# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.007 0.006 0.065 0.069 0.059 0.013 0.144 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.044 0.014 0.157 0.083 0.110 0.180 0.001 2 K 0.003 0.004 0.029 0.024 0.126 0.010 0.131 0.020 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.025 0.032 0.202 0.113 0.100 0.166 0.001 3 A 0.001 0.001 0.042 0.034 0.024 0.003 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.028 0.090 0.042 0.279 0.385 0.001 4 P 0.001 0.001 0.020 0.017 0.091 0.004 0.043 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.022 0.313 0.094 0.106 0.236 0.001 5 S 0.001 0.001 0.035 0.023 0.036 0.014 0.181 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.018 0.136 0.075 0.181 0.231 0.001 6 R 0.001 0.001 0.025 0.025 0.036 0.005 0.129 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.021 0.270 0.092 0.135 0.211 0.001 7 D 0.001 0.001 0.046 0.021 0.062 0.004 0.149 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.050 0.127 0.091 0.141 0.259 0.001 8 E 0.001 0.001 0.042 0.034 0.028 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.036 0.118 0.040 0.191 0.449 0.001 9 P 0.002 0.002 0.027 0.023 0.126 0.005 0.069 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.034 0.045 0.252 0.080 0.085 0.215 0.001 10 C 0.003 0.003 0.069 0.048 0.047 0.012 0.130 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.073 0.039 0.103 0.058 0.171 0.188 0.001 11 S 0.002 0.003 0.038 0.044 0.107 0.006 0.079 0.036 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.055 0.062 0.154 0.091 0.144 0.161 0.001 12 S 0.004 0.004 0.075 0.048 0.067 0.008 0.111 0.036 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.058 0.041 0.172 0.054 0.110 0.192 0.001 13 T 0.002 0.003 0.051 0.054 0.065 0.007 0.137 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.038 0.028 0.185 0.086 0.103 0.208 0.001 14 S 0.003 0.005 0.034 0.024 0.131 0.005 0.126 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.027 0.044 0.129 0.124 0.125 0.197 0.001 15 R 0.002 0.001 0.062 0.043 0.030 0.002 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.019 0.114 0.046 0.211 0.400 0.001 16 P 0.002 0.002 0.020 0.023 0.127 0.006 0.060 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.025 0.287 0.078 0.099 0.218 0.001 17 A 0.003 0.003 0.053 0.044 0.040 0.012 0.169 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.012 0.221 0.059 0.122 0.171 0.001 18 L 0.003 0.003 0.040 0.046 0.085 0.003 0.119 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.164 0.065 0.158 0.244 0.001 19 E 0.005 0.006 0.062 0.078 0.090 0.003 0.090 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.018 0.339 0.046 0.085 0.127 0.001 20 E 0.014 0.019 0.085 0.091 0.130 0.005 0.255 0.041 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 0.013 0.173 0.038 0.030 0.073 0.001 21 D 0.058 0.091 0.074 0.078 0.224 0.005 0.207 0.038 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.004 0.028 0.012 0.028 0.063 0.031 0.035 0.005 22 V 0.100 0.160 0.114 0.134 0.211 0.002 0.023 0.029 0.001 0.001 0.008 0.007 0.016 0.011 0.038 0.044 0.016 0.019 0.027 0.023 0.016 23 I 0.152 0.267 0.086 0.100 0.168 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.012 0.010 0.031 0.017 0.069 0.019 0.006 0.003 0.005 0.004 0.027 24 Y 0.282 0.388 0.049 0.085 0.058 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.013 0.010 0.034 0.019 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 25 H 0.267 0.363 0.023 0.082 0.118 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 0.028 0.024 0.020 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 26 V 0.205 0.383 0.056 0.066 0.085 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.046 0.034 0.035 0.018 0.001 0.003 0.002 0.003 0.020 27 K 0.280 0.275 0.036 0.051 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.048 0.028 0.022 0.018 0.001 0.007 0.005 0.005 0.015 28 Y 0.253 0.180 0.044 0.044 0.322 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.023 0.012 0.054 0.012 0.010 0.005 0.006 0.012 0.004 29 D 0.049 0.042 0.216 0.237 0.077 0.003 0.033 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.177 0.005 0.076 0.009 0.019 0.040 0.001 30 D 0.006 0.014 0.015 0.016 0.147 0.002 0.481 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.014 