# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.466 0.190 0.120 0.091 0.061 0.034 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 K 0.445 0.190 0.121 0.097 0.072 0.037 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 A 0.236 0.141 0.147 0.161 0.130 0.090 0.052 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 P 0.257 0.143 0.151 0.146 0.122 0.085 0.054 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 S 0.466 0.202 0.115 0.083 0.062 0.032 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.360 0.213 0.136 0.116 0.077 0.046 0.027 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.297 0.161 0.139 0.127 0.113 0.071 0.050 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 E 0.224 0.165 0.148 0.147 0.125 0.082 0.050 0.029 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 9 P 0.210 0.126 0.124 0.136 0.138 0.103 0.070 0.045 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 10 C 0.133 0.100 0.121 0.146 0.156 0.126 0.089 0.059 0.035 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 11 S 0.176 0.131 0.128 0.145 0.142 0.105 0.072 0.046 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 12 S 0.178 0.123 0.127 0.131 0.142 0.110 0.078 0.050 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 13 T 0.259 0.162 0.132 0.134 0.118 0.077 0.051 0.031 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 14 S 0.307 0.180 0.134 0.126 0.105 0.061 0.040 0.021 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 15 R 0.252 0.163 0.140 0.143 0.126 0.080 0.047 0.024 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 16 P 0.338 0.201 0.150 0.126 0.088 0.049 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.288 0.190 0.161 0.134 0.105 0.057 0.038 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.151 0.147 0.172 0.210 0.148 0.091 0.047 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.333 0.224 0.165 0.119 0.074 0.039 0.029 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.327 0.283 0.156 0.098 0.059 0.036 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.085 0.126 0.133 0.155 0.189 0.128 0.085 0.053 0.030 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 22 V 0.013 0.008 0.021 0.043 0.093 0.141 0.202 0.199 0.119 0.077 0.043 0.027 0.011 0.003 23 I 0.025 0.026 0.038 0.088 0.155 0.139 0.110 0.152 0.102 0.071 0.049 0.026 0.012 0.006 24 Y 0.012 0.009 0.011 0.016 0.028 0.048 0.072 0.124 0.145 0.190 0.171 0.112 0.047 0.016 25 H 0.016 0.021 0.032 0.090 0.129 0.115 0.124 0.177 0.117 0.077 0.057 0.027 0.011 0.006 26 V 0.013 0.010 0.013 0.019 0.035 0.053 0.086 0.119 0.160 0.170 0.160 0.103 0.042 0.017 27 K 0.035 0.036 0.063 0.141 0.190 0.172 0.148 0.115 0.051 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 28 Y 0.016 0.022 0.050 0.086 0.118 0.150 0.179 0.153 0.087 0.088 0.033 0.011 0.005 0.002 29 D 0.287 0.206 0.141 0.147 0.096 0.057 0.029 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 D 0.549 0.236 0.101 0.053 0.030 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.187 0.147 0.176 0.211 0.128 0.081 0.044 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 P 0.483 0.196 0.133 0.083 0.055 0.025 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.639 0.184 0.074 0.045 0.027 0.014 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.408 0.198 0.133 0.102 0.062 0.041 0.030 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.129 0.101 0.142 0.142 0.152 0.125 0.105 0.052 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 36 V 0.052 0.042 0.069 0.090 0.165 0.162 0.130 0.117 0.072 0.048 0.029 0.014 0.008 0.002 37 V 0.081 0.063 0.069 0.095 0.147 0.136 0.108 0.114 0.076 0.053 0.034 0.015 0.007 0.003 38 Q 0.123 0.111 0.116 0.155 0.161 0.103 0.078 0.062 0.044 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 39 M 0.060 0.032 0.043 0.066 0.122 0.134 0.129 0.128 0.115 0.074 0.048 0.032 0.013 0.004 40 N 0.173 0.161 0.160 0.175 0.114 0.085 0.065 0.029 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 41 S 0.145 0.099 0.120 0.152 0.150 0.110 0.078 0.056 0.045 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 42 R 0.251 0.194 0.147 0.144 0.103 0.074 0.043 0.021 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 43 D 0.176 0.236 0.185 0.132 0.110 0.070 0.046 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 V 0.029 0.019 0.031 0.056 0.111 0.158 0.192 0.186 0.117 0.060 0.024 0.011 0.004 0.001 45 R 0.063 0.068 