# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.043 0.080 0.088 0.136 0.058 0.011 0.524 2 G 0.065 0.025 0.054 0.069 0.120 0.126 0.012 0.530 3 S 0.046 0.019 0.056 0.058 0.076 0.091 0.007 0.646 4 S 0.055 0.020 0.061 0.061 0.104 0.108 0.012 0.580 5 H 0.106 0.015 0.035 0.037 0.056 0.209 0.012 0.529 6 H 0.081 0.030 0.064 0.107 0.155 0.100 0.009 0.454 7 H 0.032 0.019 0.033 0.075 0.123 0.131 0.005 0.581 8 H 0.035 0.016 0.023 0.064 0.106 0.073 0.005 0.676 9 H 0.084 0.026 0.041 0.082 0.189 0.102 0.009 0.467 10 H 0.045 0.025 0.023 0.055 0.091 0.088 0.006 0.668 11 S 0.065 0.039 0.036 0.063 0.096 0.133 0.017 0.551 12 S 0.103 0.016 0.021 0.015 0.024 0.082 0.024 0.715 13 G 0.223 0.011 0.046 0.025 0.035 0.206 0.054 0.399 14 L 0.236 0.011 0.172 0.050 0.054 0.125 0.016 0.337 15 V 0.020 0.006 0.122 0.124 0.119 0.145 0.003 0.461 16 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.003 0.001 0.982 17 R 0.022 0.004 0.077 0.094 0.237 0.183 0.002 0.380 18 G 0.046 0.003 0.025 0.024 0.043 0.056 0.004 0.800 19 S 0.131 0.013 0.081 0.091 0.140 0.100 0.011 0.434 20 K 0.065 0.006 0.041 0.035 0.048 0.122 0.009 0.675 21 M 0.049 0.009 0.062 0.092 0.142 0.109 0.007 0.529 22 D 0.050 0.009 0.027 0.036 0.064 0.266 0.008 0.538 23 M 0.064 0.017 0.051 0.117 0.156 0.084 0.006 0.504 24 E 0.026 0.018 0.021 0.030 0.061 0.348 0.006 0.491 25 D 0.067 0.036 0.026 0.065 0.095 0.206 0.010 0.495 26 A 0.092 0.064 0.037 0.028 0.052 0.146 0.017 0.566 27 D 0.041 0.062 0.025 0.023 0.028 0.403 0.013 0.404 28 M 0.286 0.081 0.028 0.021 0.040 0.115 0.056 0.374 29 T 0.138 0.154 0.044 0.033 0.045 0.302 0.019 0.265 30 L 0.072 0.104 0.037 0.046 0.067 0.118 0.014 0.541 31 W 0.080 0.133 0.046 0.042 0.091 0.127 0.012 0.470 32 T 0.091 0.145 0.034 0.055 0.082 0.162 0.014 0.417 33 E 0.086 0.199 0.032 0.037 0.065 0.098 0.014 0.470 34 A 0.046 0.156 0.024 0.024 0.038 0.122 0.011 0.578 35 E 0.077 0.160 0.018 0.015 0.024 0.202 0.019 0.485 36 F 0.182 0.324 0.029 0.020 0.034 0.066 0.024 0.322 37 E 0.077 0.430 0.040 0.021 0.033 0.072 0.016 0.311 38 E 0.105 0.351 0.030 0.032 0.044 0.089 0.018 0.330 39 K 0.158 0.356 0.030 0.022 0.039 0.063 0.026 0.306 40 C 0.116 0.379 0.056 0.043 0.066 0.040 0.024 0.277 41 T 0.082 0.204 0.062 0.048 0.063 0.057 0.021 0.463 42 Y 0.090 0.121 0.070 0.062 0.074 0.051 0.015 0.518 43 I 0.099 0.087 0.059 0.074 0.108 0.093 0.017 0.462 44 V 0.076 0.095 0.084 0.103 0.119 0.057 0.010 0.457 45 N 0.037 0.065 0.076 0.075 0.107 0.059 0.008 0.573 46 D 0.087 0.037 0.040 0.029 0.064 0.093 0.017 0.634 47 H 0.289 0.031 0.067 0.050 0.075 0.120 0.028 0.340 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.993 49 W 0.008 0.002 0.017 0.017 0.044 0.048 0.002 0.863 50 D 0.138 0.006 0.027 0.027 0.043 0.110 0.008 0.641 51 S 0.286 0.011 0.030 0.046 0.058 0.094 0.012 0.463 52 G 0.091 0.012 