# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.263 0.259 0.173 0.035 0.017 0.046 0.002 0.035 0.002 0.002 2 G 0.081 0.038 0.133 0.032 0.153 0.022 0.061 0.187 0.014 0.276 0.004 3 S 0.212 0.155 0.301 0.188 0.057 0.025 0.023 0.008 0.018 0.008 0.005 4 S 0.195 0.130 0.197 0.188 0.115 0.042 0.052 0.039 0.020 0.018 0.004 5 H 0.181 0.265 0.184 0.167 0.069 0.040 0.056 0.009 0.025 0.002 0.002 6 H 0.099 0.477 0.255 0.054 0.062 0.021 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 7 H 0.162 0.235 0.307 0.127 0.044 0.073 0.022 0.003 0.021 0.003 0.004 8 H 0.141 0.354 0.176 0.148 0.088 0.033 0.023 0.004 0.031 0.002 0.001 9 H 0.158 0.342 0.239 0.086 0.048 0.056 0.030 0.004 0.033 0.003 0.002 10 H 0.165 0.254 0.335 0.099 0.060 0.029 0.019 0.003 0.029 0.004 0.002 11 S 0.234 0.213 0.295 0.072 0.044 0.038 0.025 0.005 0.057 0.012 0.005 12 S 0.281 0.093 0.236 0.274 0.023 0.012 0.053 0.004 0.015 0.004 0.006 13 G 0.050 0.014 0.043 0.026 0.079 0.007 0.132 0.514 0.005 0.130 0.002 14 L 0.079 0.292 0.421 0.107 0.028 0.036 0.013 0.002 0.019 0.001 0.002 15 V 0.037 0.371 0.473 0.009 0.026 0.023 0.004 0.001 0.053 0.002 0.002 16 P 0.133 0.038 0.652 0.020 0.017 0.080 0.006 0.002 0.010 0.014 0.027 17 R 0.144 0.236 0.312 0.139 0.066 0.028 0.025 0.008 0.032 0.006 0.004 18 G 0.061 0.030 0.132 0.040 0.155 0.027 0.048 0.252 0.012 0.237 0.005 19 S 0.185 0.202 0.275 0.172 0.082 0.031 0.011 0.008 0.022 0.009 0.003 20 K 0.169 0.162 0.237 0.219 0.057 0.061 0.045 0.007 0.030 0.006 0.006 21 M 0.279 0.242 0.247 0.105 0.067 0.016 0.015 0.003 0.020 0.003 0.002 22 D 0.158 0.136 0.314 0.158 0.038 0.095 0.054 0.010 0.026 0.006 0.006 23 M 0.174 0.256 0.366 0.051 0.069 0.021 0.010 0.002 0.047 0.003 0.002 24 E 0.512 0.092 0.278 0.057 0.009 0.026 0.008 0.002 0.009 0.003 0.006 25 D 0.241 0.099 0.172 0.250 0.074 0.063 0.046 0.015 0.030 0.008 0.002 26 A 0.712 0.050 0.121 0.067 0.018 0.007 0.009 0.004 0.008 0.005 0.002 27 D 0.312 0.054 0.087 0.439 0.020 0.028 0.041 0.007 0.009 0.002 0.001 28 M 0.339 0.096 0.122 0.242 0.066 0.025 0.064 0.022 0.017 0.005 0.001 29 T 0.304 0.197 0.257 0.135 0.031 0.032 0.018 0.003 0.021 0.002 0.001 30 L 0.438 0.152 0.188 0.157 0.014 0.026 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 31 W 0.370 0.160 0.161 0.176 0.056 0.029 0.021 0.005 0.017 0.003 0.001 32 T 0.241 0.212 0.244 0.161 0.047 0.042 0.019 0.003 0.029 0.002 0.001 33 E 0.393 0.135 0.259 0.080 0.027 0.037 0.029 0.003 0.030 0.004 0.002 34 A 0.724 0.054 0.132 0.050 0.012 0.010 0.007 0.002 0.006 0.003 0.001 35 E 0.597 0.059 0.079 0.207 0.012 0.018 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 36 F 0.571 0.094 0.117 0.122 0.036 0.016 0.018 0.004 0.019 0.002 0.001 37 E 0.688 0.078 0.120 0.072 0.006 0.012 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 38 E 0.541 0.095 0.100 0.187 0.022 0.019 0.022 0.003 0.009 0.001 0.001 39 K 0.461 0.123 0.141 0.184 0.024 0.021 0.027 0.004 0.014 0.001 0.001 40 C 0.254 0.157 0.266 0.166 0.043 0.041 0.036 0.006 0.027 0.003 0.001 41 T 0.437 0.113 0.195 0.150 0.024 0.031 0.030 0.005 0.011 0.003 0.002 42 Y 0.278 0.256 0.216 0.102 0.076 0.031 0.015 0.004 0.018 0.002 0.001 43 I 0.286 0.277 0.264 0.062 0.020 0.060 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 