0.110 0.187 0.218 0.153 0.078 0.064 0.029 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 46 A 0.258 0.073 0.060 0.081 0.103 0.100 0.085 0.081 0.065 0.045 0.027 0.013 0.006 0.003 47 R 0.056 0.065 0.089 0.170 0.179 0.164 0.099 0.086 0.044 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 48 A 0.034 0.015 0.019 0.033 0.060 0.124 0.172 0.205 0.163 0.100 0.045 0.021 0.007 0.004 49 R 0.074 0.111 0.136 0.191 0.175 0.135 0.075 0.047 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 50 T 0.268 0.162 0.157 0.136 0.097 0.074 0.048 0.025 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 51 I 0.030 0.035 0.077 0.147 0.230 0.194 0.133 0.088 0.039 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 52 I 0.100 0.060 0.074 0.116 0.174 0.161 0.130 0.097 0.057 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 53 K 0.366 0.242 0.154 0.099 0.063 0.031 0.031 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 W 0.131 0.086 0.153 0.213 0.188 0.107 0.052 0.034 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.358 0.198 0.154 0.152 0.067 0.040 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.327 0.270 0.176 0.089 0.060 0.036 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.094 0.061 0.087 0.132 0.195 0.177 0.119 0.077 0.033 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 58 E 0.230 0.266 0.202 0.126 0.074 0.040 0.035 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.048 0.024 0.050 0.117 0.176 0.177 0.120 0.128 0.081 0.040 0.021 0.013 0.005 0.002 60 G 0.031 0.044 0.068 0.136 0.147 0.166 0.139 0.109 0.067 0.046 0.027 0.012 0.005 0.003 61 Q 0.026 0.029 0.049 0.074 0.095 0.129 0.147 0.140 0.125 0.082 0.052 0.026 0.016 0.010 62 V 0.006 0.005 0.008 0.015 0.030 0.056 0.086 0.120 0.173 0.152 0.150 0.119 0.050 0.030 63 V 0.003 0.002 0.003 0.004 0.008 0.017 0.040 0.056 0.111 0.176 0.218 0.207 0.099 0.057 64 M 0.003 0.002 0.003 0.005 0.008 0.015 0.030 0.056 0.107 0.181 0.193 0.200 0.122 0.074 65 L 0.002 0.003 0.004 0.004 0.007 0.014 0.034 0.060 0.108 0.192 0.193 0.182 0.124 0.072 66 N 0.007 0.010 0.016 0.028 0.044 0.060 0.090 0.140 0.158 0.159 0.132 0.081 0.046 0.029 67 Y 0.011 0.016 0.024 0.051 0.088 0.095 0.099 0.133 0.154 0.135 0.099 0.051 0.025 0.020 68 N 0.018 0.039 0.072 0.120 0.138 0.177 0.164 0.115 0.068 0.044 0.025 0.012 0.004 0.004 69 P 0.042 0.065 0.126 0.129 0.152 0.151 0.136 0.088 0.055 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 70 D 0.505 0.258 0.105 0.058 0.037 0.015 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.367 0.258 0.157 0.109 0.055 0.029 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 P 0.239 0.121 0.160 0.156 0.122 0.095 0.070 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.274 0.262 0.188 0.133 0.071 0.035 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.346 0.187 0.134 0.106 0.091 0.058 0.036 0.019 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 R 0.076 0.067 0.097 0.145 0.166 0.167 0.118 0.075 0.043 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 76 G 0.053 0.052 0.071 0.104 0.135 0.138 0.140 0.114 0.081 0.055 0.031 0.015 0.008 0.003 77 F 0.026 0.017 0.026 0.038 0.077 0.101 0.112 0.140 0.132 0.127 0.092 0.068 0.029 0.015 78 W 0.023 0.019 0.024 0.029 0.052 0.073 0.081 0.113 0.135 0.148 0.148 0.086 0.049 0.020 79 Y 0.014 0.011 0.014 0.029 0.052 0.071 0.114 0.153 0.172 0.146 0.116 0.065 0.029 0.014 80 D 0.018 0.019 0.027 0.065 0.119 0.109 0.115 0.138 0.131 0.099 0.082 0.046 0.017 0.015 81 A 0.028 0.020 0.022 0.025 0.044 0.066 0.107 0.114 0.145 0.149 0.139 0.085 0.040 0.017 82 E 0.045 0.057 0.094 0.160 0.178 0.145 0.112 0.095 0.056 0.029 0.016 0.007 0.004 0.001 83 I 0.015 0.013 0.026 0.048 0.094 0.122 0.145 0.171 0.165 0.126 0.044 0.019 0.008 0.003 84 S 0.108 0.128 0.162 0.236 0.145 0.109 0.056 0.029 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 85 R 0.425 0.216 0.142 0.088 0.052 0.032 0.028 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.124 0.122 0.172 0.194 0.173 0.112 0.060 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.406 0.198 0.147 0.108 0.079 0.034 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.620 0.195 0.081 0.051 0.028 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.541 0.160 0.111 0.083 0.051 0.027 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.416 0.178 0.136 0.115 0.077 0.039 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001