# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.055 0.032 0.066 0.072 0.074 0.123 0.119 0.139 0.116 0.096 2 G 0.199 0.137 0.047 0.125 0.104 0.082 0.108 0.073 0.058 0.040 0.026 3 S 0.120 0.095 0.052 0.135 0.124 0.108 0.119 0.084 0.076 0.052 0.035 4 S 0.241 0.133 0.049 0.127 0.112 0.086 0.097 0.067 0.044 0.026 0.017 5 H 0.100 0.108 0.048 0.163 0.134 0.102 0.121 0.088 0.067 0.043 0.027 6 H 0.036 0.026 0.020 0.048 0.062 0.091 0.163 0.141 0.166 0.146 0.101 7 H 0.135 0.161 0.112 0.230 0.145 0.081 0.063 0.033 0.022 0.013 0.007 8 H 0.095 0.069 0.062 0.121 0.111 0.126 0.158 0.096 0.079 0.056 0.028 9 H 0.102 0.097 0.052 0.122 0.111 0.102 0.131 0.096 0.082 0.066 0.040 10 H 0.124 0.125 0.065 0.154 0.126 0.107 0.124 0.077 0.051 0.032 0.015 11 S 0.196 0.255 0.104 0.159 0.093 0.069 0.051 0.029 0.021 0.015 0.008 12 S 0.250 0.164 0.057 0.148 0.115 0.081 0.082 0.050 0.029 0.016 0.009 13 G 0.610 0.151 0.037 0.090 0.044 0.022 0.020 0.013 0.007 0.004 0.002 14 L 0.033 0.024 0.018 0.039 0.049 0.092 0.145 0.131 0.186 0.158 0.125 15 V 0.078 0.159 0.075 0.216 0.179 0.094 0.086 0.056 0.030 0.016 0.010 16 P 0.053 0.042 0.042 0.071 0.088 0.111 0.165 0.137 0.125 0.098 0.068 17 R 0.190 0.137 0.088 0.185 0.139 0.081 0.080 0.049 0.027 0.014 0.009 18 G 0.268 0.188 0.059 0.163 0.100 0.062 0.065 0.042 0.027 0.016 0.009 19 S 0.082 0.053 0.027 0.073 0.089 0.091 0.156 0.135 0.125 0.094 0.076 20 K 0.320 0.283 0.089 0.158 0.073 0.032 0.021 0.011 0.007 0.004 0.002 21 M 0.120 0.055 0.051 0.114 0.119 0.127 0.163 0.109 0.075 0.044 0.024 22 D 0.173 0.306 0.109 0.183 0.092 0.051 0.040 0.021 0.013 0.007 0.004 23 M 0.033 0.025 0.023 0.060 0.085 0.101 0.185 0.167 0.145 0.100 0.075 24 E 0.394 0.247 0.124 0.133 0.054 0.020 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 25 D 0.079 0.077 0.065 0.147 0.134 0.127 0.158 0.092 0.063 0.038 0.020 26 A 0.229 0.139 0.083 0.148 0.113 0.082 0.084 0.056 0.034 0.021 0.012 27 D 0.203 0.160 0.093 0.179 0.116 0.081 0.077 0.044 0.026 0.014 0.007 28 M 0.074 0.060 0.067 0.108 0.111 0.101 0.147 0.129 0.095 0.068 0.041 29 T 0.073 0.074 0.066 0.142 0.134 0.124 0.151 0.096 0.071 0.047 0.022 30 L 0.079 0.071 0.116 0.163 0.136 0.127 0.133 0.078 0.052 0.030 0.015 31 W 0.076 0.077 0.093 0.142 0.133 0.123 0.145 0.090 0.061 0.037 0.023 32 T 0.026 0.030 0.031 0.051 0.064 0.076 0.160 0.156 0.169 0.135 0.101 33 E 0.147 0.123 0.099 0.174 0.145 0.093 0.102 0.054 0.034 0.020 0.010 34 A 0.267 0.127 0.141 0.173 0.102 0.065 0.062 0.030 0.018 0.010 0.005 35 