 L 0.005 0.003 0.346 0.237 0.263 0.031 0.038 0.077 71 F 0.007 0.001 0.130 0.135 0.170 0.069 0.045 0.444 72 K 0.023 0.005 0.282 0.161 0.259 0.052 0.054 0.164 73 Y 0.037 0.004 0.062 0.068 0.100 0.111 0.038 0.580 74 A 0.011 0.005 0.085 0.076 0.114 0.125 0.045 0.538 75 T 0.128 0.032 0.038 0.040 0.069 0.127 0.087 0.479 76 N 0.198 0.021 0.020 0.029 0.026 0.112 0.097 0.498 77 S 0.135 0.040 0.018 0.015 0.024 0.108 0.078 0.582 78 E 0.050 0.036 0.028 0.019 0.045 0.132 0.087 0.604 79 E 0.022 0.046 0.044 0.051 0.102 0.166 0.059 0.510 80 V 0.023 0.047 0.039 0.066 0.163 0.134 0.063 0.465 81 I 0.008 0.041 0.074 0.149 0.234 0.093 0.093 0.309 82 G 0.012 0.071 0.123 0.195 0.308 0.046 0.116 0.129 83 V 0.016 0.035 0.112 0.312 0.225 0.042 0.077 0.182 84 M 0.024 0.027 0.162 0.222 0.282 0.046 0.065 0.171 85 S 0.206 0.050 0.055 0.106 0.165 0.056 0.063 0.300 86 K 0.202 0.011 0.020 0.043 0.063 0.083 0.058 0.520 87 E 0.023 0.009 0.029 0.051 0.116 0.130 0.027 0.615 88 Y 0.016 0.003 0.013 0.022 0.033 0.086 0.023 0.805 89 I 0.452 0.004 0.007 0.027 0.013 0.058 0.065 0.374 90 P 0.357 0.005 0.007 0.007 0.011 0.056 0.032 0.525 91 K 0.008 0.001 0.012 0.003 0.008 0.101 0.006 0.862 92 G 0.022 0.006 0.009 0.023 0.031 0.128 0.025 0.756 93 T 0.015 0.004 0.022 0.087 0.082 0.136 0.025 0.629 94 R 0.020 0.010 0.106 0.074 0.195 0.096 0.052 0.448 95 F 0.016 0.005 0.046 0.084 0.092 0.098 0.050 0.608 96 G 0.106 0.012 0.113 0.109 0.153 0.072 0.203 0.232 97 P 0.044 0.008 0.072 0.182 0.209 0.069 0.062 0.354 98 L 0.059 0.007 0.088 0.058 0.276 0.068 0.049 0.396 99 I 0.017 0.005 0.083 0.172 0.192 0.112 0.042 0.377 100 G 0.010 0.003 0.036 0.097 0.305 0.080 0.035 0.434 101 E 0.005 0.004 0.094 0.318 0.328 0.056 0.046 0.149 102 I 0.008 0.001 0.023 0.106 0.156 0.094 0.017 0.596 103 Y 0.009 0.002 0.127 0.206 0.227 0.095 0.096 0.238 104 T 0.176 0.031 0.042 0.072 0.120 0.086 0.118 0.356 105 N 0.185 0.021 0.015 0.026 0.035 0.105 0.077 0.536 106 D 0.016 0.035 0.016 0.052 0.062 0.125 0.030 0.664 107 T 0.036 0.029 0.015 0.045 0.096 0.100 0.060 0.619 108 V 0.143 0.030 0.018 0.107 0.067 0.094 0.105 0.437 109 P 0.136 0.010 0.025 0.046 0.060 0.092 0.140 0.491 110 K 0.064 0.006 0.008 0.019 0.023 0.073 0.018 0.790 111 N 0.371 0.005 0.003 0.005 0.011 0.057 0.020 0.528 112 A 0.038 0.005 0.005 0.015 0.013 0.103 0.014 0.807 113 N 0.052 0.008 0.004 0.006 0.017 0.094 0.017 0.802 114 R 0.022 0.016 0.014 0.054 0.051 0.151 0.061 0.630 115 K 0.020 0.030 0.064 0.135 0.234 