0.008 0.214 0.038 0.010 0.021 0.001 31 Y 0.012 0.005 0.134 0.067 0.018 0.001 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.018 0.162 0.264 0.247 0.001 32 P 0.002 0.002 0.010 0.015 0.286 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.486 0.019 0.024 0.138 0.001 33 E 0.010 0.015 0.070 0.061 0.079 0.004 0.536 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.003 0.067 0.047 0.027 0.047 0.001 34 N 0.021 0.021 0.059 0.083 0.208 0.003 0.155 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.002 0.025 0.015 0.079 0.050 0.097 0.158 0.002 35 G 0.040 0.058 0.215 0.133 0.151 0.002 0.040 0.011 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.005 0.047 0.025 0.031 0.048 0.048 0.113 0.011 36 V 0.063 0.087 0.068 0.043 0.360 0.002 0.025 0.017 0.002 0.001 0.020 0.019 0.048 0.019 0.037 0.072 0.038 0.019 0.028 0.016 0.016 37 V 0.088 0.139 0.207 0.137 0.065 0.002 0.013 0.021 0.002 0.001 0.021 0.017 0.069 0.028 0.143 0.009 0.007 0.003 0.007 0.006 0.015 38 Q 0.108 0.121 0.038 0.073 0.285 0.003 0.027 0.014 0.004 0.001 0.032 0.035 0.063 0.059 0.033 0.048 0.012 0.013 0.013 0.006 0.012 39 M 0.093 0.069 0.109 0.114 0.082 0.003 0.023 0.009 0.005 0.001 0.017 0.020 0.041 0.099 0.191 0.035 0.015 0.018 0.021 0.028 0.006 40 N 0.041 0.049 0.050 0.056 0.246 0.003 0.034 0.007 0.002 0.001 0.006 0.007 0.014 0.017 0.067 0.077 0.033 0.053 0.069 0.165 0.004 41 S 0.014 0.017 0.037 0.038 0.109 0.002 0.032 0.010 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.007 0.100 0.065 0.250 0.061 0.107 0.130 0.002 42 R 0.007 0.006 0.073 0.038 0.055 0.011 0.162 0.037 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.103 0.015 0.244 0.035 0.047 0.149 0.001 43 D 0.005 0.006 0.021 0.023 0.088 0.016 0.319 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.020 0.085 0.126 0.111 0.097 0.001 44 V 0.004 0.005 0.040 0.035 0.085 0.005 0.049 0.072 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.047 0.046 0.189 0.113 0.135 0.155 0.001 45 R 0.006 0.006 0.064 0.065 0.041 0.003 0.023 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.042 0.018 0.213 0.021 0.121 0.234 0.001 46 A 0.009 0.008 0.011 0.025 0.071 0.007 0.033 0.356 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.024 0.303 0.025 0.045 0.060 0.001 47 R 0.007 0.009 0.011 0.018 0.020 0.014 0.073 0.658 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.029 0.004 0.093 0.021 0.017 0.012 0.001 48 A 0.007 0.009 0.011 0.015 0.018 0.007 0.050 0.706 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.010 0.011 0.090 0.015 0.022 0.009 0.001 49 R 0.028 0.015 0.014 0.017 0.033 0.012 0.062 0.669 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.008 0.021 0.007 0.066 0.012 0.012 0.009 0.001 50 T 0.043 0.051 0.030 0.049 0.039 0.036 0.101 0.468 0.010 0.005 0.004 0.002 0.008 0.007 0.018 0.007 0.066 0.028 0.016 0.011 0.001 51 I 0.032 0.046 0.019 0.040 0.095 0.015 0.142 0.237 0.020 0.010 0.006 0.004 0.013 0.011 0.020 0.030 0.105 0.063 0.068 0.021 0.004 52 I 0.026 0.034 0.149 0.064 0.036 0.013 0.077 0.124 0.030 0.003 0.007 0.005 0.014 0.017 0.077 0.016 0.078 0.045 0.054 0.127 0.004 53 K 0.021 0.024 0.022 0.027 0.230 0.007 0.084 0.075 0.014 0.004 0.002 0.003 0.006 0.008 0.013 0.040 0.082 0.050 0.088 0.197 0.005 54 W 0.010 0.018 0.028 0.037 0.067 0.006 0.067 0.078 0.015 0.004 0.005 0.004 0.012 0.010 0.070 0.015 0.436 0.035 0.038 0.043 0.002 55 Q 0.011 0.010 0.107 0.063 0.041 0.017 0.325 0.108 0.005 0.010 0.003 0.003 0.005 0.005 0.045 0.011 0.126 0.025 0.033 0.045 0.001 56 D 0.014 0.020 0.033 0.031 0.181 0.014 0.425 0.027 0.003 0.003 0.004 0.004 0.005 0.005 0.016 0.012 0.041 0.089 0.041 0.029 0.002 57 L 0.026 0.020 0.082 0.089 0.099 0.004 0.061 0.016 0.003 0.003 0.003 0.004 0.005 0.005 0.032 0.024 0.054 0.138 0.168 0.162 0.006 58 E 0.022 0.019 0.074 0.093 0.146 0.003 0.026 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.039 0.025 0.133 0.031 0.103 0.259 0.005 59 V 0.044 0.062 0.067 0.113 0.160 0.003 0.100 0.005 0.002 0.001 0.007 0.006 0.011 0.014 0.050 0.066 0.109 0.029 0.055 0.084 0.011 60 G 0.056 0.087 0.048 0.044 0.134 0.003 0.117 0.009 0.002 0.001 0.022 0.021 0.037 0.067 0.134 0.061 0.054 0.027 0.031 0.023 0.024 61 Q 0.113 0.130 0.150 0.080 0.050 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.024 