# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.020 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.047 0.121 0.729 2 K 0.025 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.031 0.143 0.731 3 A 0.144 0.011 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.061 0.117 0.599 4 P 0.123 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.032 0.129 0.674 5 S 0.146 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.041 0.096 0.666 6 R 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.021 0.180 0.731 7 D 0.087 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.040 0.118 0.674 8 E 0.093 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 0.111 0.149 0.535 9 P 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.100 0.132 0.638 10 C 0.052 0.019 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.171 0.130 0.105 0.493 11 S 0.062 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.077 0.125 0.567 12 S 0.096 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.050 0.105 0.637 13 T 0.028 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.041 0.120 0.691 14 S 0.063 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.033 0.115 0.662 15 R 0.257 0.075 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.063 0.090 0.447 16 P 0.126 0.047 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.052 0.097 0.630 17 A 0.105 0.028 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.075 0.092 0.639 18 L 0.248 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.115 0.086 0.469 19 E 0.211 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.147 0.090 0.471 20 E 0.013 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.062 0.128 0.625 21 D 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.387 0.090 0.085 0.405 22 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.682 0.074 0.048 0.171 23 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.004 0.003 0.704 0.090 0.022 0.158 24 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.875 0.029 0.009 0.076 25 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.870 0.030 0.010 0.070 26 V 0.002 0.001 0.002 0.001 0.016 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.039 0.017 0.065 27 K 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.759 0.060 0.030 0.129 28 Y 0.304 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.048 0.079 0.389 29 D 0.008 0.002 0.001 0.002 0.020 0.057 0.051 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.036 0.114 0.596 30 D 0.008 0.002 0.002 0.001 0.035 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.110 0.748 31 Y 0.235 0.005 0.009 0.001 0.037 0.002 0.001 0.002 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.172 0.082 0.415 32 P 0.451 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.065 0.433 33 E 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.072 0.848 34 N 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.008 0.009 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.083 0.029 0.140 0.658 35 G 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.154 0.038 0.007 0.005 0.004 0.007 0.012 0.246 0.088 0.065 0.258 36 V 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.042 0.030 0.088 0.006 0.084 0.030 0.015 0.011 0.200 0.090 0.058 0.329 37 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.069 0.027 0.006 0.561 0.046 0.031 0.168 38 Q 0.006 0.003 0.003 0.001 0.013 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.036 0.008 0.506 0.031 0.042 0.310 39 M 0.026 0.003 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.535 0.031 0.058 0.319 40 N 0.292 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.061 0.067 0.399 41 S 0.264 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.045 0.071 0.554 42 R 0.014 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.019 0.160 0.690 43 D 0.028 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.036 0.116 0.571 44 V 0.016 0.245 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.023 0.149 0.503 45 R 0.059 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.040 0.057 0.018 0.059 46 A 0.017 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.688 0.023 0.100 47 R 0.025 0.472 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.291 0.024 0.077 48 A 0.079 0.615 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.050 0.036 0.106 49 R 0.027 0.176 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.135 0.062 0.403 50 T 0.042 0.210 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.062 0.083 0.353 51 I 0.052 0.101 0.028 0.002 0.006 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.078 0.102 0.494 52 I 0.082 0.048 0.083 0.001 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.090 0.104 0.418 53 K 0.400 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.035 0.043 0.429 54 W 0.383 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.031 0.054 0.501 55 Q 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.037 0.111 0.705 56 D 0.009 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.028 0.082 0.745 57 L 0.018 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.188 0.062 0.137 0.555 58 E 0.175 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.251 0.142 0.089 0.301 59 V 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.129 0.074 0.174 0.592 60 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.393 0.040 0.114 0.446 61 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.029 0.032 0.073 62 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.555 0.083 0.056 0.292 63 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.937 0.034 0.004 0.017 64 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.656 0.143 0.022 0.158 65 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.035 0.020 0.074 66 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.051 0.097 0.483 67 Y 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.557 0.036 0.100 0.291 68 N 0.434 0.007 0.001 0.001 0.004 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.149 0.109 0.233 69 P 0.041 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.045 0.196 0.668 70 D 0.009 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.145 0.792 71 N 0.233 0.021 0.005 0.001 0.023 0.013 0.003 0.003 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.110 0.122 0.422 72 P 0.124 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.084 0.109 0.639 73 K 0.181 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.024 0.071 0.680 74 E 0.057 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.022 0.054 0.085 0.755 75 R 0.022 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.138 0.049 0.151 0.604 76 G 0.023 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.007 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.184 0.080 0.097 0.530 77 F 0.036 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.016 0.003 0.013 0.007 0.005 0.004 0.427 0.086 0.070 0.266 78 W 0.008 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.011 0.008 0.005 0.433 0.059 0.074 0.346 79 Y 0.006 0.083 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.578 0.065 0.050 0.191 80 D 0.038 0.237 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.244 0.215 0.063 0.180 81 A 0.018 0.220 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.379 0.091 0.067 0.215 82 E 0.052 0.304 0.008 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.079 0.044 0.213 83 I 0.083 0.192 0.014 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.090 0.057 0.239 84 S 0.117 0.155 0.007 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.066 0.077 0.406 85 R 0.080 0.029 0.008 0.001 0.008 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.297 0.063 0.397 86 K 0.036 0.029 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.192 0.111 0.552 87 R 0.317 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.042 0.080 0.485 88 E 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.072 0.853 89 T 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.016 0.099 0.784 90 R 0.031 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.120 0.762