0.100 0.063 0.354 116 Y 0.024 0.036 0.067 0.143 0.443 0.050 0.050 0.187 117 F 0.009 0.019 0.124 0.228 0.360 0.046 0.049 0.165 118 W 0.007 0.010 0.082 0.292 0.420 0.028 0.051 0.109 119 R 0.011 0.009 0.087 0.312 0.403 0.028 0.054 0.095 120 I 0.020 0.004 0.060 0.259 0.274 0.062 0.059 0.262 121 Y 0.074 0.005 0.044 0.154 0.194 0.082 0.092 0.355 122 S 0.206 0.004 0.014 0.032 0.049 0.081 0.045 0.570 123 R 0.061 0.002 0.006 0.012 0.018 0.113 0.020 0.767 124 G 0.016 0.002 0.007 0.016 0.026 0.129 0.016 0.787 125 E 0.025 0.005 0.016 0.052 0.073 0.125 0.040 0.666 126 L 0.017 0.008 0.073 0.112 0.171 0.109 0.069 0.441 127 H 0.002 0.003 0.163 0.134 0.235 0.076 0.041 0.346 128 H 0.002 0.003 0.256 0.221 0.326 0.034 0.035 0.122 129 F 0.004 0.003 0.312 0.235 0.257 0.036 0.032 0.121 130 I 0.007 0.004 0.375 0.161 0.216 0.037 0.050 0.149 131 D 0.038 0.016 0.312 0.104 0.160 0.067 0.068 0.235 132 G 0.055 0.017 0.134 0.050 0.075 0.121 0.056 0.492 133 F 0.065 0.038 0.083 0.036 0.051 0.128 0.068 0.532 134 N 0.317 0.092 0.028 0.015 0.024 0.087 0.117 0.320 135 E 0.131 0.043 0.025 0.017 0.020 0.126 0.130 0.507 136 E 0.061 0.050 0.031 0.019 0.038 0.124 0.071 0.606 137 K 0.063 0.049 0.014 0.017 0.037 0.120 0.054 0.645 138 S 0.042 0.058 0.028 0.043 0.056 0.147 0.079 0.547 139 N 0.101 0.196 0.034 0.068 0.115 0.088 0.092 0.306 140 W 0.126 0.082 0.057 0.045 0.103 0.105 0.080 0.403 141 M 0.029 0.045 0.099 0.107 0.184 0.087 0.106 0.344 142 R 0.018 0.012 0.112 0.100 0.260 0.088 0.058 0.352 143 Y 0.007 0.007 0.145 0.121 0.220 0.122 0.039 0.340 144 V 0.018 0.011 0.141 0.068 0.095 0.124 0.033 0.509 145 N 0.417 0.064 0.037 0.024 0.034 0.069 0.149 0.205 146 P 0.152 0.013 0.027 0.008 0.012 0.146 0.079 0.564 147 A 0.007 0.007 0.034 0.007 0.020 0.191 0.048 0.685 148 H 0.014 0.027 0.018 0.005 0.012 0.152 0.022 0.750 149 S 0.284 0.231 0.005 0.006 0.006 0.074 0.152 0.241 150 P 0.046 0.166 0.006 0.006 0.006 0.134 0.156 0.480 151 R 0.034 0.404 0.015 0.007 0.018 0.070 0.148 0.304 152 E 0.072 0.361 0.015 0.018 0.035 0.071 0.158 0.269 153 Q 0.028 0.325 0.034 0.065 0.081 0.075 0.149 0.242 154 N 0.021 0.175 0.029 0.048 0.160 0.087 0.164 0.316 155 L 0.020 0.104 0.049 0.138 0.250 0.054 0.151 0.233 156 A 0.010 0.016 0.066 0.228 0.421 0.038 0.090 0.131 157 A 0.005 0.004 0.146 0.308 0.238 0.046 0.103 0.150 158 C 0.145 0.002 0.064 0.114 0.160 0.070 0.107 0.338 159 Q 0.376 0.002 0.025 0.029 0.045 0.071 0.043 0.409 160 N 0.015 0.001 0.011 0.007 0.016 0.132 0.009 