# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.217 0.129 0.175 0.246 0.064 0.033 0.090 0.015 0.017 0.012 0.002 2 K 0.119 0.152 0.234 0.211 0.068 0.056 0.084 0.022 0.039 0.013 0.002 3 A 0.025 0.236 0.568 0.006 0.044 0.013 0.004 0.001 0.100 0.004 0.001 4 P 0.180 0.007 0.729 0.015 0.002 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.038 5 S 0.211 0.242 0.288 0.115 0.065 0.021 0.013 0.011 0.026 0.008 0.001 6 R 0.330 0.155 0.259 0.124 0.053 0.028 0.020 0.007 0.012 0.006 0.004 7 D 0.084 0.154 0.220 0.239 0.047 0.078 0.107 0.019 0.041 0.007 0.003 8 E 0.028 0.408 0.379 0.008 0.052 0.016 0.005 0.001 0.099 0.003 0.001 9 P 0.118 0.012 0.781 0.016 0.002 0.037 0.003 0.001 0.006 0.001 0.025 10 C 0.161 0.295 0.278 0.089 0.096 0.029 0.012 0.008 0.023 0.009 0.001 11 S 0.234 0.134 0.350 0.091 0.080 0.046 0.022 0.006 0.022 0.012 0.002 12 S 0.234 0.169 0.210 0.169 0.084 0.036 0.039 0.017 0.021 0.022 0.002 13 T 0.246 0.181 0.208 0.206 0.062 0.031 0.034 0.005 0.015 0.009 0.002 14 S 0.206 0.144 0.229 0.212 0.058 0.053 0.042 0.015 0.027 0.011 0.003 15 R 0.035 0.323 0.410 0.010 0.066 0.018 0.008 0.001 0.125 0.004 0.001 16 P 0.160 0.010 0.732 0.019 0.002 0.028 0.003 0.001 0.004 0.001 0.039 17 A 0.158 0.249 0.399 0.085 0.037 0.024 0.009 0.005 0.030 0.004 0.001 18 L 0.236 0.144 0.442 0.054 0.047 0.040 0.009 0.003 0.018 0.005 0.004 19 E 0.356 0.095 0.261 0.119 0.040 0.046 0.043 0.011 0.013 0.009 0.007 20 E 0.326 0.165 0.182 0.169 0.050 0.019 0.051 0.013 0.019 0.005 0.001 21 D 0.110 0.236 0.268 0.149 0.061 0.055 0.065 0.009 0.044 0.001 0.002 22 V 0.028 0.784 0.131 0.018 0.024 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 23 I 0.034 0.759 0.137 0.008 0.032 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 24 Y 0.011 0.760 0.046 0.009 0.156 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 25 H 0.012 0.709 0.159 0.008 0.052 0.028 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 26 V 0.008 0.753 0.174 0.003 0.017 0.021 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 27 K 0.029 0.596 0.271 0.008 0.041 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 28 Y 0.121 0.398 0.258 0.044 0.073 0.067 0.006 0.001 0.028 0.002 0.001 29 D 0.341 0.089 0.126 0.168 0.072 0.064 0.081 0.022 0.023 0.012 0.002 30 D 0.120 0.052 0.047 0.573 0.029 0.035 0.090 0.023 0.025 0.006 0.001 31 Y 0.030 0.257 0.328 0.028 0.049 0.034 0.017 0.001 0.250 0.005 0.001 32 P 0.615 0.003 0.330 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 33 E 0.783 0.020 0.033 0.140 0.006 0.003 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 34 N 0.089 0.019 0.058 0.580 0.016 0.008 0.203 0.011 0.014 0.002 0.001 35 G 0.021 0.012 0.046 0.014 0.048 0.003 0.270 0.491 0.003 0.092 0.001 36 V 0.071 0.380 0.490 0.017 0.018 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 37 V 0.024 0.775 0.133 0.008 0.031 0.021 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 38 Q 0.027 0.640 0.155 0.018 0.052 0.070 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 39 M 0.017 0.786 0.096 0.013 0.055 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 40 N 0.052 0.287 0.344 0.052 0.066 0.124 0.019 0.002 0.050 0.002 0.002 41 S 0.299 0.196 0.234 0.091 0.066 0.060 0.022 0.006 0.016 0.007 0.002 42 R 0.514 0.157 0.114 0.096 0.058 0.014 0.021 0.006 0.012 0.006 0.001 43 D 0.196 0.139 0.206 0.146 0.048 0.100 0.113 0.009 0.038 0.002 0.003 44 V 0.163 0.348 0.309 0.101 0.015 0.042 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 45 R 0.092 0.308 0.339 0.005 0.045 0.035 0.002 0.001 0.172 0.001 0.001 46 A 0.628 0.005 0.294 0.021 0.002 