# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.259 0.230 0.229 0.126 0.061 0.030 0.032 0.003 0.024 0.004 0.002 2 K 0.202 0.222 0.280 0.157 0.039 0.044 0.025 0.005 0.020 0.003 0.003 3 A 0.027 0.271 0.430 0.007 0.037 0.013 0.006 0.001 0.205 0.004 0.001 4 P 0.210 0.006 0.682 0.015 0.003 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.060 5 S 0.159 0.208 0.322 0.156 0.039 0.055 0.020 0.013 0.025 0.003 0.001 6 R 0.338 0.167 0.275 0.124 0.040 0.018 0.015 0.003 0.013 0.004 0.003 7 D 0.144 0.108 0.189 0.332 0.057 0.056 0.073 0.010 0.024 0.005 0.002 8 E 0.021 0.271 0.428 0.008 0.027 0.010 0.007 0.001 0.224 0.002 0.001 9 P 0.101 0.007 0.795 0.011 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 10 C 0.085 0.350 0.369 0.069 0.045 0.038 0.007 0.005 0.029 0.001 0.001 11 S 0.243 0.233 0.348 0.063 0.059 0.023 0.005 0.002 0.018 0.003 0.003 12 S 0.190 0.244 0.217 0.145 0.104 0.043 0.020 0.004 0.029 0.003 0.001 13 T 0.196 0.297 0.206 0.149 0.071 0.030 0.019 0.003 0.025 0.002 0.002 14 S 0.177 0.227 0.245 0.181 0.067 0.041 0.028 0.007 0.019 0.005 0.003 15 R 0.039 0.347 0.376 0.013 0.057 0.013 0.007 0.001 0.143 0.003 0.001 16 P 0.142 0.014 0.765 0.013 0.003 0.027 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 17 A 0.120 0.193 0.511 0.062 0.028 0.053 0.005 0.003 0.022 0.001 0.002 18 L 0.127 0.230 0.463 0.055 0.037 0.037 0.006 0.001 0.038 0.003 0.002 19 E 0.337 0.114 0.336 0.072 0.049 0.033 0.021 0.002 0.023 0.007 0.005 20 E 0.430 0.080 0.191 0.187 0.036 0.023 0.027 0.004 0.015 0.004 0.003 21 D 0.095 0.265 0.199 0.210 0.110 0.040 0.038 0.010 0.028 0.004 0.001 22 V 0.022 0.677 0.208 0.023 0.032 0.018 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 23 I 0.015 0.792 0.136 0.010 0.019 0.021 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 24 Y 0.009 0.728 0.107 0.013 0.107 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 25 H 0.005 0.765 0.126 0.005 0.053 0.031 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 26 V 0.002 0.838 0.098 0.002 0.024 0.028 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 27 K 0.006 0.569 0.269 0.004 0.013 0.129 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 28 Y 0.036 0.491 0.227 0.022 0.069 0.081 0.011 0.001 0.061 0.002 0.001 29 D 0.346 0.157 0.204 0.096 0.063 0.048 0.044 0.003 0.028 0.008 0.004 30 D 0.157 0.081 0.115 0.363 0.071 0.049 0.090 0.031 0.019 0.023 0.002 31 Y 0.038 0.187 0.445 0.016 0.029 0.019 0.017 0.002 0.233 0.014 0.001 32 P 0.542 0.004 0.370 0.018 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.049 33 E 0.595 0.033 0.084 0.221 0.011 0.020 0.016 0.007 0.008 0.003 0.002 34 N 0.104 0.042 0.162 0.538 0.020 0.012 0.096 0.014 0.007 0.006 0.001 35 G 0.037 0.041 0.104 0.040 0.075 0.014 0.210 0.385 0.008 0.086 0.001 36 V 0.060 0.451 0.394 0.027 0.028 0.022 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 37 V 0.040 0.675 0.203 0.014 0.027 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 38 Q 0.025 0.432 0.370 0.015 0.046 0.088 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 39 M 0.045 0.646 0.178 0.030 0.049 0.023 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 40 N 0.019 0.265 0.363 0.019 0.114 0.077 0.020 0.001 0.112 0.009 0.001 41 S 0.571 0.035 0.254 0.053 0.026 0.015 0.006 0.001 0.012 0.005 0.022 42 R 0.745 0.029 0.068 0.118 0.013 0.008 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 43 D 0.263 0.078 0.176 0.337 0.031 0.046 0.041 0.005 0.018 0.002 0.002 44 V 0.204 0.217 0.397 0.107 0.013 0.029 0.014 0.002 0.013 0.001 0.002 45 R 0.069 0.316 0.428 0.010 0.023 0.033 0.008 0.001 0.108 0.004 0.001 46 A 0.699 0.004 0.243 0.018 