44 V 0.295 0.338 0.202 0.083 0.023 0.024 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 45 N 0.248 0.181 0.245 0.095 0.083 0.047 0.046 0.013 0.023 0.015 0.004 46 D 0.241 0.197 0.206 0.213 0.050 0.032 0.027 0.005 0.024 0.003 0.004 47 H 0.022 0.236 0.406 0.007 0.058 0.021 0.008 0.001 0.235 0.005 0.001 48 P 0.417 0.007 0.492 0.017 0.004 0.016 0.001 0.001 0.003 0.004 0.040 49 W 0.475 0.108 0.194 0.159 0.025 0.010 0.010 0.006 0.011 0.002 0.001 50 D 0.243 0.075 0.113 0.389 0.039 0.045 0.045 0.020 0.022 0.008 0.003 51 S 0.153 0.206 0.232 0.195 0.051 0.018 0.080 0.008 0.046 0.006 0.003 52 G 0.115 0.044 0.204 0.040 0.096 0.027 0.068 0.149 0.014 0.232 0.010 53 A 0.191 0.182 0.358 0.162 0.039 0.019 0.009 0.004 0.024 0.005 0.006 54 D 0.107 0.126 0.262 0.215 0.045 0.042 0.110 0.019 0.047 0.017 0.009 55 G 0.089 0.030 0.179 0.058 0.133 0.007 0.075 0.175 0.008 0.243 0.005 56 G 0.100 0.037 0.192 0.067 0.095 0.029 0.070 0.252 0.007 0.141 0.010 57 T 0.076 0.366 0.338 0.093 0.066 0.024 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 58 S 0.369 0.166 0.297 0.062 0.040 0.028 0.009 0.004 0.013 0.007 0.005 59 V 0.300 0.189 0.168 0.235 0.041 0.034 0.013 0.003 0.014 0.001 0.001 60 Q 0.290 0.290 0.191 0.080 0.062 0.027 0.025 0.002 0.030 0.001 0.001 61 A 0.381 0.229 0.279 0.036 0.034 0.016 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 62 E 0.387 0.220 0.170 0.159 0.012 0.024 0.010 0.001 0.015 0.001 0.002 63 A 0.246 0.249 0.162 0.147 0.094 0.017 0.045 0.007 0.025 0.004 0.002 64 S 0.133 0.190 0.260 0.158 0.048 0.057 0.101 0.017 0.026 0.005 0.005 65 L 0.014 0.316 0.425 0.005 0.045 0.015 0.005 0.001 0.170 0.003 0.001 66 P 0.060 0.008 0.845 0.007 0.003 0.029 0.002 0.001 0.004 0.004 0.038 67 R 0.316 0.129 0.373 0.095 0.033 0.014 0.014 0.008 0.011 0.003 0.003 68 N 0.074 0.167 0.235 0.165 0.059 0.067 0.169 0.040 0.019 0.004 0.003 69 L 0.007 0.628 0.253 0.012 0.066 0.016 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 70 L 0.015 0.545 0.321 0.008 0.028 0.066 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 71 F 0.005 0.645 0.231 0.008 0.027 0.064 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 72 K 0.022 0.679 0.144 0.009 0.077 0.046 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 73 Y 0.048 0.424 0.306 0.040 0.064 0.070 0.013 0.001 0.031 0.002 0.002 74 A 0.096 0.357 0.248 0.044 0.117 0.063 0.020 0.006 0.040 0.007 0.002 75 T 0.240 0.248 0.246 0.123 0.058 0.033 0.018 0.003 0.022 0.004 0.003 76 N 0.229 0.279 0.210 0.102 0.077 0.031 0.022 0.004 0.038 0.005 0.001 77 S 0.322 0.148 0.272 0.118 0.042 0.029 0.028 0.006 0.022 0.008 0.005 78 E 0.371 0.105 0.174 0.163 0.044 0.032 0.057 0.020 0.020 0.011 0.003 79 E 0.335 0.162 0.182 0.169 0.057 0.011 0.050 0.013 0.012 0.007 0.002 80 V 0.161 0.206 0.284 0.116 0.079 0.059 0.037 0.024 0.022 0.010 0.002 81 I 0.108 0.442 0.216 0.150 0.033 0.010 0.019 0.001 0.019 0.001 0.001 82 G 0.046 0.124 0.155 0.020 0.415 0.021 0.034 0.112 0.007 0.065 0.002 83 V 0.051 0.685 0.166 0.016 0.044 0.022 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 84 M 0.036 0.640 0.180 0.021 0.068 0.022 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 85 S 0.125 0.367 0.273 0.034 0.100 0.050 0.008 0.002 