# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.395 0.142 0.043 0.101 0.083 0.068 0.071 0.045 0.027 0.016 0.008 2 K 0.422 0.211 0.053 0.118 0.074 0.042 0.033 0.019 0.014 0.009 0.004 3 A 0.220 0.129 0.043 0.110 0.098 0.097 0.117 0.072 0.056 0.035 0.022 4 P 0.352 0.193 0.053 0.130 0.105 0.053 0.051 0.028 0.018 0.010 0.006 5 S 0.133 0.118 0.059 0.120 0.112 0.108 0.122 0.083 0.069 0.048 0.029 6 R 0.186 0.185 0.074 0.179 0.140 0.081 0.076 0.037 0.022 0.013 0.006 7 D 0.334 0.139 0.059 0.133 0.094 0.071 0.075 0.043 0.027 0.016 0.008 8 E 0.213 0.125 0.064 0.154 0.129 0.103 0.091 0.052 0.036 0.023 0.011 9 P 0.149 0.105 0.054 0.133 0.104 0.109 0.140 0.078 0.064 0.042 0.022 10 C 0.054 0.056 0.040 0.094 0.105 0.125 0.171 0.135 0.104 0.075 0.041 11 S 0.267 0.221 0.107 0.152 0.098 0.054 0.046 0.023 0.016 0.011 0.005 12 S 0.310 0.169 0.065 0.122 0.097 0.065 0.070 0.041 0.028 0.020 0.012 13 T 0.371 0.188 0.049 0.116 0.091 0.056 0.055 0.033 0.021 0.013 0.007 14 S 0.344 0.200 0.054 0.130 0.086 0.060 0.061 0.030 0.019 0.011 0.005 15 R 0.174 0.137 0.061 0.143 0.122 0.117 0.118 0.059 0.038 0.021 0.009 16 P 0.436 0.152 0.066 0.115 0.073 0.053 0.052 0.024 0.016 0.009 0.004 17 A 0.175 0.138 0.065 0.133 0.114 0.102 0.117 0.062 0.044 0.033 0.017 18 L 0.080 0.172 0.063 0.139 0.120 0.114 0.138 0.072 0.051 0.032 0.020 19 E 0.345 0.224 0.088 0.139 0.094 0.047 0.034 0.017 0.007 0.004 0.002 20 E 0.616 0.123 0.083 0.088 0.039 0.024 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 21 D 0.097 0.099 0.067 0.222 0.191 0.152 0.095 0.036 0.023 0.013 0.005 22 V 0.005 0.007 0.014 0.024 0.033 0.066 0.163 0.191 0.208 0.163 0.124 23 I 0.014 0.053 0.160 0.246 0.229 0.134 0.084 0.034 0.024 0.017 0.005 24 Y 0.006 0.019 0.098 0.055 0.067 0.083 0.149 0.153 0.164 0.129 0.077 25 H 0.025 0.056 0.090 0.244 0.237 0.112 0.118 0.046 0.038 0.024 0.010 26 V 0.005 0.005 0.014 0.014 0.014 0.029 0.082 0.109 0.239 0.263 0.226 27 K 0.033 0.117 0.125 0.316 0.254 0.066 0.050 0.019 0.012 0.007 0.002 28 Y 0.015 0.029 0.032 0.064 0.062 0.107 0.209 0.150 0.160 0.107 0.065 29 D 0.186 0.133 0.091 0.220 0.167 0.074 0.063 0.028 0.021 0.013 0.005 30 D 0.426 0.240 0.080 0.120 0.062 0.028 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 31 Y 0.056 0.043 0.026 0.071 0.074 0.097 0.160 0.141 0.134 0.112 0.086 32 P 0.126 0.213 0.071 0.171 0.132 0.098 0.094 0.045 0.028 0.015 0.007 33 E 0.284 0.264 0.112 0.155 0.089 0.039 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 34 N 0.496 0.148 0.062 0.095 0.070 0.049 0.038 0.020 0.012 0.008 0.003 35 G 0.132 0.122 0.040 0.182 0.150 0.136 0.129 0.053 0.033 0.017 0.008 36 V 0.013 0.023 0.026 0.066 0.066 0.086 0.153 0.141 0.184 0.143 0.098 37 V 0.018 0.038 0.056 0.099 0.131 0.181 0.209 0.117 0.078 0.048 0.025 38 Q 0.047 0.125 0.158 0.319 0.179 0.075 0.050 0.019 0.014 0.009 0.004 39 M 0.005 0.004 0.006 0.010 0.013 0.025 0.072 0.151 0.216 0.227 0.272 40 N 0.093 0.346 0.091 0.225 0.140 0.040 0.032 0.014 0.009 0.007 0.003 41 S 0.091 0.099 0.068 0.165 0.126 0.113 0.120 0.072 0.066 0.049 0.031 42 R 0.365 0.161 0.088 0.169 0.115 0.045 0.031 0.011 0.008 0.005 0.002 43 D 0.215 0.211 0.063 0.211 0.132 0.067 0.057 0.023 0.013 0.006 0.002 44 V 0.007 0.009 0.011 0.021 0.022 0.045 0.109 0.131 0.226 0.227 0.193 45 R 0.023 0.049 0.066 0.194 0.218 0.169 