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.020 47 R 0.523 0.047 0.072 0.260 0.033 0.020 0.018 0.014 0.010 0.003 0.001 48 A 0.446 0.125 0.219 0.104 0.035 0.024 0.021 0.004 0.020 0.002 0.001 49 R 0.453 0.245 0.173 0.075 0.020 0.014 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 50 T 0.313 0.317 0.174 0.075 0.061 0.032 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 51 I 0.223 0.513 0.144 0.034 0.038 0.025 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 52 I 0.134 0.538 0.194 0.029 0.045 0.038 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 53 K 0.087 0.382 0.346 0.022 0.022 0.109 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 54 W 0.485 0.129 0.240 0.049 0.026 0.030 0.009 0.001 0.028 0.002 0.002 55 Q 0.675 0.036 0.054 0.155 0.019 0.012 0.035 0.003 0.007 0.003 0.001 56 D 0.202 0.045 0.062 0.431 0.033 0.022 0.169 0.016 0.015 0.004 0.001 57 L 0.118 0.431 0.285 0.074 0.023 0.014 0.025 0.004 0.024 0.002 0.001 58 E 0.043 0.328 0.406 0.037 0.037 0.092 0.020 0.001 0.030 0.003 0.004 59 V 0.090 0.375 0.328 0.115 0.033 0.017 0.012 0.002 0.022 0.001 0.004 60 G 0.033 0.131 0.099 0.041 0.411 0.011 0.034 0.134 0.009 0.097 0.001 61 Q 0.021 0.582 0.193 0.023 0.138 0.021 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 62 V 0.007 0.719 0.206 0.004 0.023 0.034 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 V 0.007 0.866 0.067 0.003 0.028 0.023 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 64 M 0.006 0.700 0.183 0.004 0.019 0.077 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 L 0.032 0.703 0.124 0.018 0.038 0.034 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 66 N 0.025 0.302 0.234 0.051 0.178 0.105 0.049 0.004 0.045 0.006 0.001 67 Y 0.054 0.518 0.168 0.098 0.071 0.049 0.011 0.004 0.019 0.005 0.003 68 N 0.017 0.150 0.380 0.016 0.060 0.102 0.029 0.001 0.216 0.027 0.001 69 P 0.895 0.001 0.038 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 70 D 0.323 0.009 0.025 0.591 0.005 0.014 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 71 N 0.046 0.133 0.324 0.053 0.030 0.023 0.035 0.003 0.344 0.009 0.001 72 P 0.375 0.004 0.529 0.017 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.053 73 K 0.658 0.027 0.159 0.110 0.009 0.018 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 74 E 0.596 0.049 0.148 0.143 0.011 0.022 0.011 0.002 0.013 0.002 0.003 75 R 0.114 0.073 0.257 0.429 0.016 0.013 0.071 0.004 0.019 0.002 0.001 76 G 0.018 0.022 0.048 0.013 0.066 0.007 0.084 0.558 0.003 0.182 0.001 77 F 0.052 0.418 0.356 0.039 0.068 0.044 0.006 0.002 0.012 0.002 0.001 78 W 0.081 0.508 0.243 0.058 0.036 0.052 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 79 Y 0.085 0.552 0.139 0.051 0.097 0.035 0.006 0.001 0.031 0.002 0.001 80 D 0.087 0.192 0.394 0.039 0.064 0.158 0.024 0.001 0.037 0.001 0.003 81 A 0.625 0.152 0.111 0.047 0.035 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 82 E 0.612 0.208 0.083 0.035 0.029 0.021 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 83 I 0.583 0.213 0.094 0.050 0.022 0.020 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 84 S 0.651 0.125 0.079 0.061 0.040 0.013 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 85 R 0.482 0.140 0.145 0.102 0.056 0.022 0.019 0.002 0.030 0.002 0.001 86 K 0.491 0.111 0.202 0.126 0.018 0.020 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 87 R 0.363 0.190 0.222 0.119 0.036 0.021 0.016 0.003 0.026 0.002 0.001 88 E 0.291 0.152 0.302 0.120 0.037 0.045 0.029 0.002 0.018 0.002 0.002 89 T 0.190 0.291 0.239 0.146 0.045 0.039 0.017 0.003 0.028 0.002 0.001 90 R 0.230 0.255 0.297 0.073 0.058 0.034 0.017 0.003 0.029 0.003 0.002