0.035 0.005 0.002 86 K 0.485 0.169 0.144 0.121 0.030 0.020 0.013 0.002 0.011 0.002 0.003 87 E 0.391 0.323 0.112 0.079 0.044 0.009 0.016 0.001 0.024 0.001 0.001 88 Y 0.251 0.152 0.238 0.224 0.019 0.073 0.023 0.001 0.016 0.001 0.003 89 I 0.066 0.356 0.392 0.009 0.018 0.017 0.011 0.001 0.128 0.001 0.001 90 P 0.111 0.012 0.780 0.007 0.004 0.035 0.003 0.001 0.015 0.013 0.020 91 K 0.263 0.033 0.402 0.206 0.010 0.009 0.050 0.004 0.009 0.004 0.011 92 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.001 0.020 0.887 0.001 0.075 0.001 93 T 0.049 0.345 0.438 0.091 0.034 0.026 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 94 R 0.054 0.384 0.375 0.056 0.018 0.087 0.004 0.001 0.018 0.001 0.002 95 F 0.065 0.583 0.169 0.087 0.023 0.036 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 96 G 0.029 0.155 0.312 0.009 0.305 0.037 0.011 0.008 0.074 0.059 0.002 97 P 0.298 0.028 0.573 0.022 0.027 0.018 0.003 0.001 0.004 0.008 0.019 98 L 0.220 0.331 0.175 0.126 0.044 0.043 0.013 0.002 0.046 0.001 0.001 99 I 0.114 0.469 0.222 0.080 0.033 0.010 0.032 0.001 0.037 0.001 0.001 100 G 0.022 0.028 0.101 0.014 0.275 0.019 0.054 0.289 0.004 0.191 0.002 101 E 0.045 0.585 0.252 0.019 0.041 0.033 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 102 I 0.050 0.507 0.311 0.017 0.013 0.081 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 103 Y 0.074 0.548 0.191 0.039 0.065 0.053 0.004 0.001 0.023 0.002 0.001 104 T 0.079 0.233 0.390 0.068 0.074 0.087 0.019 0.002 0.039 0.006 0.004 105 N 0.324 0.138 0.223 0.100 0.067 0.049 0.035 0.015 0.031 0.016 0.004 106 D 0.655 0.069 0.123 0.099 0.017 0.013 0.012 0.003 0.008 0.002 0.002 107 T 0.401 0.105 0.088 0.346 0.016 0.020 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 108 V 0.159 0.333 0.292 0.017 0.057 0.015 0.008 0.001 0.115 0.002 0.001 109 P 0.455 0.018 0.454 0.011 0.004 0.027 0.003 0.001 0.005 0.002 0.020 110 K 0.684 0.071 0.089 0.124 0.010 0.009 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 111 N 0.273 0.081 0.160 0.235 0.039 0.044 0.081 0.029 0.043 0.014 0.002 112 A 0.458 0.077 0.194 0.162 0.025 0.009 0.042 0.009 0.013 0.008 0.003 113 N 0.082 0.054 0.116 0.217 0.058 0.036 0.280 0.106 0.014 0.034 0.002 114 R 0.099 0.178 0.457 0.129 0.048 0.034 0.024 0.011 0.015 0.005 0.001 115 K 0.152 0.259 0.334 0.154 0.025 0.029 0.027 0.006 0.009 0.002 0.002 116 Y 0.037 0.553 0.200 0.063 0.103 0.022 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 117 F 0.036 0.613 0.209 0.026 0.076 0.021 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 118 W 0.017 0.660 0.128 0.014 0.153 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 119 R 0.012 0.758 0.100 0.004 0.080 0.018 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 120 I 0.032 0.726 0.146 0.011 0.030 0.031 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 121 Y 0.110 0.404 0.270 0.070 0.052 0.044 0.013 0.001 0.031 0.003 0.002 122 S 0.346 0.204 0.141 0.112 0.067 0.025 0.040 0.008 0.037 0.018 0.003 123 R 0.110 0.110 0.122 0.358 0.020 0.012 0.238 0.005 0.018 0.003 0.003 124 G 0.013 0.005 0.017 0.010 0.038 0.002 0.144 0.646 0.002 0.123 0.001 125 E 0.054 0.201 0.373 0.168 0.034 0.054 0.087 0.011 0.013 0.003 0.001 126 L 0.047 0.317 0.516 0.055 0.014 