# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.046 0.011 0.097 0.057 0.098 0.110 0.003 0.001 0.008 0.439 2 G 0.051 0.020 0.003 0.071 0.059 0.091 0.120 0.002 0.001 0.005 0.577 3 S 0.064 0.015 0.005 0.067 0.036 0.060 0.081 0.001 0.001 0.004 0.667 4 S 0.033 0.017 0.003 0.058 0.059 0.095 0.135 0.001 0.001 0.007 0.593 5 H 0.071 0.012 0.005 0.032 0.041 0.069 0.193 0.001 0.001 0.009 0.567 6 H 0.084 0.041 0.006 0.068 0.065 0.121 0.122 0.002 0.001 0.007 0.484 7 H 0.041 0.031 0.005 0.051 0.093 0.156 0.112 0.002 0.001 0.005 0.504 8 H 0.040 0.024 0.004 0.044 0.055 0.090 0.076 0.002 0.001 0.005 0.660 9 H 0.047 0.017 0.004 0.032 0.069 0.099 0.083 0.002 0.001 0.005 0.641 10 H 0.042 0.009 0.004 0.028 0.042 0.079 0.077 0.001 0.001 0.003 0.715 11 S 0.041 0.012 0.005 0.045 0.059 0.067 0.138 0.001 0.001 0.004 0.629 12 S 0.033 0.008 0.002 0.019 0.018 0.020 0.065 0.001 0.001 0.004 0.830 13 G 0.130 0.008 0.007 0.031 0.040 0.072 0.214 0.002 0.001 0.042 0.454 14 L 0.449 0.011 0.042 0.045 0.023 0.030 0.156 0.002 0.001 0.025 0.218 15 V 0.022 0.008 0.003 0.060 0.129 0.110 0.133 0.001 0.001 0.002 0.533 16 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.970 17 R 0.014 0.004 0.001 0.086 0.082 0.338 0.057 0.001 0.001 0.002 0.417 18 G 0.130 0.006 0.001 0.040 0.031 0.061 0.117 0.001 0.001 0.011 0.601 19 S 0.201 0.023 0.005 0.075 0.040 0.064 0.086 0.001 0.001 0.005 0.500 20 K 0.071 0.011 0.004 0.065 0.034 0.058 0.133 0.001 0.001 0.006 0.617 21 M 0.083 0.017 0.003 0.037 0.039 0.052 0.150 0.001 0.001 0.010 0.608 22 D 0.080 0.014 0.003 0.033 0.026 0.043 0.176 0.002 0.001 0.010 0.612 23 M 0.206 0.021 0.015 0.052 0.032 0.068 0.096 0.002 0.001 0.008 0.500 24 E 0.017 0.014 0.002 0.040 0.019 0.027 0.273 0.001 0.001 0.003 0.604 25 D 0.122 0.015 0.007 0.030 0.039 0.055 0.108 0.002 0.001 0.009 0.614 26 A 0.161 0.060 0.005 0.062 0.038 0.057 0.111 0.003 0.001 0.008 0.494 27 D 0.033 0.029 0.004 0.032 0.020 0.026 0.400 0.002 0.001 0.009 0.445 28 M 0.236 0.069 0.012 0.046 0.028 0.040 0.188 0.003 0.001 0.030 0.348 29 T 0.063 0.071 0.007 0.032 0.032 0.040 0.446 0.002 0.001 0.021 0.285 30 L 0.123 0.075 0.013 0.028 0.030 0.043 0.224 0.003 0.001 0.011 0.451 31 W 0.047 0.162 0.009 0.043 0.042 0.080 0.210 0.004 0.001 0.008 0.395 32 T 0.089 0.131 0.006 0.027 0.046 0.064 0.179 0.005 0.001 0.007 0.446 33 E 0.094 0.235 0.010 0.022 0.025 0.051 0.090 0.006 0.001 0.005 0.463 34 A 0.044 0.152 0.007 0.015 0.015 0.030 0.180 0.003 0.001 0.005 0.549 35 E 0.114 