This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA G A 3 3 NATAA S A 4 4 NATAA S A 5 5 NATAA H A 6 6 NATAA H A 7 7 NATAA H A 8 8 NATAA H A 9 9 NATAA H A 10 10 NATAA H A 11 11 NATAA S A 12 12 NATAA S A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA L A 15 15 NATAA V A 16 16 NATRO P A 17 17 NATAA R A 18 18 NATAA G A 19 19 NATAA S A 20 20 NATAA K A 21 21 NATAA M A 22 22 NATAA D A 23 23 NATAA M A 24 24 NATAA E A 25 25 NATAA D A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA D A 28 28 NATAA M A 29 29 NATAA T A 30 30 NATAA L A 31 31 NATAA W A 32 32 NATAA T A 33 33 NATAA E A 34 34 NATAA A A 35 35 NATAA E A 36 36 NATAA F A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA E A 39 39 NATAA K A 40 40 NATRO C A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA Y A 43 43 NATAA I A 44 44 NATAA V A 45 45 NATAA N A 46 46 NATAA D A 47 47 NATAA H A 48 48 NATRO P A 49 49 NATAA W A 50 50 NATAA D A 51 51 NATAA S A 52 52 NATAA G A 53 53 NATAA A A 54 54 NATAA D A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA G A 57 57 NATAA T A 58 58 NATAA S A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA Q A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA E A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA S A 65 65 NATAA L A 66 66 NATRO P A 67 67 NATAA R A 68 68 NATAA N A 69 69 NATAA L A 70 70 NATAA L A 71 71 NATAA F A 72 72 NATAA K A 73 73 NATAA Y A 74 74 NATAA A A 75 75 NATAA T A 76 76 NATAA N A 77 77 NATAA S A 78 78 NATAA E A 79 79 NATAA E A 80 80 NATAA V A 81 81 NATAA I A 82 82 NATAA G A 83 83 NATAA V A 84 84 NATAA M A 85 85 NATAA S A 86 86 NATAA K A 87 87 NATAA E A 88 88 NATAA Y A 89 89 NATAA I A 90 90 NATRO P A 91 91 NATAA K A 92 92 NATAA G A 93 93 NATAA T A 94 94 NATAA R A 95 95 NATAA F A 96 96 NATAA G A 97 97 NATRO P A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA I A 100 100 NATAA G A 101 101 NATAA E A 102 102 NATAA I A 103 103 NATAA Y A 104 104 NATAA T A 105 105 NATAA N A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA T A 108 108 NATAA V A 109 109 NATRO P A 110 110 NATAA K A 111 111 NATAA N A 112 112 NATAA A A 113 113 NATAA N A 114 114 NATAA R A 115 115 NATAA K A 116 116 NATAA Y A 117 117 NATAA F A 118 118 NATAA W A 119 119 NATAA R A 120 120 NATAA I A 121 121 NATAA Y A 122 122 NATAA S A 123 123 NATAA R A 124 124 NATAA G A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA L A 127 127 NATAA H A 128 128 NATAA H A 129 129 NATAA F A 130 130 NATAA I A 131 131 NATAA D A 132 132 NATAA G A 133 133 NATAA F A 134 134 NATAA N A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA E A 137 137 NATAA K A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA N A 140 140 NATAA W A 141 141 NATAA M A 142 142 NATAA R A 143 143 NATAA Y A 144 144 NATAA V A 145 145 NATAA N A 146 146 NATRO P A 147 147 NATAA A A 148 148 NATAA H A 149 149 NATAA S A 150 150 NATRO P A 151 151 NATAA R A 152 152 NATAA E A 153 153 NATAA Q A 154 154 NATAA N A 155 155 NATAA L A 156 156 NATAA A A 157 157 NATAA A A 158 158 NATRO C A 159 159 NATAA Q A 160 160 NATAA N A 161 161 NATAA G A 162 162 NATAA M A 163 163 NATAA N A 164 164 NATAA I A 165 165 NATAA Y A 166 166 NATAA F A 167 167 NATAA Y A 168 168 NATAA T A 169 169 NATAA I A 170 170 NATAA K A 171 171 NATRO P A 172 172 NATAA I A 173 173 NATRO P A 174 174 NATAA A A 175 175 NATAA N A 176 176 NATAA Q A 177 177 NATAA E A 178 178 NATAA L A 179 179 NATAA L A 180 180 NATAA V A 181 181 NATAA W A 182 182 NATAA Y A 183 183 NATRO C A 184 184 NATAA R A 185 185 NATAA D A 186 186 NATAA F A 187 187 NATAA A A 188 188 NATAA E A 189 189 NATAA R A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA H A 192 192 NATAA Y A 193 193 NATRO P A 194 194 NATAA Y A 195 195 NATRO P A 196 196 NATAA G A 197 197 NATAA E A 198 198 NATAA L A 199 199 NATAA T A 200 200 NATAA M A 201 201 NATAA M A 202 202 NATAA N A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA T A 205 205 NATAA Q