0.039 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 127 H 0.159 0.379 0.232 0.134 0.037 0.037 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 128 H 0.016 0.614 0.105 0.027 0.210 0.011 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 129 F 0.011 0.699 0.159 0.008 0.063 0.043 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 130 I 0.015 0.775 0.129 0.010 0.024 0.024 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 131 D 0.027 0.307 0.366 0.027 0.076 0.101 0.030 0.002 0.053 0.008 0.002 132 G 0.225 0.113 0.187 0.080 0.234 0.032 0.023 0.026 0.013 0.063 0.004 133 F 0.248 0.231 0.177 0.180 0.085 0.027 0.017 0.004 0.024 0.005 0.001 134 N 0.267 0.092 0.215 0.155 0.087 0.075 0.043 0.013 0.038 0.012 0.003 135 E 0.781 0.044 0.075 0.064 0.010 0.008 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 136 E 0.585 0.075 0.066 0.228 0.007 0.017 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 137 K 0.438 0.093 0.091 0.262 0.028 0.011 0.052 0.005 0.018 0.002 0.001 138 S 0.338 0.047 0.143 0.119 0.049 0.014 0.144 0.091 0.010 0.043 0.002 139 N 0.338 0.077 0.196 0.145 0.050 0.054 0.064 0.038 0.019 0.017 0.002 140 W 0.601 0.078 0.154 0.124 0.014 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 141 M 0.672 0.132 0.091 0.054 0.019 0.010 0.010 0.003 0.007 0.001 0.001 142 R 0.513 0.270 0.085 0.043 0.059 0.008 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 143 Y 0.243 0.357 0.190 0.070 0.074 0.034 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 144 V 0.146 0.576 0.148 0.042 0.031 0.020 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 145 N 0.066 0.133 0.508 0.023 0.028 0.128 0.033 0.002 0.069 0.008 0.003 146 P 0.617 0.027 0.136 0.137 0.025 0.015 0.009 0.007 0.006 0.014 0.006 147 A 0.440 0.071 0.098 0.260 0.047 0.014 0.036 0.014 0.011 0.007 0.002 148 H 0.148 0.058 0.104 0.587 0.028 0.033 0.023 0.005 0.011 0.002 0.002 149 S 0.032 0.145 0.309 0.010 0.041 0.023 0.038 0.001 0.391 0.009 0.001 150 P 0.806 0.001 0.154 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 151 R 0.239 0.023 0.064 0.525 0.016 0.024 0.065 0.032 0.009 0.002 0.001 152 E 0.418 0.106 0.248 0.142 0.015 0.020 0.033 0.003 0.013 0.001 0.001 153 Q 0.475 0.199 0.181 0.099 0.013 0.010 0.013 0.002 0.008 0.001 0.001 154 N 0.159 0.219 0.253 0.151 0.062 0.096 0.034 0.006 0.017 0.002 0.001 155 L 0.189 0.452 0.221 0.044 0.047 0.026 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 156 A 0.166 0.559 0.173 0.022 0.038 0.019 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 157 A 0.061 0.607 0.163 0.020 0.088 0.029 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 158 C 0.068 0.534 0.220 0.033 0.073 0.034 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 159 Q 0.218 0.441 0.164 0.063 0.037 0.024 0.009 0.001 0.041 0.002 0.002 160 N 0.053 0.059 0.096 0.487 0.032 0.026 0.214 0.008 0.016 0.005 0.002 161 G 0.004 0.007 0.016 0.009 0.058 0.002 0.167 0.603 0.003 0.130 0.001 162 M 0.056 0.244 0.498 0.083 0.042 0.019 0.037 0.007 0.008 0.005 0.002 163 N 0.023 0.435 0.326 0.063 0.065 0.049 0.023 0.004 0.010 0.001 0.001 164 I 0.004 0.764 0.157 0.006 0.046 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 165 Y 0.005 0.785 0.090 0.004 0.097 