0.810 161 G 0.003 0.001 0.003 0.013 0.017 0.146 0.011 0.806 162 M 0.002 0.007 0.043 0.181 0.263 0.122 0.043 0.340 163 N 0.006 0.010 0.137 0.211 0.436 0.035 0.054 0.110 164 I 0.001 0.002 0.087 0.380 0.274 0.039 0.048 0.170 165 Y 0.001 0.002 0.287 0.347 0.310 0.007 0.030 0.017 166 F 0.005 0.003 0.127 0.369 0.412 0.009 0.028 0.048 167 Y 0.006 0.002 0.261 0.319 0.253 0.024 0.040 0.094 168 T 0.050 0.005 0.109 0.190 0.215 0.071 0.037 0.324 169 I 0.076 0.004 0.066 0.059 0.106 0.077 0.047 0.566 170 K 0.028 0.003 0.059 0.059 0.069 0.101 0.020 0.662 171 P 0.008 0.001 0.010 0.011 0.013 0.068 0.015 0.875 172 I 0.118 0.002 0.018 0.024 0.014 0.083 0.033 0.708 173 P 0.642 0.007 0.006 0.004 0.008 0.031 0.026 0.276 174 A 0.027 0.003 0.012 0.004 0.009 0.104 0.008 0.833 175 N 0.032 0.007 0.007 0.012 0.030 0.120 0.032 0.760 176 Q 0.006 0.012 0.082 0.253 0.280 0.087 0.091 0.189 177 E 0.022 0.013 0.138 0.084 0.395 0.049 0.032 0.266 178 L 0.005 0.013 0.152 0.292 0.318 0.044 0.045 0.133 179 L 0.006 0.012 0.242 0.216 0.329 0.038 0.049 0.108 180 V 0.016 0.024 0.089 0.351 0.294 0.034 0.070 0.122 181 W 0.043 0.047 0.139 0.140 0.176 0.065 0.109 0.281 182 Y 0.062 0.106 0.078 0.102 0.123 0.086 0.108 0.335 183 C 0.116 0.319 0.020 0.040 0.052 0.076 0.092 0.285 184 R 0.074 0.338 0.012 0.026 0.037 0.067 0.064 0.384 185 D 0.092 0.418 0.009 0.019 0.025 0.044 0.100 0.293 186 F 0.246 0.309 0.011 0.016 0.022 0.049 0.111 0.236 187 A 0.223 0.082 0.023 0.029 0.033 0.069 0.186 0.355 188 E 0.286 0.027 0.012 0.014 0.025 0.058 0.046 0.532 189 R 0.160 0.009 0.015 0.011 0.024 0.088 0.043 0.650 190 L 0.018 0.005 0.035 0.023 0.036 0.121 0.021 0.740 191 H 0.037 0.005 0.015 0.011 0.023 0.104 0.018 0.788 192 Y 0.022 0.005 0.029 0.036 0.025 0.138 0.036 0.708 193 P 0.040 0.013 0.033 0.019 0.030 0.105 0.024 0.736 194 Y 0.178 0.038 0.039 0.016 0.021 0.095 0.072 0.541 195 P 0.069 0.024 0.035 0.014 0.017 0.101 0.080 0.661 196 G 0.065 0.060 0.063 0.030 0.052 0.109 0.118 0.503 197 E 0.171 0.082 0.034 0.023 0.045 0.081 0.064 0.499 198 L 0.083 0.036 0.030 0.036 0.053 0.107 0.100 0.555 199 T 0.065 0.068 0.037 0.049 0.091 0.112 0.082 0.495 200 M 0.100 0.021 0.035 0.039 0.090 0.104 0.157 0.454 201 M 0.026 0.014 0.046 0.106 0.088 0.125 0.085 0.511 202 N 0.096 0.017 0.032 0.044 0.099 0.101 0.055 0.556 203 L 0.101 0.012 0.029 0.050 0.059 0.113 0.059 0.577 204 T 0.057 0.013 0.029 0.036 0.063 0.120 0.044 0.638 205 Q 0.052 0.013 0.023 0.042 0.068 0.119 0.044 0.640