# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.004 0.018 0.484 0.005 0.072 0.051 0.002 0.001 0.021 0.150 0.106 0.064 0.021 2 K 0.002 0.027 0.543 0.002 0.045 0.030 0.001 0.001 0.016 0.174 0.102 0.006 0.053 3 A 0.001 0.018 0.687 0.001 0.021 0.011 0.001 0.001 0.005 0.176 0.035 0.036 0.007 4 P 0.001 0.015 0.565 0.001 0.077 0.023 0.001 0.001 0.006 0.098 0.194 0.002 0.018 5 S 0.001 0.012 0.420 0.003 0.100 0.024 0.001 0.001 0.004 0.210 0.212 0.009 0.005 6 R 0.001 0.012 0.364 0.002 0.117 0.027 0.001 0.001 0.006 0.240 0.216 0.008 0.008 7 D 0.001 0.020 0.476 0.002 0.050 0.020 0.001 0.001 0.008 0.254 0.149 0.005 0.014 8 E 0.001 0.028 0.570 0.003 0.035 0.022 0.001 0.001 0.009 0.231 0.056 0.033 0.011 9 P 0.002 0.031 0.551 0.003 0.069 0.033 0.001 0.001 0.016 0.121 0.103 0.010 0.059 10 C 0.003 0.046 0.502 0.009 0.071 0.039 0.002 0.001 0.019 0.143 0.092 0.051 0.022 11 S 0.002 0.024 0.518 0.004 0.081 0.043 0.002 0.001 0.018 0.136 0.103 0.018 0.049 12 S 0.003 0.024 0.490 0.007 0.078 0.044 0.002 0.001 0.013 0.167 0.105 0.032 0.034 13 T 0.003 0.021 0.452 0.004 0.092 0.039 0.001 0.001 0.011 0.159 0.152 0.034 0.032 14 S 0.003 0.023 0.470 0.004 0.056 0.027 0.001 0.001 0.007 0.209 0.141 0.013 0.048 15 R 0.001 0.019 0.604 0.003 0.028 0.014 0.001 0.001 0.005 0.213 0.046 0.053 0.014 16 P 0.002 0.027 0.603 0.001 0.052 0.035 0.001 0.001 0.007 0.109 0.096 0.009 0.058 17 A 0.002 0.040 0.526 0.003 0.047 0.045 0.001 0.001 0.005 0.172 0.087 0.045 0.027 18 L 0.002 0.018 0.500 0.003 0.092 0.077 0.001 0.001 0.005 0.121 0.118 0.021 0.043 19 E 0.003 0.009 0.234 0.007 0.142 0.198 0.001 0.001 0.005 0.102 0.238 0.017 0.043 20 E 0.008 0.011 0.128 0.031 0.104 0.207 0.001 0.001 0.005 0.150 0.275 0.044 0.034 21 D 0.068 0.013 0.185 0.024 0.083 0.099 0.005 0.001 0.013 0.102 0.139 0.086 0.180 22 V 0.240 0.011 0.129 0.038 0.033 0.045 0.016 0.004 0.032 0.033 0.046 0.135 0.237 23 I 0.510 0.004 0.035 0.044 0.008 0.010 0.024 0.006 0.028 0.012 0.011 0.115 0.193 24 Y 0.656 0.001 0.010 0.030 0.001 0.003 0.042 0.005 0.012 0.004 0.003 0.152 0.081 25 H 0.692 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.048 0.008 0.015 0.002 0.002 0.094 0.125 26 V 0.645 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.052 0.007 0.013 0.001 0.001 0.106 0.159 27 K 0.331 0.003 0.038 0.015 0.001 0.002 0.024 0.005 0.021 0.005 0.002 0.390 0.163 28 Y 0.107 0.004 0.098 0.017 0.010 0.005 0.013 0.003 0.032 0.020 0.017 0.062 0.613 29 D 0.036 0.009 0.231 0.028 0.026 0.010 0.007 0.001 0.054 0.107 0.150 0.269 0.072 30 D 0.021 0.059 0.237 0.007 0.030 0.007 0.002 0.001 0.013 