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 166 F 0.001 0.803 0.090 0.002 0.076 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 167 Y 0.003 0.852 0.042 0.003 0.077 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 168 T 0.013 0.647 0.181 0.008 0.099 0.021 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 169 I 0.060 0.573 0.200 0.063 0.027 0.040 0.012 0.001 0.023 0.001 0.002 170 K 0.016 0.507 0.206 0.003 0.067 0.010 0.011 0.001 0.177 0.001 0.001 171 P 0.082 0.014 0.770 0.008 0.004 0.054 0.007 0.001 0.003 0.002 0.056 172 I 0.049 0.373 0.434 0.016 0.022 0.037 0.005 0.001 0.062 0.001 0.001 173 P 0.009 0.014 0.865 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 0.045 0.011 0.006 174 A 0.367 0.005 0.489 0.076 0.002 0.011 0.005 0.001 0.002 0.003 0.039 175 N 0.008 0.004 0.010 0.044 0.016 0.007 0.248 0.649 0.002 0.013 0.001 176 Q 0.021 0.202 0.635 0.075 0.020 0.035 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 177 E 0.069 0.422 0.386 0.073 0.008 0.032 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 178 L 0.022 0.759 0.095 0.029 0.068 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 179 L 0.007 0.753 0.074 0.003 0.132 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 180 V 0.012 0.851 0.069 0.002 0.040 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 181 W 0.057 0.361 0.318 0.022 0.041 0.143 0.011 0.001 0.043 0.002 0.002 182 Y 0.126 0.282 0.144 0.204 0.148 0.038 0.020 0.004 0.026 0.007 0.001 183 C 0.229 0.185 0.193 0.103 0.086 0.040 0.085 0.017 0.035 0.026 0.002 184 R 0.559 0.087 0.158 0.118 0.029 0.012 0.018 0.004 0.008 0.005 0.002 185 D 0.561 0.071 0.110 0.152 0.028 0.026 0.027 0.007 0.012 0.004 0.001 186 F 0.686 0.051 0.072 0.147 0.013 0.011 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 187 A 0.807 0.045 0.067 0.049 0.006 0.007 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 188 E 0.745 0.047 0.055 0.114 0.011 0.008 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 189 R 0.616 0.079 0.107 0.135 0.016 0.013 0.014 0.003 0.016 0.001 0.001 190 L 0.541 0.093 0.165 0.152 0.008 0.010 0.019 0.001 0.009 0.001 0.002 191 H 0.226 0.127 0.136 0.291 0.034 0.038 0.105 0.020 0.017 0.004 0.002 192 Y 0.012 0.324 0.421 0.006 0.063 0.016 0.006 0.001 0.149 0.002 0.001 193 P 0.112 0.006 0.761 0.012 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 194 Y 0.041 0.274 0.388 0.021 0.031 0.035 0.007 0.001 0.200 0.002 0.001 195 P 0.215 0.015 0.664 0.045 0.005 0.014 0.006 0.001 0.005 0.006 0.026 196 G 0.069 0.015 0.064 0.036 0.076 0.017 0.049 0.527 0.006 0.139 0.002 197 E 0.187 0.245 0.331 0.136 0.043 0.020 0.008 0.002 0.022 0.003 0.002 198 L 0.349 0.132 0.227 0.142 0.045 0.042 0.018 0.009 0.019 0.009 0.008 199 T 0.210 0.218 0.145 0.262 0.087 0.022 0.026 0.006 0.020 0.003 0.001 200 M 0.189 0.212 0.233 0.130 0.080 0.043 0.055 0.017 0.030 0.008 0.003 201 M 0.194 0.311 0.262 0.112 0.059 0.020 0.016 0.003 0.020 0.003 0.002 202 N 0.143 0.193 0.322 0.095 0.064 0.060 0.063 0.013 0.034 0.010 0.003 203 L 0.266 0.210 0.294 0.089 0.052 0.038 0.019 0.006 0.018 0.005 0.002 204 T 0.224 0.303 0.230 0.142 0.035 0.025 0.015 0.002 0.018 0.002 0.001 205 Q 0.194 0.258 0.271 0.078 0.076 0.038 0.037 0.008 0.031 0.007 0.002