# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.009 0.005 0.001 0.029 0.013 0.031 0.132 0.001 0.001 0.043 0.737 2 K 0.017 0.009 0.001 0.024 0.021 0.029 0.129 0.002 0.001 0.045 0.723 3 A 0.094 0.012 0.004 0.021 0.048 0.033 0.140 0.009 0.002 0.094 0.542 4 P 0.135 0.008 0.001 0.028 0.015 0.027 0.118 0.006 0.001 0.049 0.611 5 S 0.176 0.005 0.001 0.015 0.010 0.024 0.108 0.004 0.001 0.069 0.588 6 R 0.008 0.003 0.001 0.022 0.013 0.026 0.137 0.001 0.001 0.023 0.765 7 D 0.033 0.007 0.001 0.017 0.018 0.031 0.125 0.003 0.001 0.066 0.700 8 E 0.023 0.004 0.001 0.017 0.078 0.054 0.159 0.003 0.001 0.105 0.555 9 P 0.017 0.003 0.001 0.020 0.020 0.038 0.146 0.001 0.001 0.084 0.671 10 C 0.039 0.004 0.001 0.017 0.029 0.043 0.157 0.003 0.001 0.095 0.610 11 S 0.093 0.005 0.001 0.016 0.014 0.025 0.135 0.004 0.001 0.055 0.651 12 S 0.139 0.004 0.001 0.009 0.011 0.020 0.111 0.002 0.001 0.071 0.633 13 T 0.005 0.004 0.001 0.008 0.011 0.020 0.123 0.001 0.001 0.019 0.808 14 S 0.022 0.016 0.001 0.008 0.023 0.028 0.109 0.003 0.001 0.032 0.759 15 R 0.136 0.025 0.002 0.011 0.065 0.034 0.118 0.007 0.001 0.093 0.508 16 P 0.048 0.017 0.001 0.010 0.019 0.030 0.131 0.003 0.001 0.035 0.704 17 A 0.095 0.014 0.006 0.013 0.030 0.041 0.107 0.003 0.002 0.043 0.646 18 L 0.312 0.017 0.002 0.012 0.030 0.037 0.095 0.008 0.001 0.041 0.444 19 E 0.094 0.011 0.001 0.010 0.013 0.029 0.112 0.004 0.001 0.028 0.698 20 E 0.009 0.007 0.001 0.032 0.103 0.177 0.114 0.001 0.001 0.022 0.533 21 D 0.006 0.003 0.001 0.063 0.083 0.257 0.088 0.001 0.001 0.050 0.448 22 V 0.002 0.002 0.001 0.063 0.330 0.404 0.028 0.001 0.001 0.034 0.135 23 I 0.003 0.002 0.001 0.129 0.211 0.296 0.025 0.001 0.001 0.075 0.258 24 Y 0.001 0.001 0.001 0.098 0.385 0.412 0.009 0.001 0.001 0.027 0.067 25 H 0.002 0.001 0.001 0.126 0.278 0.390 0.014 0.001 0.001 0.056 0.132 26 V 0.001 0.001 0.001 0.064 0.473 0.333 0.014 0.001 0.001 0.021 0.092 27 K 0.020 0.002 0.001 0.105 0.270 0.404 0.025 0.002 0.001 0.038 0.134 28 Y 0.225 0.003 0.001 0.035 0.101 0.155 0.061 0.005 0.001 0.103 0.310 29 D 0.006 0.003 0.001 0.049 0.082 0.137 0.108 0.001 0.001 0.031 0.582 30 D 0.023 0.010 0.001 0.025 0.038 0.108 0.106 0.002 0.001 0.054 0.632 31 Y 0.118 0.007 0.017 0.019 0.104 0.058 0.096 0.010 0.013 0.252 0.306 32 P 0.384 0.004 0.001 0.008 0.007 0.013 0.060 0.004 0.001 0.039 0.479 33 E 0.064 0.004 0.001 0.009 0.010 0.035 0.091 0.002 0.001 0.022 0.763 34 N 0.004 0.002 0.001 0.018 0.016 0.042 0.123 0.001 0.001 0.015 0.779 35 G 0.003 0.006 0.001 0.045 0.145 0.513 0.047 0.001 0.001 0.039 0.200 36 V 0.007 0.003 0.001 0.033 0.309 0.215 0.043 0.001 0.001 0.064 0.324 37 V 0.002 0.001 0.001 0.117 0.328 0.373 0.020 0.001 0.001 0.029 0.129 38 Q 0.007 0.005 0.001 0.078 0.203 0.292 0.043 0.001 0.001 0.059 0.312 39 M 0.013 0.007 0.003 0.109 0.233 0.178 0.059 0.002 0.001 0.049 0.345 40 N 0.132 0.055 0.003 0.044 0.091 0.108 0.063 0.009 0.002 0.085 0.410 41 S 0.157 0.081 0.001 0.015 0.022 0.040 0.069 0.009 0.001 0.066 0.539 42 R 0.046 0.074 0.003 0.020 0.054 0.043 0.086 0.002 0.001 0.062 0.609 43 D 0.019 0.145 0.003 0.043 0.037 0.054 0.137 0.003 0.001 0.065 0.494 44 V 0.014 0.343 0.003 0.020 0.027 0.027 0.069 0.008 0.001 0.138 0.349 45 R 0.025 0.869 0.001 0.003 0.007 0.006 0.008 0.006 