# TARGET T0434 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0434.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1387 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.330 0.183 0.164 0.165 0.104 0.047 0.007 2 G 0.477 0.237 0.142 0.086 0.039 0.017 0.002 3 S 0.551 0.207 0.130 0.072 0.028 0.010 0.001 4 S 0.556 0.246 0.114 0.052 0.021 0.008 0.001 5 H 0.355 0.234 0.176 0.128 0.073 0.031 0.004 6 H 0.236 0.169 0.175 0.219 0.141 0.056 0.006 7 H 0.375 0.306 0.181 0.091 0.033 0.013 0.001 8 H 0.201 0.203 0.191 0.215 0.138 0.048 0.003 9 H 0.256 0.238 0.211 0.170 0.091 0.032 0.003 10 H 0.323 0.251 0.185 0.155 0.067 0.017 0.002 11 S 0.520 0.246 0.127 0.078 0.024 0.006 0.001 12 S 0.654 0.204 0.095 0.034 0.010 0.003 0.001 13 G 0.581 0.254 0.115 0.037 0.010 0.003 0.001 14 L 0.189 0.174 0.197 0.228 0.158 0.051 0.004 15 V 0.207 0.308 0.198 0.173 0.082 0.031 0.002 16 P 0.243 0.190 0.202 0.181 0.130 0.050 0.004 17 R 0.303 0.270 0.187 0.157 0.062 0.020 0.002 18 G 0.315 0.289 0.184 0.121 0.065 0.024 0.003 19 S 0.242 0.217 0.194 0.204 0.108 0.032 0.003 20 K 0.529 0.294 0.110 0.050 0.012 0.005 0.001 21 M 0.203 0.212 0.200 0.215 0.131 0.035 0.003 22 D 0.318 0.310 0.189 0.120 0.045 0.017 0.002 23 M 0.161 0.149 0.185 0.247 0.187 0.064 0.006 24 E 0.427 0.301 0.150 0.082 0.028 0.011 0.002 25 D 0.248 0.212 0.193 0.169 0.119 0.051 0.008 26 A 0.333 0.234 0.171 0.146 0.071 0.036 0.008 27 D 0.268 0.222 0.186 0.153 0.099 0.057 0.015 28 M 0.194 0.173 0.161 0.178 0.154 0.110 0.029 29 T 0.176 0.173 0.184 0.190 0.149 0.099 0.029 30 L 0.174 0.191 0.182 0.185 0.147 0.097 0.024 31 W 0.133 0.134 0.175 0.210 0.192 0.130 0.027 32 T 0.133 0.128 0.143 0.193 0.221 0.150 0.032 33 E 0.235 0.263 0.208 0.162 0.082 0.041 0.008 34 A 0.285 0.256 0.173 0.153 0.089 0.037 0.007 35 E 0.329 0.305 0.165 0.121 0.050 0.025 0.004 36 F 0.160 0.141 0.168 0.223 0.202 0.093 0.012 37 E 0.267 0.266 0.195 0.160 0.071 0.035 0.006 38 E 0.260 0.233 0.193 0.163 0.101 0.044 0.008 39 K 0.219 0.241 0.202 0.173 0.096 0.055 0.014 40 C 0.093 0.102 0.121 0.203 0.233 0.198 0.050 41 T 0.168 0.206 0.219 0.191 0.119 0.073 0.024 42 Y 0.114 0.155 0.168 0.207 0.179 0.136 0.040 43 I 0.077 0.109 0.153 0.209 0.227 0.181 0.045 44 V 0.074 0.082 0.109 0.175 0.249 0.243 0.068 45 N 0.163 0.210 0.203 0.198 0.131 0.077 0.018 46 D 0.212 0.248 0.200 0.170 0.107 0.053 0.010 47 H 0.167 0.162 0.168 0.227 0.168 0.093 0.014 48 P 0.377 0.267 0.178 0.108 0.046 0.021 0.003 49 W 0.307 0.254 0.179 0.148 0.078 0.029 0.003 50 D 0.404 0.273 