0.250 0.138 0.028 0.206 31 Y 0.001 0.017 0.603 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.261 0.015 0.082 0.012 32 P 0.001 0.011 0.360 0.003 0.074 0.017 0.001 0.001 0.002 0.079 0.402 0.003 0.047 33 E 0.001 0.004 0.037 0.011 0.098 0.036 0.001 0.001 0.001 0.084 0.715 0.009 0.004 34 N 0.006 0.008 0.101 0.021 0.093 0.019 0.001 0.001 0.003 0.228 0.470 0.018 0.029 35 G 0.029 0.016 0.336 0.028 0.023 0.021 0.005 0.001 0.016 0.135 0.219 0.100 0.072 36 V 0.113 0.039 0.196 0.015 0.016 0.019 0.012 0.005 0.039 0.028 0.018 0.062 0.437 37 V 0.265 0.013 0.038 0.036 0.005 0.006 0.028 0.005 0.022 0.016 0.005 0.442 0.121 38 Q 0.351 0.007 0.035 0.016 0.004 0.006 0.030 0.006 0.031 0.008 0.006 0.119 0.382 39 M 0.224 0.018 0.107 0.016 0.002 0.005 0.028 0.007 0.019 0.019 0.006 0.319 0.230 40 N 0.039 0.012 0.543 0.019 0.005 0.007 0.008 0.001 0.028 0.044 0.016 0.115 0.162 41 S 0.015 0.008 0.381 0.013 0.086 0.062 0.002 0.001 0.008 0.103 0.117 0.031 0.175 42 R 0.005 0.006 0.171 0.030 0.170 0.092 0.001 0.001 0.005 0.173 0.277 0.043 0.026 43 D 0.004 0.011 0.281 0.002 0.138 0.082 0.001 0.001 0.011 0.192 0.216 0.026 0.036 44 V 0.007 0.031 0.415 0.004 0.042 0.128 0.002 0.001 0.014 0.178 0.064 0.020 0.094 45 R 0.006 0.021 0.489 0.005 0.021 0.114 0.002 0.001 0.011 0.080 0.014 0.208 0.029 46 A 0.004 0.006 0.124 0.002 0.074 0.544 0.001 0.001 0.012 0.021 0.083 0.003 0.126 47 R 0.007 0.006 0.148 0.030 0.069 0.466 0.002 0.001 0.010 0.046 0.081 0.119 0.014 48 A 0.003 0.002 0.058 0.002 0.151 0.652 0.001 0.001 0.016 0.014 0.043 0.004 0.054 49 R 0.007 0.003 0.084 0.014 0.080 0.627 0.002 0.003 0.027 0.028 0.082 0.025 0.017 50 T 0.042 0.007 0.070 0.011 0.072 0.505 0.009 0.006 0.032 0.032 0.073 0.077 0.064 51 I 0.083 0.007 0.130 0.005 0.030 0.351 0.021 0.012 0.064 0.027 0.081 0.041 0.148 52 I 0.141 0.038 0.142 0.040 0.017 0.142 0.023 0.020 0.038 0.044 0.045 0.225 0.083 53 K 0.036 0.010 0.380 0.012 0.026 0.114 0.005 0.002 0.026 0.055 0.056 0.082 0.195 54 W 0.018 0.007 0.319 0.016 0.134 0.130 0.002 0.001 0.013 0.066 0.110 0.038 0.145 55 Q 0.009 0.004 0.167 0.035 0.135 0.105 0.001 0.001 0.014 0.122 0.324 0.059 0.024 56 D 0.017 0.012 0.216 0.004 0.110 0.058 0.003 0.001 0.017 0.179 0.233 0.031 0.117 57 L 0.011 0.049 0.588 0.005 0.024 0.019 0.002 0.002 0.016 0.129 0.031 0.076 0.049 58 E 0.005 0.018 0.740 0.003 0.013 0.009 0.003 0.001 0.017 0.069 0.031 0.030 0.062 59 V 0.004 0.007 0.292 0.029 0.060 0.020 0.003 0.002 0.032 0.140 0.338 0.018 0.053 60 G 0.004 0.003 0.263 0.071 0.024 0.004 0.003 0.002 0.039 0.261 0.282 0.025 0.020 61 Q 0.018 0.004 0.334 