0.155 0.060 0.038 0.019 0.009 46 A 0.056 0.080 0.263 0.178 0.117 0.084 0.085 0.045 0.044 0.033 0.015 47 R 0.021 0.033 0.070 0.135 0.154 0.175 0.189 0.091 0.067 0.044 0.020 48 A 0.004 0.007 0.016 0.020 0.019 0.036 0.111 0.167 0.224 0.222 0.175 49 R 0.009 0.023 0.077 0.162 0.190 0.167 0.156 0.084 0.065 0.051 0.017 50 T 0.052 0.087 0.296 0.215 0.160 0.079 0.064 0.022 0.014 0.008 0.003 51 I 0.026 0.042 0.055 0.148 0.121 0.152 0.210 0.088 0.082 0.047 0.029 52 I 0.006 0.004 0.007 0.009 0.010 0.022 0.074 0.123 0.240 0.267 0.237 53 K 0.041 0.305 0.183 0.273 0.143 0.029 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 54 W 0.023 0.046 0.047 0.113 0.100 0.165 0.168 0.116 0.102 0.063 0.056 55 Q 0.439 0.184 0.087 0.145 0.080 0.026 0.020 0.007 0.006 0.004 0.002 56 D 0.104 0.246 0.047 0.270 0.192 0.065 0.046 0.017 0.008 0.003 0.001 57 L 0.004 0.004 0.005 0.010 0.010 0.025 0.056 0.081 0.225 0.242 0.339 58 E 0.142 0.303 0.098 0.305 0.124 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.025 0.053 0.052 0.085 0.063 0.068 0.108 0.118 0.168 0.129 0.130 60 G 0.136 0.105 0.036 0.175 0.180 0.117 0.106 0.042 0.048 0.034 0.022 61 Q 0.067 0.194 0.073 0.207 0.165 0.105 0.101 0.038 0.030 0.014 0.007 62 V 0.023 0.029 0.038 0.126 0.164 0.148 0.164 0.125 0.099 0.052 0.033 63 V 0.004 0.007 0.014 0.031 0.038 0.067 0.153 0.162 0.213 0.186 0.126 64 M 0.002 0.012 0.025 0.069 0.074 0.079 0.157 0.195 0.181 0.124 0.081 65 L 0.002 0.006 0.019 0.023 0.028 0.040 0.105 0.169 0.226 0.227 0.157 66 N 0.008 0.014 0.036 0.076 0.081 0.086 0.169 0.157 0.160 0.137 0.076 67 Y 0.010 0.015 0.025 0.048 0.053 0.081 0.173 0.182 0.188 0.146 0.078 68 N 0.050 0.114 0.054 0.148 0.139 0.127 0.156 0.084 0.062 0.047 0.018 69 P 0.140 0.093 0.037 0.134 0.134 0.125 0.145 0.088 0.055 0.034 0.016 70 D 0.571 0.213 0.050 0.074 0.041 0.017 0.013 0.009 0.006 0.004 0.002 71 N 0.227 0.290 0.045 0.142 0.112 0.061 0.062 0.027 0.018 0.011 0.006 72 P 0.144 0.097 0.032 0.077 0.090 0.095 0.145 0.115 0.089 0.060 0.057 73 K 0.422 0.214 0.097 0.149 0.061 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 74 E 0.265 0.146 0.123 0.196 0.102 0.077 0.051 0.021 0.011 0.006 0.002 75 R 0.039 0.033 0.025 0.081 0.114 0.139 0.193 0.161 0.109 0.067 0.039 76 G 0.077 0.079 0.085 0.134 0.130 0.146 0.151 0.074 0.066 0.040 0.019 77 F 0.014 0.023 0.092 0.077 0.089 0.100 0.159 0.130 0.138 0.120 0.059 78 W 0.022 0.029 0.070 0.072 0.072 0.093 0.158 0.129 0.152 0.132 0.072 79 Y 0.012 0.021 0.041 0.056 0.071 0.091 0.174 0.167 0.156 0.135 0.076 80 D 0.029 0.060 0.075 0.122 0.118 0.115 0.150 0.103 0.099 0.081 0.048 81 A 0.028 0.018 0.036 0.053 0.074 0.103 0.182 0.151 0.149 0.130 0.078 82 E 0.121 0.155 0.173 0.246 0.166 0.054 0.040 0.021 0.013 0.008 0.003 83 I 0.010 0.015 0.025 0.036 0.035 0.065 0.155 0.148 0.199 0.190 0.122 84 S 0.046 0.068 0.094 0.170 0.162 0.121 0.142 0.078 0.058 0.042 0.017 85 R 0.239 0.166 0.268 0.153 0.080 0.037 0.029 0.014 0.008 0.005 0.002 86 K 0.112 0.086 0.127 0.162 0.133 0.146 0.130 0.048 0.029 0.019 0.007 87 R 0.129 0.081 0.091 0.110 0.108 0.111 0.163 0.089 0.061 0.040 0.017 88 E 0.312 0.174 0.210 0.133 0.071 0.038 0.032 0.016 0.008 0.004 0.001 89 T 0.156 0.114 0.199 0.143 0.108 0.107 0.091 0.040 0.023 0.013 0.005 90 R 0.303 0.130 0.127 0.123 0.092 0.077 0.075 0.035 0.022 0.012 0.005