E 0.193 0.171 0.108 0.192 0.124 0.074 0.066 0.035 0.019 0.011 0.006 36 F 0.045 0.051 0.035 0.070 0.084 0.100 0.178 0.153 0.128 0.096 0.060 37 E 0.124 0.136 0.141 0.192 0.143 0.092 0.075 0.044 0.027 0.017 0.009 38 E 0.144 0.104 0.168 0.175 0.121 0.097 0.092 0.047 0.028 0.016 0.008 39 K 0.123 0.132 0.102 0.191 0.133 0.093 0.096 0.058 0.037 0.022 0.011 40 C 0.027 0.020 0.020 0.036 0.048 0.073 0.157 0.156 0.192 0.160 0.111 41 T 0.093 0.129 0.146 0.223 0.153 0.092 0.069 0.041 0.027 0.017 0.009 42 Y 0.062 0.057 0.093 0.125 0.124 0.131 0.153 0.104 0.075 0.051 0.026 43 I 0.059 0.058 0.044 0.097 0.096 0.104 0.162 0.136 0.114 0.082 0.049 44 V 0.037 0.037 0.031 0.071 0.077 0.094 0.158 0.142 0.154 0.118 0.081 45 N 0.156 0.090 0.092 0.151 0.133 0.099 0.108 0.070 0.051 0.030 0.020 46 D 0.095 0.106 0.079 0.145 0.129 0.104 0.130 0.085 0.061 0.040 0.025 47 H 0.047 0.038 0.025 0.067 0.079 0.087 0.165 0.155 0.145 0.115 0.077 48 P 0.301 0.184 0.069 0.144 0.091 0.060 0.056 0.036 0.029 0.020 0.011 49 W 0.140 0.102 0.077 0.170 0.132 0.103 0.107 0.071 0.050 0.031 0.018 50 D 0.155 0.158 0.066 0.157 0.122 0.098 0.097 0.060 0.041 0.029 0.016 51 S 0.074 0.047 0.028 0.072 0.084 0.097 0.158 0.145 0.134 0.091 0.071 52 G 0.329 0.229 0.078 0.147 0.086 0.042 0.038 0.023 0.014 0.009 0.006 53 A 0.056 0.042 0.026 0.071 0.085 0.082 0.153 0.141 0.139 0.110 0.094 54 D 0.342 0.268 0.068 0.138 0.079 0.040 0.029 0.016 0.010 0.006 0.003 55 G 0.273 0.134 0.053 0.149 0.110 0.086 0.087 0.050 0.032 0.016 0.010 56 G 0.360 0.197 0.055 0.136 0.087 0.051 0.049 0.030 0.018 0.010 0.007 57 T 0.051 0.047 0.024 0.059 0.071 0.082 0.153 0.136 0.161 0.121 0.094 58 S 0.153 0.135 0.094 0.205 0.159 0.090 0.075 0.044 0.024 0.014 0.007 59 V 0.116 0.102 0.124 0.170 0.121 0.105 0.114 0.064 0.045 0.028 0.013 60 Q 0.060 0.073 0.081 0.182 0.171 0.132 0.132 0.081 0.047 0.027 0.015 61 A 0.086 0.070 0.072 0.125 0.115 0.098 0.152 0.122 0.080 0.054 0.026 62 E 0.051 0.087 0.130 0.188 0.151 0.128 0.123 0.063 0.040 0.026 0.011 63 A 0.126 0.099 0.151 0.168 0.131 0.098 0.107 0.056 0.034 0.020 0.009 64 S 0.251 0.216 0.142 0.174 0.092 0.048 0.038 0.020 0.011 0.007 0.003 65 L 0.049 0.060 0.046 0.076 0.094 0.108 0.183 0.138 0.112 0.084 0.051 66 P 0.226 0.199 0.100 0.175 0.118 0.070 0.051 0.030 0.016 0.011 0.005 67 R 0.123 0.121 0.128 0.182 0.128 0.110 0.106 0.054 0.029 0.014 0.006 68 N 0.135 0.133 0.094 0.224 0.156 0.103 0.083 0.039 0.020 0.010 0.005 69 L 0.005 0.003 0.007 0.009 0.015 0.029 0.080 0.122 0.228 0.246 