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 47 R 0.705 0.050 0.038 0.142 0.023 0.013 0.017 0.005 0.006 0.002 0.001 48 A 0.429 0.161 0.147 0.130 0.053 0.027 0.020 0.003 0.027 0.002 0.001 49 R 0.479 0.136 0.255 0.059 0.021 0.025 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 50 T 0.384 0.280 0.158 0.070 0.040 0.041 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 51 I 0.188 0.339 0.237 0.109 0.032 0.051 0.012 0.001 0.030 0.001 0.001 52 I 0.062 0.479 0.325 0.046 0.025 0.029 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 53 K 0.079 0.423 0.329 0.021 0.075 0.037 0.005 0.001 0.029 0.002 0.001 54 W 0.417 0.148 0.289 0.048 0.040 0.036 0.004 0.002 0.012 0.002 0.002 55 Q 0.424 0.127 0.103 0.200 0.054 0.027 0.036 0.010 0.012 0.005 0.001 56 D 0.193 0.170 0.131 0.218 0.051 0.050 0.137 0.016 0.030 0.004 0.001 57 L 0.113 0.460 0.294 0.046 0.037 0.014 0.013 0.002 0.019 0.001 0.001 58 E 0.079 0.441 0.320 0.038 0.039 0.048 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 59 V 0.056 0.359 0.379 0.102 0.038 0.029 0.011 0.001 0.025 0.001 0.001 60 G 0.022 0.024 0.054 0.013 0.247 0.008 0.073 0.360 0.004 0.193 0.001 61 Q 0.028 0.499 0.273 0.039 0.108 0.022 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 62 V 0.010 0.726 0.212 0.005 0.025 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 63 V 0.009 0.856 0.079 0.003 0.032 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 64 M 0.012 0.768 0.131 0.006 0.038 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 65 L 0.022 0.788 0.086 0.010 0.053 0.023 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 66 N 0.057 0.287 0.275 0.058 0.087 0.111 0.044 0.006 0.070 0.003 0.002 67 Y 0.085 0.496 0.171 0.117 0.060 0.028 0.012 0.005 0.024 0.003 0.001 68 N 0.010 0.192 0.367 0.041 0.056 0.087 0.024 0.001 0.218 0.003 0.001 69 P 0.830 0.008 0.113 0.022 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 70 D 0.413 0.033 0.033 0.467 0.008 0.017 0.014 0.005 0.007 0.001 0.001 71 N 0.029 0.104 0.131 0.018 0.025 0.020 0.016 0.001 0.654 0.001 0.001 72 P 0.633 0.001 0.320 0.013 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 73 K 0.775 0.026 0.081 0.095 0.006 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 74 E 0.507 0.072 0.090 0.244 0.015 0.024 0.026 0.005 0.014 0.002 0.001 75 R 0.129 0.087 0.152 0.460 0.024 0.011 0.118 0.002 0.014 0.002 0.001 76 G 0.024 0.016 0.043 0.014 0.142 0.005 0.068 0.450 0.003 0.235 0.001 77 F 0.051 0.487 0.296 0.033 0.072 0.032 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 78 W 0.148 0.411 0.265 0.034 0.062 0.060 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 79 Y 0.263 0.397 0.188 0.060 0.045 0.029 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 80 D 0.393 0.138 0.184 0.097 0.043 0.064 0.027 0.002 0.048 0.001 0.003 81 A 0.530 0.168 0.114 0.047 0.091 0.016 0.017 0.006 0.009 0.002 0.001 82 E 0.413 0.338 0.147 0.025 0.031 0.030 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 83 I 0.293 0.295 0.205 0.037 0.011 0.102 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 84 S 0.446 0.171 0.134 0.131 0.038 0.045 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 85 R 0.351 0.190 0.101 0.168 0.091 0.041 0.036 0.006 0.014 0.002 0.001 86 K 0.367 0.222 0.223 0.094 0.027 0.030 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 87 R 0.366 0.225 0.187 0.091 0.059 0.029 0.018 0.003 0.019 0.002 0.001 88 E 0.260 0.181 0.237 0.134 0.044 0.077 0.030 0.005 0.030 0.002 0.001 89 T 0.195 0.350 0.189 0.149 0.053 0.029 0.015 0.002 0.017 0.002 0.001 90 R 0.203 0.231 0.200 0.112 0.125 0.040 0.042 0.012 0.024 0.011 0.001