# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.012 0.004 0.001 0.016 0.043 0.058 0.137 0.001 0.001 0.035 0.691 2 K 0.019 0.009 0.002 0.015 0.018 0.027 0.105 0.002 0.001 0.030 0.773 3 A 0.205 0.013 0.004 0.015 0.028 0.023 0.114 0.010 0.002 0.055 0.530 4 P 0.155 0.012 0.002 0.013 0.012 0.016 0.100 0.008 0.002 0.031 0.649 5 S 0.118 0.005 0.002 0.012 0.010 0.018 0.080 0.002 0.001 0.026 0.727 6 R 0.009 0.003 0.001 0.018 0.015 0.027 0.135 0.001 0.001 0.016 0.777 7 D 0.032 0.008 0.001 0.013 0.010 0.019 0.114 0.001 0.001 0.028 0.775 8 E 0.059 0.007 0.001 0.020 0.037 0.046 0.165 0.002 0.001 0.074 0.587 9 P 0.022 0.007 0.001 0.030 0.016 0.030 0.138 0.002 0.001 0.073 0.680 10 C 0.036 0.005 0.002 0.058 0.053 0.078 0.129 0.002 0.001 0.062 0.575 11 S 0.074 0.008 0.001 0.052 0.030 0.050 0.103 0.004 0.001 0.039 0.639 12 S 0.069 0.005 0.001 0.023 0.029 0.036 0.100 0.002 0.001 0.037 0.697 13 T 0.010 0.006 0.001 0.021 0.033 0.051 0.126 0.001 0.001 0.021 0.731 14 S 0.029 0.019 0.001 0.015 0.021 0.031 0.106 0.002 0.001 0.023 0.753 15 R 0.105 0.023 0.001 0.012 0.033 0.042 0.127 0.004 0.001 0.047 0.605 16 P 0.044 0.029 0.002 0.015 0.020 0.034 0.121 0.002 0.001 0.046 0.687 17 A 0.059 0.031 0.004 0.018 0.023 0.043 0.099 0.003 0.001 0.059 0.659 18 L 0.257 0.099 0.002 0.014 0.025 0.041 0.080 0.005 0.001 0.035 0.442 19 E 0.167 0.098 0.002 0.008 0.019 0.034 0.069 0.005 0.001 0.045 0.551 20 E 0.023 0.047 0.004 0.019 0.078 0.169 0.100 0.002 0.001 0.080 0.478 21 D 0.019 0.029 0.005 0.048 0.096 0.279 0.073 0.002 0.001 0.147 0.301 22 V 0.008 0.010 0.001 0.101 0.332 0.355 0.037 0.001 0.001 0.043 0.112 23 I 0.003 0.005 0.001 0.068 0.185 0.504 0.031 0.001 0.001 0.034 0.169 24 Y 0.001 0.002 0.001 0.087 0.316 0.472 0.023 0.001 0.001 0.011 0.088 25 H 0.003 0.002 0.001 0.167 0.278 0.422 0.017 0.001 0.001 0.030 0.081 26 V 0.001 0.001 0.001 0.118 0.497 0.256 0.024 0.001 0.001 0.015 0.088 27 K 0.039 0.005 0.002 0.153 0.278 0.252 0.034 0.003 0.001 0.033 0.201 28 Y 0.431 0.003 0.001 0.052 0.062 0.050 0.050 0.004 0.001 0.074 0.272 29 D 0.014 0.002 0.001 0.025 0.020 0.033 0.120 0.001 0.001 0.018 0.767 30 D 0.010 0.002 0.002 0.018 0.015 0.027 0.095 0.001 0.001 0.025 0.806 31 Y 0.176 0.008 0.014 0.031 0.051 0.032 0.097 0.009 0.002 0.105 0.475 32 P 0.536 0.030 0.001 0.005 0.011 0.010 0.063 0.012 0.001 0.028 0.302 33 E 0.090 0.024 0.002 0.007 0.019 0.034 0.072 0.003 0.001 0.043 0.706 34 N 0.009 0.028 0.002 0.021 0.033 0.068 0.100 0.001 0.001 0.038 0.701 35 G 0.031 0.036 0.002 0.049 0.144 0.311 0.075 0.003 0.001 0.073 0.276 36 V 0.014 0.008 0.001 0.031 0.201 0.239 0.088 0.002 0.001 0.090 0.326 37 V 0.010 0.008 0.001 0.060 0.273 0.331 0.046 0.001 0.001 0.043 0.227 38 Q 0.016 0.007 0.002 0.050 0.156 0.299 0.062 0.001 0.001 0.061 0.347 39 M 0.022 0.006 0.003 0.083 0.140 0.135 0.108 0.002 0.001 0.065 0.435 40 N 0.121 0.029 0.003 0.063 0.091 0.096 0.085 0.006 0.001 0.049 0.456 41 S 0.090 0.032 0.001 0.024 0.021 0.028 0.089 0.004 0.001 0.038 0.672 42 R 0.027 0.039 0.001 0.022 0.040 0.046 0.121 0.002 0.001 0.035 0.667 43 D 0.008 0.089 0.001 0.044 0.033 0.093 0.118 0.001 0.001 0.072 0.540 44 V 0.013 0.337 0.001 0.028 0.025 0.034 0.065 0.003 0.001 0.055 0.438 45 R 0.085 0.678 0.002 0.007 0.022 0.022 0.019 0.012 