0.157 0.105 0.043 0.016 0.002 51 S 0.375 0.228 0.168 0.134 0.069 0.024 0.002 52 G 0.501 0.258 0.128 0.075 0.027 0.010 0.001 53 A 0.361 0.214 0.171 0.147 0.081 0.024 0.002 54 D 0.575 0.243 0.108 0.052 0.016 0.006 0.001 55 G 0.491 0.230 0.141 0.081 0.042 0.013 0.002 56 G 0.398 0.299 0.139 0.101 0.042 0.018 0.003 57 T 0.190 0.154 0.177 0.208 0.180 0.080 0.011 58 S 0.259 0.248 0.206 0.164 0.079 0.037 0.006 59 V 0.141 0.163 0.196 0.213 0.185 0.090 0.011 60 Q 0.149 0.165 0.209 0.220 0.163 0.083 0.012 61 A 0.136 0.153 0.189 0.218 0.191 0.100 0.012 62 E 0.207 0.234 0.215 0.188 0.108 0.043 0.005 63 A 0.295 0.282 0.187 0.149 0.064 0.021 0.002 64 S 0.434 0.308 0.153 0.070 0.024 0.009 0.001 65 L 0.138 0.157 0.201 0.264 0.180 0.057 0.004 66 P 0.284 0.293 0.233 0.128 0.041 0.019 0.002 67 R 0.246 0.294 0.203 0.153 0.077 0.024 0.003 68 N 0.168 0.289 0.286 0.171 0.060 0.022 0.004 69 L 0.019 0.040 0.071 0.176 0.333 0.319 0.042 70 L 0.035 0.112 0.215 0.295 0.215 0.108 0.020 71 F 0.018 0.030 0.051 0.123 0.295 0.382 0.101 72 K 0.058 0.159 0.212 0.251 0.188 0.107 0.025 73 Y 0.080 0.153 0.175 0.230 0.200 0.136 0.026 74 A 0.106 0.132 0.167 0.236 0.213 0.126 0.021 75 T 0.354 0.280 0.190 0.110 0.044 0.020 0.003 76 N 0.340 0.238 0.179 0.136 0.079 0.025 0.002 77 S 0.484 0.261 0.147 0.073 0.024 0.009 0.001 78 E 0.549 0.262 0.123 0.041 0.017 0.007 0.001 79 E 0.227 0.309 0.188 0.167 0.075 0.028 0.006 80 V 0.057 0.146 0.204 0.239 0.223 0.117 0.014 81 I 0.007 0.021 0.052 0.156 0.336 0.358 0.070 82 G 0.005 0.011 0.046 0.086 0.220 0.405 0.229 83 V 0.002 0.005 0.014 0.023 0.072 0.469 0.415 84 M 0.004 0.015 0.067 0.200 0.265 0.286 0.162 85 S 0.001 0.002 0.006 0.018 0.142 0.505 0.326 86 K 0.010 0.066 0.188 0.315 0.257 0.133 0.031 87 E 0.085 0.338 0.260 0.192 0.075 0.044 0.006 88 Y 0.030 0.132 0.251 0.316 0.204 0.065 0.003 89 I 0.025 0.044 0.099 0.309 0.389 0.128 0.007 90 P 0.316 0.402 0.194 0.067 0.017 0.004 0.001 91 K 0.424 0.339 0.137 0.071 0.023 0.005 0.001 92 G 0.330 0.295 0.212 0.111 0.039 0.012 0.001 93 T 0.301 0.291 0.197 0.140 0.053 0.017 0.002 94 R 0.124 0.193 0.227 0.231 0.163 0.057 0.006 95 F 0.068 0.084 0.118 0.185 0.230 0.268 0.048 96 G 0.085 0.132 0.158 0.224 0.221 0.144 0.035 97 P 0.157 0.261 0.221 0.188 0.098 0.056 0.020 98 L 0.063 0.083 0.114 0.182 0.247 0.227 0.083 99 I 0.072 0.103 0.125 0.194 0.198 0.211 0.096 100 G 0.086 0.136 0.174 0.216 0.206 0.141 0.041 101 E 0.103 0.191 0.241 0.218 0.146 0.085 0.015 102 I 0.056 0.084 0.130 0.204 0.273 0.224 0.028 103 Y 0.071 