0.116 0.005 0.009 0.009 0.014 0.248 0.004 0.001 0.007 0.474 36 F 0.219 0.302 0.015 0.008 0.011 0.015 0.094 0.008 0.001 0.007 0.321 37 E 0.080 0.415 0.018 0.010 0.016 0.024 0.098 0.009 0.001 0.004 0.326 38 E 0.093 0.344 0.016 0.011 0.016 0.025 0.096 0.010 0.001 0.004 0.385 39 K 0.148 0.367 0.013 0.014 0.024 0.035 0.058 0.013 0.001 0.004 0.324 40 C 0.154 0.269 0.020 0.018 0.034 0.043 0.061 0.013 0.001 0.004 0.384 41 T 0.105 0.171 0.024 0.024 0.030 0.043 0.063 0.009 0.001 0.005 0.527 42 Y 0.101 0.096 0.016 0.038 0.045 0.064 0.094 0.006 0.001 0.005 0.537 43 I 0.094 0.080 0.012 0.044 0.058 0.088 0.095 0.005 0.001 0.004 0.519 44 V 0.086 0.095 0.015 0.064 0.076 0.136 0.090 0.005 0.001 0.005 0.427 45 N 0.059 0.056 0.007 0.066 0.062 0.118 0.078 0.004 0.001 0.004 0.546 46 D 0.090 0.032 0.008 0.040 0.032 0.079 0.056 0.005 0.001 0.005 0.654 47 H 0.212 0.041 0.017 0.045 0.054 0.088 0.107 0.005 0.001 0.010 0.420 48 P 0.010 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.956 49 W 0.016 0.003 0.001 0.018 0.012 0.026 0.071 0.001 0.001 0.001 0.851 50 D 0.126 0.014 0.003 0.021 0.016 0.025 0.155 0.001 0.001 0.010 0.628 51 S 0.239 0.035 0.006 0.028 0.026 0.036 0.124 0.003 0.001 0.011 0.493 52 G 0.082 0.028 0.009 0.025 0.022 0.040 0.137 0.002 0.001 0.008 0.645 53 A 0.087 0.022 0.007 0.032 0.034 0.064 0.206 0.002 0.001 0.009 0.538 54 D 0.075 0.019 0.003 0.029 0.018 0.019 0.161 0.002 0.001 0.006 0.667 55 G 0.089 0.029 0.010 0.018 0.020 0.027 0.101 0.002 0.001 0.009 0.696 56 G 0.037 0.010 0.004 0.018 0.009 0.012 0.369 0.001 0.001 0.009 0.532 57 T 0.230 0.019 0.013 0.020 0.033 0.034 0.186 0.001 0.001 0.009 0.454 58 S 0.019 0.036 0.003 0.024 0.039 0.043 0.152 0.001 0.001 0.002 0.681 59 V 0.016 0.043 0.004 0.029 0.055 0.119 0.149 0.001 0.001 0.005 0.579 60 Q 0.051 0.126 0.003 0.042 0.061 0.136 0.173 0.002 0.001 0.009 0.399 61 A 0.059 0.222 0.005 0.028 0.075 0.129 0.124 0.002 0.001 0.005 0.351 62 E 0.074 0.370 0.007 0.031 0.054 0.113 0.063 0.007 0.001 0.004 0.278 63 A 0.193 0.342 0.012 0.023 0.056 0.119 0.047 0.015 0.001 0.006 0.186 64 S 0.250 0.155 0.020 0.022 0.040 0.065 0.033 0.039 0.001 0.005 0.370 65 L 0.304 0.062 0.095 0.012 0.096 0.098 0.027 0.018 0.001 0.004 0.283 66 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 67 R 0.019 0.001 0.003 0.034 0.083 0.137 0.075 0.001 0.001 0.001 0.648 68 N 0.081 0.002 0.002 0.050 0.041 0.052 0.118 0.001 0.001 0.008 0.646 69 L 0.152 0.004 0.009 0.150 0.116 0.154 0.075 0.001 0.001 0.005 