0.001 0.063 0.091 46 A 0.048 0.287 0.005 0.009 0.015 0.030 0.026 0.004 0.001 0.472 0.103 47 R 0.033 0.580 0.009 0.017 0.019 0.041 0.036 0.006 0.002 0.106 0.153 48 A 0.046 0.688 0.009 0.016 0.027 0.044 0.023 0.011 0.001 0.039 0.097 49 R 0.094 0.418 0.016 0.012 0.025 0.057 0.038 0.021 0.009 0.087 0.224 50 T 0.127 0.417 0.005 0.012 0.048 0.084 0.035 0.007 0.001 0.032 0.231 51 I 0.061 0.101 0.014 0.018 0.040 0.077 0.069 0.005 0.003 0.082 0.529 52 I 0.026 0.033 0.016 0.038 0.173 0.149 0.154 0.003 0.003 0.052 0.353 53 K 0.295 0.123 0.004 0.013 0.035 0.061 0.051 0.010 0.002 0.028 0.378 54 W 0.510 0.039 0.002 0.006 0.010 0.014 0.052 0.009 0.001 0.024 0.333 55 Q 0.035 0.028 0.003 0.013 0.039 0.068 0.126 0.002 0.001 0.023 0.664 56 D 0.025 0.009 0.008 0.036 0.040 0.121 0.092 0.002 0.001 0.053 0.613 57 L 0.040 0.004 0.004 0.040 0.141 0.117 0.135 0.002 0.001 0.065 0.453 58 E 0.201 0.012 0.004 0.049 0.085 0.115 0.071 0.006 0.001 0.106 0.350 59 V 0.017 0.005 0.001 0.049 0.052 0.118 0.154 0.001 0.001 0.050 0.552 60 G 0.003 0.004 0.001 0.134 0.084 0.210 0.117 0.001 0.001 0.050 0.396 61 Q 0.001 0.002 0.001 0.247 0.220 0.360 0.042 0.001 0.001 0.037 0.091 62 V 0.001 0.002 0.001 0.397 0.187 0.250 0.020 0.001 0.001 0.072 0.070 63 V 0.001 0.002 0.001 0.508 0.233 0.148 0.016 0.001 0.001 0.032 0.060 64 M 0.005 0.002 0.001 0.429 0.151 0.239 0.022 0.001 0.001 0.065 0.084 65 L 0.009 0.001 0.001 0.430 0.129 0.147 0.053 0.001 0.001 0.059 0.170 66 N 0.004 0.002 0.002 0.317 0.099 0.153 0.090 0.001 0.001 0.064 0.268 67 Y 0.013 0.004 0.002 0.124 0.066 0.085 0.137 0.004 0.001 0.048 0.518 68 N 0.488 0.009 0.003 0.033 0.025 0.027 0.072 0.018 0.002 0.088 0.235 69 P 0.019 0.003 0.002 0.011 0.016 0.021 0.167 0.001 0.001 0.052 0.707 70 D 0.015 0.009 0.002 0.009 0.006 0.020 0.099 0.001 0.001 0.020 0.818 71 N 0.381 0.018 0.004 0.009 0.008 0.013 0.092 0.010 0.001 0.048 0.415 72 P 0.178 0.011 0.009 0.010 0.007 0.011 0.131 0.012 0.005 0.073 0.552 73 K 0.162 0.011 0.003 0.008 0.013 0.023 0.081 0.002 0.001 0.026 0.671 74 E 0.065 0.010 0.001 0.013 0.011 0.021 0.091 0.002 0.001 0.024 0.761 75 R 0.011 0.012 0.001 0.021 0.035 0.057 0.157 0.001 0.001 0.029 0.676 76 G 0.021 0.028 0.001 0.050 0.088 0.164 0.104 0.002 0.001 0.082 0.459 77 F 0.015 0.027 0.001 0.078 0.153 0.186 0.096 0.001 0.001 0.059 0.384 78 W 0.006 0.048 0.001 0.086 0.169 0.285 0.056 0.001 0.001 0.064 0.281 79 Y 0.024 0.159 0.001 0.072 0.128 0.194 0.055 0.005 0.001 0.067 0.295 80 D 0.041 0.118 0.003 0.062 0.100 0.163 0.051 0.004 0.001 0.296 0.161 81 A 0.013 0.202 0.004 0.068 0.109 0.131 0.064 0.003 0.001 0.137 0.268 82 E 0.033 0.384 0.006 0.046 0.096 0.164 0.035 0.011 0.001 0.092 0.132 83 I 0.088 0.249 0.011 0.027 0.069 0.113 0.056 0.017 0.004 0.106 0.259 84 S 0.096 0.132 0.013 0.018 0.100 0.128 0.052 0.008 0.005 0.089 0.361 85 R 0.078 0.031 0.018 0.015 0.095 0.151 0.065 0.005 0.003 0.124 0.415 86 K 0.120 0.011 0.009 0.016 0.054 0.069 0.119 0.006 0.004 0.094 0.499 87 R 0.125 0.006 0.004 0.009 0.048 0.045 0.104 0.002 0.001 0.034 0.622 88 E 0.011 0.002 0.001 0.009 0.025 0.049 0.092 0.001 0.001 0.014 0.796 89 T 0.018 0.003 0.001 0.012 0.021 0.031 0.098 0.001 0.001 0.019 0.796 90 R 0.012 0.003 0.001 0.021 0.075 0.071 0.128 0.001 0.001 0.020 0.667