0.033 0.030 0.047 0.181 0.009 0.598 53 A 0.093 0.018 0.058 0.059 0.082 0.197 0.010 0.483 54 D 0.047 0.015 0.027 0.024 0.036 0.145 0.009 0.697 55 G 0.045 0.013 0.029 0.018 0.033 0.119 0.010 0.733 56 G 0.135 0.011 0.027 0.014 0.024 0.244 0.019 0.527 57 T 0.099 0.026 0.040 0.043 0.048 0.189 0.010 0.546 58 S 0.032 0.035 0.037 0.039 0.073 0.167 0.005 0.612 59 V 0.043 0.041 0.030 0.038 0.084 0.192 0.005 0.567 60 Q 0.092 0.085 0.034 0.048 0.088 0.148 0.009 0.495 61 A 0.069 0.220 0.043 0.067 0.110 0.074 0.008 0.408 62 E 0.059 0.324 0.028 0.058 0.119 0.070 0.012 0.330 63 A 0.159 0.372 0.028 0.064 0.101 0.040 0.025 0.211 64 S 0.195 0.154 0.026 0.033 0.067 0.030 0.053 0.444 65 L 0.186 0.059 0.068 0.079 0.082 0.054 0.028 0.444 66 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.990 67 R 0.013 0.002 0.026 0.057 0.085 0.033 0.002 0.782 68 N 0.066 0.003 0.069 0.047 0.073 0.062 0.005 0.675 69 L 0.116 0.006 0.159 0.166 0.233 0.033 0.006 0.281 70 L 0.034 0.004 0.365 0.209 0.250 0.043 0.002 0.093 71 F 0.007 0.001 0.247 0.228 0.233 0.014 0.001 0.269 72 K 0.002 0.001 0.199 0.270 0.424 0.026 0.001 0.078 73 Y 0.004 0.001 0.093 0.160 0.288 0.041 0.001 0.411 74 A 0.007 0.002 0.062 0.215 0.396 0.071 0.003 0.243 75 T 0.025 0.002 0.016 0.052 0.108 0.076 0.005 0.715 76 N 0.054 0.006 0.027 0.088 0.137 0.134 0.011 0.543 77 S 0.037 0.006 0.011 0.024 0.043 0.177 0.008 0.695 78 E 0.063 0.008 0.011 0.018 0.027 0.395 0.014 0.465 79 E 0.293 0.017 0.018 0.022 0.030 0.237 0.051 0.332 80 V 0.220 0.031 0.074 0.055 0.078 0.163 0.027 0.352 81 I 0.029 0.019 0.125 0.194 0.257 0.072 0.005 0.300 82 G 0.011 0.010 0.089 0.217 0.393 0.041 0.002 0.238 83 V 0.015 0.010 0.089 0.331 0.394 0.024 0.001 0.136 84 M 0.006 0.022 0.114 0.261 0.454 0.031 0.001 0.111 85 S 0.009 0.016 0.057 0.249 0.509 0.022 0.002 0.138 86 K 0.015 0.030 0.042 0.150 0.301 0.028 0.005 0.429 87 E 0.050 0.031 0.030 0.198 0.273 0.123 0.013 0.282 88 Y 0.141 0.030 0.018 0.057 0.141 0.062 0.020 0.531 89 I 0.087 0.072 0.074 0.158 0.311 0.039 0.014 0.246 90 P 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.004 0.001 0.978 91 K 0.015 0.007 0.010 0.015 0.036 0.023 0.003 0.892 92 G 0.269 0.018 0.055 0.039 0.075 0.046 0.033 0.465 93 T 0.381 0.013 0.073 0.063 0.039 0.094 0.016 0.322 94 R 0.038 0.013 0.167 0.084 0.088 0.085 0.004 0.520 95 F 0.024 0.010 0.183 0.101 0.237 0.041 0.003 0.401 96 G 0.025 0.010 0.252 0.174 0.215 0.061 0.002 0.262 97 P 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.003 0.001 0.977 98 L 0.016 0.006 0.099 0.158 0.354 0.089 0.002 0.276 99 I 0.055 0.013 0.094 0.142 0.284 0.042 0.005 0.365 100 G 0.034 0.018 0.068 0.151 0.288 0.031 0.008 0.403 101 E 0.094 0.020 0.086 0.160 0.200 0.107 0.009 0.324 102 I 0.041 0.015 0.045 0.119 0.191 0.021 0.005 0.562 103 Y 0.020 0.020 0.066 0.238 