0.335 70 L 0.011 0.002 0.002 0.352 0.132 0.164 0.107 0.001 0.001 0.001 0.229 71 F 0.005 0.002 0.001 0.186 0.188 0.311 0.034 0.001 0.001 0.001 0.272 72 K 0.004 0.003 0.001 0.286 0.235 0.321 0.030 0.001 0.001 0.002 0.119 73 Y 0.005 0.002 0.001 0.094 0.091 0.210 0.056 0.001 0.001 0.002 0.539 74 A 0.017 0.006 0.002 0.132 0.195 0.280 0.089 0.001 0.001 0.004 0.273 75 T 0.017 0.003 0.002 0.050 0.056 0.099 0.133 0.001 0.001 0.007 0.631 76 N 0.050 0.011 0.006 0.058 0.065 0.092 0.213 0.001 0.001 0.016 0.489 77 S 0.023 0.008 0.002 0.018 0.018 0.026 0.351 0.001 0.001 0.016 0.539 78 E 0.094 0.012 0.004 0.011 0.015 0.024 0.221 0.001 0.001 0.045 0.572 79 E 0.194 0.037 0.011 0.013 0.018 0.027 0.340 0.001 0.001 0.043 0.316 80 V 0.205 0.064 0.009 0.022 0.038 0.046 0.216 0.002 0.001 0.014 0.383 81 I 0.103 0.142 0.018 0.057 0.117 0.137 0.107 0.003 0.001 0.007 0.309 82 G 0.038 0.060 0.005 0.070 0.227 0.314 0.062 0.003 0.001 0.003 0.219 83 V 0.030 0.065 0.010 0.117 0.248 0.314 0.045 0.002 0.001 0.002 0.167 84 M 0.010 0.051 0.002 0.122 0.280 0.369 0.040 0.001 0.001 0.001 0.123 85 S 0.012 0.035 0.002 0.073 0.272 0.437 0.024 0.001 0.001 0.001 0.143 86 K 0.023 0.048 0.004 0.122 0.121 0.396 0.037 0.002 0.001 0.002 0.246 87 E 0.044 0.031 0.003 0.075 0.124 0.290 0.133 0.002 0.001 0.006 0.292 88 Y 0.134 0.020 0.011 0.030 0.053 0.108 0.081 0.007 0.001 0.009 0.548 89 I 0.213 0.036 0.039 0.043 0.108 0.195 0.047 0.007 0.001 0.005 0.307 90 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.963 91 K 0.030 0.003 0.002 0.035 0.017 0.025 0.092 0.001 0.001 0.002 0.794 92 G 0.307 0.007 0.005 0.030 0.034 0.053 0.094 0.001 0.001 0.053 0.415 93 T 0.541 0.007 0.016 0.040 0.023 0.026 0.100 0.001 0.001 0.010 0.236 94 R 0.037 0.006 0.008 0.166 0.047 0.073 0.119 0.001 0.001 0.002 0.542 95 F 0.016 0.006 0.007 0.223 0.142 0.287 0.054 0.001 0.001 0.004 0.262 96 G 0.012 0.007 0.002 0.210 0.173 0.271 0.055 0.001 0.001 0.003 0.266 97 P 0.001 0.001 0.001 0.030 0.011 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.924 98 L 0.015 0.004 0.001 0.114 0.138 0.306 0.052 0.001 0.001 0.001 0.368 99 I 0.082 0.032 0.003 0.187 0.102 0.170 0.096 0.001 0.001 0.009 0.317 100 G 0.045 0.031 0.002 0.129 0.163 0.337 0.041 0.001 0.001 0.005 0.245 101 E 0.062 0.020 0.006 0.092 0.259 0.225 0.064 0.002 0.001 0.004 0.267 102 I 0.031 0.017 0.003 0.048 0.138 0.244 0.025 0.002 0.001 0.002 0.489 103 Y 0.021 0.018 0.004 0.085 0.225 0.435 0.043 0.002 0.001 0.002 0.164 104 T 0.021 