0.255 70 L 0.015 0.062 0.082 0.244 0.227 0.149 0.113 0.055 0.030 0.016 0.008 71 F 0.002 0.002 0.009 0.009 0.016 0.028 0.069 0.107 0.221 0.270 0.268 72 K 0.019 0.034 0.058 0.152 0.183 0.162 0.162 0.100 0.065 0.041 0.023 73 Y 0.022 0.032 0.054 0.119 0.109 0.125 0.193 0.129 0.104 0.079 0.035 74 A 0.010 0.009 0.013 0.022 0.031 0.086 0.138 0.120 0.207 0.206 0.158 75 T 0.153 0.176 0.064 0.181 0.131 0.081 0.094 0.052 0.036 0.020 0.013 76 N 0.162 0.104 0.045 0.078 0.072 0.080 0.120 0.091 0.094 0.084 0.068 77 S 0.276 0.207 0.039 0.144 0.111 0.069 0.065 0.036 0.025 0.016 0.012 78 E 0.511 0.206 0.029 0.097 0.052 0.033 0.029 0.020 0.012 0.008 0.004 79 E 0.126 0.100 0.030 0.143 0.152 0.127 0.123 0.082 0.053 0.035 0.029 80 V 0.047 0.059 0.029 0.100 0.119 0.117 0.141 0.136 0.103 0.095 0.055 81 I 0.005 0.013 0.011 0.045 0.065 0.150 0.215 0.152 0.172 0.123 0.050 82 G 0.012 0.022 0.024 0.070 0.087 0.115 0.171 0.126 0.150 0.120 0.103 83 V 0.003 0.002 0.008 0.011 0.018 0.030 0.073 0.112 0.217 0.250 0.276 84 M 0.008 0.019 0.021 0.087 0.126 0.153 0.193 0.130 0.126 0.084 0.053 85 S 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.012 0.041 0.089 0.196 0.234 0.410 86 K 0.033 0.044 0.051 0.167 0.239 0.177 0.141 0.066 0.042 0.025 0.016 87 E 0.232 0.132 0.164 0.204 0.104 0.060 0.053 0.026 0.014 0.007 0.004 88 Y 0.059 0.077 0.035 0.142 0.132 0.174 0.187 0.088 0.057 0.031 0.018 89 I 0.011 0.009 0.007 0.010 0.014 0.021 0.069 0.095 0.197 0.232 0.334 90 P 0.124 0.315 0.190 0.212 0.099 0.034 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 91 K 0.216 0.199 0.123 0.196 0.110 0.061 0.044 0.024 0.014 0.008 0.005 92 G 0.475 0.107 0.023 0.075 0.058 0.055 0.070 0.055 0.037 0.027 0.018 93 T 0.124 0.120 0.060 0.166 0.121 0.114 0.111 0.075 0.054 0.036 0.019 94 R 0.052 0.079 0.074 0.144 0.130 0.176 0.152 0.086 0.056 0.035 0.016 95 F 0.044 0.040 0.034 0.063 0.064 0.073 0.143 0.143 0.168 0.127 0.102 96 G 0.055 0.045 0.036 0.085 0.090 0.103 0.172 0.134 0.126 0.091 0.063 97 P 0.088 0.092 0.096 0.202 0.155 0.106 0.096 0.062 0.050 0.033 0.021 98 L 0.021 0.023 0.024 0.052 0.073 0.104 0.178 0.177 0.154 0.124 0.070 99 I 0.037 0.059 0.037 0.128 0.120 0.093 0.147 0.142 0.112 0.079 0.046 100 G 0.068 0.038 0.030 0.061 0.062 0.080 0.141 0.126 0.162 0.145 0.086 101 E 0.055 0.068 0.061 0.158 0.156 0.135 0.147 0.091 0.064 0.040 0.023 102 I 0.025 0.021 0.031 0.058 0.074 0.077 0.153 0.176 0.157 0.143 0.083 103 Y 0.017 0.019 0.020 0.042 0.058 0.090 0.169 0.158 0.173 0.158 0.095 104 T 