0.102 0.169 0.250 0.245 0.145 0.018 104 T 0.206 0.276 0.230 0.168 0.087 0.030 0.003 105 N 0.335 0.274 0.202 0.135 0.043 0.010 0.001 106 D 0.671 0.214 0.084 0.024 0.005 0.002 0.001 107 T 0.424 0.307 0.178 0.063 0.024 0.005 0.001 108 V 0.137 0.156 0.195 0.302 0.169 0.040 0.001 109 P 0.470 0.311 0.157 0.050 0.011 0.002 0.001 110 K 0.478 0.360 0.104 0.046 0.010 0.001 0.001 111 N 0.409 0.231 0.189 0.118 0.046 0.006 0.001 112 A 0.367 0.276 0.201 0.123 0.028 0.005 0.001 113 N 0.633 0.256 0.089 0.017 0.004 0.001 0.001 114 R 0.176 0.309 0.261 0.163 0.075 0.015 0.001 115 K 0.114 0.320 0.266 0.199 0.073 0.026 0.002 116 Y 0.005 0.024 0.074 0.218 0.416 0.241 0.022 117 F 0.004 0.010 0.035 0.084 0.227 0.475 0.165 118 W 0.003 0.010 0.029 0.063 0.191 0.472 0.233 119 R 0.012 0.063 0.152 0.257 0.240 0.198 0.078 120 I 0.005 0.013 0.035 0.101 0.304 0.438 0.104 121 Y 0.017 0.051 0.127 0.225 0.309 0.229 0.040 122 S 0.103 0.231 0.279 0.219 0.118 0.045 0.005 123 R 0.342 0.333 0.182 0.096 0.036 0.010 0.001 124 G 0.375 0.303 0.181 0.095 0.033 0.012 0.001 125 E 0.274 0.335 0.237 0.092 0.040 0.018 0.003 126 L 0.024 0.103 0.169 0.287 0.281 0.122 0.015 127 H 0.011 0.059 0.130 0.272 0.318 0.181 0.029 128 H 0.001 0.006 0.017 0.053 0.202 0.520 0.201 129 F 0.001 0.001 0.004 0.013 0.057 0.386 0.538 130 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.270 0.695 131 D 0.001 0.005 0.014 0.042 0.101 0.314 0.523 132 G 0.001 0.003 0.010 0.040 0.161 0.437 0.348 133 F 0.010 0.036 0.104 0.199 0.292 0.264 0.096 134 N 0.102 0.215 0.206 0.214 0.147 0.093 0.023 135 E 0.276 0.261 0.200 0.144 0.076 0.037 0.006 136 E 0.362 0.260 0.171 0.106 0.061 0.034 0.007 137 K 0.158 0.199 0.189 0.192 0.149 0.088 0.025 138 S 0.086 0.132 0.164 0.209 0.203 0.161 0.046 139 N 0.045 0.094 0.120 0.176 0.224 0.242 0.099 140 W 0.019 0.033 0.060 0.120 0.208 0.305 0.254 141 M 0.006 0.008 0.016 0.034 0.118 0.363 0.455 142 R 0.008 0.019 0.041 0.081 0.147 0.301 0.403 143 Y 0.003 0.005 0.011 0.026 0.077 0.294 0.583 144 V 0.003 0.004 0.009 0.023 0.083 0.338 0.539 145 N 0.014 0.039 0.067 0.143 0.210 0.286 0.241 146 P 0.026 0.061 0.098 0.172 0.228 0.284 0.131 147 A 0.036 0.060 0.099 0.182 0.262 0.283 0.077 148 H 0.112 0.167 0.194 0.227 0.169 0.107 0.024 149 S 0.284 0.257 0.191 0.136 0.082 0.043 0.008 150 P 0.241 0.198 0.189 0.178 0.114 0.068 0.012 151 R 0.372 0.271 0.188 0.099 0.041 0.025 0.005 152 E 0.210 0.218 0.205 0.183 0.120 0.055 0.010 153 Q 0.172 0.238 0.218 0.191 0.112 0.056 0.013 154 N 0.044 0.054 0.081 0.153 