0.010 0.002 0.080 0.112 0.194 0.103 0.002 0.001 0.003 0.473 105 N 0.035 0.009 0.003 0.062 0.051 0.091 0.082 0.001 0.001 0.004 0.660 106 D 0.024 0.006 0.003 0.022 0.014 0.031 0.359 0.001 0.001 0.015 0.526 107 T 0.140 0.006 0.004 0.011 0.006 0.012 0.515 0.001 0.001 0.028 0.278 108 V 0.286 0.042 0.014 0.023 0.041 0.046 0.169 0.002 0.001 0.018 0.359 109 P 0.004 0.003 0.001 0.003 0.005 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.962 110 K 0.034 0.014 0.002 0.027 0.038 0.111 0.100 0.001 0.001 0.002 0.672 111 N 0.198 0.035 0.003 0.024 0.043 0.050 0.118 0.005 0.001 0.011 0.514 112 A 0.186 0.073 0.012 0.014 0.027 0.039 0.059 0.003 0.001 0.007 0.580 113 N 0.044 0.013 0.013 0.022 0.019 0.029 0.310 0.002 0.001 0.013 0.535 114 R 0.375 0.013 0.016 0.015 0.027 0.027 0.084 0.002 0.001 0.017 0.424 115 K 0.043 0.023 0.006 0.035 0.060 0.069 0.223 0.001 0.001 0.008 0.533 116 Y 0.061 0.013 0.007 0.042 0.171 0.156 0.197 0.001 0.001 0.006 0.346 117 F 0.023 0.033 0.003 0.049 0.179 0.367 0.056 0.001 0.001 0.002 0.287 118 W 0.007 0.015 0.002 0.053 0.318 0.493 0.027 0.001 0.001 0.001 0.083 119 R 0.008 0.015 0.001 0.046 0.285 0.393 0.028 0.001 0.001 0.001 0.221 120 I 0.010 0.011 0.001 0.020 0.334 0.474 0.011 0.001 0.001 0.001 0.137 121 Y 0.009 0.010 0.002 0.030 0.262 0.496 0.031 0.001 0.001 0.002 0.157 122 S 0.017 0.011 0.003 0.034 0.194 0.291 0.092 0.002 0.001 0.004 0.353 123 R 0.044 0.016 0.006 0.033 0.086 0.149 0.110 0.002 0.001 0.015 0.539 124 G 0.167 0.007 0.008 0.019 0.032 0.056 0.206 0.001 0.001 0.077 0.428 125 E 0.340 0.003 0.007 0.016 0.016 0.015 0.268 0.001 0.001 0.030 0.306 126 L 0.098 0.005 0.009 0.089 0.086 0.093 0.141 0.001 0.001 0.010 0.469 127 H 0.019 0.003 0.003 0.084 0.143 0.271 0.101 0.001 0.001 0.004 0.371 128 H 0.023 0.002 0.001 0.251 0.153 0.213 0.075 0.001 0.001 0.002 0.279 129 F 0.020 0.003 0.001 0.262 0.151 0.280 0.030 0.001 0.001 0.002 0.250 130 I 0.016 0.007 0.001 0.457 0.166 0.179 0.047 0.001 0.001 0.003 0.123 131 D 0.017 0.005 0.002 0.321 0.132 0.216 0.104 0.001 0.001 0.005 0.197 132 G 0.010 0.006 0.002 0.165 0.041 0.103 0.183 0.001 0.001 0.004 0.486 133 F 0.004 0.003 0.001 0.029 0.007 0.021 0.728 0.001 0.001 0.012 0.196 134 N 0.429 0.008 0.004 0.019 0.011 0.016 0.205 0.002 0.001 0.102 0.204 135 E 0.170 0.098 0.018 0.019 0.007 0.011 0.202 0.004 0.001 0.014 0.458 136 E 0.011 0.027 0.004 0.015 0.005 0.009 0.532 0.001 0.001 0.003 0.392 137 K 0.189 0.076 0.007 0.017 0.018 0.027 0.181 0.005 0.001 0.018 