0.459 0.031 0.004 0.163 104 T 0.023 0.016 0.043 0.176 0.233 0.070 0.004 0.436 105 N 0.020 0.015 0.024 0.053 0.084 0.056 0.005 0.744 106 D 0.042 0.013 0.017 0.030 0.046 0.342 0.011 0.500 107 T 0.174 0.013 0.006 0.011 0.018 0.549 0.029 0.199 108 V 0.332 0.083 0.044 0.062 0.081 0.122 0.026 0.249 109 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.988 110 K 0.021 0.012 0.010 0.039 0.098 0.093 0.003 0.723 111 N 0.268 0.051 0.022 0.076 0.130 0.070 0.015 0.368 112 A 0.179 0.056 0.014 0.039 0.048 0.085 0.018 0.560 113 N 0.084 0.049 0.027 0.031 0.040 0.306 0.025 0.438 114 R 0.315 0.023 0.025 0.022 0.028 0.058 0.042 0.488 115 K 0.099 0.032 0.061 0.046 0.050 0.203 0.020 0.489 116 Y 0.065 0.019 0.096 0.128 0.160 0.119 0.009 0.402 117 F 0.035 0.020 0.106 0.196 0.357 0.075 0.005 0.206 118 W 0.012 0.008 0.047 0.380 0.403 0.032 0.001 0.117 119 R 0.010 0.012 0.074 0.284 0.415 0.040 0.002 0.164 120 I 0.009 0.010 0.040 0.306 0.451 0.019 0.002 0.163 121 Y 0.010 0.016 0.037 0.252 0.487 0.039 0.003 0.155 122 S 0.033 0.025 0.029 0.190 0.305 0.116 0.010 0.292 123 R 0.047 0.019 0.027 0.061 0.112 0.105 0.021 0.606 124 G 0.104 0.010 0.017 0.023 0.035 0.182 0.041 0.588 125 E 0.234 0.006 0.026 0.019 0.021 0.305 0.032 0.357 126 L 0.073 0.013 0.055 0.057 0.067 0.158 0.008 0.568 127 H 0.025 0.012 0.095 0.097 0.186 0.180 0.004 0.401 128 H 0.043 0.014 0.224 0.109 0.240 0.074 0.004 0.292 129 F 0.028 0.016 0.386 0.104 0.254 0.035 0.004 0.173 130 I 0.024 0.012 0.543 0.097 0.097 0.085 0.002 0.140 131 D 0.007 0.012 0.245 0.164 0.177 0.065 0.003 0.326 132 G 0.014 0.016 0.258 0.053 0.137 0.136 0.005 0.381 133 F 0.015 0.010 0.035 0.012 0.024 0.625 0.006 0.273 134 N 0.152 0.027 0.024 0.015 0.022 0.212 0.032 0.515 135 E 0.160 0.092 0.048 0.011 0.016 0.088 0.023 0.562 136 E 0.053 0.082 0.017 0.010 0.016 0.467 0.014 0.341 137 K 0.193 0.203 0.017 0.014 0.030 0.198 0.029 0.316 138 S 0.151 0.376 0.043 0.018 0.038 0.047 0.030 0.298 139 N 0.123 0.164 0.059 0.027 0.028 0.128 0.028 0.444 140 W 0.111 0.156 0.058 0.029 0.034 0.108 0.017 0.487 141 M 0.051 0.215 0.070 0.100 0.172 0.114 0.012 0.268 142 R 0.081 0.232 0.094 0.127 0.124 0.116 0.014 0.211 143 Y 0.114 0.237 0.174 0.091 0.142 0.021 0.015 0.206 144 V 0.076 0.230 0.231 0.084 0.134 0.058 0.012 0.175 145 N 0.030 0.097 0.075 0.227 0.225 0.064 0.012 0.271 146 P 0.009 0.014 0.021 0.011 0.027 0.026 0.004 0.888 147 A 0.031 0.015 0.025 0.025 0.035 0.534 0.017 0.318 148 H 0.523 0.017 0.019 0.011 0.015 0.075 0.067 0.273 149 S 0.166 0.078 0.081 0.041 0.038 0.183 0.017 0.397 150 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 151 R 0.031 0.014 0.011 0.017 0.049 0.441 0.008 0.430 152 E 0.571 0.019 0.008 0.012 0.016 0.092 0.020 0.263 153 Q 0.126 0.185 0.046 0.070 0.071 0.175 0.015 0.312 154 N 0.065 0.132 0.049 0.073 0.112 0.138 