0.063 0.265 0.118 0.182 0.109 0.083 0.083 0.038 0.032 0.020 0.009 105 N 0.264 0.131 0.063 0.164 0.128 0.092 0.081 0.037 0.023 0.012 0.006 106 D 0.764 0.107 0.037 0.047 0.020 0.010 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 107 T 0.127 0.185 0.068 0.194 0.132 0.101 0.099 0.047 0.026 0.014 0.007 108 V 0.016 0.021 0.016 0.030 0.047 0.072 0.139 0.150 0.183 0.174 0.152 109 P 0.201 0.180 0.176 0.209 0.120 0.052 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 110 K 0.127 0.119 0.239 0.239 0.120 0.069 0.048 0.022 0.010 0.005 0.002 111 N 0.059 0.077 0.058 0.110 0.109 0.132 0.162 0.111 0.081 0.066 0.036 112 A 0.144 0.158 0.057 0.147 0.127 0.101 0.111 0.076 0.043 0.024 0.011 113 N 0.335 0.231 0.122 0.140 0.068 0.036 0.029 0.019 0.010 0.007 0.003 114 R 0.130 0.085 0.070 0.148 0.137 0.122 0.144 0.075 0.048 0.028 0.014 115 K 0.267 0.186 0.097 0.187 0.105 0.061 0.046 0.026 0.014 0.008 0.004 116 Y 0.010 0.014 0.017 0.038 0.058 0.134 0.206 0.159 0.174 0.122 0.066 117 F 0.012 0.024 0.030 0.072 0.088 0.094 0.155 0.152 0.156 0.127 0.089 118 W 0.005 0.006 0.016 0.028 0.044 0.090 0.174 0.157 0.207 0.178 0.095 119 R 0.037 0.067 0.116 0.219 0.182 0.131 0.119 0.058 0.037 0.022 0.012 120 I 0.006 0.005 0.010 0.018 0.028 0.048 0.117 0.158 0.214 0.227 0.170 121 Y 0.021 0.026 0.021 0.067 0.085 0.132 0.199 0.144 0.140 0.111 0.054 122 S 0.087 0.166 0.106 0.152 0.105 0.104 0.118 0.059 0.052 0.034 0.017 123 R 0.231 0.212 0.078 0.167 0.112 0.073 0.059 0.030 0.018 0.012 0.008 124 G 0.601 0.168 0.028 0.068 0.038 0.026 0.029 0.018 0.011 0.008 0.004 125 E 0.394 0.198 0.037 0.126 0.076 0.051 0.045 0.031 0.020 0.013 0.008 126 L 0.047 0.059 0.031 0.094 0.114 0.139 0.165 0.124 0.099 0.073 0.055 127 H 0.048 0.064 0.063 0.140 0.151 0.149 0.148 0.100 0.067 0.043 0.026 128 H 0.016 0.024 0.035 0.066 0.077 0.133 0.213 0.146 0.148 0.096 0.046 129 F 0.006 0.010 0.014 0.038 0.046 0.062 0.127 0.139 0.213 0.186 0.161 130 I 0.006 0.006 0.009 0.017 0.026 0.038 0.083 0.124 0.217 0.242 0.233 131 D 0.024 0.035 0.045 0.113 0.142 0.128 0.155 0.131 0.103 0.073 0.050 132 G 0.011 0.008 0.016 0.029 0.049 0.051 0.123 0.206 0.190 0.161 0.155 133 F 0.038 0.045 0.037 0.095 0.103 0.094 0.160 0.145 0.125 0.095 0.064 134 N 0.123 0.174 0.094 0.190 0.128 0.087 0.091 0.044 0.036 0.020 0.012 135 E 0.392 0.156 0.063 0.148 0.095 0.052 0.044 0.024 0.014 0.008 0.005 136 E 0.278 0.189 0.065 0.123 0.082 0.068 0.078 0.045 0.034 0.025 0.014 137 K 0.097 0.151 0.062 0.161 0.139 0.114 0.115 0.067 0.046 