0.461 138 S 0.134 0.193 0.010 0.018 0.029 0.028 0.118 0.007 0.001 0.015 0.450 139 N 0.128 0.065 0.012 0.014 0.025 0.027 0.121 0.004 0.001 0.006 0.598 140 W 0.096 0.114 0.027 0.046 0.032 0.045 0.130 0.003 0.001 0.006 0.501 141 M 0.035 0.110 0.008 0.093 0.154 0.270 0.137 0.002 0.001 0.006 0.185 142 R 0.054 0.099 0.007 0.085 0.155 0.211 0.121 0.003 0.001 0.006 0.258 143 Y 0.061 0.180 0.011 0.127 0.128 0.170 0.048 0.005 0.001 0.003 0.268 144 V 0.053 0.236 0.010 0.124 0.079 0.214 0.037 0.007 0.001 0.002 0.239 145 N 0.049 0.107 0.006 0.105 0.228 0.248 0.044 0.008 0.001 0.003 0.203 146 P 0.004 0.004 0.001 0.006 0.009 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.948 147 A 0.042 0.034 0.018 0.047 0.073 0.169 0.168 0.006 0.001 0.008 0.435 148 H 0.275 0.037 0.024 0.014 0.012 0.022 0.117 0.008 0.001 0.019 0.473 149 S 0.095 0.091 0.017 0.021 0.060 0.034 0.125 0.006 0.001 0.006 0.545 150 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 151 R 0.023 0.013 0.003 0.015 0.024 0.074 0.322 0.001 0.001 0.007 0.518 152 E 0.380 0.029 0.005 0.012 0.014 0.016 0.125 0.001 0.001 0.018 0.400 153 Q 0.057 0.165 0.006 0.026 0.070 0.060 0.176 0.002 0.001 0.005 0.434 154 N 0.072 0.129 0.017 0.025 0.092 0.090 0.140 0.003 0.001 0.011 0.420 155 L 0.082 0.288 0.006 0.048 0.120 0.174 0.057 0.003 0.001 0.005 0.217 156 A 0.022 0.169 0.004 0.043 0.237 0.290 0.060 0.004 0.001 0.002 0.169 157 A 0.015 0.091 0.005 0.037 0.261 0.366 0.027 0.005 0.001 0.002 0.191 158 C 0.013 0.039 0.006 0.033 0.283 0.469 0.016 0.004 0.001 0.002 0.135 159 Q 0.013 0.035 0.008 0.030 0.300 0.369 0.038 0.005 0.001 0.002 0.201 160 N 0.034 0.031 0.012 0.021 0.139 0.282 0.066 0.004 0.001 0.008 0.404 161 G 0.174 0.007 0.016 0.024 0.051 0.147 0.111 0.002 0.001 0.032 0.437 162 M 0.447 0.003 0.017 0.020 0.018 0.016 0.124 0.001 0.001 0.016 0.340 163 N 0.107 0.002 0.006 0.035 0.058 0.045 0.119 0.001 0.001 0.005 0.621 164 I 0.057 0.002 0.007 0.076 0.230 0.264 0.045 0.001 0.001 0.002 0.317 165 Y 0.002 0.001 0.001 0.160 0.259 0.498 0.027 0.001 0.001 0.001 0.052 166 F 0.001 0.001 0.001 0.080 0.311 0.578 0.007 0.001 0.001 0.001 0.023 167 Y 0.001 0.002 0.001 0.184 0.298 0.467 0.010 0.001 0.001 0.001 0.037 168 T 0.001 0.002 0.001 0.115 0.265 0.575 0.008 0.001 0.001 0.001 0.033 169 I 0.003 0.003 0.001 0.123 0.161 0.618 0.013 0.001 0.001 0.001 0.078 170 K 0.009 0.004 0.001 0.069 0.267 0.521 0.035 0.001 0.001 0.002 0.092 171 P 0.008 0.001 0.001 0.006 0.014 0.041 0.015 0.001 0.001 