0.028 0.043 0.118 0.087 0.062 0.009 0.007 0.011 0.009 0.056 62 V 0.123 0.155 0.007 0.009 0.139 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.025 0.035 0.069 0.284 0.021 0.073 0.002 0.001 0.002 0.001 0.049 63 V 0.136 0.190 0.014 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.030 0.083 0.348 0.095 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 64 M 0.168 0.161 0.007 0.012 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.036 0.085 0.340 0.030 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 65 L 0.145 0.170 0.010 0.015 0.025 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.028 0.029 0.077 0.341 0.097 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.027 66 N 0.065 0.087 0.027 0.037 0.079 0.002 0.013 0.002 0.004 0.001 0.035 0.035 0.068 0.210 0.117 0.149 0.010 0.017 0.018 0.012 0.013 67 Y 0.041 0.051 0.065 0.044 0.084 0.002 0.013 0.002 0.002 0.001 0.010 0.015 0.021 0.054 0.243 0.110 0.046 0.033 0.057 0.098 0.010 68 N 0.016 0.011 0.029 0.027 0.102 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.045 0.078 0.032 0.034 0.156 0.437 0.003 69 P 0.003 0.003 0.016 0.028 0.038 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.730 0.019 0.037 0.066 0.001 70 D 0.004 0.006 0.025 0.015 0.038 0.006 0.450 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.019 0.006 0.309 0.035 0.024 0.040 0.001 71 N 0.013 0.004 0.048 0.023 0.024 0.003 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.030 0.096 0.309 0.349 0.001 72 P 0.001 0.001 0.005 0.011 0.058 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.679 0.018 0.048 0.151 0.001 73 K 0.003 0.005 0.042 0.021 0.027 0.003 0.466 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.004 0.304 0.033 0.021 0.033 0.001 74 E 0.011 0.014 0.143 0.092 0.109 0.003 0.329 0.012 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.013 0.009 0.114 0.018 0.043 0.071 0.001 75 R 0.022 0.030 0.056 0.092 0.176 0.002 0.237 0.008 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.003 0.015 0.020 0.078 0.078 0.050 0.111 0.006 76 G 0.084 0.084 0.150 0.083 0.172 0.001 0.062 0.006 0.001 0.001 0.011 0.014 0.029 0.009 0.031 0.024 0.039 0.100 0.039 0.053 0.006 77 F 0.135 0.225 0.129 0.124 0.216 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.007 0.008 0.025 0.005 0.021 0.018 0.008 0.008 0.017 0.023 0.011 78 W 0.151 0.266 0.047 0.059 0.310 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.013 0.014 0.034 0.010 0.031 0.013 0.008 0.007 0.007 0.006 0.010 79 Y 0.193 0.223 0.141 0.189 0.105 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.009 0.011 0.027 0.010 0.047 0.006 0.003 0.002 0.004 0.007 0.007 80 D 0.155 0.254 0.021 0.103 0.356 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.006 0.014 0.018 0.003 0.005 0.006 0.007 0.009 81 A 0.208 0.272 0.090 0.150 0.130 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.004 0.063 0.008 0.007 0.006 0.004 0.005 0.005 82 E 0.155 0.261 0.085 0.205 0.158 0.002 0.015 0.034 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.003 0.022 0.009 0.005 0.005 0.006 0.008 0.005 83 I 0.207 0.272 0.044 0.100 0.255 0.001 0.013 0.027 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.003 0.015 0.007 0.007 0.015 0.007 0.005 0.003 84 S 0.115 0.134 0.169 0.230 0.141 0.003 0.022 0.054 0.002 0.002 0.003 0.003 0.011 0.003 0.047 0.005 0.017 0.012 0.008 0.017 0.004 85 R 0.101 0.122 0.055 0.129 0.381 0.003 0.035 0.038 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.002 0.016 0.009 0.027 0.024 0.016 0.025 0.001 86 K 0.089 0.090 0.079 0.156 0.234 0.003 0.044 0.051 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.002 0.045 0.007 0.055 0.051 0.037 0.040 0.001 87 R 0.045 0.041 0.114 0.151 0.183 0.007 0.080 0.074 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.035 0.006 0.099 0.052 0.034 0.066 0.001 88 E 0.023 0.026 0.067 0.098 0.230 0.009 0.169 0.038 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.008 0.116 0.081 0.044 0.055 0.001 89 T 0.020 0.021 0.074 0.085 0.146 0.006 0.122 0.035 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.027 0.012 0.076 0.106 0.106 0.151 0.001 90 R 0.015 0.013 0.093 0.095 0.166 0.003 0.034 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.013 0.152 0.079 0.096 0.171 0.001