# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.054 0.022 0.012 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.009 0.118 0.014 0.095 0.632 2 K 0.019 0.013 0.007 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.082 0.006 0.064 0.787 3 A 0.030 0.014 0.005 0.001 0.008 0.009 0.005 0.002 0.003 0.014 0.033 0.002 0.019 0.006 0.007 0.004 0.099 0.008 0.081 0.647 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 S 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.004 0.133 0.691 6 R 0.249 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.014 0.047 0.627 7 D 0.138 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.018 0.167 0.602 8 E 0.218 0.005 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.019 0.119 0.546 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.992 10 C 0.029 0.005 0.006 0.001 0.044 0.015 0.048 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.153 0.008 0.149 0.523 11 S 0.084 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.004 0.102 0.665 12 S 0.059 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.006 0.122 0.613 13 T 0.054 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.115 0.008 0.179 0.617 14 S 0.084 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.015 0.254 0.522 15 R 0.176 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.064 0.016 0.152 0.534 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.989 17 A 0.047 0.015 0.004 0.001 0.007 0.005 0.004 0.001 0.010 0.009 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.070 0.010 0.191 0.611 18 L 0.259 0.028 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.012 0.094 0.522 19 E 0.132 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.011 0.088 0.656 20 E 0.180 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.019 0.095 0.598 21 D 0.145 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.011 0.244 0.416 22 V 0.094 0.008 0.013 0.003 0.007 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.611 0.008 0.079 0.166 23 I 0.010 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.853 0.001 0.029 0.080 24 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.001 0.011 0.041 25 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.929 0.001 0.009 0.047 26 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.010 0.011 0.830 0.001 0.024 0.097 27 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.843 0.001 0.029 0.110 28 Y 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 0.008 0.005 0.006 0.011 0.013 0.014 0.525 0.002 0.054 0.315 29 D 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.067 0.243 0.015 0.247 0.003 0.082 0.318 30 D 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.070 0.012 0.182 0.675 31 Y 0.171 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.117 0.124 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.019 0.025 0.157 0.349 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 33 E 0.008 0.002 0.001 0.001 0.016 0.003 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.260 0.652 34 N 0.351 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.040 0.027 0.554 35 G 0.496 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.027 0.118 0.289 36 V 0.065 0.003 0.060 0.003 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.005 0.172 0.506 37 V 0.007 0.002 0.001 0.003 0.026 0.131 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.672 0.001 0.024 0.103 38 Q 0.011 0.007 0.002 0.001 0.025 0.044 0.065 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.012 0.006 0.009 0.239 0.003 0.078 0.465 39 M 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.003 0.002 0.003 0.001 0.010 0.005 0.002 0.003 0.813 0.002 0.022 0.108 40 N 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.291 0.003 0.185 0.440 41 S 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.005 0.063 0.609 42 R 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.008 0.301 0.476 43 D 0.193 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.032 0.182 0.533 44 V 0.277 0.097 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.027 0.086 0.382 45 R 0.043 0.099 0.008 0.002 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.006 0.188 0.358 46 A 0.007 0.039 0.006 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.035 0.866 47 R 0.047 0.155 0.004 0.001 0.003 0.013 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.011 0.076 0.352 48 A 0.073 0.293 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.012 0.074 0.354 49 R 0.086 0.334 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.014 0.021 0.136 50 T 0.060 0.352 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.013 0.037 0.208 51 I 0.074 0.348 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.346 0.019 0.022 0.172 52 I 0.064 0.271 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.447 0.017 0.030 0.138 53 K 0.057 0.198 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.298 0.022 0.054 0.340 54 W 0.057 0.112 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.244 0.020 0.024 0.489 55 Q 0.063 0.071 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.004 0.001 0.199 0.021 0.197 0.412 56 D 0.240 0.030 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.064 0.058 0.078 0.504 57 L 0.354 0.089 0.036 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.173 0.043 0.042 0.219 58 E 0.037 0.021 0.006 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.008 0.225 0.352 59 V 0.016 0.014 0.011 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.006 0.101 0.618 60 G 0.042 0.007 0.005 0.004 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.009 0.096 0.316 61 Q 0.065 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.524 0.004 0.232 0.155 62 V 0.023 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.733 0.002 0.030 0.197 63 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.001 0.016 0.043 64 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.883 0.001 0.015 0.067 65 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.869 0.001 0.013 0.094 66 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.033 0.017 0.043 0.021 0.648 0.001 0.033 0.191 67 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.541 0.001 0.124 0.320 68 N 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.044 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.153 0.002 0.310 0.428 69 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.043 0.907 70 D 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.680 0.283 71 N 0.390 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.052 0.283 0.259 72 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 73 K 0.008 0.015 0.007 0.001 0.023 0.007 0.006 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.628 0.275 74 E 0.298 0.021 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.019 0.064 0.549 75 R 0.238 0.225 0.003 0.002 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.022 0.028 0.429 76 G 0.359 0.035 0.029 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.078 0.051 0.283 77 F 0.091 0.012 0.071 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.010 0.122 0.460 78 W 0.015 0.009 0.023 0.004 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.556 0.006 0.037 0.331 79 Y 0.024 0.011 0.003 0.003 0.012 0.015 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.673 0.004 0.058 0.171 80 D 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.657 0.002 0.046 0.261 81 A 0.016 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.707 0.004 0.042 0.197 82 E 0.018 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.625 0.003 0.163 0.153 83 I 0.033 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.540 0.005 0.063 0.289 84 S 0.025 0.143 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.002 0.582 0.008 0.049 0.166 85 R 0.052 0.130 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.245 0.020 0.056 0.473 86 K 0.095 0.155 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.129 0.027 0.069 0.495 87 R 0.093 0.119 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.131 0.040 0.104 0.482 88 E 0.150 0.100 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.035 0.108 0.530 89 T 0.130 0.132 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.089 0.031 0.106 0.470 90 R 0.082 0.116 0.009 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.091 0.018 0.084 0.576