0.001 0.912 172 I 0.192 0.004 0.009 0.039 0.075 0.282 0.035 0.001 0.001 0.002 0.361 173 P 0.006 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.044 0.001 0.001 0.001 0.934 174 A 0.019 0.001 0.001 0.009 0.006 0.008 0.026 0.001 0.001 0.001 0.932 175 N 0.124 0.003 0.007 0.037 0.035 0.068 0.171 0.001 0.001 0.047 0.507 176 Q 0.600 0.002 0.004 0.018 0.029 0.039 0.103 0.001 0.001 0.020 0.185 177 E 0.036 0.004 0.003 0.151 0.027 0.053 0.265 0.001 0.001 0.003 0.459 178 L 0.033 0.005 0.004 0.214 0.300 0.331 0.042 0.001 0.001 0.002 0.068 179 L 0.006 0.016 0.001 0.294 0.212 0.284 0.048 0.001 0.001 0.001 0.136 180 V 0.003 0.006 0.001 0.327 0.221 0.318 0.015 0.001 0.001 0.001 0.108 181 W 0.006 0.009 0.001 0.248 0.202 0.314 0.035 0.001 0.001 0.002 0.184 182 Y 0.015 0.013 0.001 0.085 0.185 0.329 0.078 0.001 0.001 0.003 0.290 183 C 0.025 0.019 0.003 0.074 0.092 0.274 0.134 0.001 0.001 0.004 0.374 184 R 0.064 0.034 0.005 0.038 0.054 0.146 0.176 0.002 0.001 0.009 0.472 185 D 0.062 0.043 0.002 0.015 0.013 0.020 0.205 0.002 0.001 0.006 0.632 186 F 0.102 0.103 0.004 0.010 0.012 0.024 0.137 0.003 0.001 0.008 0.598 187 A 0.085 0.221 0.007 0.009 0.012 0.030 0.221 0.004 0.001 0.011 0.401 188 E 0.110 0.251 0.009 0.010 0.013 0.020 0.180 0.005 0.001 0.008 0.394 189 R 0.188 0.463 0.011 0.008 0.012 0.020 0.035 0.014 0.001 0.003 0.245 190 L 0.182 0.485 0.030 0.017 0.024 0.030 0.029 0.019 0.001 0.003 0.180 191 H 0.175 0.207 0.030 0.027 0.026 0.044 0.038 0.049 0.001 0.004 0.401 192 Y 0.202 0.086 0.092 0.025 0.067 0.049 0.043 0.019 0.001 0.005 0.412 193 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 194 Y 0.014 0.001 0.003 0.025 0.045 0.065 0.112 0.001 0.001 0.001 0.734 195 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 196 G 0.056 0.003 0.001 0.035 0.025 0.073 0.106 0.001 0.001 0.002 0.699 197 E 0.400 0.010 0.006 0.030 0.014 0.024 0.091 0.001 0.001 0.012 0.412 198 L 0.111 0.032 0.001 0.061 0.027 0.051 0.093 0.001 0.001 0.004 0.620 199 T 0.139 0.039 0.005 0.053 0.063 0.092 0.168 0.002 0.001 0.012 0.426 200 M 0.197 0.064 0.006 0.047 0.024 0.046 0.086 0.003 0.001 0.010 0.518 201 M 0.130 0.122 0.012 0.075 0.051 0.092 0.173 0.005 0.001 0.009 0.333 202 N 0.101 0.077 0.007 0.060 0.040 0.049 0.192 0.006 0.001 0.007 0.460 203 L 0.120 0.131 0.014 0.050 0.042 0.071 0.089 0.006 0.001 0.008 0.469 204 T 0.049 0.092 0.010 0.047 0.048 0.084 0.251 0.004 0.001 0.010 0.404 205 Q 0.121 0.049 0.007 0.023 0.031 0.053 0.159 0.004 0.001 0.011 0.541