0.029 0.020 138 S 0.164 0.101 0.069 0.117 0.104 0.102 0.115 0.079 0.068 0.047 0.034 139 N 0.080 0.082 0.078 0.130 0.107 0.105 0.135 0.094 0.092 0.060 0.039 140 W 0.016 0.025 0.027 0.074 0.090 0.100 0.166 0.150 0.158 0.110 0.084 141 M 0.008 0.010 0.016 0.032 0.045 0.058 0.108 0.144 0.199 0.197 0.183 142 R 0.011 0.022 0.040 0.083 0.104 0.114 0.168 0.156 0.139 0.099 0.065 143 Y 0.009 0.010 0.020 0.042 0.057 0.060 0.129 0.180 0.192 0.164 0.135 144 V 0.008 0.009 0.016 0.030 0.039 0.047 0.100 0.140 0.207 0.200 0.204 145 N 0.027 0.029 0.037 0.076 0.090 0.102 0.164 0.137 0.151 0.111 0.076 146 P 0.060 0.047 0.049 0.103 0.116 0.105 0.163 0.135 0.106 0.067 0.048 147 A 0.113 0.094 0.068 0.116 0.101 0.077 0.118 0.098 0.093 0.068 0.054 148 H 0.087 0.059 0.037 0.093 0.101 0.107 0.181 0.119 0.102 0.069 0.045 149 S 0.232 0.211 0.101 0.173 0.101 0.059 0.049 0.029 0.022 0.014 0.009 150 P 0.117 0.120 0.063 0.134 0.128 0.107 0.129 0.085 0.056 0.037 0.024 151 R 0.157 0.137 0.071 0.154 0.124 0.092 0.101 0.065 0.048 0.031 0.019 152 E 0.154 0.077 0.069 0.134 0.120 0.107 0.137 0.086 0.059 0.037 0.021 153 Q 0.076 0.100 0.098 0.203 0.163 0.114 0.112 0.062 0.039 0.022 0.013 154 N 0.010 0.013 0.023 0.034 0.048 0.054 0.118 0.142 0.202 0.194 0.162 155 L 0.010 0.016 0.035 0.076 0.111 0.136 0.198 0.148 0.130 0.093 0.049 156 A 0.046 0.079 0.204 0.238 0.155 0.097 0.082 0.042 0.029 0.018 0.009 157 A 0.009 0.008 0.023 0.033 0.049 0.088 0.163 0.151 0.187 0.164 0.125 158 C 0.013 0.015 0.019 0.041 0.053 0.082 0.167 0.149 0.193 0.164 0.105 159 Q 0.035 0.054 0.080 0.111 0.112 0.118 0.164 0.105 0.098 0.076 0.047 160 N 0.101 0.178 0.133 0.198 0.142 0.091 0.074 0.037 0.023 0.014 0.009 161 G 0.257 0.104 0.039 0.104 0.093 0.087 0.113 0.078 0.057 0.041 0.026 162 M 0.194 0.111 0.044 0.124 0.102 0.097 0.126 0.084 0.059 0.038 0.022 163 N 0.040 0.077 0.048 0.173 0.167 0.154 0.145 0.081 0.057 0.036 0.022 164 I 0.003 0.004 0.007 0.009 0.015 0.027 0.065 0.102 0.224 0.256 0.288 165 Y 0.007 0.019 0.019 0.086 0.131 0.148 0.201 0.141 0.115 0.077 0.057 166 F 0.002 0.002 0.009 0.011 0.016 0.025 0.064 0.111 0.221 0.263 0.274 167 Y 0.007 0.012 0.020 0.075 0.121 0.136 0.185 0.153 0.128 0.094 0.069 168 T 0.003 0.004 0.008 0.014 0.020 0.025 0.074 0.126 0.231 0.242 0.254 169 I 0.012 0.020 0.024 0.068 0.103 0.140 0.186 0.122 0.133 0.118 0.074 170 K 0.063 0.079 0.081 0.164 0.141 0.131 0.148 0.081 0.063 0.033 0.017 171 P 0.250 0.254 0.067 0.172 0.092 0.059 0.054 0.026 0.015 0.008 0.005 172 I 0.023 