0.012 0.419 155 L 0.077 0.115 0.060 0.185 0.300 0.034 0.009 0.220 156 A 0.030 0.092 0.055 0.254 0.318 0.049 0.006 0.196 157 A 0.019 0.051 0.045 0.319 0.349 0.017 0.004 0.196 158 C 0.014 0.066 0.053 0.259 0.445 0.016 0.004 0.143 159 Q 0.026 0.051 0.059 0.292 0.350 0.031 0.005 0.186 160 N 0.028 0.033 0.039 0.140 0.213 0.059 0.011 0.478 161 G 0.095 0.013 0.039 0.055 0.089 0.140 0.032 0.537 162 M 0.192 0.005 0.031 0.033 0.035 0.161 0.034 0.509 163 N 0.070 0.004 0.068 0.049 0.058 0.273 0.012 0.465 164 I 0.036 0.004 0.144 0.130 0.209 0.065 0.004 0.408 165 Y 0.010 0.003 0.319 0.196 0.342 0.036 0.001 0.092 166 F 0.005 0.002 0.363 0.259 0.274 0.019 0.001 0.077 167 Y 0.002 0.001 0.436 0.256 0.260 0.012 0.001 0.034 168 T 0.003 0.002 0.307 0.236 0.329 0.029 0.001 0.094 169 I 0.004 0.003 0.178 0.201 0.442 0.022 0.002 0.149 170 K 0.013 0.003 0.137 0.192 0.325 0.078 0.003 0.247 171 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.991 172 I 0.056 0.003 0.062 0.128 0.336 0.083 0.006 0.326 173 P 0.006 0.001 0.002 0.007 0.015 0.005 0.001 0.964 174 A 0.023 0.003 0.015 0.027 0.075 0.044 0.002 0.810 175 N 0.093 0.009 0.044 0.034 0.068 0.109 0.012 0.631 176 Q 0.361 0.010 0.032 0.054 0.059 0.086 0.018 0.380 177 E 0.063 0.031 0.091 0.070 0.076 0.179 0.009 0.481 178 L 0.054 0.030 0.109 0.224 0.331 0.055 0.007 0.190 179 L 0.037 0.047 0.213 0.159 0.336 0.046 0.005 0.156 180 V 0.017 0.029 0.165 0.251 0.317 0.027 0.002 0.191 181 W 0.011 0.029 0.119 0.185 0.298 0.060 0.003 0.295 182 Y 0.023 0.042 0.077 0.117 0.238 0.123 0.006 0.373 183 C 0.042 0.062 0.074 0.085 0.238 0.116 0.012 0.372 184 R 0.063 0.065 0.040 0.043 0.068 0.150 0.011 0.561 185 D 0.071 0.096 0.022 0.021 0.036 0.109 0.015 0.631 186 F 0.135 0.224 0.027 0.017 0.044 0.093 0.018 0.444 187 A 0.056 0.255 0.015 0.017 0.030 0.195 0.013 0.421 188 E 0.115 0.336 0.012 0.016 0.027 0.165 0.022 0.305 189 R 0.235 0.418 0.020 0.012 0.016 0.035 0.030 0.234 190 L 0.123 0.487 0.049 0.024 0.021 0.038 0.028 0.228 191 H 0.145 0.207 0.035 0.025 0.036 0.047 0.040 0.466 192 Y 0.150 0.071 0.057 0.027 0.037 0.046 0.019 0.592 193 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 194 Y 0.024 0.003 0.024 0.013 0.027 0.053 0.003 0.853 195 P 0.018 0.001 0.011 0.005 0.009 0.009 0.001 0.946 196 G 0.076 0.009 0.044 0.040 0.069 0.127 0.004 0.633 197 E 0.099 0.014 0.048 0.051 0.066 0.093 0.004 0.625 198 L 0.076 0.030 0.062 0.063 0.103 0.111 0.006 0.549 199 T 0.067 0.045 0.047 0.056 0.079 0.195 0.010 0.502 200 M 0.142 0.067 0.050 0.052 0.097 0.094 0.022 0.476 201 M 0.104 0.073 0.047 0.053 0.075 0.161 0.014 0.473 202 N 0.059 0.069 0.035 0.056 0.081 0.174 0.015 0.511 203 L 0.143 0.078 0.043 0.045 0.094 0.100 0.018 0.479 204 T 0.073 0.100 0.053 0.061 0.084 0.171 0.012 0.446 205 Q 0.060 0.063 0.031 0.037 0.060 0.109 0.012 0.629