0.264 0.310 0.093 155 L 0.060 0.115 0.169 0.247 0.226 0.150 0.034 156 A 0.071 0.173 0.229 0.249 0.163 0.090 0.027 157 A 0.037 0.051 0.086 0.151 0.249 0.344 0.083 158 C 0.052 0.080 0.117 0.212 0.267 0.219 0.052 159 Q 0.099 0.184 0.210 0.241 0.173 0.079 0.014 160 N 0.253 0.303 0.206 0.132 0.068 0.030 0.008 161 G 0.182 0.264 0.207 0.178 0.095 0.059 0.015 162 M 0.140 0.232 0.205 0.208 0.135 0.067 0.014 163 N 0.041 0.117 0.199 0.268 0.237 0.115 0.022 164 I 0.006 0.010 0.021 0.055 0.184 0.520 0.204 165 Y 0.009 0.022 0.057 0.121 0.205 0.344 0.242 166 F 0.008 0.015 0.026 0.047 0.112 0.386 0.406 167 Y 0.016 0.039 0.093 0.196 0.246 0.235 0.174 168 T 0.011 0.017 0.030 0.063 0.194 0.432 0.253 169 I 0.029 0.069 0.159 0.232 0.275 0.194 0.042 170 K 0.099 0.234 0.229 0.228 0.122 0.077 0.009 171 P 0.116 0.245 0.266 0.197 0.122 0.050 0.003 172 I 0.073 0.094 0.166 0.300 0.266 0.094 0.006 173 P 0.378 0.378 0.148 0.070 0.021 0.005 0.001 174 A 0.353 0.321 0.164 0.113 0.038 0.011 0.001 175 N 0.293 0.249 0.272 0.117 0.047 0.020 0.002 176 Q 0.037 0.109 0.184 0.298 0.256 0.105 0.012 177 E 0.025 0.056 0.115 0.176 0.276 0.264 0.087 178 L 0.006 0.011 0.017 0.035 0.095 0.491 0.346 179 L 0.019 0.044 0.079 0.198 0.236 0.251 0.172 180 V 0.013 0.026 0.035 0.072 0.175 0.362 0.317 181 W 0.026 0.053 0.095 0.164 0.219 0.281 0.163 182 Y 0.024 0.047 0.090 0.185 0.269 0.285 0.100 183 C 0.057 0.104 0.151 0.223 0.252 0.183 0.030 184 R 0.252 0.243 0.218 0.163 0.077 0.039 0.007 185 D 0.348 0.302 0.202 0.094 0.038 0.015 0.002 186 F 0.185 0.150 0.181 0.219 0.186 0.074 0.005 187 A 0.316 0.249 0.198 0.170 0.051 0.015 0.001 188 E 0.663 0.237 0.075 0.018 0.005 0.001 0.001 189 R 0.322 0.308 0.179 0.133 0.048 0.011 0.001 190 L 0.247 0.226 0.207 0.193 0.103 0.022 0.001 191 H 0.463 0.382 0.092 0.051 0.010 0.003 0.001 192 Y 0.252 0.196 0.202 0.208 0.119 0.022 0.001 193 P 0.341 0.285 0.199 0.118 0.043 0.012 0.001 194 Y 0.286 0.269 0.185 0.165 0.074 0.019 0.001 195 P 0.442 0.249 0.167 0.095 0.037 0.010 0.001 196 G 0.478 0.279 0.137 0.071 0.026 0.009 0.001 197 E 0.418 0.223 0.173 0.112 0.056 0.017 0.002 198 L 0.371 0.250 0.158 0.141 0.058 0.021 0.002 199 T 0.490 0.243 0.159 0.068 0.028 0.011 0.001 200 M 0.280 0.229 0.175 0.179 0.099 0.036 0.003 201 M 0.321 0.273 0.191 0.129 0.061 0.023 0.002 202 N 0.280 0.201 0.191 0.179 0.105 0.040 0.003 203 L 0.346 0.206 0.198 0.154 0.076 0.018 0.001 204 T 0.523 0.263 0.117 0.073 0.019 0.005 0.001 205 Q 0.855 0.108 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001