0.016 0.009 0.017 0.025 0.035 0.095 0.105 0.191 0.191 0.293 173 P 0.278 0.478 0.073 0.105 0.039 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 174 A 0.196 0.167 0.064 0.190 0.130 0.100 0.074 0.035 0.024 0.012 0.008 175 N 0.611 0.158 0.030 0.067 0.036 0.025 0.027 0.019 0.013 0.008 0.005 176 Q 0.026 0.043 0.028 0.126 0.125 0.157 0.208 0.116 0.094 0.051 0.026 177 E 0.017 0.042 0.082 0.130 0.132 0.144 0.150 0.118 0.083 0.068 0.035 178 L 0.001 0.003 0.010 0.016 0.024 0.071 0.151 0.160 0.241 0.224 0.099 179 L 0.005 0.011 0.022 0.051 0.063 0.081 0.172 0.198 0.179 0.144 0.074 180 V 0.004 0.004 0.012 0.018 0.026 0.046 0.109 0.144 0.229 0.253 0.154 181 W 0.012 0.017 0.042 0.078 0.104 0.119 0.184 0.165 0.125 0.103 0.052 182 Y 0.005 0.007 0.014 0.024 0.035 0.064 0.147 0.190 0.219 0.203 0.091 183 C 0.015 0.028 0.030 0.069 0.079 0.114 0.202 0.147 0.146 0.109 0.061 184 R 0.091 0.070 0.097 0.149 0.140 0.128 0.155 0.073 0.053 0.028 0.016 185 D 0.217 0.156 0.122 0.169 0.117 0.077 0.073 0.034 0.018 0.011 0.006 186 F 0.026 0.047 0.030 0.059 0.065 0.107 0.189 0.132 0.145 0.129 0.071 187 A 0.128 0.104 0.049 0.118 0.119 0.126 0.158 0.082 0.057 0.039 0.019 188 E 0.321 0.202 0.192 0.163 0.062 0.028 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 189 R 0.105 0.090 0.079 0.142 0.121 0.134 0.147 0.080 0.051 0.035 0.017 190 L 0.050 0.051 0.031 0.072 0.076 0.110 0.164 0.139 0.137 0.112 0.058 191 H 0.152 0.217 0.143 0.208 0.116 0.066 0.046 0.026 0.014 0.008 0.004 192 Y 0.103 0.081 0.110 0.150 0.130 0.116 0.115 0.082 0.052 0.038 0.022 193 P 0.256 0.139 0.067 0.130 0.099 0.082 0.093 0.062 0.038 0.022 0.012 194 Y 0.130 0.144 0.059 0.137 0.111 0.104 0.124 0.081 0.055 0.034 0.021 195 P 0.184 0.094 0.053 0.101 0.106 0.088 0.117 0.097 0.073 0.049 0.039 196 G 0.488 0.182 0.054 0.106 0.061 0.033 0.034 0.020 0.012 0.006 0.004 197 E 0.117 0.067 0.042 0.113 0.110 0.100 0.146 0.112 0.092 0.061 0.040 198 L 0.153 0.135 0.063 0.157 0.130 0.097 0.099 0.071 0.047 0.031 0.018 199 T 0.109 0.138 0.091 0.193 0.141 0.095 0.090 0.062 0.043 0.025 0.015 200 M 0.075 0.057 0.047 0.104 0.116 0.113 0.159 0.129 0.091 0.067 0.042 201 M 0.148 0.105 0.084 0.172 0.134 0.094 0.102 0.068 0.048 0.030 0.015 202 N 0.146 0.113 0.089 0.158 0.123 0.103 0.112 0.066 0.047 0.028 0.016 203 L 0.051 0.047 0.042 0.077 0.087 0.087 0.157 0.138 0.132 0.103 0.080 204 T 0.177 0.168 0.097 0.154 0.118 0.080 0.089 0.049 0.035 0.021 0.011 205 Q 0.294 0.185 0.114 0.175 0.100 0.050 0.039 0.020 0.012 0.006 0.004