0.027 0.012 0.002 0.011 0.018 0.184 0.222 0.024 0.072 0.071 62 V 0.082 0.005 0.066 0.012 0.002 0.001 0.095 0.143 0.405 0.016 0.002 0.044 0.127 63 V 0.150 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.230 0.393 0.141 0.001 0.001 0.049 0.020 64 M 0.096 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.182 0.647 0.048 0.001 0.001 0.008 0.012 65 L 0.109 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.188 0.468 0.169 0.001 0.001 0.022 0.016 66 N 0.110 0.004 0.093 0.010 0.004 0.003 0.135 0.137 0.342 0.013 0.011 0.048 0.091 67 Y 0.025 0.021 0.439 0.013 0.010 0.007 0.013 0.019 0.104 0.176 0.056 0.046 0.070 68 N 0.001 0.008 0.708 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.010 0.198 0.036 0.010 0.011 69 P 0.001 0.008 0.126 0.002 0.221 0.036 0.001 0.001 0.003 0.205 0.386 0.004 0.009 70 D 0.001 0.016 0.132 0.002 0.107 0.041 0.001 0.001 0.002 0.307 0.381 0.005 0.007 71 N 0.001 0.026 0.487 0.001 0.039 0.025 0.001 0.001 0.002 0.346 0.037 0.027 0.008 72 P 0.001 0.024 0.338 0.003 0.117 0.125 0.001 0.001 0.006 0.142 0.195 0.004 0.044 73 K 0.002 0.019 0.138 0.011 0.155 0.157 0.001 0.001 0.005 0.110 0.362 0.029 0.011 74 E 0.012 0.019 0.155 0.010 0.300 0.076 0.002 0.001 0.011 0.106 0.173 0.016 0.119 75 R 0.019 0.018 0.351 0.032 0.037 0.031 0.003 0.001 0.030 0.174 0.204 0.064 0.036 76 G 0.030 0.014 0.388 0.030 0.009 0.018 0.007 0.003 0.023 0.164 0.207 0.042 0.067 77 F 0.148 0.018 0.250 0.018 0.007 0.022 0.023 0.004 0.026 0.075 0.034 0.151 0.223 78 W 0.363 0.021 0.034 0.015 0.006 0.012 0.024 0.006 0.019 0.015 0.009 0.124 0.352 79 Y 0.357 0.014 0.039 0.053 0.004 0.017 0.024 0.009 0.017 0.016 0.013 0.274 0.161 80 D 0.127 0.005 0.211 0.028 0.008 0.033 0.013 0.006 0.038 0.029 0.014 0.117 0.370 81 A 0.131 0.005 0.094 0.066 0.045 0.258 0.010 0.004 0.021 0.034 0.059 0.084 0.190 82 E 0.266 0.006 0.025 0.045 0.036 0.233 0.007 0.001 0.008 0.022 0.048 0.173 0.130 83 I 0.299 0.006 0.027 0.005 0.029 0.188 0.011 0.002 0.007 0.015 0.018 0.093 0.300 84 S 0.229 0.010 0.071 0.044 0.020 0.240 0.009 0.004 0.021 0.018 0.031 0.136 0.168 85 R 0.127 0.006 0.051 0.016 0.035 0.347 0.006 0.001 0.008 0.013 0.040 0.166 0.183 86 K 0.063 0.004 0.064 0.011 0.053 0.443 0.003 0.001 0.007 0.020 0.092 0.036 0.202 87 R 0.052 0.009 0.125 0.023 0.051 0.287 0.002 0.001 0.008 0.070 0.138 0.156 0.078 88 E 0.018 0.013 0.267 0.003 0.047 0.187 0.002 0.001 0.010 0.105 0.177 0.054 0.116 89 T 0.004 0.027 0.520 0.003 0.019 0.065 0.001 0.001 0.007 0.184 0.100 0.023 0.047 90 R 0.001 0.010 0.717 0.002 0.015 0.042 0.001 0.001 0.004 0.137 0.041 0.019 0.012