0.001 0.036 0.038 46 A 0.006 0.061 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.892 0.022 47 R 0.007 0.561 0.007 0.008 0.007 0.010 0.030 0.003 0.001 0.301 0.066 48 A 0.052 0.793 0.004 0.006 0.007 0.013 0.017 0.021 0.001 0.021 0.065 49 R 0.027 0.552 0.008 0.022 0.017 0.034 0.045 0.005 0.003 0.064 0.223 50 T 0.033 0.464 0.005 0.052 0.031 0.087 0.050 0.004 0.001 0.060 0.212 51 I 0.079 0.283 0.008 0.057 0.022 0.045 0.103 0.007 0.002 0.077 0.316 52 I 0.044 0.086 0.095 0.102 0.072 0.083 0.091 0.011 0.024 0.090 0.303 53 K 0.247 0.106 0.005 0.029 0.024 0.044 0.072 0.012 0.003 0.029 0.429 54 W 0.244 0.030 0.005 0.016 0.011 0.018 0.073 0.014 0.002 0.056 0.530 55 Q 0.056 0.009 0.002 0.044 0.034 0.053 0.116 0.002 0.001 0.042 0.639 56 D 0.022 0.004 0.001 0.013 0.008 0.034 0.088 0.001 0.001 0.040 0.789 57 L 0.016 0.003 0.001 0.037 0.075 0.046 0.127 0.001 0.001 0.026 0.668 58 E 0.178 0.007 0.002 0.078 0.043 0.069 0.087 0.003 0.001 0.099 0.433 59 V 0.020 0.003 0.001 0.037 0.022 0.042 0.140 0.001 0.001 0.052 0.681 60 G 0.005 0.003 0.001 0.156 0.031 0.096 0.131 0.001 0.001 0.058 0.517 61 Q 0.002 0.004 0.001 0.289 0.145 0.242 0.050 0.001 0.001 0.095 0.172 62 V 0.001 0.002 0.001 0.389 0.164 0.209 0.027 0.001 0.001 0.077 0.129 63 V 0.002 0.002 0.001 0.468 0.199 0.170 0.014 0.001 0.001 0.055 0.089 64 M 0.003 0.001 0.001 0.402 0.187 0.246 0.019 0.001 0.001 0.054 0.085 65 L 0.009 0.001 0.001 0.362 0.146 0.188 0.040 0.001 0.001 0.066 0.186 66 N 0.013 0.002 0.002 0.192 0.096 0.184 0.110 0.002 0.001 0.073 0.324 67 Y 0.016 0.003 0.001 0.106 0.040 0.083 0.135 0.003 0.001 0.034 0.578 68 N 0.420 0.005 0.001 0.019 0.015 0.025 0.091 0.007 0.001 0.128 0.289 69 P 0.009 0.003 0.001 0.012 0.011 0.017 0.153 0.001 0.001 0.040 0.753 70 D 0.013 0.010 0.001 0.010 0.008 0.018 0.117 0.002 0.001 0.024 0.797 71 N 0.200 0.023 0.003 0.012 0.064 0.032 0.115 0.011 0.002 0.087 0.451 72 P 0.212 0.016 0.004 0.011 0.012 0.020 0.119 0.007 0.003 0.066 0.529 73 K 0.129 0.012 0.001 0.014 0.023 0.054 0.096 0.003 0.001 0.042 0.623 74 E 0.056 0.008 0.001 0.017 0.021 0.041 0.128 0.002 0.001 0.038 0.687 75 R 0.008 0.013 0.001 0.027 0.060 0.103 0.137 0.001 0.001 0.033 0.617 76 G 0.010 0.027 0.001 0.032 0.106 0.190 0.088 0.002 0.001 0.046 0.499 77 F 0.006 0.027 0.001 0.044 0.298 0.323 0.048 0.001 0.001 0.029 0.222 78 W 0.009 0.084 0.002 0.055 0.190 0.207 0.051 0.002 0.001 0.060 0.339 79 Y 0.015 0.247 0.002 0.034 0.218 0.195 0.030 0.005 0.001 0.051 0.203 80 D 0.031 0.196 0.002 0.017 0.081 0.117 0.036 0.005 0.001 0.365 0.149 81 A 0.017 0.305 0.005 0.020 0.105 0.122 0.044 0.003 0.001 0.225 0.153 82 E 0.067 0.357 0.008 0.016 0.107 0.084 0.040 0.011 0.001 0.091 0.217 83 I 0.060 0.308 0.014 0.026 0.074 0.111 0.051 0.018 0.005 0.074 0.260 84 S 0.107 0.192 0.012 0.021 0.072 0.070 0.063 0.014 0.005 0.111 0.334 85 R 0.126 0.048 0.007 0.016 0.029 0.048 0.087 0.005 0.002 0.183 0.448 86 K 0.032 0.034 0.008 0.022 0.018 0.028 0.126 0.006 0.003 0.105 0.619 87 R 0.166 0.014 0.006 0.015 0.020 0.023 0.110 0.005 0.001 0.052 0.588 88 E 0.041 0.010 0.002 0.013 0.012 0.021 0.103 0.002 0.001 0.032 0.763 89 T 0.024 0.008 0.001 0.015 0.010 0.017 0.099 0.002 0.001 0.022 0.801 90 R 0.061 0.018 0.003 0.030 0.026 0.034 0.126 0.004 0.001 0.047 0.651